Appliquer des normes de qualité à la recherche en sciences du vivant pour faciliter l’étape de la vérification
Sur une durée de huit ans, l’équipe de Reproducibility Project: Cancer Biology s’est efforcée de répliquer les expériences des articles à fort impact publiés entre 2010 et 2012. L’étude a tout d’abord révélé des difficultés en terme de planification pour répliquer 193 expériences provenant de 53 articles. En effet, les protocoles n’étaient pas complètement décrits et seulement 2 % des expériences présentaient l’intégralité de leurs données. Ensuite, lorsque la réplication était tentée, les résultats étaient souvent en contradiction avec les rapports originaux. «Cela est dû en partie à la façon dont les travaux ont été conçus, menés, analysés puis décrits», explique Malcolm Macleod, de l’université d’Édimbourg, hôte du projet EQIPD. Le projet EQIPD, soutenu par l’UE, a synthétisé l’ensemble des recommandations à mettre en œuvre pour la conduite de la recherche sur les animaux dans une série d’études multicentriques menées à travers l’Europe. L’équipe a ensuite mis au point un «système de qualité», qui incite les laboratoires à prendre en compte des questions telles que la conception de la recherche, ainsi que la traçabilité et la sécurité des données. Du matériel de formation a également été élaboré afin d’aider les chercheurs à mieux comprendre les principes sous-jacents et la meilleure façon de les mettre en œuvre. «Nous avons démontré que les études standardisées réduisent les variations entre les laboratoires et augmentent la reproductibilité. Notre système d’assurance qualité a déjà été déployé dans plusieurs laboratoires, et les réactions laissent penser que nous avons trouvé le bon équilibre entre l’effort requis et la valeur ajoutée», ajoute Malcolm Macleod.
Mise en place du système d’assurance qualité
L’examen systématique des directives relatives à la recherche sur les animaux a permis à l’équipe d’établir des principes de base concernant les rôles des équipes de recherche, la culture de la qualité, l’intégrité des données, les processus de recherche, l’amélioration continue et la durabilité. Pour perfectionner ces principes, elle a ensuite lancé plusieurs cycles de discussion, notamment auprès d’un groupe de parties prenantes incluant plus de 100 participants, tout en intégrant les réactions de la communauté scientifique au sens large. Certaines discussions ont été informelles, d’autres ont été facilitées par des techniques structurées telles que la recherche d’un consensus en utilisant la méthode de Delphes. Après avoir codifié les principaux critères de qualité, des expériences ont ensuite été menées pour déterminer si cette approche standardisée permettait effectivement d’accroître la reproductibilité. Les expériences sélectionnées représentaient une large gamme de plans expérimentaux et d’objectifs. Elles incluaient: un test «open-field» sur la locomotion et l’exploration chez les rongeurs; un EEG sommeil/éveil reflétant les aspects des modèles animaux de la maladie d’Alzheimer; et un test Irwin sur la toxicité des médicaments. Les pilotes ont été menés dans cinq instituts de recherche et laboratoires commerciaux en Europe continentale et au Royaume-Uni, ce qui a permis d’en savoir plus sur les exigences de ces différents environnements et sur la capacité du système à y répondre. Ces évaluations externes ont non seulement permis de valider les performances, mais elles ont également incité les chercheurs à se demander si les stratégies adoptées suffisaient pour mener des recherches de qualité. L’approche a également conduit à identifier des angles morts, ainsi que des problèmes et opportunités passés inaperçus. «Notre examen systématique de la modélisation de la maladie d’Alzheimer a mis en évidence des centaines de milliers de publications potentiellement pertinentes. Nous avons donc mis au point un outil pour dédupliquer automatiquement ces résultats de recherche, désormais disponible pour l’ensemble de la communauté des examinateurs», note Malcolm Macleod.
Consolider les efforts et élargir la portée des résultats
Outre les impératifs de rigueur scientifique, les sciences de la vie sont également investies de la responsabilité pratique de réduire la souffrance. «Les nouveaux traitements médicamenteux dépendent de la recherche préclinique. Si nous parvenions à identifier plus tôt les médicaments candidats qui échouent, nous accélérerions les progrès et réduirions les coûts, ce qui profiterait autant aux patients qu’à l’économie», remarque Malcolm Macleod. Une description du système de qualité EQIPD est disponible sur eLife publication. Certaines organisations, comme Scientist.com encouragent déjà leurs prestataires de recherche à utiliser l’évaluation EQIPD. L’équipe a également créé une organisation à but non lucratif susceptible de garantir les principes EQIPD (GoEQIPD), avec l’objectif de fournir une certification EQIPD officielle pour les laboratoires. «Le prochain défi consistera à appliquer les mêmes approches à la recherche in vitro dans le domaine des sciences de la vie afin d’identifier les problèmes de recherche et ce qui peut être fait pour y remédier», conclut Malcolm Macleod.
Mots‑clés
EQIPD, recherche, vérification, sciences de la vie, médicament, traitements, préclinique, expériences, données, réplication
