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Transposon-based strategies for functional genomic analyses in xenopus tropicalis, a vertebrate model system for developmental and biomedical research

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Trazabilidad de los transposones a lo largo del tiempo

Se estudiaron los transposones, o secuencias de ADN que pueden desplazarse a diferentes posiciones en el genoma, de la rana del tipo Xenopus. También se compararon con secuencias similares en otros organismos.

Los elementos transponibles (ET) poseen una gran movilidad que los convierte en herramientas con capacidad para mover genes a nuevos organismos (transgénesis) y mutagénesis (creación de una mutación en una célula). Se llevaron a cabo estudios detallados de ET en Xenopus tropicalis (X. tropicalis) y X. laevis. El ET de tipo mariner es un elemento endógeno y fue estudiado en las dos especies de Xenopus utilizadas como modelos de desarrollo para lograr comprender cualquier interacción reguladora entre los transposones activos manipulados tecnológicamente y los transposones endógenos. Se utilizaron datos sobre la secuenciación de genes para identificar líneas de ET. Se observó que varias líneas distintas de ET coexistían en el pez zebra, el salmón y los anfibios. Se analizaron siete nuevos ET y los estudios filogenéticos indican que sus parientes más cercanos se encuentran en los genomas de los peces óseos y los anfibios. Uno de estos ET, llamado Xeminos, está estrechamente relacionado con una familia de invertebrados. Asimismo, estos nuevos ET contienen un marco de lectura abierto intacto (ORF) para la transposasa, que es una secuencia que puede trasladarse a una proteína. Esto sugiere que estos elementos todavía pueden seguir activos. Asimismo, se observó que los transposones que pertenecen a otra línea están situados en las dos extremidades del árbol evolutivo de los vertebrados y se encuentran en el genoma de los cordados, incluidos la mayoría de los craneados. Esto sugiere que han estado presentes en los genomas de los cordados durante unos 750 millones de años. El estudio del sistema del modelo vertebrado del Xenopus cuenta con un potencial considerable para la investigación biomédica a la hora de desarrollar elementos transponibles como herramientas moleculares para el campo de la genómica funcional. Uno de estos elementos artificiales reconstruido mediante ingeniería molecular es Sleeping Beauty. Este elemento, que se remonta aproximadamente unos quince millones de años, es transponible y es capaz de generar genes para terapias de enfermedades genéticas.

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