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Transposon-based strategies for functional genomic analyses in xenopus tropicalis, a vertebrate model system for developmental and biomedical research

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Transposone im Rückblick der Zeit

Transposone, oder auch DNA-Sequenzen, die ihren Ort im Genom verändern können, wurden beim Krallenfrosch (Xenopus) studiert. Außerdem wurden sie mit ähnlichen Sequenzen bei anderen Organismen verglichen.

Transponierbare Elemente (TLE) haben die Eigenschaft, sich bewegen zu können, und sind deshalb mögliche Instrumente, für die Transgenese, bei der Gene in neue Organismen geschleust werden, und die Mutagenese, bei der eine Mutation in einer Zelle bewirkt wird. Detaillierte Untersuchungen der transponierbaren Elemente wurden am Xenopus tropicalis (X. tropicalis) und am X. laevis durchgeführt. Das Mariner-Transposon ist ein endogenes Element. Untersucht wurde es bei beiden Krallenfroscharten, die als Entwicklungsmodelle verwendet wurden, um einen möglichen Einblick in mögliche regulatorische Interaktionen zwischen manipulierten und endogen aktiven Transposonen zu erhalten. Genomische Sequenzierungsdaten wurde verwendet, um die multiplen Abstammungslinien von TLE zu bestimmen. Man fand heraus, dass mehrere eindeutige TLE-Linien sowohl bei Zebrafischen, Lachsen und Amphibien koexistieren. Sieben neue TLE wurden analysiert und phylogenetische Studien weisen darauf hin, dass ihre engsten Verwandten bei Strahlenflossern und Amphibien zu finden sind. Ein TLE mit der Bezeichnung Xeminos ist eng mit der Abstammungslinie der wirbellosen Tiere verbunden. Außerdem können diese neu entdeckten TLE einen offenen Leserahmen (open reading frame, ORF) der Transposase haben. Das ist eine Sequenz, die in ein Protein übersetzt werden kann. Dies weist darauf hin, dass diese Elemente noch aktiv sein könnten. Transposone, die zu einer getrennten Linie gehörten, fand man an beiden Enden des Entwicklungsbaums der Wirbeltiere und sind in den Genomen von Chordata einschließlich der meisten Craniata anzutreffen. Das weist darauf hin, dass sie in den Chordata-Genomen seit 750 Millionen Jahren vorhanden gewesen sein müssen. Die Studie des Xenopus-Wirbeltiermodellsystems hat ein erhebliches Potenzial für die biomedizinische Forschung im Hinblick auf die Entwicklung transponierbarer Elemente als molekulare Werkzeuge für die funktionale Genomik. Ein solches künstliches Element, das durch molekulares Engineering rekonstruiert wurde, ist das "Sleeping Beauty-Transposon". Dieses Element, das auf rund fünfzehn Millionen Jahre zurückgeht, ist transponierbar und hat das Potenzial, Gene für die gentherapeutische Behandlung von Krankheiten zu liefern.

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