L'Europe lutte contre la résistance aux antimicrobiens
Les bactéries pharmacorésistantes à haut risque sont d'une importance clinique critique car elles peuvent se transmettre aisément entre les patients hospitalisés. Les clones qui produisent également des infections pour de longues périodes sont tout aussi dangereux. Parmi les espèces ayant un fort potentiel d'expansion figurent le SARM (Staphylococcus aureus résistant à la méthycilline), l'entérocoque résistant à la vancomycine (ERV), les entérobactériacées producteurs de bêta-lactamases AmpC (ESMAC-BL) ainsi que Pseudomonas aeruginosa et Acinetobacter baumannii. Le projet TROCAR (Translational research on combating antimicrobial resistance), financé par l'UE, travaillait à la détermination de l'histoire naturelle et des voies évolutives de souches pharmacorésistantes très virulentes de pathogènes bactériens. Ces activités ont été conçues pour fournir aux autorités scientifiques et de santé publique des lignes de recherche pour tester de nouvelles interventions contre ces pathogènes. Grâce aux données épidémiologiques et aux approches génomiques et protéomiques, les chercheurs ont pu définir les traits spécifiques associés à la virulence, à la transmission et à la persistance des clones résistants. La comparaison directe avec les clones non épidémiques leur a permis d'identifier les déterminants de résistance et leur localisation génétique. Par exemple, pour l'ERV, une approche transcriptomique générale a identifié AsrR comme régulateur responsable de la modulation des traits opportunistes et de la pathogenèse. Dans leur ensemble, les informations générées ont été employées pour produire un inventaire de souches pour SARM, ERV, ESMAC-BL et Pseudomonas. La distribution géographique des clones de SARM a été présentée grâce à un outil en ligne en utilisant une interface Google. De plus, le consortium a développé de nouveaux instruments en réseau pour la détection simple et rapide des gènes de résistance dans la souche ESMAC-BL en circulation. L'un des principaux mécanismes pour l'acquisition de résistance est le transfert horizontal de l'ADN entre bactéries. Les travaux TROCAR ont révélé une variation considérable en termes des vitesses de recombinaison entre les différents groupes phylogénétiques, illustrant l'interaction entre les facteurs épidémiologiques et la dynamique moléculaire. Ensemble, les observations de TROCAR et les instruments conçus aideront à identifier les réservoirs potentiels de gènes de résistance aux antibiotiques et à surveiller la propagation des principaux pathogènes nosocomiaux et communautaires.
Mots‑clés
Résistance aux antibiotiques, SARM, ERV, phylogénétique, épidémiologie
