Europa zwalcza oporność na antybiotyki
Lekooporne bakterie powodujące zakażenia wysokiego ryzyka mają krytyczne znaczenie kliniczne i mogą łatwo przenosić się między pacjentami w szpitalach. Równie niebezpieczne są klony wywołujące znaczące infekcje na dłuższe okresy czasu. Pośród gatunków mogących się skutecznie rozprzestrzeniać są między innymi: gronkowiec złocisty oporny na metycylinę (MRSA), enterokoki oporne na wankomycynę (VRE), bakterie z rodziny Enterobacteriaceae produkujące beta-laktamazę AmpC (ESMAC-BL) oraz wielolekooporne bakterie z gatunku Pseudomonas aeruginosa i Acinetobacter baumannii. Finansowany przez UE projekt TROCAR (Translational research on combating antimicrobial resistance) skupiał prace nad określeniem historii naturalnej i trajektorii ewolucyjnej wysoce zakaźnych szczepów bakterii patogennych. Działania w ramach projektu zaprojektowano tak, by instytucjom naukowym oraz instytucjom zdrowia publicznego dostarczyć linie doświadczalne do testowania nowych metod postępowania przeciwko tym patogenom. Przy użyciu danych epidemiologicznych oraz metod genomowych i proteomicznych, badaczom udało się zdefiniować specyficzne cechy związane z zakaźnością, przenoszeniem i wytrzymałością klonów opornych na leki. Bezpośrednie porównanie do klonów nieepidemicznych umożliwiło im wskazanie czynników oporności i ich położenia w genomie. Przykładowo, w przypadku VRE globalne podejście do transkrypcji wskazało AsrR jako kluczowy regulator modulujący cechy oportunistyczne i patogenezę. Po zebraniu w całość, wygenerowane informacje wykorzystano do stworzenia spisu szczepów MRSA, VRE, ESMAC-BL i bakterii Pseudomonas. Dzięki internetowym narzędziom do mapowania wykorzystującym interfejs Google stworzono model geograficznego rozmieszczenia klonów MRSA. Ponadto, konsorcjum opracowało nowe, oparte na zbiorach narzędzia dla szybkiego i prostego wykrywania genów oporności w krążącym ESMAC-BL. Jednym z kluczowych mechanizmów nabywania oporności jest horyzontalny transfer DNA między bakteriami. Badania w ramach projektu TROCAR ujawniły znaczące zróżnicowanie w tempie rekombinacji między różnymi filogenetycznie grupami, ilustrując w ten sposób wzajemne oddziaływania między czynnikami epidemiologicznymi a dynamiką na poziomie molekularnym. Traktowanie obserwacji i narzędzi z projektu TROCAR jako całości pomoże zidentyfikować potencjalne źródła genów antybiotykooporności oraz pozwoli monitorować rozprzestrzenianie się kluczowych patogenów środowiskowych i szpitalnych.
Słowa kluczowe
Oporność na antybiotyki, MRSA, VRE, filogenetyczny, epidemiologia
