Les complexités du développement cellulaire
L'initiative INTEGER («Integrated approaches to study gene regulation during cellular differentiation») a adopté une approche à plusieurs facettes pour étudier les mécanismes régulateurs dans le foie et les globules rouges. Sept partenaires universitaires et un partenaire industriel ont examiné les principaux régulateurs de la différenciation, les facteurs de transcription. L'interaction entre les gènes et l'impact de l'organisation sociale dans le noyau sont apparus comme étant un autre mécanisme de contrôle. Lorsqu'une cellule arrive à la fin de sa phase de maturation, son identité doit être conservée en utilisant des mécanismes de mémoire cellulaire. La mémoire cellulaire par les modifications qui n'affectent pas la structure de l'ADN, la sphère de l'épigénétique, a également été examinée. Les technologies génomiques et protéomiques développées pour aborder les objectifs ambitieux du projet INTEGER comprenaient l'analyse de l'organisation chromosomique associée à un séquençage à haut débit (4C-seq). Les méthodes conçues par les scientifiques pour cartographier les sites de liaison d'ARN épigénétique non codant et pour caractériser les protéines produites (le protéome). Pendant la différenciation des cellules hépatiques, l'équipe a identifié plusieurs caractéristiques de contrôle intéressantes, notamment les méthodes complexes de régulation croisée et les fonctions de «mise en évidence» des régulateurs de transcription pour maintenir les zones de régulation ouvertes dès le début du développement. Les scientifiques ont incorporé l'intégration des données de l'occupation des facteurs de transcription à l'échelle génomique avec des modifications épigénomiques au cours du développement des globules sanguins. Cette approche a entraîné l'identification de différentes classes de gènes qui partagent des caractéristiques épigénétiques et fonctionnelles. Des études sur des cellules souches embryonnaires (CSE) de souris ont révélé comment l'identité «d'origine» est maintenue et l'impact du pliement et du repliement dans les chromosomes X actifs et inactifs. Un grand nombre de protéines d'interaction récemment développées sont particulièrement associées aux différents stages du cycle de transcription chez les CSE. Une douzaine de chercheurs obtiendront leurs qualifications de doctorat après avoir participé au projet INTEGER. Essentiel à la durabilité du projet INTEGER, le programme de formation a compris quatre ateliers avancés et une conférence scientifique. L'apport de nombreux intervenants externes et une approche interdisciplinaire assurera que les résultats de recherche continueront à influencer fortement le domaine de la régulation de la différenciation cellulaire.
