Un traitement sur mesure pour les maladies génétiques complexes
Depuis l'arrivée du séquençage génomique, on assiste à une demande croissante pour la prise en compte de l'analyse génétique dans la mise en place des protocoles thérapeutiques. Malheureusement, la plupart des maladies génétiques ont pour origine l'action de nombreux gènes et sont par conséquent hautement hétérogènes. La technologie récemment développée du séquençage massivement parallèle ou MPS (massively Parallel Sequencing) permet maintenant de séquencer et d'analyser plusieurs gènes en parallèle. En utilisant cette méthode de séquençage du génome entier (WGS, pour whole genome sequencing) à très haut débit, le projet Techgene financé par l'UE voulait adapter les techniques de séquençage à certaines maladies génétiques spécifiques. Au début du projet, les chercheurs ont axé leurs travaux sur deux étapes. Les scientifiques ont tout d'abord analysé les mutations de certains échantillons de patients. Ils ont ensuite développé à partir des résultats obtenus les protocoles et réactifs nécessaires au séquençage à haut débit (HTS, pour high throughput screening) des mutations connues ou inconnues. Ils ont ainsi réussi à adapter les techniques HTS à de nombreuses maladies génétiques complexes. On peut citer par exemple, l'hémoglobinopathie, le cancer du sein, certains troubles sensoriels comme les dystrophies rétiniennes ou la perte d'audition, la paraplégie et l'ataxie et enfin de nombreux syndromes de retard mental. Concernant le cancer du sein, les chercheurs ont testé deux méthodes différentes de dépistage de mutations et développé et évalué les différentes étapes d'enrichissement. Des progrès significatifs ont par ailleurs été accomplis au niveau des dysfonctionnements neurologiques moteurs. Les partenaires du projet ont également développé un outil commun de capture génétique pour les troubles génétiques moteurs comme l'ataxie récessive et la paraplégie intégrant plus de 100 gènes, cet outil devrait être élargi à la dystonie et à la maladie héréditaire de Parkinson. L'équipe du projet a également testé plusieurs stratégies alternatives de capture et d'amplification génique, y compris la technologie Raindance qui élimine les biais d'enrichissement. La diffusion de ces travaux s'est faite par l'intermédiaire du site internet (http://www.techgene.eu/project) de publications scientifiques et de conférences. Concernant la formation, quatre ateliers de travail ont été organisés par les partenaires du projet et une unité de formation mise en place à Prague. Les questions éthiques et légales étant toujours au centre du débat pour le diagnostic génétique, les membres du projet ont analysé cet aspect en fonction des spécificités de chaque pays. Cette analyse a été préparée en collaboration avec le comité de politique publique et professionnelle de la Société Européenne de Génétique Humaine. Les partenaires du projet ont entamé l'évaluation de la rentabilité de cette technologie et donc l'impact économique d'une introduction d'un dépistage à haut débit en pratique clinique, le cancer du sein ayant été sélectionné comme modèle de départ. Les travaux du projet Techgene permettront probablement à la recherche européenne de rester à l'avant-garde dans ce domaine fondamental du diagnostic.
