La codification à barre des agents pathogènes végétaux en Europe
Au sein de la seule Union européenne, plus de 300 organismes de quarantaine nécessitent la mise en place de mesures de protection. Pour mieux identifier les pathogènes végétaux et les parasites, des outils de diagnostic spécialisés sont nécessaires. Récemment, la codification à barres de l'ADN est apparue comme une méthode efficace d'identification. La méthode utilise une petite séquence d'ADN, spécifique à une espèce particulière, en tant que code barre d'ADN moléculaire. L'objectif du projet QBOL, financé par l'UE, était de générer de tels codes-barres d'ADN pour les organismes de quarantaine et les utiliser comme outils de surveillance de la santé végétale. Pour ce faire, les chercheurs du consortium ont obtenu des séquences génétiques des espèces sélectionnées sur les listes appropriées de la directive de l'UE pertinente et de l'Organisation européenne et méditerranéenne pour la protection des plantes (OEPP). Les chercheurs ont créé des listes reprenant les organismes en quarantaine ainsi que les espèces posant une menace importante aux plantes européennes. D'après ces listes, ils ont retrouvé des informations génétiques de champignons, d'insectes, de bactéries, de virus, de nématodes et de phytoplasmes (un type de parasite bactérien) spécifiques. Pour chaque groupe, QBOL a testé plusieurs régions de codification à barres de l'ADN et a retenu les plus fiables. Les scientifiques ont également testé un nombre de différentes méthodes pour l'extraction d'ADN et ont sélectionné la meilleure. Ces informations, en plus des codes-barres d'ADN sélectionnés et les informations taxonomiques connexes, ont été incorporées dans la base de données publiquement accessible. Par ailleurs, les partenaires du projet ont développé les outils de diagnostic et de bioinformatique capables d'identifier avec précision ces organismes de quarantaine en se basant sur leurs séquences à codes-barres. Une fois établie, la base de données a été connectée à la base de données génétique en ligne la plus utilisée, GenBank, ainsi qu'à d'autres ressources en ligne. La base de données a ensuite été améliorée sur la base des commentaires des utilisateurs et de l'utilisation générale.
Mots‑clés
Codification à barres de l'ADN, agents pathogènes végétaux, organismes en quarantaine, outils de diagnostic, santé végétale
