Barcoding europäischer Pflanzenschädlinge

EU-Forscher haben eine DNS-Barcoding-Datenbank von Pflanzenpathogenen erstellt, auf die öffentlich zugegriffen werden kann. Diese trägt zur Verhinderung wirtschaftlicher Verluste aufgrund von Pflanzenkrankheiten bei.

Klimawandel und Umwelt

Alleine in der EU gibt es beinahe 300 Quarantäneorganismen, für die Schutzmaßnahmen getroffen werden müssen. Um Pflanzenpathogene und Schädlinge genau zu bestimmen, sind spezielle Diagnoseinstrumente erforderlich. Seit Neuestem hat sich das DNS-Barcoding als effiziente Methode zur Markierung von Organismen erwiesen. Bei der Methode dient ein kleines, für eine bestimmte Art spezifisches DNS-Stück als molekularer DNS-Barcode. Das Ziel des von der EU geförderten QBOL-Projekts(öffnet in neuem Fenster) bestand in der Generierung solcher DNS-spezifischen Barcodes für Quarantäneorganismen, um die Pflanzengesundheit zu erhalten. Vor diesem Hintergrund sammelte das Konsortium Gensequenzen von Arten, die sich auf den Listen der relevanten EU-Richtlinie und der Pflanzenschutz-Organisation für Europa und den Mittelmeerraum (EPPO) befinden. Die Forscher erstellten Listen von Quarantäneorganismen sowie weiteren Arten, die in Zukunft eine Bedrohung für die europäische Pflanzenwelt darstellen könnten. Basierend auf diesen Listen wurden genetische Informationen für relevante Pilze, Insekten, Bakterien, Virus, Nematoden und Phytoplasmen (eine bakterielle Parasitenart) bestimmt. Für jede Gruppe wurden im Zuge des QBOL-Projekts mehrere DNA-Barcoding-Regionen getestet und die zuverlässigsten ausgewählt. Die Wissenschaftler testeten ferner eine Reihe verschiedener Methoden zur DNS-Extraktion und wählten davon die beste aus. Diese Informationen wurden zusammen mit den ausgewählten DNS-Barcodes sowie taxonomischen Begleitinformationen in eine öffentlich zugängliche Datenbank(öffnet in neuem Fenster) integriert. Des Weiteren wurden Diagnose- und Bioinformatikinstrumente entwickelt, um basierend auf DNS-Barcode-Sequenzen eine korrekte Identifizierung von Quarantäneorganismen zu ermöglichen. Nach der Einrichtung wurde die Datenbank mit GenBank, der meist verwendeten Online-Gendatenbank, sowie weiteren Online-Ressourcen verknüpft. Die funktionierende Datenbank wurde daraufhin basierend auf dem allgemeinen Nutzerverhalten und dem Benutzerfeedback optimiert.