Creazione di codici a barre per i parassiti delle piante in Europa
Nella sola UE ci sono quasi 300 organismi da quarantena per i quali devono essere prese misure protettive. Per individuare con precisione i patogeni e i parassiti delle piante, sono richiesti strumenti diagnostici specializzati. Recentemente, la creazione di codici a barre per il DNA è emersa come modalità efficace per marcare gli organismi. Il metodo utilizza un pezzo corto di DNA, specifico per una specie particolare, come codice a barre molecolare per DNA. Lo scopo del progetto QBOL, finanziato dall’UE, è stato quello di generare tali codici a barre specifici per il DNA per organismi da quarantena come mezzo per mantenere la salute delle piante. A questo scopo, il consorzio ha ottenuto sequenze genetiche delle specie presenti negli elenchi della relativa direttiva UE e dell’EPPO (European and Mediterranean Plant Protection Organization). I ricercatori hanno creato elenchi di organismi da quarantena oltre ad altre specie che potrebbero rappresentare una futura minaccia per le piante europee. In base a questi elenchi, hanno originato le informazioni genetiche per i relativi funghi, insetti, batteri, nematodi e fitoplasmi (un tipo di parassita batterico). Per ciascun gruppo, QBOL ha testato numerose regioni di codifica a barre del DNA e ha selezionato quella più affidabile. Gli scienziati hanno inoltre testato numerosi metodi differenti per estrarre il DNA e scegliere quello migliore. Queste informazioni, insieme ai codici a barre del DNA selezionati e al supporto delle informazioni tassonomiche, sono state incorporate in un database pubblicamente accessibile. Inoltre, sono stati sviluppati strumenti diagnostici e di bioinformatica per consentire la corretta identificazione degli organismi da quarantena in base alle sequenze dei codici a barre del DNA. Una volta creato, il database è stato collegato a quello dei geni online, GenBank, insieme a numerose altre risorse online. Il database funzionante è stato quindi perfezionato in base all’utilizzo generale e al feedback degli utenti.
Parole chiave
Codifica a barre del DNA, patogeni delle piante, organismi in quarantena, strumenti diagnostici, salute delle piante
