Kodowanie kreskowe szkodników w Europie
W samej tylko Unii Europejskiej żyje blisko 300 organizmów kwarantannowych, względem których konieczne jest podjęcie działań ochronnych. Do prawidłowej identyfikacji patogenów roślin i szkodników niezbędne są specjalistyczne narzędzia diagnostyczne. Skuteczną metodą oznaczania organizmów są stosowane od niedawna kody kreskowe DNA. Metoda wykorzystuje małe fragmenty DNA charakterystyczne dla poszczególnych gatunków jako cząsteczkowy kod kreskowy DNA. Celem unijnego projektu QBOL było wygenerowanie kodów kreskowych specyficznych dla DNA organizmów kwarantannowych, jako środka do zapewnienia zdrowia roślin. W tym celu, członkowie projektu uzyskali sekwencje genów gatunków wpisanych na listy odnośnej dyrektywy UE i Europejskiej i Śródziemnomorskiej Organizacji Ochrony Roślin (EPPO). Naukowcy opracowali wykazy organizmów kwarantannowych, jak również innych gatunków, które w przyszłości mogą stanowić zagrożenie dla roślin w Europie. W oparciu o wykazy, pozyskali informacje genetyczne dla odpowiednich grzybów, owadów, bakterii, wirusów, nicieni i fitoplazm (rodzaj bakterii pasożytniczej). Dla każdej grupy przetestowano kilka regionów kodów kreskowych DNA i wybrano te najbardziej trafne. Naukowcy zbadali również szereg innych metod pozyskiwania DNA i wybrali najlepsze z nich. Te informacje wraz z wybranymi kodami kreskowymi DNA i odnośnymi informacjami taksonomicznymi zostały włączone do ogólnodostępnej bazy danych. Ponadto opracowano narzędzia diagnostyczne i bioinformatyczne, umożliwiające prawidłową identyfikację organizmów kwarantannowych w oparciu o sekwencje kodów kreskowych DNA. Po jej opracowaniu, baza danych została powiązana z najbardziej popularną bazą danych genów online, GenBank, jak również z kilkoma innymi źródłami. Funkcjonująca baza danych została następnie dopracowana na podstawie informacji o typowych sposobach jej użytkowania oraz informacji zwrotnych od użytkowników.
Słowa kluczowe
Kodowanie kreskowe DNA, patogeny roślinne, organizmy kwarantannowe, narzędzia diagnostyczne, zdrowie roślin
