Un canale per l’affinità delle proteine
L’analisi del proteoma umano, nota complessivamente come proteomica, riveste una fondamentale valenza sia nella ricerca di base che nella ricerca medica. Le applicazioni della proteomica continuano a estendersi e, in un prossimo futuro, sarà presumibilmente un processo integrante nelle industrie biotecnologiche e farmaceutiche. Per realizzare le potenzialità della proteomica, è indispensabile sviluppare e rendere disponibili reagenti proteici e, in particolare, molecole leganti specifiche. Occorre un canale di produzione ad alta intensità di leganti, per consentire le indagini sull’espressione, la modificazione e l’interazione di tutte le proteine codificate dal genoma. Il progetto AFFINOMICS (Protein binders for characterisation of human proteome function: generation, validation, application), finanziato dall’UE, perseguiva l’obiettivo di realizzare un canale automatico ad alta intensità di elaborazione, per la produzione di leganti proteomici. Il consorzio AFFINOMICS ha aggregato 19 eminenti centri europei e un partner industriale; l’obiettivo principale riguardava lo studio delle vie di trasduzione del segnale e le proteine correlate al cancro. Oltre agli anticorpi monoclonali e policlonali ordinari, il consorzio ha compiuto progressi tecnologici significativi in direzione della produzione di molecole leganti ricombinanti. In tale contesto, hanno utilizzato sistemi di selezione molecolare come il phage e ribosome display. Per ottenere le proprietà necessarie per applicazioni diversificate, è stato necessario progettare con attenzione i leganti proteici, formulati in base alla struttura di proteine interamente ripiegate, domini individuali o modifiche specifiche. Nel complesso, AFFINOMICS ha generato e caratterizzato leganti per oltre 1 400 chinasi, fosfatasi, proteine mutate in biomarcatori di cancro e plasma. Le informazioni su tutti i bersagli e leganti proteici prodotti è liberamente consultabile qui. L’introduzione delle tecnologie e degli strumenti AFFINOMICS basati su leganti rispetto all’analisi proteomica della trasduzione del segnale ha fornito nuove conoscenze approfondite. Tale condizione ha portato a descrivere come i complessi di trasduzione del segnale si assemblano e si integrino in reti più ampie e ha anche rivelato come essi divengano disfunzionali. Nel complesso, l’insieme di strumenti di leganti AFFINOMICS offre possibilità senza precedenti non solo per la ricerca di base e l’assistenza sanitaria, ma anche per lo sviluppo di farmaci.
Parole chiave
Proteina, proteoma, proteomica, leganti, anticorpi, biomarcatore
