Linia produkcyjna do badań powinowactwa białek
Analiza ludzkiego proteomu, czyli proteomika, jest niezwykle ważna zarówno w badaniach podstawowych, jak i medycznych. Zakres zastosowań proteomiki ciągle się poszerza i w najbliższej przyszłości będzie ona stanowić integralną część branży biotechnologicznej i farmaceutycznej. Aby w pełni wykorzystać potencjał proteomiki, ważne jest tworzenie i dostępność odczynników białkowych oraz w szczególności molekuł łącznikowych. Aby umożliwić badanie ekspresji, modyfikacji i oddziaływań wszystkich białek zakodowanych w genomie, potrzebna jest wysokoprzepustowa linia produkcyjna łączników. Zakres finansowanego przez UE projektu AFFINOMICS (Protein binders for characterisation of human proteome function: generation, validation, application) objął przygotowanie wysokoprzepustowej, zautomatyzowanej linii do produkcji łączników proteomicznych. W skład konsorcjum AFFINOMICS weszło 19 wiodących europejskich centrów badawczych i jeden partner przemysłowy, a głównym celem było badanie szlaków transdukcji sygnału i białek związanych z nowotworzeniem. Członkowie konsorcjum wprowadzili ważne ulepszenia technologiczne w produkcji standardowych przeciwciał monoklonalnych i poliklonalnych, jak również rekombinowanych molekuł łącznikowych. W tym kontekście użyto molekularnych systemów selekcji, takich jak prezentacja fagowa i rybosomalna. Aby osiągnąć właściwości konieczne do różnych zastosowań, łączniki białkowe powinny być starannie projektowane w oparciu o strukturę w pełni sfałdowanych białek, poszczególnych domen lub specyficznych modyfikacji. Uczestnicy projektu AFFINOMICS ogółem stworzyli i opisali łączniki dla ponad 1400 kinaz, fosfataz, zmutowanych białek nowotworowych i biomarkerów osocza. Informacje dotyczące wszystkich produkowanych celów białkowych i łączników są dostępne bezpłatnie w internecie. Implementacja bazujących na łącznikach technologii i narzędzi do proteomicznych analiz transdukcji sygnału dostarczyła na ten temat nowej wiedzy. Wyjaśniono, jak kompleksy sygnalizacyjne składają się i integrują w większe sieci, oraz ujawniono, jak dochodzi do zaburzeń ich funkcji. Resumując, zestaw łączników opracowanych w projekcie AFFINOMICS daje ogromne możliwości w dziedzinie badań podstawowych, służby zdrowia i tworzenia leków.
Słowa kluczowe
Białko, proteom, proteomika, łączniki, przeciwciała, biomarkery
