From Foundations of Phylodynamics to New Applications in Cell Biology

Información del proyecto

PhyCogy

Identificador del acuerdo de subvención: 101001077

DOI

10.3030/101001077

Fecha de la firma de la CE 20 Enero 2021

Fecha de inicio 1 Junio 2021

Fecha de finalización 31 Mayo 2026

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 1 999 540,00

Aportación de la UE

€ 1 999 540,00

Coordinado por

EIDGENOESSISCHE TECHNISCHE HOCHSCHULE ZUERICH
Switzerland

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Resultado final

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan

Data Management Plan DMP

Publicaciones

Peer reviewed articles (3)

TiDeTree: a Bayesian phylogenetic framework to estimate single-cell trees and population dynamic parameters from genetic lineage tracing data

Autores: Sophie Seidel; Tanja Stadler
Publicado en: Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, Edición 1986, 2022, ISSN 0962-8452
Editor: Royal Society of London
DOI: 10.1098/rspb.2022.1844

Robust Phylodynamic Analysis of Genetic Sequencing Data from Structured Populations

Autores: Jérémie Scire, Joëlle Barido-Sottani, Denise Kühnert, Timothy G. Vaughan, Tanja Stadler
Publicado en: Viruses, 2022, ISSN 1999-4915
Editor: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v14081648

HIV co-infection is associated with reduced Mycobacterium tuberculosis transmissibility in sub-Saharan Africa

Autores: Etthel M. Windels, Eddie M. Wampande, Moses L. Joloba, W. Henry Boom, Galo A. Goig, Helen Cox,Jerry Hella, Sonia Borrell, Sebastien Gagneux, Daniela Brites, Tanja Stadler
Publicado en: PLOS Pathogens, 2024, ISSN 1553-7374
Editor: PLOS
DOI: 10.1371/journal.ppat.1011675

Other (4)

Integrating Transmission Dynamics and Pathogen Evolution Through a Bayesian Approach

Autores: Ugne Stolz, Tana Stadler, Timothy G. Vaughan
Publicado en: bioRxiv, 2024
Editor: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.04.15.589468

The Fossilised Birth-Death Model is Identifiable

Autores: Kate Truman, Timothy G. Vaughan, Alex Gavryushkin, Alexandra Gavryushkina
Publicado en: bioRxiv, 2024
Editor: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.02.08.579547

Bayesian phylodynamics of early vertebrate development in BEAST 2

Autores: Antoine Zwaans, Sophie Seidel, Marc Manceau, Tanja Stadler
Publicado en: bioRxiv, 2024
Editor: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.07.04.601658

EpiFusion: Joint inference of the effective reproduction number by integrating phylodynamic and epidemiological modelling with particle filtering

Autores: Ciara Judge, Timothy G. Vaughan, Timothy Russel, Sam Abbott, Louis du Plessis, Tanja Stadler, Oliver Brady, Sarah Hill
Publicado en: bioRxiv, 2024
Editor: Cold Sprint Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2023.12.18.572106

Thesis and dissertations (1)

Phylogenetic Methods in Single-Cell Biology

Autores: Sophie Seidel
Publicado en: NO JOURNAL TITLE, 2024
Editor: ETH Zürich
DOI: 10.3929/ethz-b-000674908