From Foundations of Phylodynamics to New Applications in Cell Biology

Informazioni relative al progetto

PhyCogy

ID dell’accordo di sovvenzione: 101001077

DOI

10.3030/101001077

Data della firma CE 20 Gennaio 2021

Data di avvio 1 Giugno 2021

Data di completamento 31 Maggio 2026

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 1 999 540,00

Contributo UE

€ 1 999 540,00

Coordinato da

EIDGENOESSISCHE TECHNISCHE HOCHSCHULE ZUERICH
Switzerland

CORDIS fornisce collegamenti ai risultati finali pubblici e alle pubblicazioni dei progetti ORIZZONTE.

I link ai risultati e alle pubblicazioni dei progetti del 7° PQ, così come i link ad alcuni tipi di risultati specifici come dataset e software, sono recuperati dinamicamente da .OpenAIRE .

Risultati finali

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan

Data Management Plan DMP

Pubblicazioni

Thesis and dissertations (2)

Beyond the Binary: Generalised Trees for Phylodynamics

Autori: Stolz, Ugne; id_orcid0000-0001-8610-9397
Pubblicato in: Numero 3, 2024
Editore: ETH Zürich

Phylogenetic Methods in Single-Cell Biology

Autori: Sophie Seidel
Pubblicato in: NO JOURNAL TITLE, 2024
Editore: ETH Zürich
DOI: 10.3929/ethz-b-000674908

Peer reviewed articles (13)

TiDeTree: a Bayesian phylogenetic framework to estimate single-cell trees and population dynamic parameters from genetic lineage tracing data

Autori: Sophie Seidel; Tanja Stadler
Pubblicato in: Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, Numero 1986, 2022, ISSN 0962-8452
Editore: Royal Society of London
DOI: 10.1098/rspb.2022.1844

Robust Phylodynamic Analysis of Genetic Sequencing Data from Structured Populations

Autori: Jérémie Scire, Joëlle Barido-Sottani, Denise Kühnert, Timothy G. Vaughan, Tanja Stadler
Pubblicato in: Viruses, 2022, ISSN 1999-4915
Editore: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v14081648

EpiFusion: Joint inference of the effective reproduction number by integrating phylodynamic and epidemiological modelling with particle filtering

Autori: Ciara Judge, Timothy Vaughan, Timothy Russell, Sam Abbott, Louis du Plessis, Tanja Stadler, Oliver Brady, Sarah Hill
Pubblicato in: PLOS Computational Biology, Numero 20, 2024, Pagina/e e1012528, ISSN 1553-7358
Editore: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1012528

Bayesian Phylodynamic Inference of Multitype Population Trajectories Using Genomic Data

Autori: Timothy G Vaughan, Tanja Stadler
Pubblicato in: Molecular Biology and Evolution, Numero 42, 2025, ISSN 0737-4038
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msaf130

HIV co-infection is associated with reduced Mycobacterium tuberculosis transmissibility in sub-Saharan Africa

Autori: Etthel M. Windels, Eddie M. Wampande, Moses L. Joloba, W. Henry Boom, Galo A. Goig, Helen Cox,Jerry Hella, Sonia Borrell, Sebastien Gagneux, Daniela Brites, Tanja Stadler
Pubblicato in: PLOS Pathogens, 2024, ISSN 1553-7374
Editore: PLOS
DOI: 10.1371/journal.ppat.1011675

The lives of cells, recorded

Autori: Amjad Askary, Wei Chen, Junhong Choi, Lucia Y. Du, Michael B. Elowitz, James A. Gagnon, Alexander F. Schier, Sophie Seidel, Jay Shendure, Tanja Stadler, Martin Tran
Pubblicato in: Nature Reviews Genetics, Numero 26, 2025, Pagina/e 203-222, ISSN 1471-0056
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41576-024-00788-w

Strategies for resolving cellular phylogenies from sequential lineage tracing data

Autori: Nicola Mulberry, Tanja Stadler
Pubblicato in: Theoretical Population Biology, Numero 168, 2026, Pagina/e 32-43, ISSN 0040-5809
Editore: Academic Press
DOI: 10.1016/j.tpb.2026.01.001

The Fossilized Birth–Death Model Is Identifiable

Autori: Kate Truman, Timothy G Vaughan, Alex Gavryushkin, Alexandra “Sasha” Gavryushkina
Pubblicato in: Systematic Biology, Numero 74, 2025, Pagina/e 112-123, ISSN 1063-5157
Editore: Taylor & Francis
DOI: 10.1093/sysbio/syae058

Estimating epidemic dynamics with genomic and time series data

Autori: Alexander E. Zarebski, Antoine Zwaans, Bernardo Gutierrez, Louis du Plessis, Oliver G. Pybus
Pubblicato in: Journal of The Royal Society Interface, Numero 22, 2025, ISSN 1742-5662
Editore: The Royal Society
DOI: 10.1098/rsif.2024.0632

Estimating pathogen spread using structured coalescent and birth–death models: A quantitative comparison

Autori: Sophie Seidel, Tanja Stadler, Timothy G. Vaughan
Pubblicato in: Epidemics, Numero 49, 2025, Pagina/e 100795, ISSN 1755-4365
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.epidem.2024.100795

Onset of infectiousness explains differences in transmissibility across Mycobacterium tuberculosis lineages

Autori: Etthel M. Windels, Cecilia Valenzuela Agüí, Bouke C. de Jong, Conor J. Meehan, Chloé Loiseau, Galo A. Goig, Michaela Zwyer, Sonia Borrell, Daniela Brites, Sebastien Gagneux, Tanja Stadler
Pubblicato in: Epidemics, Numero 51, 2025, Pagina/e 100821, ISSN 1755-4365
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.epidem.2025.100821

A Bayesian phylodynamic inference framework for single-cell CRISPR/Cas9 lineage tracing barcode data with dependent target sites

Autori: A. Zwaans, S. Seidel, M. Manceau, T. Stadler
Pubblicato in: Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, Numero 380, 2025, ISSN 0962-8436
Editore: Royal Society of London
DOI: 10.1098/rstb.2023.0318

Phylodynamic estimation of the within-host evolutionary rate of extended-spectrum beta-lactamase-producing Enterobacterales

Autori: Etthel M. Windels, Lisandra Aguilar-Bultet, Isabelle Vock, Laura Maurer Pekerman, Sarah Tschudin-Sutter, Tanja Stadler
Pubblicato in: Microbial Genomics, Numero 11, 2025, ISSN 2057-5858
Editore: Microbiology Society
DOI: 10.1099/mgen.0.001499

Other (10)

Integrating Transmission Dynamics and Pathogen Evolution Through a Bayesian Approach

Autori: Ugne Stolz, Tana Stadler, Timothy G. Vaughan
Pubblicato in: bioRxiv, 2024
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.04.15.589468

The Fossilised Birth-Death Model is Identifiable

Autori: Kate Truman, Timothy G. Vaughan, Alex Gavryushkin, Alexandra Gavryushkina
Pubblicato in: bioRxiv, 2024
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.02.08.579547

Single-cell phylodynamics reveal rapid late-stage colorectal cancer expansions

Autori: Joao M Alves, Kylie Chen, Sonia Prado-López, Nuria Estévez-Gómez, Pilar Alvariño, Juana Alonso, Monica Valecha, Laura Tomás, Antoine Zwaans, Ugnė Stolz, Tanja Stadler, Debora Chantada, José Manuel Cameselle-Teijeiro, Alexei Drummond, David Posada
Pubblicato in: biorxiv, 2026
Editore: openRxiv
DOI: 10.1101/2025.11.25.690378

Assessing the inference of single-cell phylogenies and population dynamics from genetic lineage tracing data

Autori: Julia Pilarski, Tanja Stadler, Sophie Seidel
Pubblicato in: bioRxiv, 2026
Editore: openRxiv
DOI: 10.1101/2025.01.08.631854

Bayesian phylodynamics of early vertebrate development in BEAST 2

Autori: Antoine Zwaans, Sophie Seidel, Marc Manceau, Tanja Stadler
Pubblicato in: bioRxiv, 2024
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.07.04.601658

Sciphy: A Bayesian phylogenetic framework using sequential genetic lineage tracing data

Autori: Sophie Seidel, Antoine Zwaans, Samuel Regalado, Junhong Choi, Jay Shendure, Tanja Stadler
Pubblicato in: bioRxiv, 2026
Editore: openRxiv
DOI: 10.1101/2024.10.01.615771

Strategies for resolving cellular phylogenies from sequential lineage tracing data

Autori: Nicola Mulberry, Tanja Stadler
Pubblicato in: bioRxiv, 2026
Editore: openRxiv
DOI: 10.1101/2025.01.14.632902

Bayesian phylodynamics for developmental biology: incorporating age-dependence

Autori: Nicola Mulberry, Julia Pilarski, Jana Dinger, Tanja Stadler
Pubblicato in: bioRxiv, 2026
Editore: openRxiv
DOI: 10.1101/2025.08.28.672870

Enhancing Evolutionary Timelines: The Impact of Stratigraphic Range Information on Phylogenetic Inference

Autori: Ugnė Stolz, Alexandra Gavryushkina, Timothy G. Vaughan, Tanja Stadler, Bethany J. Allen
Pubblicato in: bioRxiv, 2026
Editore: openRxiv
DOI: 10.1101/2025.04.17.649084

EpiFusion: Joint inference of the effective reproduction number by integrating phylodynamic and epidemiological modelling with particle filtering

Autori: Ciara Judge, Timothy G. Vaughan, Timothy Russel, Sam Abbott, Louis du Plessis, Tanja Stadler, Oliver Brady, Sarah Hill
Pubblicato in: bioRxiv, 2024
Editore: Cold Sprint Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2023.12.18.572106

Non-peer reviewed articles (1)

"""A mathematical theory of evolution"": phylogenetic models dating back 100 years"

Autori: Noah A. Rosenberg, Tanja Stadler, Mike Steel
Pubblicato in: Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, Numero 380, 2025, ISSN 0962-8436
Editore: Royal Society of London
DOI: 10.1098/rstb.2023.0297