From Foundations of Phylodynamics to New Applications in Cell Biology

Informations projet

PhyCogy

N° de convention de subvention: 101001077

DOI

10.3030/101001077

Date de signature de la CE 20 Janvier 2021

Date de début 1 Juin 2021

Date de fin 31 Mai 2026

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 999 540,00

Contribution de l’UE

€ 1 999 540,00

Coordonné par

EIDGENOESSISCHE TECHNISCHE HOCHSCHULE ZUERICH
Switzerland

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Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Livrables

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan

Data Management Plan DMP

Publications

Thesis and dissertations (2)

Beyond the Binary: Generalised Trees for Phylodynamics

Auteurs: Stolz, Ugne; id_orcid0000-0001-8610-9397
Publié dans: Numéro 3, 2024
Éditeur: ETH Zürich

Phylogenetic Methods in Single-Cell Biology

Auteurs: Sophie Seidel
Publié dans: NO JOURNAL TITLE, 2024
Éditeur: ETH Zürich
DOI: 10.3929/ethz-b-000674908

Peer reviewed articles (13)

TiDeTree: a Bayesian phylogenetic framework to estimate single-cell trees and population dynamic parameters from genetic lineage tracing data

Auteurs: Sophie Seidel; Tanja Stadler
Publié dans: Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, Numéro 1986, 2022, ISSN 0962-8452
Éditeur: Royal Society of London
DOI: 10.1098/rspb.2022.1844

Robust Phylodynamic Analysis of Genetic Sequencing Data from Structured Populations

Auteurs: Jérémie Scire, Joëlle Barido-Sottani, Denise Kühnert, Timothy G. Vaughan, Tanja Stadler
Publié dans: Viruses, 2022, ISSN 1999-4915
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v14081648

EpiFusion: Joint inference of the effective reproduction number by integrating phylodynamic and epidemiological modelling with particle filtering

Auteurs: Ciara Judge, Timothy Vaughan, Timothy Russell, Sam Abbott, Louis du Plessis, Tanja Stadler, Oliver Brady, Sarah Hill
Publié dans: PLOS Computational Biology, Numéro 20, 2024, Page(s) e1012528, ISSN 1553-7358
Éditeur: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1012528

Bayesian Phylodynamic Inference of Multitype Population Trajectories Using Genomic Data

Auteurs: Timothy G Vaughan, Tanja Stadler
Publié dans: Molecular Biology and Evolution, Numéro 42, 2025, ISSN 0737-4038
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msaf130

HIV co-infection is associated with reduced Mycobacterium tuberculosis transmissibility in sub-Saharan Africa

Auteurs: Etthel M. Windels, Eddie M. Wampande, Moses L. Joloba, W. Henry Boom, Galo A. Goig, Helen Cox,Jerry Hella, Sonia Borrell, Sebastien Gagneux, Daniela Brites, Tanja Stadler
Publié dans: PLOS Pathogens, 2024, ISSN 1553-7374
Éditeur: PLOS
DOI: 10.1371/journal.ppat.1011675

The lives of cells, recorded

Auteurs: Amjad Askary, Wei Chen, Junhong Choi, Lucia Y. Du, Michael B. Elowitz, James A. Gagnon, Alexander F. Schier, Sophie Seidel, Jay Shendure, Tanja Stadler, Martin Tran
Publié dans: Nature Reviews Genetics, Numéro 26, 2025, Page(s) 203-222, ISSN 1471-0056
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41576-024-00788-w

Strategies for resolving cellular phylogenies from sequential lineage tracing data

Auteurs: Nicola Mulberry, Tanja Stadler
Publié dans: Theoretical Population Biology, Numéro 168, 2026, Page(s) 32-43, ISSN 0040-5809
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.tpb.2026.01.001

The Fossilized Birth–Death Model Is Identifiable

Auteurs: Kate Truman, Timothy G Vaughan, Alex Gavryushkin, Alexandra “Sasha” Gavryushkina
Publié dans: Systematic Biology, Numéro 74, 2025, Page(s) 112-123, ISSN 1063-5157
Éditeur: Taylor & Francis
DOI: 10.1093/sysbio/syae058

Estimating epidemic dynamics with genomic and time series data

Auteurs: Alexander E. Zarebski, Antoine Zwaans, Bernardo Gutierrez, Louis du Plessis, Oliver G. Pybus
Publié dans: Journal of The Royal Society Interface, Numéro 22, 2025, ISSN 1742-5662
Éditeur: The Royal Society
DOI: 10.1098/rsif.2024.0632

Estimating pathogen spread using structured coalescent and birth–death models: A quantitative comparison

Auteurs: Sophie Seidel, Tanja Stadler, Timothy G. Vaughan
Publié dans: Epidemics, Numéro 49, 2025, Page(s) 100795, ISSN 1755-4365
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.epidem.2024.100795

Onset of infectiousness explains differences in transmissibility across Mycobacterium tuberculosis lineages

Auteurs: Etthel M. Windels, Cecilia Valenzuela Agüí, Bouke C. de Jong, Conor J. Meehan, Chloé Loiseau, Galo A. Goig, Michaela Zwyer, Sonia Borrell, Daniela Brites, Sebastien Gagneux, Tanja Stadler
Publié dans: Epidemics, Numéro 51, 2025, Page(s) 100821, ISSN 1755-4365
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.epidem.2025.100821

A Bayesian phylodynamic inference framework for single-cell CRISPR/Cas9 lineage tracing barcode data with dependent target sites

Auteurs: A. Zwaans, S. Seidel, M. Manceau, T. Stadler
Publié dans: Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, Numéro 380, 2025, ISSN 0962-8436
Éditeur: Royal Society of London
DOI: 10.1098/rstb.2023.0318

Phylodynamic estimation of the within-host evolutionary rate of extended-spectrum beta-lactamase-producing Enterobacterales

Auteurs: Etthel M. Windels, Lisandra Aguilar-Bultet, Isabelle Vock, Laura Maurer Pekerman, Sarah Tschudin-Sutter, Tanja Stadler
Publié dans: Microbial Genomics, Numéro 11, 2025, ISSN 2057-5858
Éditeur: Microbiology Society
DOI: 10.1099/mgen.0.001499

Other (9)

Integrating Transmission Dynamics and Pathogen Evolution Through a Bayesian Approach

Auteurs: Ugne Stolz, Tana Stadler, Timothy G. Vaughan
Publié dans: bioRxiv, 2024
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.04.15.589468

The Fossilised Birth-Death Model is Identifiable

Auteurs: Kate Truman, Timothy G. Vaughan, Alex Gavryushkin, Alexandra Gavryushkina
Publié dans: bioRxiv, 2024
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.02.08.579547

Single-cell phylodynamics reveal rapid late-stage colorectal cancer expansions

Auteurs: Joao M Alves, Kylie Chen, Sonia Prado-López, Nuria Estévez-Gómez, Pilar Alvariño, Juana Alonso, Monica Valecha, Laura Tomás, Antoine Zwaans, Ugnė Stolz, Tanja Stadler, Debora Chantada, José Manuel Cameselle-Teijeiro, Alexei Drummond, David Posada
Publié dans: biorxiv, 2026
Éditeur: openRxiv
DOI: 10.1101/2025.11.25.690378

Assessing the inference of single-cell phylogenies and population dynamics from genetic lineage tracing data

Auteurs: Julia Pilarski, Tanja Stadler, Sophie Seidel
Publié dans: bioRxiv, 2026
Éditeur: openRxiv
DOI: 10.1101/2025.01.08.631854

Bayesian phylodynamics of early vertebrate development in BEAST 2

Auteurs: Antoine Zwaans, Sophie Seidel, Marc Manceau, Tanja Stadler
Publié dans: bioRxiv, 2024
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.07.04.601658

Strategies for resolving cellular phylogenies from sequential lineage tracing data

Auteurs: Nicola Mulberry, Tanja Stadler
Publié dans: bioRxiv, 2026
Éditeur: openRxiv
DOI: 10.1101/2025.01.14.632902

Bayesian phylodynamics for developmental biology: incorporating age-dependence

Auteurs: Nicola Mulberry, Julia Pilarski, Jana Dinger, Tanja Stadler
Publié dans: bioRxiv, 2026
Éditeur: openRxiv
DOI: 10.1101/2025.08.28.672870

Enhancing Evolutionary Timelines: The Impact of Stratigraphic Range Information on Phylogenetic Inference

Auteurs: Ugnė Stolz, Alexandra Gavryushkina, Timothy G. Vaughan, Tanja Stadler, Bethany J. Allen
Publié dans: bioRxiv, 2026
Éditeur: openRxiv
DOI: 10.1101/2025.04.17.649084

EpiFusion: Joint inference of the effective reproduction number by integrating phylodynamic and epidemiological modelling with particle filtering

Auteurs: Ciara Judge, Timothy G. Vaughan, Timothy Russel, Sam Abbott, Louis du Plessis, Tanja Stadler, Oliver Brady, Sarah Hill
Publié dans: bioRxiv, 2024
Éditeur: Cold Sprint Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2023.12.18.572106

Non-peer reviewed articles (1)

"""A mathematical theory of evolution"": phylogenetic models dating back 100 years"

Auteurs: Noah A. Rosenberg, Tanja Stadler, Mike Steel
Publié dans: Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, Numéro 380, 2025, ISSN 0962-8436
Éditeur: Royal Society of London
DOI: 10.1098/rstb.2023.0297