Protein Structure, Molecular Mechanisms and Human Genetic Disease: Beyond the Loss-of-function Paradigm

Información del proyecto

PROT-STRUCT-DISEASE

Identificador del acuerdo de subvención: 101001169

DOI

10.3030/101001169

Fecha de la firma de la CE 20 Enero 2021

Fecha de inicio 1 Junio 2021

Fecha de finalización 31 Mayo 2026

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 2 000 000,00

Aportación de la UE

€ 2 000 000,00

Coordinado por

THE UNIVERSITY OF EDINBURGH
United Kingdom

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Resultado final

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan

Publicaciones

Peer reviewed articles (15)

ALDH1A3-acetaldehyde metabolism potentiates transcriptional heterogeneity in melanoma

Autores: Yuting Lu, Jana Travnickova, Mihaly Badonyi, Florian Rambow, Andrea Coates, Zaid Khan, Jair Marques, Laura C. Murphy, Pablo Garcia-Martinez, Richard Marais, Pakavarin Louphrasitthiphol, Alex H.Y. Chan, Christopher J. Schofield, Alex von Kriegsheim, Joseph A. Marsh, Valeria Pavet, Owen J. Sansom, Robert S. Illingworth, E. Elizabeth Patton
Publicado en: Cell Reports, Edición 43, 2024, Página(s) 114406, ISSN 2211-1247
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2024.114406

Structural insight into the function of human peptidyl arginine deiminase 6

Autores: Jack P.C. Williams, Stephane Mouilleron, Rolando Hernandez Trapero, M. Teresa Bertran, Joseph A. Marsh, Louise J. Walport
Publicado en: Computational and Structural Biotechnology Journal, Edición 23, 2024, Página(s) 3258-3269, ISSN 2001-0370
Editor: Elsevier
DOI: 10.1016/j.csbj.2024.08.019

Proteome-scale prediction of molecular mechanisms underlying dominant genetic diseases

Autores: Mihaly Badonyi, Joseph A. Marsh
Publicado en: PLOS ONE, Edición 19, 2024, Página(s) e0307312, ISSN 1932-6203
Editor: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0307312

Loss-of-function, gain-of-function and dominant-negative mutations have profoundly different effects on protein structure

Autores: Lukas Gerasimavicius, Benjamin J Livesey, Joseph A Marsh
Publicado en: Nature Communications, 2022, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-31686-6

<i>CDK4</i>loss-of-function mutations cause microcephaly and short stature

Autores: Aitana Verdu Schlie, Andrea Leitch, Maria Izabel Arismendi, Colin Stok, Andrea Castro Leal, David A. Parry, Antonio Marcondes Lerario, Margaret E. Harley, Bruna Lucheze, Paula L. Carroll, Kamila I. Musialik, Julia M.T. Auer, Carol-Anne Martin, Lukas Gerasimavicius, Alan J. Quigley, Joya Emilie de Menezes Correia-Deur, Joseph A. Marsh, Martin A.M. Reijns, Anne K. Lampe, Andrew P. Jackson, Alexander
Publicado en: Genes &amp; Development, Edición 39, 2025, Página(s) 634-651, ISSN 0890-9369
Editor: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gad.352311.124

Deep mutational scanning quantifies DNA binding and predicts clinical outcomes of PAX6 variants

Autores: Alexander F McDonnell, Marcin Plech, Benjamin J Livesey, Lukas Gerasimavicius, Liusaidh J Owen, Hildegard Nikki Hall, David R FitzPatrick, Joseph A Marsh, Grzegorz Kudla
Publicado en: Molecular Systems Biology, 2023, ISSN 1744-4292
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2023.07.25.550478

acmgscaler: An R package and Colab for standardised gene-level variant effect score calibration within the ACMG/AMP framework

Autores: Mihaly Badonyi, Joseph A Marsh
Publicado en: Bioinformatics, 2026, ISSN 1367-4811
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1101/2025.05.16.654507

Buffering of genetic dominance by allele-specific protein complex assembly

Autores: Mihaly Badonyi, Joseph A Marsh
Publicado en: Science Advances, Edición 9, 2023, Página(s) eadf9845, ISSN 2375-2548
Editor: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/sciadv.adf9845

Correspondence between functional scores from deep mutational scans and predicted effects on protein stability

Autores: Lukas Gerasimavicius, Benjamin J. Livesey, Joseph A. Marsh
Publicado en: Protein Science, Edición 32, 2023, Página(s) e4688, ISSN 1469-896X
Editor: Wiley
DOI: 10.1002/pro.4688

Variant scoring tools for deep mutational scanning

Autores: Hasan Çubuk, Xinyi Jin, Belinda Phipson, Joseph A Marsh, Alan F Rubin
Publicado en: Molecular Systems Biology, Edición 21, 2025, Página(s) 1293-1305, ISSN 1744-4292
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s44320-025-00137-x

Prevalence of loss-of-function, gain-of-function and dominant-negative mechanisms across genetic disease phenotypes

Autores: Mihaly Badonyi, Joseph A. Marsh
Publicado en: Nature Communications, Edición 16, 2025, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-025-63234-3

Guidelines for releasing a variant effect predictor

Autores: Benjamin J. Livesey, Mihaly Badonyi, Mafalda Dias, Jonathan Frazer, Sushant Kumar, Kresten Lindorff-Larsen, David M. McCandlish, Rose Orenbuch, Courtney A. Shearer, Lara Muffley, Julia Foreman, Andrew M. Glazer, Ben Lehner, Debora S. Marks, Frederick P. Roth, Alan F. Rubin, Lea M. Starita, Joseph A. Marsh
Publicado en: Genome Biology, Edición 26, 2025, ISSN 1474-760X
Editor: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1186/s13059-025-03572-z

Protein structural context of cancer mutations reveals molecular mechanisms and candidate driver genes

Autores: Diego Chillón-Pino, Mihaly Badonyi, Colin A. Semple, Joseph A. Marsh
Publicado en: Cell Reports, Edición 43, 2025, Página(s) 114905, ISSN 2211-1247
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2024.114905

Gain-of-function human <i>UNC93B1</i> variants cause systemic lupus erythematosus and chilblain lupus

Autores: Clémence David, Carlos A. Arango-Franco, Mihaly Badonyi, Julien Fouchet, Gillian I. Rice, Blaise Didry-Barca, Lucie Maisonneuve, Luis Seabra, Robin Kechiche, Cécile Masson, Aurélie Cobat, Laurent Abel, Estelle Talouarn, Vivien Béziat, Caroline Deswarte, Katie Livingstone, Carle Paul, Gulshan Malik, Alison Ross, Jane Adam, Jo Walsh, Sathish Kumar, Damien Bonnet, Christine Bodemer, Brigitte Bade
Publicado en: Journal of Experimental Medicine, Edición 221, 2024, ISSN 0022-1007
Editor: Rockefeller University Press
DOI: 10.1084/jem.20232066

Updated benchmarking of variant effect predictors using deep mutational scanning

Autores: Benjamin J Livesey, Joseph A Marsh
Publicado en: Molecular Systems Biology, Edición 19, 2023, Página(s) e11474, ISSN 1744-4292
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202211474