Protein Structure, Molecular Mechanisms and Human Genetic Disease: Beyond the Loss-of-function Paradigm

Informacje na temat projektu

PROT-STRUCT-DISEASE

Identyfikator umowy o grant: 101001169

DOI

10.3030/101001169

Projekt został zamknięty

Data podpisania przez KE 20 Stycznia 2021

Data rozpoczęcia 1 Czerwca 2021

Data zakończenia 31 Maja 2026

Finansowanie w ramach

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Koszt całkowity

€ 2 000 000,00

Wkład UE

€ 2 000 000,00

Koordynowany przez

THE UNIVERSITY OF EDINBURGH
United Kingdom

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Rezultaty

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan

Publikacje

Peer reviewed articles (22)

ALDH1A3-acetaldehyde metabolism potentiates transcriptional heterogeneity in melanoma

Autorzy: Yuting Lu, Jana Travnickova, Mihaly Badonyi, Florian Rambow, Andrea Coates, Zaid Khan, Jair Marques, Laura C. Murphy, Pablo Garcia-Martinez, Richard Marais, Pakavarin Louphrasitthiphol, Alex H.Y. Chan, Christopher J. Schofield, Alex von Kriegsheim, Joseph A. Marsh, Valeria Pavet, Owen J. Sansom, Robert S. Illingworth, E. Elizabeth Patton
Opublikowane w: Cell Reports, Numer 43, 2024, Strona(/y) 114406, ISSN 2211-1247
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2024.114406

Structural extension of the human exocyst is enabled by a minimal interface

Autorzy: Haonan D. Xu, Mihaly Badonyi, Marilyn Paul, Watanyoo Sopipong, Stuart A. MacGowan, Joseph A. Marsh, David H. Murray
Opublikowane w: Structure, Numer 34, 2026, Strona(/y) 870-879.e5, ISSN 0969-2126
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.str.2026.02.004

Assessing variant effect predictors and disease mechanisms in intrinsically disordered proteins

Autorzy: Mohamed Fawzy, Joseph A. Marsh
Opublikowane w: PLOS Computational Biology, Numer 21, 2025, Strona(/y) e1013400, ISSN 1553-7358
Wydawca: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1013400

Structural insight into the function of human peptidyl arginine deiminase 6

Autorzy: Jack P.C. Williams, Stephane Mouilleron, Rolando Hernandez Trapero, M. Teresa Bertran, Joseph A. Marsh, Louise J. Walport
Opublikowane w: Computational and Structural Biotechnology Journal, Numer 23, 2024, Strona(/y) 3258-3269, ISSN 2001-0370
Wydawca: Elsevier
DOI: 10.1016/j.csbj.2024.08.019

Proteome-scale prediction of molecular mechanisms underlying dominant genetic diseases

Autorzy: Mihaly Badonyi, Joseph A. Marsh
Opublikowane w: PLOS ONE, Numer 19, 2024, Strona(/y) e0307312, ISSN 1932-6203
Wydawca: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0307312

Mechanistic modeling of recessive disease through allelic integration of variant effects

Autorzy: Hasan Çubuk, Marcin Plech, Vahid Aslanzadeh, Marie Zikanova, Vaclava Skopova, Stanislav Kmoch, Yuxin Shen, Joseph A. Marsh, Grzegorz Kudla
Opublikowane w: Cell Systems, Numer 17, 2026, Strona(/y) 101595, ISSN 2405-4712
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.cels.2026.101595

Loss-of-function, gain-of-function and dominant-negative mutations have profoundly different effects on protein structure

Autorzy: Lukas Gerasimavicius, Benjamin J Livesey, Joseph A Marsh
Opublikowane w: Nature Communications, 2022, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-31686-6

<i>CDK4</i>loss-of-function mutations cause microcephaly and short stature

Autorzy: Aitana Verdu Schlie, Andrea Leitch, Maria Izabel Arismendi, Colin Stok, Andrea Castro Leal, David A. Parry, Antonio Marcondes Lerario, Margaret E. Harley, Bruna Lucheze, Paula L. Carroll, Kamila I. Musialik, Julia M.T. Auer, Carol-Anne Martin, Lukas Gerasimavicius, Alan J. Quigley, Joya Emilie de Menezes Correia-Deur, Joseph A. Marsh, Martin A.M. Reijns, Anne K. Lampe, Andrew P. Jackson, Alexander
Opublikowane w: Genes &amp; Development, Numer 39, 2025, Strona(/y) 634-651, ISSN 0890-9369
Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gad.352311.124

Deep mutational scanning quantifies DNA binding and predicts clinical outcomes of PAX6 variants

Autorzy: Alexander F McDonnell, Marcin Plech, Benjamin J Livesey, Lukas Gerasimavicius, Liusaidh J Owen, Hildegard Nikki Hall, David R FitzPatrick, Joseph A Marsh, Grzegorz Kudla
Opublikowane w: Molecular Systems Biology, 2023, ISSN 1744-4292
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2023.07.25.550478

acmgscaler: An R package and Colab for standardised gene-level variant effect score calibration within the ACMG/AMP framework

Autorzy: Mihaly Badonyi, Joseph A Marsh
Opublikowane w: Bioinformatics, 2026, ISSN 1367-4811
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1101/2025.05.16.654507

A structure-guided approach to noncoding variant evaluation for transcription factor binding using AlphaFold 3

Autorzy: Lukas Gerasimavicius, Simon C Biddie, Joseph A Marsh
Opublikowane w: Nucleic Acids Research, Numer 54, 2026, ISSN 0305-1048
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaf1417

Complementary Roles of Structure and Variant Effect Predictors in RyR1 Clinical Interpretation

Autorzy: Rolando Hernández Trapero, Mihaly Badonyi, Lukas Gerasimavicius, Joseph A. Marsh
Opublikowane w: Human Mutation, Numer 2025, 2025, ISSN 1059-7794
Wydawca: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1155/humu/1834898

Buffering of genetic dominance by allele-specific protein complex assembly

Autorzy: Mihaly Badonyi, Joseph A Marsh
Opublikowane w: Science Advances, Numer 9, 2023, Strona(/y) eadf9845, ISSN 2375-2548
Wydawca: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/sciadv.adf9845

Correspondence between functional scores from deep mutational scans and predicted effects on protein stability

Autorzy: Lukas Gerasimavicius, Benjamin J. Livesey, Joseph A. Marsh
Opublikowane w: Protein Science, Numer 32, 2023, Strona(/y) e4688, ISSN 1469-896X
Wydawca: Wiley
DOI: 10.1002/pro.4688

Variant scoring tools for deep mutational scanning

Autorzy: Hasan Çubuk, Xinyi Jin, Belinda Phipson, Joseph A Marsh, Alan F Rubin
Opublikowane w: Molecular Systems Biology, Numer 21, 2025, Strona(/y) 1293-1305, ISSN 1744-4292
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s44320-025-00137-x

Prevalence of loss-of-function, gain-of-function and dominant-negative mechanisms across genetic disease phenotypes

Autorzy: Mihaly Badonyi, Joseph A. Marsh
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 16, 2025, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-025-63234-3

Guidelines for releasing a variant effect predictor

Autorzy: Benjamin J. Livesey, Mihaly Badonyi, Mafalda Dias, Jonathan Frazer, Sushant Kumar, Kresten Lindorff-Larsen, David M. McCandlish, Rose Orenbuch, Courtney A. Shearer, Lara Muffley, Julia Foreman, Andrew M. Glazer, Ben Lehner, Debora S. Marks, Frederick P. Roth, Alan F. Rubin, Lea M. Starita, Joseph A. Marsh
Opublikowane w: Genome Biology, Numer 26, 2025, ISSN 1474-760X
Wydawca: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1186/s13059-025-03572-z

Dominant-negative effects of Weaver syndrome-associated EZH2 variants

Autorzy: Orla Deevy, Jingjing Li, Craig Monger, Francesca Matrà, Ellen Tuck, Molly Davies, Mihaly Badonyi, Maeve Boyce, Emma J. Doyle, Karsten Hokamp, Darragh Nimmo, Simona Rodighiero, Qi Zhang, Chen Davidovich, Joseph A. Marsh, Diego Pasini, Eric Conway, Adrian P. Bracken
Opublikowane w: Genes &amp; Development, Numer 39, 2025, Strona(/y) 1355-1376, ISSN 0890-9369
Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gad.351884.124

Disease-associated genetic variants can cause missense effects in tissue-specific protein isoforms

Autorzy: Giovanna Weykopf, Mihaly Badonyi, Elias T. Friman, Jasmine Minh Hang Nguyen, Alexis Ioannou, Benjamin J. Livesey, Audrey Coutts, Elizabeth F. Hird, Murray Wham, Chloe M. Stanton, Veronique Vitart, Jing Su, Lee Murphy, J. Kenneth Baillie, Mark D. Gorrell, Joseph A. Marsh, Wendy A. Bickmore, Simon C. Biddie
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 17, 2026, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-026-74280-w

Protein structural context of cancer mutations reveals molecular mechanisms and candidate driver genes

Autorzy: Diego Chillón-Pino, Mihaly Badonyi, Colin A. Semple, Joseph A. Marsh
Opublikowane w: Cell Reports, Numer 43, 2025, Strona(/y) 114905, ISSN 2211-1247
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2024.114905

Gain-of-function human <i>UNC93B1</i> variants cause systemic lupus erythematosus and chilblain lupus

Autorzy: Clémence David, Carlos A. Arango-Franco, Mihaly Badonyi, Julien Fouchet, Gillian I. Rice, Blaise Didry-Barca, Lucie Maisonneuve, Luis Seabra, Robin Kechiche, Cécile Masson, Aurélie Cobat, Laurent Abel, Estelle Talouarn, Vivien Béziat, Caroline Deswarte, Katie Livingstone, Carle Paul, Gulshan Malik, Alison Ross, Jane Adam, Jo Walsh, Sathish Kumar, Damien Bonnet, Christine Bodemer, Brigitte Bade
Opublikowane w: Journal of Experimental Medicine, Numer 221, 2024, ISSN 0022-1007
Wydawca: Rockefeller University Press
DOI: 10.1084/jem.20232066

Updated benchmarking of variant effect predictors using deep mutational scanning

Autorzy: Benjamin J Livesey, Joseph A Marsh
Opublikowane w: Molecular Systems Biology, Numer 19, 2023, Strona(/y) e11474, ISSN 1744-4292
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202211474