Protein Structure, Molecular Mechanisms and Human Genetic Disease: Beyond the Loss-of-function Paradigm

Informazioni relative al progetto

PROT-STRUCT-DISEASE

ID dell’accordo di sovvenzione: 101001169

DOI

10.3030/101001169

Data della firma CE 20 Gennaio 2021

Data di avvio 1 Giugno 2021

Data di completamento 31 Maggio 2026

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 2 000 000,00

Contributo UE

€ 2 000 000,00

Coordinato da

THE UNIVERSITY OF EDINBURGH
United Kingdom

CORDIS fornisce collegamenti ai risultati finali pubblici e alle pubblicazioni dei progetti ORIZZONTE.

I link ai risultati e alle pubblicazioni dei progetti del 7° PQ, così come i link ad alcuni tipi di risultati specifici come dataset e software, sono recuperati dinamicamente da .OpenAIRE .

Risultati finali

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan

Pubblicazioni

Peer reviewed articles (15)

ALDH1A3-acetaldehyde metabolism potentiates transcriptional heterogeneity in melanoma

Autori: Yuting Lu, Jana Travnickova, Mihaly Badonyi, Florian Rambow, Andrea Coates, Zaid Khan, Jair Marques, Laura C. Murphy, Pablo Garcia-Martinez, Richard Marais, Pakavarin Louphrasitthiphol, Alex H.Y. Chan, Christopher J. Schofield, Alex von Kriegsheim, Joseph A. Marsh, Valeria Pavet, Owen J. Sansom, Robert S. Illingworth, E. Elizabeth Patton
Pubblicato in: Cell Reports, Numero 43, 2024, Pagina/e 114406, ISSN 2211-1247
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2024.114406

Structural insight into the function of human peptidyl arginine deiminase 6

Autori: Jack P.C. Williams, Stephane Mouilleron, Rolando Hernandez Trapero, M. Teresa Bertran, Joseph A. Marsh, Louise J. Walport
Pubblicato in: Computational and Structural Biotechnology Journal, Numero 23, 2024, Pagina/e 3258-3269, ISSN 2001-0370
Editore: Elsevier
DOI: 10.1016/j.csbj.2024.08.019

Proteome-scale prediction of molecular mechanisms underlying dominant genetic diseases

Autori: Mihaly Badonyi, Joseph A. Marsh
Pubblicato in: PLOS ONE, Numero 19, 2024, Pagina/e e0307312, ISSN 1932-6203
Editore: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0307312

Loss-of-function, gain-of-function and dominant-negative mutations have profoundly different effects on protein structure

Autori: Lukas Gerasimavicius, Benjamin J Livesey, Joseph A Marsh
Pubblicato in: Nature Communications, 2022, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-31686-6

<i>CDK4</i>loss-of-function mutations cause microcephaly and short stature

Autori: Aitana Verdu Schlie, Andrea Leitch, Maria Izabel Arismendi, Colin Stok, Andrea Castro Leal, David A. Parry, Antonio Marcondes Lerario, Margaret E. Harley, Bruna Lucheze, Paula L. Carroll, Kamila I. Musialik, Julia M.T. Auer, Carol-Anne Martin, Lukas Gerasimavicius, Alan J. Quigley, Joya Emilie de Menezes Correia-Deur, Joseph A. Marsh, Martin A.M. Reijns, Anne K. Lampe, Andrew P. Jackson, Alexander
Pubblicato in: Genes &amp; Development, Numero 39, 2025, Pagina/e 634-651, ISSN 0890-9369
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gad.352311.124

Deep mutational scanning quantifies DNA binding and predicts clinical outcomes of PAX6 variants

Autori: Alexander F McDonnell, Marcin Plech, Benjamin J Livesey, Lukas Gerasimavicius, Liusaidh J Owen, Hildegard Nikki Hall, David R FitzPatrick, Joseph A Marsh, Grzegorz Kudla
Pubblicato in: Molecular Systems Biology, 2023, ISSN 1744-4292
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2023.07.25.550478

acmgscaler: An R package and Colab for standardised gene-level variant effect score calibration within the ACMG/AMP framework

Autori: Mihaly Badonyi, Joseph A Marsh
Pubblicato in: Bioinformatics, 2026, ISSN 1367-4811
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1101/2025.05.16.654507

Buffering of genetic dominance by allele-specific protein complex assembly

Autori: Mihaly Badonyi, Joseph A Marsh
Pubblicato in: Science Advances, Numero 9, 2023, Pagina/e eadf9845, ISSN 2375-2548
Editore: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/sciadv.adf9845

Correspondence between functional scores from deep mutational scans and predicted effects on protein stability

Autori: Lukas Gerasimavicius, Benjamin J. Livesey, Joseph A. Marsh
Pubblicato in: Protein Science, Numero 32, 2023, Pagina/e e4688, ISSN 1469-896X
Editore: Wiley
DOI: 10.1002/pro.4688

Variant scoring tools for deep mutational scanning

Autori: Hasan Çubuk, Xinyi Jin, Belinda Phipson, Joseph A Marsh, Alan F Rubin
Pubblicato in: Molecular Systems Biology, Numero 21, 2025, Pagina/e 1293-1305, ISSN 1744-4292
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s44320-025-00137-x

Prevalence of loss-of-function, gain-of-function and dominant-negative mechanisms across genetic disease phenotypes

Autori: Mihaly Badonyi, Joseph A. Marsh
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 16, 2025, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-025-63234-3

Guidelines for releasing a variant effect predictor

Autori: Benjamin J. Livesey, Mihaly Badonyi, Mafalda Dias, Jonathan Frazer, Sushant Kumar, Kresten Lindorff-Larsen, David M. McCandlish, Rose Orenbuch, Courtney A. Shearer, Lara Muffley, Julia Foreman, Andrew M. Glazer, Ben Lehner, Debora S. Marks, Frederick P. Roth, Alan F. Rubin, Lea M. Starita, Joseph A. Marsh
Pubblicato in: Genome Biology, Numero 26, 2025, ISSN 1474-760X
Editore: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1186/s13059-025-03572-z

Protein structural context of cancer mutations reveals molecular mechanisms and candidate driver genes

Autori: Diego Chillón-Pino, Mihaly Badonyi, Colin A. Semple, Joseph A. Marsh
Pubblicato in: Cell Reports, Numero 43, 2025, Pagina/e 114905, ISSN 2211-1247
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2024.114905

Gain-of-function human <i>UNC93B1</i> variants cause systemic lupus erythematosus and chilblain lupus

Autori: Clémence David, Carlos A. Arango-Franco, Mihaly Badonyi, Julien Fouchet, Gillian I. Rice, Blaise Didry-Barca, Lucie Maisonneuve, Luis Seabra, Robin Kechiche, Cécile Masson, Aurélie Cobat, Laurent Abel, Estelle Talouarn, Vivien Béziat, Caroline Deswarte, Katie Livingstone, Carle Paul, Gulshan Malik, Alison Ross, Jane Adam, Jo Walsh, Sathish Kumar, Damien Bonnet, Christine Bodemer, Brigitte Bade
Pubblicato in: Journal of Experimental Medicine, Numero 221, 2024, ISSN 0022-1007
Editore: Rockefeller University Press
DOI: 10.1084/jem.20232066

Updated benchmarking of variant effect predictors using deep mutational scanning

Autori: Benjamin J Livesey, Joseph A Marsh
Pubblicato in: Molecular Systems Biology, Numero 19, 2023, Pagina/e e11474, ISSN 1744-4292
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202211474