Protein Structure, Molecular Mechanisms and Human Genetic Disease: Beyond the Loss-of-function Paradigm

Projektinformationen

PROT-STRUCT-DISEASE

ID Finanzhilfevereinbarung: 101001169

DOI

10.3030/101001169

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 20 Januar 2021

Startdatum 1 Juni 2021

Enddatum 31 Mai 2026

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 2 000 000,00

EU-Beitrag

€ 2 000 000,00

Koordiniert durch

THE UNIVERSITY OF EDINBURGH
United Kingdom

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Leistungen

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (22)

ALDH1A3-acetaldehyde metabolism potentiates transcriptional heterogeneity in melanoma

Autoren: Yuting Lu, Jana Travnickova, Mihaly Badonyi, Florian Rambow, Andrea Coates, Zaid Khan, Jair Marques, Laura C. Murphy, Pablo Garcia-Martinez, Richard Marais, Pakavarin Louphrasitthiphol, Alex H.Y. Chan, Christopher J. Schofield, Alex von Kriegsheim, Joseph A. Marsh, Valeria Pavet, Owen J. Sansom, Robert S. Illingworth, E. Elizabeth Patton
Veröffentlicht in: Cell Reports, Ausgabe 43, 2024, Seite(n) 114406, ISSN 2211-1247
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2024.114406

Structural extension of the human exocyst is enabled by a minimal interface

Autoren: Haonan D. Xu, Mihaly Badonyi, Marilyn Paul, Watanyoo Sopipong, Stuart A. MacGowan, Joseph A. Marsh, David H. Murray
Veröffentlicht in: Structure, Ausgabe 34, 2026, Seite(n) 870-879.e5, ISSN 0969-2126
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.str.2026.02.004

Assessing variant effect predictors and disease mechanisms in intrinsically disordered proteins

Autoren: Mohamed Fawzy, Joseph A. Marsh
Veröffentlicht in: PLOS Computational Biology, Ausgabe 21, 2025, Seite(n) e1013400, ISSN 1553-7358
Herausgeber: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1013400

Structural insight into the function of human peptidyl arginine deiminase 6

Autoren: Jack P.C. Williams, Stephane Mouilleron, Rolando Hernandez Trapero, M. Teresa Bertran, Joseph A. Marsh, Louise J. Walport
Veröffentlicht in: Computational and Structural Biotechnology Journal, Ausgabe 23, 2024, Seite(n) 3258-3269, ISSN 2001-0370
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.csbj.2024.08.019

Proteome-scale prediction of molecular mechanisms underlying dominant genetic diseases

Autoren: Mihaly Badonyi, Joseph A. Marsh
Veröffentlicht in: PLOS ONE, Ausgabe 19, 2024, Seite(n) e0307312, ISSN 1932-6203
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0307312

Mechanistic modeling of recessive disease through allelic integration of variant effects

Autoren: Hasan Çubuk, Marcin Plech, Vahid Aslanzadeh, Marie Zikanova, Vaclava Skopova, Stanislav Kmoch, Yuxin Shen, Joseph A. Marsh, Grzegorz Kudla
Veröffentlicht in: Cell Systems, Ausgabe 17, 2026, Seite(n) 101595, ISSN 2405-4712
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.cels.2026.101595

Loss-of-function, gain-of-function and dominant-negative mutations have profoundly different effects on protein structure

Autoren: Lukas Gerasimavicius, Benjamin J Livesey, Joseph A Marsh
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2022, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-31686-6

<i>CDK4</i>loss-of-function mutations cause microcephaly and short stature

Autoren: Aitana Verdu Schlie, Andrea Leitch, Maria Izabel Arismendi, Colin Stok, Andrea Castro Leal, David A. Parry, Antonio Marcondes Lerario, Margaret E. Harley, Bruna Lucheze, Paula L. Carroll, Kamila I. Musialik, Julia M.T. Auer, Carol-Anne Martin, Lukas Gerasimavicius, Alan J. Quigley, Joya Emilie de Menezes Correia-Deur, Joseph A. Marsh, Martin A.M. Reijns, Anne K. Lampe, Andrew P. Jackson, Alexander
Veröffentlicht in: Genes &amp; Development, Ausgabe 39, 2025, Seite(n) 634-651, ISSN 0890-9369
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gad.352311.124

Deep mutational scanning quantifies DNA binding and predicts clinical outcomes of PAX6 variants

Autoren: Alexander F McDonnell, Marcin Plech, Benjamin J Livesey, Lukas Gerasimavicius, Liusaidh J Owen, Hildegard Nikki Hall, David R FitzPatrick, Joseph A Marsh, Grzegorz Kudla
Veröffentlicht in: Molecular Systems Biology, 2023, ISSN 1744-4292
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2023.07.25.550478

acmgscaler: An R package and Colab for standardised gene-level variant effect score calibration within the ACMG/AMP framework

Autoren: Mihaly Badonyi, Joseph A Marsh
Veröffentlicht in: Bioinformatics, 2026, ISSN 1367-4811
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1101/2025.05.16.654507

A structure-guided approach to noncoding variant evaluation for transcription factor binding using AlphaFold 3

Autoren: Lukas Gerasimavicius, Simon C Biddie, Joseph A Marsh
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 54, 2026, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaf1417

Complementary Roles of Structure and Variant Effect Predictors in RyR1 Clinical Interpretation

Autoren: Rolando Hernández Trapero, Mihaly Badonyi, Lukas Gerasimavicius, Joseph A. Marsh
Veröffentlicht in: Human Mutation, Ausgabe 2025, 2025, ISSN 1059-7794
Herausgeber: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1155/humu/1834898

Buffering of genetic dominance by allele-specific protein complex assembly

Autoren: Mihaly Badonyi, Joseph A Marsh
Veröffentlicht in: Science Advances, Ausgabe 9, 2023, Seite(n) eadf9845, ISSN 2375-2548
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/sciadv.adf9845

Correspondence between functional scores from deep mutational scans and predicted effects on protein stability

Autoren: Lukas Gerasimavicius, Benjamin J. Livesey, Joseph A. Marsh
Veröffentlicht in: Protein Science, Ausgabe 32, 2023, Seite(n) e4688, ISSN 1469-896X
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1002/pro.4688

Variant scoring tools for deep mutational scanning

Autoren: Hasan Çubuk, Xinyi Jin, Belinda Phipson, Joseph A Marsh, Alan F Rubin
Veröffentlicht in: Molecular Systems Biology, Ausgabe 21, 2025, Seite(n) 1293-1305, ISSN 1744-4292
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s44320-025-00137-x

Prevalence of loss-of-function, gain-of-function and dominant-negative mechanisms across genetic disease phenotypes

Autoren: Mihaly Badonyi, Joseph A. Marsh
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 16, 2025, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-025-63234-3

Guidelines for releasing a variant effect predictor

Autoren: Benjamin J. Livesey, Mihaly Badonyi, Mafalda Dias, Jonathan Frazer, Sushant Kumar, Kresten Lindorff-Larsen, David M. McCandlish, Rose Orenbuch, Courtney A. Shearer, Lara Muffley, Julia Foreman, Andrew M. Glazer, Ben Lehner, Debora S. Marks, Frederick P. Roth, Alan F. Rubin, Lea M. Starita, Joseph A. Marsh
Veröffentlicht in: Genome Biology, Ausgabe 26, 2025, ISSN 1474-760X
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1186/s13059-025-03572-z

Dominant-negative effects of Weaver syndrome-associated EZH2 variants

Autoren: Orla Deevy, Jingjing Li, Craig Monger, Francesca Matrà, Ellen Tuck, Molly Davies, Mihaly Badonyi, Maeve Boyce, Emma J. Doyle, Karsten Hokamp, Darragh Nimmo, Simona Rodighiero, Qi Zhang, Chen Davidovich, Joseph A. Marsh, Diego Pasini, Eric Conway, Adrian P. Bracken
Veröffentlicht in: Genes &amp; Development, Ausgabe 39, 2025, Seite(n) 1355-1376, ISSN 0890-9369
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gad.351884.124

Disease-associated genetic variants can cause missense effects in tissue-specific protein isoforms

Autoren: Giovanna Weykopf, Mihaly Badonyi, Elias T. Friman, Jasmine Minh Hang Nguyen, Alexis Ioannou, Benjamin J. Livesey, Audrey Coutts, Elizabeth F. Hird, Murray Wham, Chloe M. Stanton, Veronique Vitart, Jing Su, Lee Murphy, J. Kenneth Baillie, Mark D. Gorrell, Joseph A. Marsh, Wendy A. Bickmore, Simon C. Biddie
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 17, 2026, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-026-74280-w

Protein structural context of cancer mutations reveals molecular mechanisms and candidate driver genes

Autoren: Diego Chillón-Pino, Mihaly Badonyi, Colin A. Semple, Joseph A. Marsh
Veröffentlicht in: Cell Reports, Ausgabe 43, 2025, Seite(n) 114905, ISSN 2211-1247
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2024.114905

Gain-of-function human <i>UNC93B1</i> variants cause systemic lupus erythematosus and chilblain lupus

Autoren: Clémence David, Carlos A. Arango-Franco, Mihaly Badonyi, Julien Fouchet, Gillian I. Rice, Blaise Didry-Barca, Lucie Maisonneuve, Luis Seabra, Robin Kechiche, Cécile Masson, Aurélie Cobat, Laurent Abel, Estelle Talouarn, Vivien Béziat, Caroline Deswarte, Katie Livingstone, Carle Paul, Gulshan Malik, Alison Ross, Jane Adam, Jo Walsh, Sathish Kumar, Damien Bonnet, Christine Bodemer, Brigitte Bade
Veröffentlicht in: Journal of Experimental Medicine, Ausgabe 221, 2024, ISSN 0022-1007
Herausgeber: Rockefeller University Press
DOI: 10.1084/jem.20232066

Updated benchmarking of variant effect predictors using deep mutational scanning

Autoren: Benjamin J Livesey, Joseph A Marsh
Veröffentlicht in: Molecular Systems Biology, Ausgabe 19, 2023, Seite(n) e11474, ISSN 1744-4292
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202211474