Paleovirology, the evolutionary dynamics of viral cross-species transmissions, and the consequences of virus-host gene exchange

Informations projet

PALVIREVOL

N° de convention de subvention: 101001623

DOI

10.3030/101001623

Date de signature de la CE 30 Mars 2021

Date de début 1 Octobre 2021

Date de fin 31 Mars 2028

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 999 805,00

Contribution de l’UE

€ 1 999 805,00

Coordonné par

THE CHANCELLOR, MASTERS AND SCHOLARS OF THE UNIVERSITY OF OXFORD
United Kingdom

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Publications

Peer reviewed articles (10)

Ecological and evolutionary dynamics of cell-virus-virophage systems

Auteurs: Jose Gabriel Nino Barreat, Aris Katzourakis
Publié dans: PLoS Computational Biology, 2024, ISSN 1553-734X
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1010925

Four principles to establish a universal virus taxonomy

Auteurs: Peter Simmonds, Evelien M. Adriaenssens, F. Murilo Zerbini, Nicola G. A. Abrescia, Pakorn Aiewsakun, Poliane Alfenas-Zerbini, Yiming Bao, Jakub Barylski, Christian Drosten, Siobain Duffy, W. Paul Duprex, Bas E. Dutilh, Santiago F. Elena, Maria Laura García, Sandra Junglen, Aris Katzourakis, Eugene V. Koonin, Mart Krupovic, Jens H. Kuhn, Amy J. Lambert, Elliot J. Lefkowitz, Małgorzata Łobocka, C
Publié dans: PLoS Biology, Numéro 21(2), 2023, Page(s) e3001922, ISSN 1544-9173
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pbio.3001922

Investigating the evolutionary origins of the first three SARS-CoV-2 variants of concern

Auteurs: Mahan Ghafari, Qihan Liu, Arushi Dhillon, Aris Katzourakis, Daniel B. Weissman
Publié dans: Frontiers in virology, 2022, ISSN 2673-818X
Éditeur: Fronteirs Media
DOI: 10.3389/fviro.2022.942555

Evolutionary Analysis of Placental Orthologues Reveals Two Ancient DNA Virus Integrations

Auteurs: Jose Gabriel Nino Barreat, Aris Katzourakis
Publié dans: Journal of Virology, 2022, ISSN 1098-5514
Éditeur: American Society of Microbiology
DOI: 10.1128/jvi.00933-22

Revisiting the origins of the Sobemovirus genus: A case for ancient origins of plant viruses

Auteurs: Mahan Ghafari , Merike Sõmera, Cecilia Sarmiento, Annette Niehl, Eugénie Hébrard, Theocharis Tsoleridis, Jonathan Ball, Benoît Moury, Philippe Lemey, Aris Katzourakis, Denis Fargette
Publié dans: PLoS Pathogens, 2023, ISSN 1553-7366
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.ppat.1011911

Discovery of novel papillomaviruses in the critically endangered Malayan and Chinese pangolins

Auteurs: Jose Gabriel Nino Barreat, Anselmo Jiro Kamada, Charles Reuben de Souza, Aris Katzourakis
Publié dans: Biology Letters, Numéro 19, 2023, Page(s) 20220464, ISSN 1744-957X
Éditeur: Royal Society
DOI: 10.1098/rsbl.2022.0464

Purifying selection determines the short-term time dependency of evolutionary rates in SARS-CoV-2 and pH1N1 influenza

Auteurs: Mahan Ghafari, Louis du Plessis, Jayna Raghwani, Samir Bhatt, Bo Xu, Oliver G Pybus, Aris Katzourakis
Publié dans: Molecular Biology and Evolution, Numéro Numéro 2, 2023, Page(s) msac009, ISSN 1537-1719
Éditeur: Oxford University Press on behalf of the Society for Molecular Biology and Evolution
DOI: 10.1093/molbev/msac009

The evolution of SARS-CoV-2

Auteurs: Peter V. Markov, Mahan Ghafari, Martin Beer, Katrina Lythgoe, Peter Simmonds, Nikolaos I. Stilianakis & Aris Katzourakis
Publié dans: Nature Reviews Microbiology, 2023, ISSN 1740-1526
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41579-023-00878-2

Deep mining reveals the diversity of endogenous viral elements in vertebrate genomes

Auteurs: Jose Gabriel Nino Barreat, Aris Katzourakis
Publié dans: Nature Microbiology, Numéro 9, 2024, Page(s) 3013–3024, ISSN 2058-5276
Éditeur: Nature Portfolio
DOI: 10.1038/s41564-024-01825-4

A framework for reconstructing SARS-CoV-2 transmission dynamics using excess mortality data

Auteurs: Mahan Ghafari, Oliver J. Watson, Ariel Karlinsky, Luca Ferretti, Aris Katzourakis
Publié dans: Nature Communications, Numéro 13, 2022, Page(s) Article Number: 3015, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-30711-y

Other (1)

Deep-mining of vertebrate genomes reveals an unexpected diversity of endogenous viral elements

Auteurs: Jose Gabriel Nino Barreat, Aris Katzourakis
Publié dans: bioRxiv, 2023
Éditeur: biorxiv
DOI: 10.1101/2023.10.26.564176