PHAGENET: PHAge GEnetic NETworking in the microbiome

Información del proyecto

PHAGENET

Identificador del acuerdo de subvención: 101001684

DOI

10.3030/101001684

Fecha de la firma de la CE 8 Abril 2021

Fecha de inicio 1 Julio 2021

Fecha de finalización 30 Junio 2027

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 1 999 988,00

Aportación de la UE

€ 1 999 988,00

Coordinado por

UNIVERSITY COLLEGE CORK - NATIONAL UNIVERSITY OF IRELAND, CORK
Ireland

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Resultado final

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan (DMP)

Data Management Plan DMP

Publicaciones

Peer reviewed articles (12)

Social anxiety disorder-associated gut microbiota increases social fear

Autores: Nathaniel L. Ritz, Marta Brocka, Mary I. Butler, Caitlin S. M. Cowan, Camila Barrera-Bugueño, Christopher J. R. Turkington, Lorraine A. Draper, Thomaz F. S. Bastiaanssen, Valentine Turpin, Lorena Morales, David Campos, Cassandra E. Gheorghe, Anna Ratsika, Virat Sharma, Anna V. Golubeva, Maria R. Aburto, Andrey N. Shkoporov, Gerard M. Moloney, Colin Hill, Gerard Clarke, David A. Slattery, Timothy
Publicado en: PNAS, Edición 2023, 2023, ISSN 1091-6490
Editor: NAS
DOI: 10.1073/pnas.2308706120

Draft Genome Sequence of Legionella pneumophila subsp. pneumophila Strain DSM 25199

Autores: Neda Nezam-Abadi, Christopher J. R. Turkington, Lorraine A. Draper, Andrey N. Shkoporov, R. Paul Ross, Colin Hill
Publicado en: Microbiology Resource Announcements, Edición 2023, 2023, ISSN 2576-098X
Editor: American Society of Microbiology
DOI: 10.1128/mra.00048-23

Transmission and dynamics of mother-infant gut viruses during pregnancy and early life

Autores: Sanzhima Garmaeva, Trishla Sinha, Anastasia Gulyaeva, Nataliia Kuzub, Johanne E. Spreckels, Sergio Andreu-Sánchez, Ranko Gacesa, Arnau Vich Vila, Siobhan Brushett, Marloes Kruk, null null, Aafje Dotinga, Sanne Gordijn, Soesma Jankipersadsing, Ank de Jonge, Marlou L. A. de Kroon, Gerard H. Koppelman, Lilian L. Peters, Jelmer R. Prins, Sijmen A. Reijneveld, Morris A. Swertz, Henkjan J. Verkade, Jac
Publicado en: Nature Communications, Edición 15, 2024, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-45257-4

Structural atlas of the most abundant human gut virus

Autores: Bayfield, O.; Shkoporov, A.N.; Yutin, N., Khokhlova, E., Smith, J.; Hawkins, D.; Koonin, E.; Hill, C.; Anston, A.
Publicado en: Nature, Edición 2023, 2023, Página(s) 409–416, ISSN 2693-5015
Editor: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41586-023-06019-2

Bacteriophages of the Order Crassvirales: What Do We Currently Know about This Keystone Component of the Human Gut Virome?

Autores: Linda Smith, Ekaterina Goldobina, Bianca Govi, Andrey N. Shkoporov
Publicado en: Biomolecules, 2023, ISSN 2218-273X
Editor: MDPI
DOI: 10.3390/biom13040584

Temperate bacteriophages infecting the mucin-degrading bacterium Ruminococcus gnavus from the human gut

Autores: Colin Buttimer,Ekaterina V. Khokhlova,Lisa Stein,Cara M. Hueston,Bianca Govi,Lorraine A. Draper,R. Paul Ross,Andrey N. Shkoporovb
Publicado en: Gut Microbes, 2022, ISSN 0307-1022
Editor: Methuen
DOI: 10.1080/19490976.2023.2194794

Dynamic nature of viral and bacterial communities in human faeces

Autores: Andrey N. Shkoporov, Orla O'Regan, Linda Smith, Ekaterina V. Khokhlova, Lorraine A. Draper, R. Paul Ross, Colin Hill
Publicado en: iScience, 2024, ISSN 2589-0042
Editor: Elsevier
DOI: 10.1016/j.isci.2023.108778

Interpersonal variability of the human gut virome confounds disease signal detection in IBD

Autores: Stephen R. Stockdale, Andrey N. Shkoporov, Ekaterina V. Khokhlova, Karen M. Daly, Siobhan A. McDonnell, Orla O’ Regan, James A. Nolan, Thomas D. S. Sutton, Adam G. Clooney, Feargal J. Ryan, Donal Sheehan, Aonghus Lavelle, Lorraine A. Draper, Fergus Shanahan, R. Paul Ross & Colin Hill
Publicado en: Communications Biology, Edición 2023, 2023, ISSN 2399-3642
Editor: Springer Nature
DOI: 10.1038/s42003-023-04592-w

Abolishment of morphology‑based taxa and change to binomial species names: 2022 taxonomy update of the ICTV bacterial viruses subcommittee

Autores: Turner D, Shkoporov AN, Lood C, Millard AD, Dutilh BE, Alfenas-Zerbini P, van Zyl LJ, Aziz RK, Oksanen HM, Poranen MM, Kropinski AM, Barylski J, Brister JR, Chanisvili N, Edwards RA, Enault F, Gillis A, Knezevic P, Krupovic M, Kurtböke I, Kushkina A, Lavigne R, Lehman S, Lobocka M, Moraru C, Moreno Switt A, Morozova V, Nakavuma J, Reyes Muñoz A, Rūmnieks J, Sarkar BL, Sullivan MB, Uchiyama J, W
Publicado en: Archives of Virology, Edición 2023, 2023, ISSN 0304-8608
Editor: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00705-022-05694-2

Social fear extinction susceptibility is associated with Microbiota-Gut-Brain axis alterations

Autores: Nathaniel L. Ritz, Thomaz F.S. Bastiaanssen, Caitlin S.M. Cowan, Linda Smith, Nigel Theune, Marta Brocka, Eibhlís M. Myers, Rachel D. Moloney, Gerard M. Moloney, Andrey N. Shkoporov, Lorraine A. Draper, Colin Hill, Timothy G. Dinan, David A. Slattery, John F. Cryan
Publicado en: Brain, Behavior, and Immunity, Edición 120, 2024, Página(s) 315-326, ISSN 0889-1591
Editor: Academic Press
DOI: 10.1016/j.bbi.2024.06.009

Mutualistic interplay between bacteriophages and bacteria in the human gut

Autores: Shkoporov AN, Turkington CJ, Hill C.
Publicado en: Nature Reviews Microbiology, 2022, ISSN 1740-1534
Editor: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41579-022-00755-4

Bacterial Viruses Subcommittee and Archaeal Viruses Subcommittee of the ICTV: update of taxonomy changes in 2021

Autores: Krupovic M, Turner D, Morozova V, Dyall-Smith M, Oksanen HM, Edwards R, Dutilh BE, Lehman SM, Reyes A, Baquero DP, Sullivan MB, Uchiyama J, Nakavuma J, Barylski J, Young MJ, Du S, Alfenas-Zerbini P, Kushkina A, Kropinski AM, Kurtböke I, Brister JR, Lood C, Sarkar BL, Yigang T, Liu Y, Huang L, Wittmann J, Chanishvili N, van Zyl LJ, Rumnieks J, Mochizuki T, Jalasvuori M, Aziz RK, Łobocka M, Stedma
Publicado en: Archives of Virology, Edición 2021, 2021, ISSN 1432-8798
Editor: Springer Nature
DOI: 10.1007/s00705-021-05205-9