PHAGENET: PHAge GEnetic NETworking in the microbiome

Informacje na temat projektu

PHAGENET

Identyfikator umowy o grant: 101001684

DOI

10.3030/101001684

Data podpisania przez KE 8 Kwietnia 2021

Data rozpoczęcia 1 Lipca 2021

Data zakończenia 30 Czerwca 2027

Finansowanie w ramach

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Koszt całkowity

€ 1 999 988,00

Wkład UE

€ 1 999 988,00

Koordynowany przez

UNIVERSITY COLLEGE CORK - NATIONAL UNIVERSITY OF IRELAND, CORK
Ireland

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Rezultaty

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan (DMP)

Data Management Plan DMP

Publikacje

Peer reviewed articles (16)

Social anxiety disorder-associated gut microbiota increases social fear

Autorzy: Nathaniel L. Ritz, Marta Brocka, Mary I. Butler, Caitlin S. M. Cowan, Camila Barrera-Bugueño, Christopher J. R. Turkington, Lorraine A. Draper, Thomaz F. S. Bastiaanssen, Valentine Turpin, Lorena Morales, David Campos, Cassandra E. Gheorghe, Anna Ratsika, Virat Sharma, Anna V. Golubeva, Maria R. Aburto, Andrey N. Shkoporov, Gerard M. Moloney, Colin Hill, Gerard Clarke, David A. Slattery, Timothy
Opublikowane w: PNAS, Numer 2023, 2023, ISSN 1091-6490
Wydawca: NAS
DOI: 10.1073/pnas.2308706120

Draft Genome Sequence of Legionella pneumophila subsp. pneumophila Strain DSM 25199

Autorzy: Neda Nezam-Abadi, Christopher J. R. Turkington, Lorraine A. Draper, Andrey N. Shkoporov, R. Paul Ross, Colin Hill
Opublikowane w: Microbiology Resource Announcements, Numer 2023, 2023, ISSN 2576-098X
Wydawca: American Society of Microbiology
DOI: 10.1128/mra.00048-23

Adaptations in gut Bacteroidales facilitate stable co-existence with their lytic bacteriophages

Autorzy: Adrián Cortés-Martín, Colin Buttimer, Jessie L. Maier, Ciara A. Tobin, Lorraine A. Draper, R. Paul Ross, Manuel Kleiner, Colin Hill, Andrey N. Shkoporov
Opublikowane w: Gut Microbes, Numer 17, 2025, ISSN 1949-0976
Wydawca: Landes Bioscience
DOI: 10.1080/19490976.2025.2507775

Transmission and dynamics of mother-infant gut viruses during pregnancy and early life

Autorzy: Sanzhima Garmaeva, Trishla Sinha, Anastasia Gulyaeva, Nataliia Kuzub, Johanne E. Spreckels, Sergio Andreu-Sánchez, Ranko Gacesa, Arnau Vich Vila, Siobhan Brushett, Marloes Kruk, null null, Aafje Dotinga, Sanne Gordijn, Soesma Jankipersadsing, Ank de Jonge, Marlou L. A. de Kroon, Gerard H. Koppelman, Lilian L. Peters, Jelmer R. Prins, Sijmen A. Reijneveld, Morris A. Swertz, Henkjan J. Verkade, Jac
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 15, 2024, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-45257-4

Structural atlas of the most abundant human gut virus

Autorzy: Bayfield, O.; Shkoporov, A.N.; Yutin, N., Khokhlova, E., Smith, J.; Hawkins, D.; Koonin, E.; Hill, C.; Anston, A.
Opublikowane w: Nature, Numer 2023, 2023, Strona(/y) 409–416, ISSN 2693-5015
Wydawca: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41586-023-06019-2

Bacteriophages of the Order Crassvirales: What Do We Currently Know about This Keystone Component of the Human Gut Virome?

Autorzy: Linda Smith, Ekaterina Goldobina, Bianca Govi, Andrey N. Shkoporov
Opublikowane w: Biomolecules, 2023, ISSN 2218-273X
Wydawca: MDPI
DOI: 10.3390/biom13040584

Temperate bacteriophages infecting the mucin-degrading bacterium Ruminococcus gnavus from the human gut

Autorzy: Colin Buttimer,Ekaterina V. Khokhlova,Lisa Stein,Cara M. Hueston,Bianca Govi,Lorraine A. Draper,R. Paul Ross,Andrey N. Shkoporovb
Opublikowane w: Gut Microbes, 2022, ISSN 0307-1022
Wydawca: Methuen
DOI: 10.1080/19490976.2023.2194794

Dynamic nature of viral and bacterial communities in human faeces

Autorzy: Andrey N. Shkoporov, Orla O'Regan, Linda Smith, Ekaterina V. Khokhlova, Lorraine A. Draper, R. Paul Ross, Colin Hill
Opublikowane w: iScience, 2024, ISSN 2589-0042
Wydawca: Elsevier
DOI: 10.1016/j.isci.2023.108778

The gut virome is associated with stress-induced changes in behaviour and immune responses in mice

Autorzy: Nathaniel L. Ritz, Lorraine A. Draper, Thomaz F. S. Bastiaanssen, Christopher J. R. Turkington, Veronica L. Peterson, Marcel van de Wouw, Klara Vlckova, Christine Fülling, Katherine E. Guzzetta, Aurelijus Burokas, Hugh Harris, Marion Dalmasso, Fiona Crispie, Paul D. Cotter, Andrey N. Shkoporov, Gerard M. Moloney, Timothy G. Dinan, Colin Hill, John F. Cryan
Opublikowane w: Nature Microbiology, Numer 9, 2024, Strona(/y) 359-376, ISSN 2058-5276
Wydawca: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41564-023-01564-y

Interpersonal variability of the human gut virome confounds disease signal detection in IBD

Autorzy: Stephen R. Stockdale, Andrey N. Shkoporov, Ekaterina V. Khokhlova, Karen M. Daly, Siobhan A. McDonnell, Orla O’ Regan, James A. Nolan, Thomas D. S. Sutton, Adam G. Clooney, Feargal J. Ryan, Donal Sheehan, Aonghus Lavelle, Lorraine A. Draper, Fergus Shanahan, R. Paul Ross & Colin Hill
Opublikowane w: Communications Biology, Numer 2023, 2023, ISSN 2399-3642
Wydawca: Springer Nature
DOI: 10.1038/s42003-023-04592-w

Large-scale capsid-mediated mobilisation of bacterial genomic DNA in the gut microbiome

Autorzy: Tatiana Borodovich, Colin Buttimer, Jason S. Wilson, Pavol Bardy, Muireann Smith, Conor Hill, Ekaterina V. Khokhlova, Matthew Harte, Bianca Govi, Paul C. M. Fogg, Colin Hill, Andrey N. Shkoporov
Opublikowane w: Nature Communications, 2026, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-026-68726-4

Abolishment of morphology‑based taxa and change to binomial species names: 2022 taxonomy update of the ICTV bacterial viruses subcommittee

Autorzy: Turner D, Shkoporov AN, Lood C, Millard AD, Dutilh BE, Alfenas-Zerbini P, van Zyl LJ, Aziz RK, Oksanen HM, Poranen MM, Kropinski AM, Barylski J, Brister JR, Chanisvili N, Edwards RA, Enault F, Gillis A, Knezevic P, Krupovic M, Kurtböke I, Kushkina A, Lavigne R, Lehman S, Lobocka M, Moraru C, Moreno Switt A, Morozova V, Nakavuma J, Reyes Muñoz A, Rūmnieks J, Sarkar BL, Sullivan MB, Uchiyama J, W
Opublikowane w: Archives of Virology, Numer 2023, 2023, ISSN 0304-8608
Wydawca: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00705-022-05694-2

Social fear extinction susceptibility is associated with Microbiota-Gut-Brain axis alterations

Autorzy: Nathaniel L. Ritz, Thomaz F.S. Bastiaanssen, Caitlin S.M. Cowan, Linda Smith, Nigel Theune, Marta Brocka, Eibhlís M. Myers, Rachel D. Moloney, Gerard M. Moloney, Andrey N. Shkoporov, Lorraine A. Draper, Colin Hill, Timothy G. Dinan, David A. Slattery, John F. Cryan
Opublikowane w: Brain, Behavior, and Immunity, Numer 120, 2024, Strona(/y) 315-326, ISSN 0889-1591
Wydawca: Academic Press
DOI: 10.1016/j.bbi.2024.06.009

Bacteriophages mobilize bacterial defense systems via lateral transduction

Autorzy: Xu Kuang, Jamie Gorzynski, Marie Touchon, Andrey Shkoporov, Eduardo P. C. Rocha, J. Ross Fitzgerald, John Chen, Jakob T. Rostøl, José R. Penadés
Opublikowane w: Science Advances, Numer 12, 2026, ISSN 2375-2548
Wydawca: American Association for the Advancement of Science (AAAS)
DOI: 10.1126/sciadv.adx5749

Mutualistic interplay between bacteriophages and bacteria in the human gut

Autorzy: Shkoporov AN, Turkington CJ, Hill C.
Opublikowane w: Nature Reviews Microbiology, 2022, ISSN 1740-1534
Wydawca: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41579-022-00755-4

Bacterial Viruses Subcommittee and Archaeal Viruses Subcommittee of the ICTV: update of taxonomy changes in 2021

Autorzy: Krupovic M, Turner D, Morozova V, Dyall-Smith M, Oksanen HM, Edwards R, Dutilh BE, Lehman SM, Reyes A, Baquero DP, Sullivan MB, Uchiyama J, Nakavuma J, Barylski J, Young MJ, Du S, Alfenas-Zerbini P, Kushkina A, Kropinski AM, Kurtböke I, Brister JR, Lood C, Sarkar BL, Yigang T, Liu Y, Huang L, Wittmann J, Chanishvili N, van Zyl LJ, Rumnieks J, Mochizuki T, Jalasvuori M, Aziz RK, Łobocka M, Stedma
Opublikowane w: Archives of Virology, Numer 2021, 2021, ISSN 1432-8798
Wydawca: Springer Nature
DOI: 10.1007/s00705-021-05205-9

Other (1)

Prevalent Gut Phages Encode Modular Adhesins Mediating Epithelial Binding and Endoplasmic Reticulum Trafficking

Autorzy: Gábor Apjok, Tóbiás Sári, Orsolya Méhi, András Asbóth, Lilla Barna, Dóra Sala, Ilona Gróf, Bálint Márk Vásárhelyi, Szilvia Juhász, Csaba Pál, Péter Horváth, Ede Migh, György Schneider, Colin Hill, Mária Deli, Andrey Shkoporov, Bálint Kintses
Opublikowane w: bioRxiv, 2026
Wydawca: openRxiv
DOI: 10.64898/2026.02.02.702849