PHAGENET: PHAge GEnetic NETworking in the microbiome

Projektinformationen

PHAGENET

ID Finanzhilfevereinbarung: 101001684

DOI

10.3030/101001684

EK-Unterschriftsdatum 8 April 2021

Startdatum 1 Juli 2021

Enddatum 30 Juni 2027

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 999 988,00

EU-Beitrag

€ 1 999 988,00

Koordiniert durch

UNIVERSITY COLLEGE CORK - NATIONAL UNIVERSITY OF IRELAND, CORK
Ireland

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Leistungen

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan (DMP)

Data Management Plan DMP

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (12)

Social anxiety disorder-associated gut microbiota increases social fear

Autoren: Nathaniel L. Ritz, Marta Brocka, Mary I. Butler, Caitlin S. M. Cowan, Camila Barrera-Bugueño, Christopher J. R. Turkington, Lorraine A. Draper, Thomaz F. S. Bastiaanssen, Valentine Turpin, Lorena Morales, David Campos, Cassandra E. Gheorghe, Anna Ratsika, Virat Sharma, Anna V. Golubeva, Maria R. Aburto, Andrey N. Shkoporov, Gerard M. Moloney, Colin Hill, Gerard Clarke, David A. Slattery, Timothy
Veröffentlicht in: PNAS, Ausgabe 2023, 2023, ISSN 1091-6490
Herausgeber: NAS
DOI: 10.1073/pnas.2308706120

Draft Genome Sequence of Legionella pneumophila subsp. pneumophila Strain DSM 25199

Autoren: Neda Nezam-Abadi, Christopher J. R. Turkington, Lorraine A. Draper, Andrey N. Shkoporov, R. Paul Ross, Colin Hill
Veröffentlicht in: Microbiology Resource Announcements, Ausgabe 2023, 2023, ISSN 2576-098X
Herausgeber: American Society of Microbiology
DOI: 10.1128/mra.00048-23

Transmission and dynamics of mother-infant gut viruses during pregnancy and early life

Autoren: Sanzhima Garmaeva, Trishla Sinha, Anastasia Gulyaeva, Nataliia Kuzub, Johanne E. Spreckels, Sergio Andreu-Sánchez, Ranko Gacesa, Arnau Vich Vila, Siobhan Brushett, Marloes Kruk, null null, Aafje Dotinga, Sanne Gordijn, Soesma Jankipersadsing, Ank de Jonge, Marlou L. A. de Kroon, Gerard H. Koppelman, Lilian L. Peters, Jelmer R. Prins, Sijmen A. Reijneveld, Morris A. Swertz, Henkjan J. Verkade, Jac
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 15, 2024, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-45257-4

Structural atlas of the most abundant human gut virus

Autoren: Bayfield, O.; Shkoporov, A.N.; Yutin, N., Khokhlova, E., Smith, J.; Hawkins, D.; Koonin, E.; Hill, C.; Anston, A.
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 2023, 2023, Seite(n) 409–416, ISSN 2693-5015
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41586-023-06019-2

Bacteriophages of the Order Crassvirales: What Do We Currently Know about This Keystone Component of the Human Gut Virome?

Autoren: Linda Smith, Ekaterina Goldobina, Bianca Govi, Andrey N. Shkoporov
Veröffentlicht in: Biomolecules, 2023, ISSN 2218-273X
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/biom13040584

Temperate bacteriophages infecting the mucin-degrading bacterium Ruminococcus gnavus from the human gut

Autoren: Colin Buttimer,Ekaterina V. Khokhlova,Lisa Stein,Cara M. Hueston,Bianca Govi,Lorraine A. Draper,R. Paul Ross,Andrey N. Shkoporovb
Veröffentlicht in: Gut Microbes, 2022, ISSN 0307-1022
Herausgeber: Methuen
DOI: 10.1080/19490976.2023.2194794

Dynamic nature of viral and bacterial communities in human faeces

Autoren: Andrey N. Shkoporov, Orla O'Regan, Linda Smith, Ekaterina V. Khokhlova, Lorraine A. Draper, R. Paul Ross, Colin Hill
Veröffentlicht in: iScience, 2024, ISSN 2589-0042
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.isci.2023.108778

Interpersonal variability of the human gut virome confounds disease signal detection in IBD

Autoren: Stephen R. Stockdale, Andrey N. Shkoporov, Ekaterina V. Khokhlova, Karen M. Daly, Siobhan A. McDonnell, Orla O’ Regan, James A. Nolan, Thomas D. S. Sutton, Adam G. Clooney, Feargal J. Ryan, Donal Sheehan, Aonghus Lavelle, Lorraine A. Draper, Fergus Shanahan, R. Paul Ross & Colin Hill
Veröffentlicht in: Communications Biology, Ausgabe 2023, 2023, ISSN 2399-3642
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1038/s42003-023-04592-w

Abolishment of morphology‑based taxa and change to binomial species names: 2022 taxonomy update of the ICTV bacterial viruses subcommittee

Autoren: Turner D, Shkoporov AN, Lood C, Millard AD, Dutilh BE, Alfenas-Zerbini P, van Zyl LJ, Aziz RK, Oksanen HM, Poranen MM, Kropinski AM, Barylski J, Brister JR, Chanisvili N, Edwards RA, Enault F, Gillis A, Knezevic P, Krupovic M, Kurtböke I, Kushkina A, Lavigne R, Lehman S, Lobocka M, Moraru C, Moreno Switt A, Morozova V, Nakavuma J, Reyes Muñoz A, Rūmnieks J, Sarkar BL, Sullivan MB, Uchiyama J, W
Veröffentlicht in: Archives of Virology, Ausgabe 2023, 2023, ISSN 0304-8608
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00705-022-05694-2

Social fear extinction susceptibility is associated with Microbiota-Gut-Brain axis alterations

Autoren: Nathaniel L. Ritz, Thomaz F.S. Bastiaanssen, Caitlin S.M. Cowan, Linda Smith, Nigel Theune, Marta Brocka, Eibhlís M. Myers, Rachel D. Moloney, Gerard M. Moloney, Andrey N. Shkoporov, Lorraine A. Draper, Colin Hill, Timothy G. Dinan, David A. Slattery, John F. Cryan
Veröffentlicht in: Brain, Behavior, and Immunity, Ausgabe 120, 2024, Seite(n) 315-326, ISSN 0889-1591
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.bbi.2024.06.009

Mutualistic interplay between bacteriophages and bacteria in the human gut

Autoren: Shkoporov AN, Turkington CJ, Hill C.
Veröffentlicht in: Nature Reviews Microbiology, 2022, ISSN 1740-1534
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41579-022-00755-4

Bacterial Viruses Subcommittee and Archaeal Viruses Subcommittee of the ICTV: update of taxonomy changes in 2021

Autoren: Krupovic M, Turner D, Morozova V, Dyall-Smith M, Oksanen HM, Edwards R, Dutilh BE, Lehman SM, Reyes A, Baquero DP, Sullivan MB, Uchiyama J, Nakavuma J, Barylski J, Young MJ, Du S, Alfenas-Zerbini P, Kushkina A, Kropinski AM, Kurtböke I, Brister JR, Lood C, Sarkar BL, Yigang T, Liu Y, Huang L, Wittmann J, Chanishvili N, van Zyl LJ, Rumnieks J, Mochizuki T, Jalasvuori M, Aziz RK, Łobocka M, Stedma
Veröffentlicht in: Archives of Virology, Ausgabe 2021, 2021, ISSN 1432-8798
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1007/s00705-021-05205-9