PHAGENET: PHAge GEnetic NETworking in the microbiome

Informations projet

PHAGENET

N° de convention de subvention: 101001684

DOI

10.3030/101001684

Date de signature de la CE 8 Avril 2021

Date de début 1 Juillet 2021

Date de fin 30 Juin 2027

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 999 988,00

Contribution de l’UE

€ 1 999 988,00

Coordonné par

UNIVERSITY COLLEGE CORK - NATIONAL UNIVERSITY OF IRELAND, CORK
Ireland

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Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Livrables

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan (DMP)

Data Management Plan DMP

Publications

Peer reviewed articles (16)

Social anxiety disorder-associated gut microbiota increases social fear

Auteurs: Nathaniel L. Ritz, Marta Brocka, Mary I. Butler, Caitlin S. M. Cowan, Camila Barrera-Bugueño, Christopher J. R. Turkington, Lorraine A. Draper, Thomaz F. S. Bastiaanssen, Valentine Turpin, Lorena Morales, David Campos, Cassandra E. Gheorghe, Anna Ratsika, Virat Sharma, Anna V. Golubeva, Maria R. Aburto, Andrey N. Shkoporov, Gerard M. Moloney, Colin Hill, Gerard Clarke, David A. Slattery, Timothy
Publié dans: PNAS, Numéro 2023, 2023, ISSN 1091-6490
Éditeur: NAS
DOI: 10.1073/pnas.2308706120

Draft Genome Sequence of Legionella pneumophila subsp. pneumophila Strain DSM 25199

Auteurs: Neda Nezam-Abadi, Christopher J. R. Turkington, Lorraine A. Draper, Andrey N. Shkoporov, R. Paul Ross, Colin Hill
Publié dans: Microbiology Resource Announcements, Numéro 2023, 2023, ISSN 2576-098X
Éditeur: American Society of Microbiology
DOI: 10.1128/mra.00048-23

Adaptations in gut Bacteroidales facilitate stable co-existence with their lytic bacteriophages

Auteurs: Adrián Cortés-Martín, Colin Buttimer, Jessie L. Maier, Ciara A. Tobin, Lorraine A. Draper, R. Paul Ross, Manuel Kleiner, Colin Hill, Andrey N. Shkoporov
Publié dans: Gut Microbes, Numéro 17, 2025, ISSN 1949-0976
Éditeur: Landes Bioscience
DOI: 10.1080/19490976.2025.2507775

Transmission and dynamics of mother-infant gut viruses during pregnancy and early life

Auteurs: Sanzhima Garmaeva, Trishla Sinha, Anastasia Gulyaeva, Nataliia Kuzub, Johanne E. Spreckels, Sergio Andreu-Sánchez, Ranko Gacesa, Arnau Vich Vila, Siobhan Brushett, Marloes Kruk, null null, Aafje Dotinga, Sanne Gordijn, Soesma Jankipersadsing, Ank de Jonge, Marlou L. A. de Kroon, Gerard H. Koppelman, Lilian L. Peters, Jelmer R. Prins, Sijmen A. Reijneveld, Morris A. Swertz, Henkjan J. Verkade, Jac
Publié dans: Nature Communications, Numéro 15, 2024, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-45257-4

Structural atlas of the most abundant human gut virus

Auteurs: Bayfield, O.; Shkoporov, A.N.; Yutin, N., Khokhlova, E., Smith, J.; Hawkins, D.; Koonin, E.; Hill, C.; Anston, A.
Publié dans: Nature, Numéro 2023, 2023, Page(s) 409–416, ISSN 2693-5015
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41586-023-06019-2

Bacteriophages of the Order Crassvirales: What Do We Currently Know about This Keystone Component of the Human Gut Virome?

Auteurs: Linda Smith, Ekaterina Goldobina, Bianca Govi, Andrey N. Shkoporov
Publié dans: Biomolecules, 2023, ISSN 2218-273X
Éditeur: MDPI
DOI: 10.3390/biom13040584

Temperate bacteriophages infecting the mucin-degrading bacterium Ruminococcus gnavus from the human gut

Auteurs: Colin Buttimer,Ekaterina V. Khokhlova,Lisa Stein,Cara M. Hueston,Bianca Govi,Lorraine A. Draper,R. Paul Ross,Andrey N. Shkoporovb
Publié dans: Gut Microbes, 2022, ISSN 0307-1022
Éditeur: Methuen
DOI: 10.1080/19490976.2023.2194794

Dynamic nature of viral and bacterial communities in human faeces

Auteurs: Andrey N. Shkoporov, Orla O'Regan, Linda Smith, Ekaterina V. Khokhlova, Lorraine A. Draper, R. Paul Ross, Colin Hill
Publié dans: iScience, 2024, ISSN 2589-0042
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.isci.2023.108778

The gut virome is associated with stress-induced changes in behaviour and immune responses in mice

Auteurs: Nathaniel L. Ritz, Lorraine A. Draper, Thomaz F. S. Bastiaanssen, Christopher J. R. Turkington, Veronica L. Peterson, Marcel van de Wouw, Klara Vlckova, Christine Fülling, Katherine E. Guzzetta, Aurelijus Burokas, Hugh Harris, Marion Dalmasso, Fiona Crispie, Paul D. Cotter, Andrey N. Shkoporov, Gerard M. Moloney, Timothy G. Dinan, Colin Hill, John F. Cryan
Publié dans: Nature Microbiology, Numéro 9, 2024, Page(s) 359-376, ISSN 2058-5276
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41564-023-01564-y

Interpersonal variability of the human gut virome confounds disease signal detection in IBD

Auteurs: Stephen R. Stockdale, Andrey N. Shkoporov, Ekaterina V. Khokhlova, Karen M. Daly, Siobhan A. McDonnell, Orla O’ Regan, James A. Nolan, Thomas D. S. Sutton, Adam G. Clooney, Feargal J. Ryan, Donal Sheehan, Aonghus Lavelle, Lorraine A. Draper, Fergus Shanahan, R. Paul Ross & Colin Hill
Publié dans: Communications Biology, Numéro 2023, 2023, ISSN 2399-3642
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1038/s42003-023-04592-w

Large-scale capsid-mediated mobilisation of bacterial genomic DNA in the gut microbiome

Auteurs: Tatiana Borodovich, Colin Buttimer, Jason S. Wilson, Pavol Bardy, Muireann Smith, Conor Hill, Ekaterina V. Khokhlova, Matthew Harte, Bianca Govi, Paul C. M. Fogg, Colin Hill, Andrey N. Shkoporov
Publié dans: Nature Communications, 2026, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-026-68726-4

Abolishment of morphology‑based taxa and change to binomial species names: 2022 taxonomy update of the ICTV bacterial viruses subcommittee

Auteurs: Turner D, Shkoporov AN, Lood C, Millard AD, Dutilh BE, Alfenas-Zerbini P, van Zyl LJ, Aziz RK, Oksanen HM, Poranen MM, Kropinski AM, Barylski J, Brister JR, Chanisvili N, Edwards RA, Enault F, Gillis A, Knezevic P, Krupovic M, Kurtböke I, Kushkina A, Lavigne R, Lehman S, Lobocka M, Moraru C, Moreno Switt A, Morozova V, Nakavuma J, Reyes Muñoz A, Rūmnieks J, Sarkar BL, Sullivan MB, Uchiyama J, W
Publié dans: Archives of Virology, Numéro 2023, 2023, ISSN 0304-8608
Éditeur: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00705-022-05694-2

Social fear extinction susceptibility is associated with Microbiota-Gut-Brain axis alterations

Auteurs: Nathaniel L. Ritz, Thomaz F.S. Bastiaanssen, Caitlin S.M. Cowan, Linda Smith, Nigel Theune, Marta Brocka, Eibhlís M. Myers, Rachel D. Moloney, Gerard M. Moloney, Andrey N. Shkoporov, Lorraine A. Draper, Colin Hill, Timothy G. Dinan, David A. Slattery, John F. Cryan
Publié dans: Brain, Behavior, and Immunity, Numéro 120, 2024, Page(s) 315-326, ISSN 0889-1591
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.bbi.2024.06.009

Bacteriophages mobilize bacterial defense systems via lateral transduction

Auteurs: Xu Kuang, Jamie Gorzynski, Marie Touchon, Andrey Shkoporov, Eduardo P. C. Rocha, J. Ross Fitzgerald, John Chen, Jakob T. Rostøl, José R. Penadés
Publié dans: Science Advances, Numéro 12, 2026, ISSN 2375-2548
Éditeur: American Association for the Advancement of Science (AAAS)
DOI: 10.1126/sciadv.adx5749

Mutualistic interplay between bacteriophages and bacteria in the human gut

Auteurs: Shkoporov AN, Turkington CJ, Hill C.
Publié dans: Nature Reviews Microbiology, 2022, ISSN 1740-1534
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41579-022-00755-4

Bacterial Viruses Subcommittee and Archaeal Viruses Subcommittee of the ICTV: update of taxonomy changes in 2021

Auteurs: Krupovic M, Turner D, Morozova V, Dyall-Smith M, Oksanen HM, Edwards R, Dutilh BE, Lehman SM, Reyes A, Baquero DP, Sullivan MB, Uchiyama J, Nakavuma J, Barylski J, Young MJ, Du S, Alfenas-Zerbini P, Kushkina A, Kropinski AM, Kurtböke I, Brister JR, Lood C, Sarkar BL, Yigang T, Liu Y, Huang L, Wittmann J, Chanishvili N, van Zyl LJ, Rumnieks J, Mochizuki T, Jalasvuori M, Aziz RK, Łobocka M, Stedma
Publié dans: Archives of Virology, Numéro 2021, 2021, ISSN 1432-8798
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1007/s00705-021-05205-9

Other (1)

Prevalent Gut Phages Encode Modular Adhesins Mediating Epithelial Binding and Endoplasmic Reticulum Trafficking

Auteurs: Gábor Apjok, Tóbiás Sári, Orsolya Méhi, András Asbóth, Lilla Barna, Dóra Sala, Ilona Gróf, Bálint Márk Vásárhelyi, Szilvia Juhász, Csaba Pál, Péter Horváth, Ede Migh, György Schneider, Colin Hill, Mária Deli, Andrey Shkoporov, Bálint Kintses
Publié dans: bioRxiv, 2026
Éditeur: openRxiv
DOI: 10.64898/2026.02.02.702849