Projektbeschreibung
Einblick in die Bindung der durch HIPPO regulierten Transkriptionsfaktoren
Mehr als 1 600 Transkriptionsfaktoren (TF) wurden bereits annotiert. Diese spielen eine entscheidende Rolle bei der Genexpression. Obwohl ihre bindende Domäne bekannt ist, gibt es noch immer kaum Informationen zur Interaktion von Transkriptionsfaktoren mit Nukleosomen und Chromatin. Ein am EU-finanzierten Projekt HIPPOSTRUCT beteiligtes Forschungsteam möchte das Zusammenspiel zwischen verschiedenen Transkriptionsfaktoren der TEAD- und FOX-Familie analysieren, die am HIPPO-Signalweg der Tumorsuppression beteiligt sind. Dabei verfolgt es die Hypothese, dass FOX-Transkriptionsfaktoren Chromatin remodellieren und so eine TEAD-Bindung und -Genexpression ermöglichen. Dazu werden Bioinformatikanalysen zur Identifizierung der Bindungsstellen der Transkriptionsfaktoren im gesamten menschlichen Genom und experimentelle Arbeiten kombiniert, um die intermolekulare Bindung zwischen den Faktoren und der DNA zu bestimmen.
Ziel
Transcription factors (TFs) are proteins which recognize specific DNA-sequence to orchestrate various gene expression programs according to cellular requirements. Currently, approximately 1,600 TFs along with their binding motifs have been annotated. Further, recent studies enabled classification of many of them according to their binding modes across nucleosome assembly. Despite such progress, interplay of different TFs in the context of adjacent DNA sequence or spatial organisation of chromatin is still largely unknown. This project aims to dissect crosstalk between different TFs that are targeted by HIPPO signalling pathway, a tumour suppressor pathway representing potential target for anti-tumour therapies. Preliminary data from host lab combined with previous studies from other groups lead us to postulate hypothesis that TFs from TEAD and FOX groups cooperate on regulation of transcription programs controlled by HIPPO pathway. Specifically, FOX TFs act as chromatin re-modellers enabling TEADs binding to the naked part of DNA which then triggers desired gene expression programs. To test this hypothesis, we will combine bioinformatic searches across human genome with experimental work assessing intermolecular binding between TFs and DNA, followed by structural characterization of selected macromolecular complexes. We will identify genomic loci which contains binding motifs for both TEAD and FOX TFs. These DNA fragment will be tested experimentally in terms of their ability to physically interact with both TFs, which will provide mechanistic insight into their cooperation. Finally, 3-D structure of the reconstituted complexes containing TF pairs bound to DNA will be determined using advanced mass spectrometry combined with high-resolution structural techniques such as X-ray crystallography and cryo-electron microscopy. This project will provide insight how TFs cooperate in the relevant genomic context with physiological chromatin architecture.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
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Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
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HAUPTPROGRAMM
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Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
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Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
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MSCA-IF-EF-ST - Standard EF
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Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
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(öffnet in neuem Fenster) H2020-WF-2018-2020
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Finanzieller Nettobeitrag der EU. Der Geldbetrag, den der Beteiligte erhält, abzüglich des EU-Beitrags an mit ihm verbundene Dritte. Berücksichtigt die Aufteilung des EU-Finanzbeitrags zwischen den direkten Begünstigten des Projekts und anderen Arten von Beteiligten, wie z. B. Dritten.
142 00 PRAHA 4
Tschechien
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.