Opis projektu
Wgląd w wiązanie czynników transkrypcyjnych regulowanych na szlaku HIPPO
Znamy już ponad 1 600 czynników transkrypcyjnych, które odgrywają istotną rolę w ekspresji genów. Mimo że znamy ich domenę wiążącą, sposób interakcji czynników transkrypcyjnych z nukleosomami i chromatyną jest nadal słabo opisany. Naukowcy pracujący w ramach z finansowanego przez UE projektu HIPPOSTRUCT zamierzają przeanalizować wzajemne powiązania między różnymi czynnikami transkrypcyjnymi z rodzin TEAD i FOX, które są powiązane ze szlakiem sygnałowym HIPPO supresora nowotworów. Badacze zakładają, że czynniki transkrypcyjne FOX przebudowują chromatynę w sposób ułatwiający wiązanie czynników TEAD i ekspresję genów. Aby potwierdzić tę hipotezę naukowcy skorzystają z połączenia analiz bioinformatycznych. Postarają się zidentyfikować loci wiążących czynników transkrypcyjnych ludzkiego genomu oraz przeprowadzą prace doświadczalne w celu wskazania międzycząsteczkowego wiązania między czynnikami transkrypcyjnymi a DNA.
Cel
Transcription factors (TFs) are proteins which recognize specific DNA-sequence to orchestrate various gene expression programs according to cellular requirements. Currently, approximately 1,600 TFs along with their binding motifs have been annotated. Further, recent studies enabled classification of many of them according to their binding modes across nucleosome assembly. Despite such progress, interplay of different TFs in the context of adjacent DNA sequence or spatial organisation of chromatin is still largely unknown. This project aims to dissect crosstalk between different TFs that are targeted by HIPPO signalling pathway, a tumour suppressor pathway representing potential target for anti-tumour therapies. Preliminary data from host lab combined with previous studies from other groups lead us to postulate hypothesis that TFs from TEAD and FOX groups cooperate on regulation of transcription programs controlled by HIPPO pathway. Specifically, FOX TFs act as chromatin re-modellers enabling TEADs binding to the naked part of DNA which then triggers desired gene expression programs. To test this hypothesis, we will combine bioinformatic searches across human genome with experimental work assessing intermolecular binding between TFs and DNA, followed by structural characterization of selected macromolecular complexes. We will identify genomic loci which contains binding motifs for both TEAD and FOX TFs. These DNA fragment will be tested experimentally in terms of their ability to physically interact with both TFs, which will provide mechanistic insight into their cooperation. Finally, 3-D structure of the reconstituted complexes containing TF pairs bound to DNA will be determined using advanced mass spectrometry combined with high-resolution structural techniques such as X-ray crystallography and cryo-electron microscopy. This project will provide insight how TFs cooperate in the relevant genomic context with physiological chromatin architecture.
Dziedzina nauki (EuroSciVoc)
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego.
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego.
- nauki przyrodniczenauki biologicznegenetykaDNA
- nauki przyrodniczenauki o Ziemi i pokrewne nauki o środowiskugeologiamineralogiakrystalografia
- nauki przyrodniczenauki biologicznebiochemiabiocząsteczkibiałka
- nauki przyrodniczenauki fizyczneoptykamikroskopia
- nauki przyrodniczenauki chemicznechemia analitycznaspektrometria mas
Aby użyć tej funkcji, musisz się zalogować lub zarejestrować
Program(-y)
Temat(-y)
Zaproszenie do składania wniosków
Zobacz inne projekty w ramach tego zaproszeniaSzczegółowe działanie
H2020-WF-02-2019
System finansowania
MSCA-IF-EF-ST - Standard EFKoordynator
142 00 Praha 4
Czechy