Projektbeschreibung
Regulierung der Genexpression: Rolle der RNS-Spaltung
Damit ein Gen in ein Protein übersetzt werden kann, muss die dazwischenliegende Boten-RNS korrekt verarbeitet werden. Dazu gehören die Abspaltung des 3’-Endes und die Polyadenylierung, die den Austritt aus dem Zellkern erleichtern, sowie die Produktion verschiedener Isoformen, die multizellulären Organismen eine räumliche und zeitliche Vielfalt der Genexpression verleihen. Die wissenschaftliche Gruppe des vom Europäischen Forschungsrat finanzierten Projekts AlternativeEnds ist daran interessiert, den zugrundeliegenden Mechanismus zu verstehen, der bei der RNS-Spaltung und -Terminierung eine Rolle spielt. Die Projektaktivitäten werden grundlegende Erkenntnisse über die alternative Genexpression bereitstellen und die Möglichkeit bieten, die Auswahl der Spaltstellen zu therapeutischen Zwecken zu manipulieren.
Ziel
The human genome contains only ~20.000 genes, however, most of them encode multiple transcripts resulting from alternative promoter usage, splicing, and 3’ end selection. Gene 3’ ends can be defined by the positions of RNA 3’ cleavage, or the location where RNA polymerase II terminates transcription. Alternative 3’ ends determine the properties of the encoded protein: typically its abundance, but sometimes also domain structure – as for immunoglobulin M heavy chain which is membrane-bound or secreted depending on the 3’ cleavage site. Widespread changes in 3’ end usage are characteristic of many processes e.g. differentiation and cancer like neuroblastoma. We do not understand what drives this selectivity.
In this research project I will answer the fundamental question of how the location and timing of RNA polymerase II entering into termination mode impacts on the choice of the alternative cleavage and polyadenylation site (Aim 1). I will use biochemical and genetic approaches to elucidate the sequence determinant of alternative cleavage and termination (Aim 2), and investigate sequence-independent components of alternative termination (Aim 3).
I recently pioneered the measurement of 3’ cleavage positions together with locations of transcription termination by a novel transcriptomic method. I will apply this method to investigate the timing of changes in cleavage and termination relative to each other on an averaged cell population level, and use a new technique to test this for single molecules. I will also determine the baseline for cleavage site selection utilizing a newly developed in vitro system. Combining those unique integrative and separation-of-function approaches will yield a comprehensive view of alternative gene end regulation.
Ultimately, understanding the complex crosstalk between RNA cleavage and transcription termination in alternative 3’ end selection will enable the manipulation of this process e.g. to alleviate diseases such as neuroblastoma.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
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- Naturwissenschaften Biowissenschaften Biochemie Biomoleküle Proteine
- Medizin- und Gesundheitswissenschaften Klinische Medizin Onkologie
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Genetik RNS
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Genetik Genom
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Schlüsselbegriffe
Schlüsselbegriffe des Projekts, wie vom Projektkoordinator angegeben. Nicht zu verwechseln mit der EuroSciVoc-Taxonomie (Wissenschaftliches Gebiet).
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Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
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HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC)
HAUPTPROGRAMM
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Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
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Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
HORIZON-ERC - HORIZON ERC Grants
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Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
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(öffnet in neuem Fenster) ERC-2021-STG
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Finanzieller Nettobeitrag der EU. Der Geldbetrag, den der Beteiligte erhält, abzüglich des EU-Beitrags an mit ihm verbundene Dritte. Berücksichtigt die Aufteilung des EU-Finanzbeitrags zwischen den direkten Begünstigten des Projekts und anderen Arten von Beteiligten, wie z. B. Dritten.
61 712 Poznan
Polen
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.