Descrizione del progetto
Il ruolo della scissione del DNA nella regolazione dell’espressione genica
Affinché un gene possa essere tradotto in una proteina, è necessario che l’RNA messaggero intermediario venga processato in modo corretto. Ciò prevede il processo della scissione e della poliadenilazione delle estremità 3’, che agevola l’uscita dal nucleo e promuove la produzione di isoforme differenti, dotando gli organismi multicellulari di diversità dell’espressione genica a livello spaziale e temporale. Gli scienziati impegnati nel progetto AlternativeEnds, finanziato dal Consiglio europeo della ricerca, sono interessati alla comprensione dei meccanismi sottostanti al processo di scissione e terminazione dell’RNA. Le attività svolte nell’ambito del progetto forniranno indizi di fondamentale importanza sulle alternative dell’espressione genica e offriranno la possibilità di manipolare la selezione del sito di scissione per finalità terapeutiche.
Obiettivo
The human genome contains only ~20.000 genes, however, most of them encode multiple transcripts resulting from alternative promoter usage, splicing, and 3’ end selection. Gene 3’ ends can be defined by the positions of RNA 3’ cleavage, or the location where RNA polymerase II terminates transcription. Alternative 3’ ends determine the properties of the encoded protein: typically its abundance, but sometimes also domain structure – as for immunoglobulin M heavy chain which is membrane-bound or secreted depending on the 3’ cleavage site. Widespread changes in 3’ end usage are characteristic of many processes e.g. differentiation and cancer like neuroblastoma. We do not understand what drives this selectivity.
In this research project I will answer the fundamental question of how the location and timing of RNA polymerase II entering into termination mode impacts on the choice of the alternative cleavage and polyadenylation site (Aim 1). I will use biochemical and genetic approaches to elucidate the sequence determinant of alternative cleavage and termination (Aim 2), and investigate sequence-independent components of alternative termination (Aim 3).
I recently pioneered the measurement of 3’ cleavage positions together with locations of transcription termination by a novel transcriptomic method. I will apply this method to investigate the timing of changes in cleavage and termination relative to each other on an averaged cell population level, and use a new technique to test this for single molecules. I will also determine the baseline for cleavage site selection utilizing a newly developed in vitro system. Combining those unique integrative and separation-of-function approaches will yield a comprehensive view of alternative gene end regulation.
Ultimately, understanding the complex crosstalk between RNA cleavage and transcription termination in alternative 3’ end selection will enable the manipulation of this process e.g. to alleviate diseases such as neuroblastoma.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
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- scienze naturali scienze biologiche biochimica biomolecole proteine
- scienze mediche e della salute medicina clinica oncologia
- scienze naturali scienze biologiche genetica RNA
- scienze naturali scienze biologiche genetica genomi
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Parole chiave
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
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HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC)
PROGRAMMA PRINCIPALE
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Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
HORIZON-ERC - HORIZON ERC Grants
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Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
(si apre in una nuova finestra) ERC-2021-STG
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Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.
61 712 Poznan
Polonia
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.