Decoding animal genomes into cell types

Información del proyecto

Genome2Cells

Identificador del acuerdo de subvención: 101054387

DOI

10.3030/101054387

Fecha de la firma de la CE 23 Noviembre 2022

Fecha de inicio 1 Junio 2023

Fecha de finalización 31 Mayo 2028

Financiado con arreglo a

• European Research Council (ERC)

Coste total

€ 2 500 000,00

Aportación de la UE

€ 2 500 000,00

Coordinado por

VIB VZW
Belgium

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Resultado final

Data Management Plan (1)

Data Management Plan

Drafting of data management plan

Publicaciones

Peer reviewed articles (7)

Nova-ST: Nano-patterned ultra-dense platform for spatial transcriptomics

Autores: Suresh Poovathingal; Kristofer Davie; Lars E. Borm; Roel Vandepoel; Nicolas Poulvellarie; Annelien Verfaillie; Nikky Corthout; Stein Aerts
Publicado en: Cell Reports Methods, 2024, ISSN 2667-2375
Editor: Elsevier
DOI: 10.1016/J.CRMETH.2024.100831

eLife

Autores: Jasper Janssens; Pierre Mangeol; Nikolai Hecker; Gabriele Partel; Katina I Spanier; Joy N Ismail; Gert J Hulselmans; Stein Aerts; Frank Schnorrer
Publicado en: eLife, 2023, ISSN 2050-084X
Editor: eLife
DOI: 10.7554/ELIFE.92618

Nature

Autores: Ibrahim I. Taskiran; Katina I. Spanier; Hannah Dickmänken; Niklas Kempynck; Alexandra Pančíková; Eren Can Ekşi; Gert Hulselmans; Joy N. Ismail; Koen Theunis; Roel Vandepoel; Valerie Christiaens; David Mauduit; Stein Aerts
Publicado en: Nature, 2023, ISSN 0028-0836
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2022.07.26.501466V1

Evaluating methods for the prediction of cell-type-specific enhancers in the mammalian cortex

Autores: Nelson J. Johansen; Niklas Kempynck; Nathan R. Zemke; Saroja Somasundaram; Seppe De Winter; Marcus Hooper; Deepanjali Dwivedi; Ruchi Lohia; Fabien Wehbe; Bocheng Li; Darina Abaffyová; Ethan J. Armand; Julie De Man; Eren Can Eksi; Nikolai Hecker; Gert Hulselmans; Vasilis Konstantakos; David Mauduit; John K. Mich; Gabriele Partel; Tanya L. Daigle; Boaz P. Levi; Kai Zhang; Yoshiaki Tanaka; Jesse Gillis; Jonathan T. Ting; Yoav Ben-Simon; Jeremy Miller; Joseph R. Ecker; Bing Ren; Stein Aerts; Ed S. Lein; Bosiljka Tasic; Trygve E. Bakken
Publicado en: Cell Genomics, 2024, ISSN 2666-979X
Editor: Elsevier
DOI: 10.1101/2024.08.21.609075

Modelling and design of transcriptional enhancers

Autores: Seppe De Winter; Vasileios Konstantakos; Stein Aerts
Publicado en: Nature Reviews Bioengineering, 2025, ISSN 2731-6092
Editor: Springer Nature
DOI: 10.1038/S44222-025-00280-Y

Enhancer-driven cell type comparison reveals similarities between the mammalian and bird pallium

Autores: Nikolai Hecker, Niklas Kempynck, David Mauduit, Darina Abaffyová, Roel Vandepoel, Sam Dieltiens, Lars Borm, Ioannis Sarropoulos, Carmen Bravo González-Blas, Julie De Man, Kristofer Davie, Elke Leysen, Jeroen Vandensteen, Rani Moors, Gert Hulselmans, Lynette Lim, Joris De Wit, Valerie Christiaens, Suresh Poovathingal, Stein Aerts
Publicado en: Science, Edición 387, 2025, ISSN 0036-8075
Editor: American Association for the Advancement of Science (AAAS)
DOI: 10.1126/SCIENCE.ADP3957

Evaluating single-cell ATAC-seq atlasing technologies using sequence-to-function modeling

Autores: Hannah Dickmänken, Marta Wojno, Lukas Mahieu, Koen Theunis, Eren Can Ekşi, Valerie Christiaens, Niklas Kempynck, Florian V. De Rop, Natalie Roels, Katina I. Spanier, Roel Vandepoel, Gert Hulselmans, Suresh Poovathingal, Stein Aerts
Publicado en: Nature Communications, 2026, ISSN 2041-1723
Editor: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41467-026-68742-4