Decoding animal genomes into cell types

Informazioni relative al progetto

Genome2Cells

ID dell’accordo di sovvenzione: 101054387

DOI

10.3030/101054387

Data della firma CE 23 Novembre 2022

Data di avvio 1 Giugno 2023

Data di completamento 31 Maggio 2028

Finanziato da

• European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 2 500 000,00

Contributo UE

€ 2 500 000,00

Coordinato da

VIB VZW
Belgium

CORDIS fornisce collegamenti ai risultati finali pubblici e alle pubblicazioni dei progetti ORIZZONTE.

I link ai risultati e alle pubblicazioni dei progetti del 7° PQ, così come i link ad alcuni tipi di risultati specifici come dataset e software, sono recuperati dinamicamente da .OpenAIRE .

Risultati finali

Data Management Plan (1)

Data Management Plan

Drafting of data management plan

Pubblicazioni

Peer reviewed articles (7)

Nova-ST: Nano-patterned ultra-dense platform for spatial transcriptomics

Autori: Suresh Poovathingal; Kristofer Davie; Lars E. Borm; Roel Vandepoel; Nicolas Poulvellarie; Annelien Verfaillie; Nikky Corthout; Stein Aerts
Pubblicato in: Cell Reports Methods, 2024, ISSN 2667-2375
Editore: Elsevier
DOI: 10.1016/J.CRMETH.2024.100831

eLife

Autori: Jasper Janssens; Pierre Mangeol; Nikolai Hecker; Gabriele Partel; Katina I Spanier; Joy N Ismail; Gert J Hulselmans; Stein Aerts; Frank Schnorrer
Pubblicato in: eLife, 2023, ISSN 2050-084X
Editore: eLife
DOI: 10.7554/ELIFE.92618

Nature

Autori: Ibrahim I. Taskiran; Katina I. Spanier; Hannah Dickmänken; Niklas Kempynck; Alexandra Pančíková; Eren Can Ekşi; Gert Hulselmans; Joy N. Ismail; Koen Theunis; Roel Vandepoel; Valerie Christiaens; David Mauduit; Stein Aerts
Pubblicato in: Nature, 2023, ISSN 0028-0836
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2022.07.26.501466V1

Evaluating methods for the prediction of cell-type-specific enhancers in the mammalian cortex

Autori: Nelson J. Johansen; Niklas Kempynck; Nathan R. Zemke; Saroja Somasundaram; Seppe De Winter; Marcus Hooper; Deepanjali Dwivedi; Ruchi Lohia; Fabien Wehbe; Bocheng Li; Darina Abaffyová; Ethan J. Armand; Julie De Man; Eren Can Eksi; Nikolai Hecker; Gert Hulselmans; Vasilis Konstantakos; David Mauduit; John K. Mich; Gabriele Partel; Tanya L. Daigle; Boaz P. Levi; Kai Zhang; Yoshiaki Tanaka; Jesse Gillis; Jonathan T. Ting; Yoav Ben-Simon; Jeremy Miller; Joseph R. Ecker; Bing Ren; Stein Aerts; Ed S. Lein; Bosiljka Tasic; Trygve E. Bakken
Pubblicato in: Cell Genomics, 2024, ISSN 2666-979X
Editore: Elsevier
DOI: 10.1101/2024.08.21.609075

Modelling and design of transcriptional enhancers

Autori: Seppe De Winter; Vasileios Konstantakos; Stein Aerts
Pubblicato in: Nature Reviews Bioengineering, 2025, ISSN 2731-6092
Editore: Springer Nature
DOI: 10.1038/S44222-025-00280-Y

Enhancer-driven cell type comparison reveals similarities between the mammalian and bird pallium

Autori: Nikolai Hecker, Niklas Kempynck, David Mauduit, Darina Abaffyová, Roel Vandepoel, Sam Dieltiens, Lars Borm, Ioannis Sarropoulos, Carmen Bravo González-Blas, Julie De Man, Kristofer Davie, Elke Leysen, Jeroen Vandensteen, Rani Moors, Gert Hulselmans, Lynette Lim, Joris De Wit, Valerie Christiaens, Suresh Poovathingal, Stein Aerts
Pubblicato in: Science, Numero 387, 2025, ISSN 0036-8075
Editore: American Association for the Advancement of Science (AAAS)
DOI: 10.1126/SCIENCE.ADP3957

Evaluating single-cell ATAC-seq atlasing technologies using sequence-to-function modeling

Autori: Hannah Dickmänken, Marta Wojno, Lukas Mahieu, Koen Theunis, Eren Can Ekşi, Valerie Christiaens, Niklas Kempynck, Florian V. De Rop, Natalie Roels, Katina I. Spanier, Roel Vandepoel, Gert Hulselmans, Suresh Poovathingal, Stein Aerts
Pubblicato in: Nature Communications, 2026, ISSN 2041-1723
Editore: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41467-026-68742-4