Decoding animal genomes into cell types

Projektinformationen

Genome2Cells

ID Finanzhilfevereinbarung: 101054387

DOI

10.3030/101054387

EK-Unterschriftsdatum 23 November 2022

Startdatum 1 Juni 2023

Enddatum 31 Mai 2028

Finanziert unter

• European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 2 500 000,00

EU-Beitrag

€ 2 500 000,00

Koordiniert durch

VIB VZW
Belgium

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Links zu Ergebnissen und Veröffentlichungen von RP7-Projekten sowie Links zu einigen Typen spezifischer Ergebnisse wie Datensätzen und Software werden dynamisch von OpenAIRE abgerufen.

Leistungen

Data Management Plan (1)

Data Management Plan

Drafting of data management plan

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (7)

Nova-ST: Nano-patterned ultra-dense platform for spatial transcriptomics

Autoren: Suresh Poovathingal; Kristofer Davie; Lars E. Borm; Roel Vandepoel; Nicolas Poulvellarie; Annelien Verfaillie; Nikky Corthout; Stein Aerts
Veröffentlicht in: Cell Reports Methods, 2024, ISSN 2667-2375
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/J.CRMETH.2024.100831

eLife

Autoren: Jasper Janssens; Pierre Mangeol; Nikolai Hecker; Gabriele Partel; Katina I Spanier; Joy N Ismail; Gert J Hulselmans; Stein Aerts; Frank Schnorrer
Veröffentlicht in: eLife, 2023, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife
DOI: 10.7554/ELIFE.92618

Nature

Autoren: Ibrahim I. Taskiran; Katina I. Spanier; Hannah Dickmänken; Niklas Kempynck; Alexandra Pančíková; Eren Can Ekşi; Gert Hulselmans; Joy N. Ismail; Koen Theunis; Roel Vandepoel; Valerie Christiaens; David Mauduit; Stein Aerts
Veröffentlicht in: Nature, 2023, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2022.07.26.501466V1

Evaluating methods for the prediction of cell-type-specific enhancers in the mammalian cortex

Autoren: Nelson J. Johansen; Niklas Kempynck; Nathan R. Zemke; Saroja Somasundaram; Seppe De Winter; Marcus Hooper; Deepanjali Dwivedi; Ruchi Lohia; Fabien Wehbe; Bocheng Li; Darina Abaffyová; Ethan J. Armand; Julie De Man; Eren Can Eksi; Nikolai Hecker; Gert Hulselmans; Vasilis Konstantakos; David Mauduit; John K. Mich; Gabriele Partel; Tanya L. Daigle; Boaz P. Levi; Kai Zhang; Yoshiaki Tanaka; Jesse Gillis; Jonathan T. Ting; Yoav Ben-Simon; Jeremy Miller; Joseph R. Ecker; Bing Ren; Stein Aerts; Ed S. Lein; Bosiljka Tasic; Trygve E. Bakken
Veröffentlicht in: Cell Genomics, 2024, ISSN 2666-979X
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1101/2024.08.21.609075

Modelling and design of transcriptional enhancers

Autoren: Seppe De Winter; Vasileios Konstantakos; Stein Aerts
Veröffentlicht in: Nature Reviews Bioengineering, 2025, ISSN 2731-6092
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1038/S44222-025-00280-Y

Enhancer-driven cell type comparison reveals similarities between the mammalian and bird pallium

Autoren: Nikolai Hecker, Niklas Kempynck, David Mauduit, Darina Abaffyová, Roel Vandepoel, Sam Dieltiens, Lars Borm, Ioannis Sarropoulos, Carmen Bravo González-Blas, Julie De Man, Kristofer Davie, Elke Leysen, Jeroen Vandensteen, Rani Moors, Gert Hulselmans, Lynette Lim, Joris De Wit, Valerie Christiaens, Suresh Poovathingal, Stein Aerts
Veröffentlicht in: Science, Ausgabe 387, 2025, ISSN 0036-8075
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science (AAAS)
DOI: 10.1126/SCIENCE.ADP3957

Evaluating single-cell ATAC-seq atlasing technologies using sequence-to-function modeling

Autoren: Hannah Dickmänken, Marta Wojno, Lukas Mahieu, Koen Theunis, Eren Can Ekşi, Valerie Christiaens, Niklas Kempynck, Florian V. De Rop, Natalie Roels, Katina I. Spanier, Roel Vandepoel, Gert Hulselmans, Suresh Poovathingal, Stein Aerts
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2026, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41467-026-68742-4