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CORDIS - Risultati della ricerca dell’UE
CORDIS

leveraging the European compute infrastructures for data-intensive research guided by FAIR principles

CORDIS fornisce collegamenti ai risultati finali pubblici e alle pubblicazioni dei progetti ORIZZONTE.

I link ai risultati e alle pubblicazioni dei progetti del 7° PQ, così come i link ad alcuni tipi di risultati specifici come dataset e software, sono recuperati dinamicamente da .OpenAIRE .

Risultati finali

EuroScienceGateway data management and contingency management plan (si apre in una nuova finestra)

A data management plan (DMP) will be developed for the project, taking ethical and legal compliance measures into account, and incorporate all relevant project components from each work package. The DMP will evolve during the project and will be constantly updated. The consortium will enforce the use of open source licensed tools, packages and libraries, following the OSI recommendations. All scientific publications will be published Open Access and generated artefacts (tools, workflows), as well as services will be registered in EOSC supported registries.

Dissemination and exploitation plan (si apre in una nuova finestra)

A dissemination and exploitation plan will be developed in the first months of the project and execute a communication strategy, including:●Develop and update the project website.●Blog regularly on the consortium website as well as through the channels of the consortium partners to reach out to all stakeholders.●Participate in user conferences.●Make use of well established community channels in Twitter and other social media to share relevant news, use cases and other novelties.●Fostering community building by identifying and promoting user success stories, e.g. achievements, papers that have been enabled by EuroScienceGateway.

Community onboarding cookbook published (si apre in una nuova finestra)

Publication of Community onboarding cookbook

Pubblicazioni

Connecting Galaxy to a compute cluster

Autori: Nate Coraor, Björn Grüning, Helena Rasche
Pubblicato in: 2025
Editore: Galaxy Training Materials

FAIR and Scalable Education (si apre in una nuova finestra)

Autori: Anika Erxleben-Eggenhofer,Bérénice Batut,Teresa Müller
Pubblicato in: 2023
Editore: TIB
DOI: 10.52825/CORDI.V1I.422

BioHackEU22 Report: Enhancing Research Data Management in Galaxy and Data Stewardship Wizard by utilising RO-Crates (si apre in una nuova finestra)

Autori: Ignacio Eguinoa, Marek Suchánek, Vojtěch Knaisl, Jan Slifka, Paul De Geest, David López, Björn Grüning, Simone Leo, Stian Soiland-Reyes
Pubblicato in: BioHackrXiv, 2023
Editore: BioHackrXiv
DOI: 10.37044/OSF.IO/24JST

Optimized meta-scheduling in Galaxy using TPV Broker (si apre in una nuova finestra)

Autori: Azab, Abdulrahman; De Geest, Paul; Srikakulam, Sanjay Kumar; Vondra, Tomáš; Kuntz, Mira; Grüning, Björn
Pubblicato in: 2025
Editore: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.14936846

A Docker-based interactive Jupyterlab powered by GPU for artificial intelligence in Galaxy

Autori: Anup Kumar
Pubblicato in: 2025
Editore: Galaxy Training Materials

Genome annotation with Braker3

Autori: Romane LIBOUBAN, Anthony Bretaudeau
Pubblicato in: 2025
Editore: Galaxy Training Materials

F1000 Research (si apre in una nuova finestra)

Autori: Anthony Bretaudeau, Helena Rasche
Pubblicato in: 2023, ISSN 2046-1402
Editore: F1000 Research Ltd.
DOI: 10.7490/F1000RESEARCH.1119590.1

EuroScienceGateway D2.2: Publishing workflow enriched FDOs to EOSC (si apre in una nuova finestra)

Autori: Soiland-Reyes, Stian; Chadwick, Eli; Dadras, Armin; Grüning, Björn; Condurache, Catalin; Luna-Valero, Sebastian; Savchenko, Volodymyr
Pubblicato in: 2025
Editore: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.15094824

RO-Crate in Python

Autori: Simone Leo, Bruno P. Kinoshita
Pubblicato in: 2023
Editore: Galaxy Training Materials

Optimized meta-scheduling in Galaxy using TPV Broker (si apre in una nuova finestra)

Autori: Azab, Abdulrahman; De Geest, Paul; Srikakulam, Sanjay Kumar; Vondra, Tomáš; Kuntz, Mira; Grüning, Björn
Pubblicato in: 2025
Editore: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.14936846

Setting up Celery Workers for Galaxy

Autori: Mira Kuntz
Pubblicato in: 2023
Editore: Galaxy Training Materials

The Galaxy platform: Applications to catalysis workflows (si apre in una nuova finestra)

Autori: Liborio L, Devadasan S, Austin P and Nieva de la Hidalga A.
Pubblicato in: 2024, ISSN 2046-1402
Editore: F1000Research LTd
DOI: 10.7490/F1000RESEARCH.1119782.1

Setting up a dev Onedata instance

Autori: Łukasz Opioła
Pubblicato in: 2025
Editore: Galaxy Training Materials

Galaxy Sustainability Report (si apre in una nuova finestra)

Autori: Jain, Smitesh
Pubblicato in: 2025
Editore: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.16030328

Galaxy Interactive Tools

Autori: Nate Coraor, Simon Gladman, Helena Rasche, Anthony Bretaudeau, José Manuel Domínguez
Pubblicato in: 2020
Editore: Galaxy Training Materials

EuroScienceGateway: WP2 introduction (si apre in una nuova finestra)

Autori: Soiland-Reyes, Stian; Goble, Carole
Pubblicato in: 2022
Editore: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.7152762

Sharing data as machine-actionable objects using RO-Crate, Bioschemas and Signposting (si apre in una nuova finestra)

Autori: Stian Soiland-Reyes; Simone Leo; Leyla Jael Castro; Peter Sefton; Carole Goble
Pubblicato in: 2023
Editore: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.7989657

WorkflowHub Knowledge Graph (si apre in una nuova finestra)

Autori: Hambley, A., Chadwick, E., Woolland, O., Soiland-Reyes, S., & Savchenko, V.
Pubblicato in: 2024
Editore: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.13362051

Computing Simulations for Large Scale Experiments: the Case of Muons (si apre in una nuova finestra)

Autori: Liborio, Leandro; Austin, Patrick; Beltran, Alejandra Gonzalez; Davies, Joel
Pubblicato in: 2023
Editore: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.8161368

Introduction to deep learning

Autori: Anup Kumar, Alireza Khanteymoori
Pubblicato in: 2025
Editore: Galaxy Training Materials

Community onboarding cookbook published (si apre in una nuova finestra)

Autori: Nikolay, Vazov
Pubblicato in: 2024
Editore: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.15826940

Onedata user-owned storage

Autori: Łukasz Opioła, Bartosz Walkowicz
Pubblicato in: 2025
Editore: Galaxy Training Materials

Comparison of two annotation tools - Helixer and Braker3

Autori: Romane LIBOUBAN
Pubblicato in: 2025
Editore: Galaxy Training Materials

Functional annotation of protein sequences

Autori: Anthony Bretaudeau
Pubblicato in: 2022
Editore: Galaxy Training Materials

Creating lightweight FAIR Digital Objects with RO-Crate and FAIR Signposting (si apre in una nuova finestra)

Autori: Soiland-Reyes, Stian; Sefton, Peter; Castro, Leyla Jael; Coppens, Frederik; Garijo, Daniel; Leo, Simone; Portier, Marc; Groth, Paul; Goble, Carole
Pubblicato in: 2022
Editore: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.7245315

Genome annotation with Helixer

Autori: Romane LIBOUBAN, Anthony Bretaudeau
Pubblicato in: 2025
Editore: Galaxy Training Materials

FAIR-IMPACT synergies with EOSC4Cancer (si apre in una nuova finestra)

Autori: Stian Soiland-Reyes; Carole Goble; Raquel Villodres Toledo; Romina Royo; Salvador Capella-Gutierrez
Pubblicato in: 2022
Editore: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.6767548

EuroScienceGateway: WP2 introduction (si apre in una nuova finestra)

Autori: Stian Soiland-Reyes; Carole Goble
Pubblicato in: EOSC, 2022
Editore: EOSC
DOI: 10.5281/zenodo.7152762

Exporting to Onedata remote

Autori: Łukasz Opioła, Bartosz Walkowicz
Pubblicato in: 2025
Editore: Galaxy Training Materials

Publication on the smart job scheduler implementation (si apre in una nuova finestra)

Autori: Azab, Abdulrahman; Srikakulam, Sanjay Kumar; De Geest, Paul; Vondrák, Tomáš; Grüning, Björn; Kuntz, Mira; Fernandez-del-Castillo, Enol; Luna-Valero, Sebastian
Pubblicato in: 2025
Editore: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.15827107

Improving Galaxy provenance export using RO-Crate (si apre in una nuova finestra)

Autori: De Geest, Paul; Coppens, Frederik; Eguinoa, Ignacio; Soiland-Reyes, Stian; Leo, Simone
Pubblicato in: 2022
Editore: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.7257145

Automating Galaxy workflows using the command line

Autori: Simon Bray, Wolfgang Maier
Pubblicato in: 2025
Editore: Galaxy Training Materials

EuroScienceGateway D2.1: Reproducible FAIR Digital Objects for Workflows (si apre in una nuova finestra)

Autori: Soiland-Reyes, Stian; Chadwick, Eli; Bacall, Finn; Fernández, José M.; Grüning, Björn; Bayındır, Hakan
Pubblicato in: 2024
Editore: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.13225792

Analyse Argo data

Autori: Marie Josse
Pubblicato in: 2025
Editore: Galaxy Training Materials

Single-cell ATAC-seq standard processing with SnapATAC2

Autori: Timon Schlegel
Pubblicato in: 2025
Editore: Galaxy Training Materials

Configuring the Onedata connectors (remotes, Object Store, BYOS, BYOD)

Autori: Łukasz Opioła, Bartosz Walkowicz
Pubblicato in: 2025
Editore: Galaxy Training Materials

Make your tools available on your subdomain

Autori: Marie Josse
Pubblicato in: 2024
Editore: Galaxy Training Materials

From NDVI data with OpenEO to time series visualisation with Holoviews

Autori: Marie Josse
Pubblicato in: 2024
Editore: Galaxy Training Materials

Use Apptainer containers for running Galaxy jobs

Autori: Torfinn Nome, Marius van den Beek, Matthias Bernt, Helena Rasche, Mira Kuntz
Pubblicato in: 2025
Editore: Galaxy Training Materials

Importing (uploading) data from Onedata

Autori: Łukasz Opioła, Bartosz Walkowicz
Pubblicato in: 2025
Editore: Galaxy Training Materials

Galaxy Installation with Ansible

Autori: Helena Rasche, Nate Coraor, Simon Gladman
Pubblicato in: 2019
Editore: Galaxy Training Materials

Create a subdomain for your community on UseGalaxy.eu

Autori: Marie Josse
Pubblicato in: 2024
Editore: Galaxy Training Materials

Bring Your Own Infrastructure (si apre in una nuova finestra)

Autori: Pedersen, Maiken; Srikakulam, Sanjay Kumar; De Geest, Paul; Fernandez-del-Castillo, Enol; Cristofori, Andrea; Luna-Valero, Sebastian; Tangaro, Marco Antonio; Nicotri, Stefano
Pubblicato in: 2024
Editore: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.15729502

Customizing the look of Galaxy

Autori: Laila Los
Pubblicato in: 2023
Editore: Galaxy Training Materials

Marine Omics identifying biosynthetic gene clusters

Autori: Marie Josse
Pubblicato in: 2024
Editore: Galaxy Training Materials

Galaxy and Scientific Communities: How to Incorporate New Ones, Uplift Engaged Ones and Maintain Mature Ones (si apre in una nuova finestra)

Autori: Liborio, L.; P. Austin; A. Gonzalez-Beltran; E. Chadwick; V. Savchenko; A. Neronov; J. Iaquinta; A. Bretaudeau
Pubblicato in: Conference: PASC2023 , Davos, Switzerland, 26-27 June 2023, 2023
Editore: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.8114821

Masking repeats with RepeatMasker

Autori: Anthony Bretaudeau, Alexandre Cormier, Laura Leroi, Erwan Corre, Stéphanie Robin, Jonathan Kreplak
Pubblicato in: 2021
Editore: Galaxy Training Materials

Genome annotation with Helixer

Autori: Romane LIBOUBAN, Anthony Bretaudeau
Pubblicato in: 2025
Editore: Galaxy Training Materials

Best practices for workflows in GitHub repositories

Autori: Simone Leo, Eli Chadwick
Pubblicato in: 2023
Editore: Galaxy Training Materials

Interactive Tools (IT) in Galaxy (si apre in una nuova finestra)

Autori: Kayikcioglu, Tunc; Srikakulam, Sanjay Kumar; Maier, Wolfgang; Grüning, Björn
Pubblicato in: 2023
Editore: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.8335099

Running Jobs on Remote Resources with Pulsar

Autori: Nate Coraor, Simon Gladman, Marius van den Beek, Helena Rasche, Gianmauro Cuccuru, Mira Kuntz
Pubblicato in: 2025
Editore: Galaxy Training Materials

Getting your hands-on earth data

Autori: Marie Josse
Pubblicato in: 2024, Pagina/e GALAXY TRAINING
Editore: Galaxy Training Materials

Enabling an operational, open and FAIR EOSC ecosystem (si apre in una nuova finestra)

Autori: Sebastian Schaaf,Anika Erxleben-Eggenhofer, Björn Grüning, The EuroScienceGateway Project
Pubblicato in: 2023
Editore: ELIXIR
DOI: 10.7490/F1000RESEARCH.1119627.1

RO-Crate - Introduction

Autori: Stian Soiland-Reyes, Peter Sefton
Pubblicato in: 2023
Editore: Galaxy Training Materials

Refining Genome Annotations with Apollo (eukaryotes)

Autori: Anthony Bretaudeau
Pubblicato in: 2025
Editore: Galaxy Training Materials

The Galaxy Platform and its Applications to Materials Science (si apre in una nuova finestra)

Autori: Liborio, Leandro; Gonzalez-Beltran, Alejandra; Austin, Patrick; Chadwick, Eli
Pubblicato in: 2023
Editore: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.8161429

Interactive Tools (IT) in Galaxy (si apre in una nuova finestra)

Autori: Tunc Kayikcioglu University of Freiburg,Sanjay Kumar Srikakulam University of Freiburg, Wolfgang Maier University of Freiburg ,Björn Grüning University of Freiburg
Pubblicato in: 2023
Editore: TIB
DOI: 10.52825/CORDI.V1I.419

EuroScienceGateway Data Management Plan (DMP; D1.1) (si apre in una nuova finestra)

Autori: Erxleben, Anika; Schaaf, Sebastian; D'Anna, Flora; Gruening, Bjoern; Coppens, Frederik
Pubblicato in: 2023
Editore: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.10054550

EuroscienceGateway Dissemination & Exploitation plan (D&E; D1.2) (si apre in una nuova finestra)

Autori: Erxleben, Anika; Schaaf, Sebastian; Marchis, Oana; Gruening, Bjoern
Pubblicato in: 2023
Editore: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.10055554

Making Earth System Modelling and Observation Workflows Reproducible and Portable Across Federated High-Performance Computer and Cloud Platforms with Conda-based Containers (si apre in una nuova finestra)

Autori: Iaquinta, Jean; Fouilloux, Anne
Pubblicato in: 2025
Editore: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.15600666

Galaxy Database schema

Autori: Hans-Rudolf Hotz, Björn Grüning
Pubblicato in: 2016
Editore: Galaxy Training Materials

Finding the muon stopping site with pymuon-suite in Galaxy

Autori: Leandro Liborio, Eli Chadwick, Patrick Austin
Pubblicato in: 2024
Editore: Galaxy Training Materials

Refining Genome Annotations with Apollo (prokaryotes)

Autori: Anthony Bretaudeau, Helena Rasche, Nathan Dunn, Mateo Boudet
Pubblicato in: 2021
Editore: Galaxy Training Materials

Getting started with Onedata distributed storage

Autori: Łukasz Opioła, Bartosz Walkowicz
Pubblicato in: 2025
Editore: Galaxy Training Materials

Creating high resolution images of Galaxy Workflows

Autori: Laila Los
Pubblicato in: 2024
Editore: Galaxy Training Materials

Ocean Data View (ODV)

Autori: Marie Josse
Pubblicato in: 2023
Editore: Galaxy Training Materials

EuroScienceGateway MS3: Initial EuroScienceGateway workflows registered (si apre in una nuova finestra)

Autori: Soiland-Reyes, Stian; Grüning, Björn; De Geest, Paul
Pubblicato in: 2024
Editore: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.10728922

EuroScienceGateway D2.1: Reproducible FAIR Digital Objects for Workflows (si apre in una nuova finestra)

Autori: Soiland-Reyes, Stian; Chadwick, Eli; Bacall, Finn; Fernández, José M.; Grüning, Björn; Bayındır, Hakan
Pubblicato in: Soiland-Reyes , S , Chadwick , E , Bacall , F , Fernández , J M , Grüning , B & Bayındır , H 2024 , EuroScienceGateway D2.1: Reproducible FAIR Digital Objects for Workflows . Zenodo . https://doi.org/10.5281/zenodo.13225792, 2024
Editore: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.13225792

Genome Annotation

Autori: Anika Erxleben, Björn Grüning
Pubblicato in: 2015
Editore: Galaxy Training Materials

Ocean's variables study

Autori: Marie Josse
Pubblicato in: 2025
Editore: Galaxy Training Materials

Sentinel 5P data visualisation

Autori: Marie Josse
Pubblicato in: 2024
Editore: Galaxy Training Materials

Genome annotation with Funannotate

Autori: Anthony Bretaudeau
Pubblicato in: 2023
Editore: Galaxy Training Materials

D3.1 Operations documentation on the Open Infrastructure deployment (si apre in una nuova finestra)

Autori: Nicotri, Stefano; Tangaro, Marco Antonio; Zambelli, Federico; Ruda, Miroslav; Krenek, Ales; Grüning, Björn; Srikakulam, Sanjay Kumar; Bretaudeau, Anthony; Batalden, Sondre; Chavero Díez, María; De Geest, Paul
Pubblicato in: 2024
Editore: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.15920451

Obis marine indicators

Autori: Marie Josse, Yvan Le Bras
Pubblicato in: 2023
Editore: Galaxy Training Materials

The Galaxy Platform: Applications to Catalysis Workflows (si apre in una nuova finestra)

Autori: P. Austin; A. Gonzalez-Beltran; A. Nieva De La Hidalga; Liborio, L.
Pubblicato in: 2023
Editore: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.8114859

Evaluating FAIR Digital Object and Linked Data as distributed object systems (si apre in una nuova finestra)

Autori: Stian Soiland-Reyes, Carole Goble, Paul Groth
Pubblicato in: arXiv, 2023
Editore: CORNELL UNIVERSITY
DOI: 10.48550/arXiv.2306.07436

Conda, Container and Bots (si apre in una nuova finestra)

Autori: Zierep, Paul; Srikakulam, Sanjay Kumar; Schaaf, Sebastian; Grüning, Björn
Pubblicato in: Proceedings of the Conference on Research Data Infrastructure, 2023, ISSN 2941-296X
Editore: TIB Open Publishing (Technische Informationsbibliothek (TIB)) on behalf of Nationale Forschungsdateninfrastruktur (NFDI) e.V.
DOI: 10.52825/CORDI.V1I.417

Dynamic configuration and data security for bioinformatics cloud services with the Laniakea Dashboard (si apre in una nuova finestra)

Autori: Marco Antonio Tangaro; Marica Antonacci; Giacinto Donvito; Nadina Foggetti; Pietro Mandreoli; Daniele Colombo; Graziano Pesole; Federico Zambelli
Pubblicato in: NAR Genomics and Bioinformatics, Numero 4, 2024, ISSN 2631-9268
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/NARGAB/LQAE140

RO-Crate: packaging metadata love notes into FAIR Digital Objects (si apre in una nuova finestra)

Autori: Carole Goble, Stian Soiland-Reyes
Pubblicato in: Helmholtz Metadata Collaboration | Conference 2022, 2022
Editore: HMC
DOI: 10.5281/zenodo.7147703

Galaxy Training: A powerful framework for teaching! (si apre in una nuova finestra)

Autori: Hiltemann, S., Rasche, H., Gladman, S., Hotz, H.-R., Larivière, D., Blankenberg, D., Jagtap, P. D., Wollmann, T., Bretaudeau, A., Goué, N., Griffin, T. J., Royaux, C., Le Bras, Y., Mehta, S., Syme, A., Coppens, F., Droesbeke, B., Soranzo, N., Bacon, W., P
Pubblicato in: PLoS Computational Biology, Numero 1, 2023, ISSN 1544-9173
Editore: Public Library of Science
DOI: 10.1371/JOURNAL.PCBI.1010752

WorkflowHub: a registry for computational workflows (si apre in una nuova finestra)

Autori: Ove Johan Ragnar Gustafsson; Sean R. Wilkinson; Finn Bacall; Stian Soiland-Reyes; Simone Leo; Luca Pireddu; Stuart Owen; Nick Juty; José M. Fernández; Tom Brown; Hervé Ménager; Björn Grüning; Salvador Capella-Gutierrez; Frederik Coppens; Carole Goble
Pubblicato in: Scientific Data, Numero 12, 2025, ISSN 2052-4463
Editore: Nature
DOI: 10.1038/S41597-025-04786-3

Integrative meta-omics in Galaxy and beyond (si apre in una nuova finestra)

Autori: Valerie C. Schiml,Francesco Delogu,Praveen Kumar,Benoit Kunath,Bérénice Batut,Subina Mehta,James E. Johnson,Björn Grüning,Phillip B. Pope,Pratik D. Jagtap,Timothy J. Griffin,Magnus Ø. Arntzen
Pubblicato in: Environmental Microbiome, 2023, ISSN 2524-6372
Editore: BMC
DOI: 10.1186/s40793-023-00514-9

The Planemo toolkit for developing, deploying, and executing scientific data analyses in Galaxy and beyond (si apre in una nuova finestra)

Autori: Simon Bray, John Chilton, Matthias Bernt, Nicola Soranzo, Marius van den Beek, Bérénice Batut, Helena Rasche, Martin Čech, Peter J A Cock, Björn Grüning, Anton Nekrutenko
Pubblicato in: Genome Research, Numero 2, 2023, ISSN 1088-9051
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/GR.276963.122

Facilitating Reproducibility in Catalysis Research with Managed Workflows and RO‐Crates: A Galaxy Case Study (si apre in una nuova finestra)

Autori: Abraham Nieva‐de‐la‐Hidalga, Leandro Liborio, Patrick Austin, Subindev Devadasan, Tom Underwood, Alexander Belozerov, Martin Wilding, Nitya Ramanan, C. Richard A. Catlow
Pubblicato in: ChemCatChem, Numero 17, 2025, ISSN 1867-3880
Editore: Wiley
DOI: 10.1002/CCTC.202401676

PLoS ONE (si apre in una nuova finestra)

Autori: Simone Leo; Michael R. Crusoe; Laura Rodríguez-Navas; Raül Sirvent; Alexander Kanitz; Paul De Geest; Rudolf Wittner; Luca Pireddu; Daniel Garijo; José M. Fernández; Iacopo Colonnelli; Matej Gallo; Tazro Ohta; Hirotaka Suetake; Salvador Capella-Gutierrez; Renske de Wit; Bruno P. Kinoshita; Stian Soiland-Reyes
Pubblicato in: PLOS ONE, 2024, ISSN 1932-6203
Editore: PLOS ONE
DOI: 10.48550/arxiv.2312.07852

Training Infrastructure as a Service (si apre in una nuova finestra)

Autori: Helena Rasche,Cameron Hyde,John Davis,Simon Gladman,Nate Coraor,Anthony Bretaudeau,Gianmauro Cuccuru,Wendi Bacon,Beatriz Serrano-Solano,Jennifer Hillman-Jackson,Saskia Hiltemann,Miaomiao Zhou,Björn Grüning,Andrew Stubbs
Pubblicato in: Gigascience, 2023, ISSN 2047-217X
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gigascience/giad048

Establishing the ELIXIR Microbiome Community (si apre in una nuova finestra)

Autori: Robert D. Finn, Bachir Balech, Josephine Burgin, Physilia Chua, Erwan Corre, Cymon J. Cox, Claudio Donati, Vitor Martins dos Santos, Bruno Fosso, John Hancock, Katharina F. Heil, Naveed Ishaque, Varsha Kale, Benoit J. Kunath, Claudine Médigue, Evangelos Pafilis, Graziano Pesole, Lorna Richardson, Monica Santamaria, Tim Van Den Bossche, Juan Antonio Vizcaíno, Haris Zafeiropoulos, Nils P. Willassen, Eric Pelletier, Bérénice Batut
Pubblicato in: F1000Research, Numero 13, 2024, ISSN 2046-1402
Editore: F1000 Research Ltd
DOI: 10.12688/F1000RESEARCH.144515.1

Finding workflows in the Galaxy universe: integrating a global ecosystem using workflow registries (si apre in una nuova finestra)

Autori: Gustafsson, Ove Johan Ragnar; Soranzo, Nicola; Gruening, Bjoern; van den Beek, Marius; Bacall, Finn; Goble, Carole; Zaib Khan, Farah; Price, Gareth; Ward, Nigel; Christiansen, Jeff
Pubblicato in: GALAXY AUSTRALIA, 2023
Editore: GALAXY AUSTRALIA
DOI: 10.5281/zenodo.8157531

Mobilisation and analyses of publicly available SARS-CoV-2 data for pandemic responses (si apre in una nuova finestra)

Autori: Nadim Rahman, Colman O'Cathail, Ahmad Zyoud, Alexey Sokolov, Bas Oude Munnink, Björn Grüning, Carla Cummins, Clara Amid, David F. Nieuwenhuijse, Dávid Visontai, David Yu Yuan, Dipayan Gupta, Divyae K. Prasad, Gábor Máté Gulyás, Gabriele Rinck, Jasmine McKinnon, Jeena Rajan, Jeff Knaggs, Jeffrey Edward Skiby, József Stéger, Judit Szarvas, Khadim Gueye, Krisztián Papp, Maarten Hoek, Manish Kumar, Marianna A. Ventouratou, Marie-Catherine Bouquieaux, Martin Koliba, Milena Mansurova, Muhammad Haseeb, Nathalie Worp, Peter W. Harrison, Rasko Leinonen, Ross Thorne, Sandeep Selvakumar, Sarah Hunt, Sundar Venkataraman, Suran Jayathilaka, Timothée Cezard, Wolfgang Maier, Zahra Waheed, Zamin Iqbal, Frank Møller Aarestrup, Istvan Csabai, Marion Koopmans, Tony Burdett, Guy Cochrane
Pubblicato in: Microbial Genomics, Numero 10, 2024, ISSN 2057-5858
Editore: Microbiology Society
DOI: 10.1099/MGEN.0.001188

An accessible infrastructure for artificial intelligence using a Docker-based JupyterLab in Galaxy (si apre in una nuova finestra)

Autori: Anup Kumar, Gianmauro Cuccuru, Björn Grüning, Rolf Backofen
Pubblicato in: Gigascience, 2023, ISSN 2047-217X
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gigascience/giad028

Scalable, accessible and reproducible reference genome assembly and evaluation in Galaxy (si apre in una nuova finestra)

Autori: Delphine Larivière, Linelle Abueg, Nadolina Brajuka, Cristóbal Gallardo-Alba, Bjorn Grüning, Byung June Ko, Alex Ostrovsky, Marc Palmada-Flores, Brandon D. Pickett, Keon Rabbani, Agostinho Antunes, Jennifer R. Balacco, Mark J. P. Chaisson, Haoyu Cheng, Joanna Collins, Melanie Couture, Alexandra Denisova, Olivier Fedrigo, Guido Roberto Gallo, Alice Maria Giani, Grenville MacDonald Gooder, Kathleen Horan, Nivesh Jain, Cassidy Johnson, Heebal Kim, Chul Lee, Tomas Marques-Bonet, Brian O’Toole, Arang Rhie, Simona Secomandi, Marcella Sozzoni, Tatiana Tilley, Marcela Uliano-Silva, Marius van den Beek, Robert W. Williams, Robert M. Waterhouse, Adam M. Phillippy, Erich D. Jarvis, Michael C. Schatz, Anton Nekrutenko, Giulio Formenti
Pubblicato in: Nature Biotechnology, Numero 42, 2024, ISSN 1087-0156
Editore: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41587-023-02100-3

Der europäische Galaxy-Server demokratisiert die Analyse biowissenschaftlicher Daten (si apre in una nuova finestra)

Autori: Erxleben-Eggenhofer, Anika
Pubblicato in: Laborjournal, 2023, ISSN 1612-8354
Editore: LJ-Verlag Herfort und Sailer
DOI: 10.3030/101057388

Evaluating FAIR Digital Object and Linked Data as distributed object systems (si apre in una nuova finestra)

Autori: Stian Soiland-Reyes; Carole Goble; Paul Groth
Pubblicato in: PeerJ Computer Science, 2024, ISSN 2376-5992
Editore: PeerJ Inc.
DOI: 10.48550/arxiv.2306.07436

Making workflow provenance FAIR across workflow systems with Workflow Run RO-Crate (si apre in una nuova finestra)

Autori: Simone Leo; Laura Rodríguez-Navas; José M. Fernández; Paul De Geest; Luca Pireddu; Michael R. Crusoe; Daniel Garijo; Iacopo Colonnelli; Raül Sirvent; Stian Soiland-Reyes
Pubblicato in: F1000RESEARCH, 2023
Editore: F1000RESEARCH
DOI: 10.5281/zenodo.8004793

Hydrogen Radical Chemistry at High-Symmetry {2Fe2S} Centers Probed Using a Muonium Surrogate (si apre in una nuova finestra)

Autori: Joseph A. Wright, Farhana Haque, Leandro Liborio, Stephen P. Cottrell
Pubblicato in: Inorganic Chemistry, Numero 64, 2025, ISSN 0020-1669
Editore: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/ACS.INORGCHEM.4C05126

EuroScienceGateway: robust, scalable, and integrated open infrastructure for data-driven research within EOSC

Autori: Volodymyr Savchenko
Pubblicato in: SKAO, 2023
Editore: SKAO

Applying the FAIR Principles to computational workflows (si apre in una nuova finestra)

Autori: Sean R. Wilkinson; Meznah Aloqalaa; Khalid Belhajjame; Michael R. Crusoe; Bruno de Paula Kinoshita; Luiz Gadelha; Daniel Garijo; Ove Johan Ragnar Gustafsson; Nick Juty; Sehrish Kanwal; Farah Zaib Khan; Johannes Köster; Karsten Peters-von Gehlen; Line Pouchard; Randy K. Rannow; Stian Soiland-Reyes; Nicola Soranzo; Shoaib Sufi; Ziheng Sun; Baiba Vilne; Merridee A. Wouters; Denis Yuen; Carole Goble
Pubblicato in: Scientific Data, Numero 1, 2025, ISSN 2052-4463
Editore: Nature
DOI: 10.1038/S41597-025-04451-9

Inorganic Chemistry (si apre in una nuova finestra)

Autori: Wright, Joseph A., Farhana Haque, Leandro Liborio, and Stephen P. Cottrell
Pubblicato in: Inorganic Chemistry, Numero 10, 2025, ISSN 0020-1669
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/ACS.INORGCHEM.4C05126

DIMet: an open-source tool for differential analysis of targeted isotope-labeled metabolomics data (si apre in una nuova finestra)

Autori: Johanna Galvis, Joris Guyon, Benjamin Dartigues, Helge Hecht, Björn Grüning, Florian Specque, Hayssam Soueidan, Slim Karkar, Thomas Daubon, Macha Nikolski
Pubblicato in: Bioinformatics, Numero 40, 2024, ISSN 1367-4811
Editore: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/BIOINFORMATICS/BTAE282

Electronic structure calculations for muon spectroscopy<sup>*</sup> (si apre in una nuova finestra)

Autori: Stephen J Blundell, Miki Bonacci, Pietro Bonfà, Roberto De Renzi, Benjamin M Huddart, Tom Lancaster, Leandro M Liborio, Ifeanyi J Onuorah, Giovanni Pizzi, Francis L Pratt, John M Wilkinson
Pubblicato in: Electronic Structure, Numero 7, 2025, ISSN 2516-1075
Editore: IOP Publishing
DOI: 10.1088/2516-1075/ADCB7C

The Galaxy platform for accessible, reproducible, and collaborative data analyses: 2024 update (si apre in una nuova finestra)

Autori: Linelle Ann L Abueg; Enis Afgan; Olivier Allart; Ahmed H Awan; Wendi A Bacon; Dannon Baker; Madeline Bassetti; Bérénice Batut; Matthias Bernt; Daniel Blankenberg; Aureliano Bombarely; Anthony Bretaudeau; Catherine J Bromhead; Melissa L Burke; Patrick K Capon; Martin Čech; María Chavero-Díez; John M Chilton; Tyler J Collins; Frederik Coppens; Nate Coraor; Gianmauro Cuccuru; Fabio Cumbo; John Davis; Paul F De Geest; Willem de Koning; Martin Demko; Assunta DeSanto; José Manuel Domínguez Begines; Maria A Doyle; Bert Droesbeke; Anika Erxleben-Eggenhofer; Melanie C Föll; Giulio Formenti; Anne Fouilloux; Rendani Gangazhe; Tanguy Genthon; Jeremy Goecks; Alejandra N Gonzalez Beltran; Nuwan A Goonasekera; Nadia Goué; Timothy J Griffin; Björn A Grüning; Aysam Guerler; Sveinung Gundersen; Ove Johan Ragnar Gustafsson; Christina Hall; Thomas W Harrop; Helge Hecht; Alireza Heidari; Tillman Heisner; Florian Heyl; Saskia Hiltemann; Hans-Rudolf Hotz; Cameron J Hyde; Pratik D Jagtap; Julia Jakiela; James E Johnson; Jayadev Joshi; Marie Jossé; Khaled Jum’ah; Matúš Kalaš; Katarzyna Kamieniecka; Tunc Kayikcioglu; Markus Konkol; Leonid Kostrykin; Natalie Kucher; Anup Kumar; Mira Kuntz; Delphine Lariviere; Ross Lazarus; Yvan Le Bras; Gildas Le Corguillé; Justin Lee; Simone Leo; Leandro Liborio; Romane Libouban; David López Tabernero; Lucille Lopez-Delisle; Laila S Los; Alexandru Mahmoud; Igor Makunin; Pierre Marin; Subina Mehta; Winnie Mok; Pablo A Moreno; François Morier-Genoud; Stephen Mosher; Teresa Müller; Engy Nasr; Anton Nekrutenko; Tiffanie M Nelson; Asime J Oba; Alexander Ostrovsky; Polina V Polunina; Krzysztof Poterlowicz; Elliott J Price; Gareth R Price; Helena Rasche; Bryan Raubenolt; Coline Royaux; Luke Sargent; Michelle T Savage; Volodymyr Savchenko; Denys Savchenko; Michael C Schatz; Pauline Seguineau; Beatriz Serrano-Solano; Nicola Soranzo; Sanjay Kumar Srikakulam; Keith Suderman; Anna E Syme; Marco Antonio Tangaro; Jonathan A Tedds; Mehmet Tekman; Wai Cheng (Mike) Thang; Anil S Thanki; Michael Uhl; Marius van den Beek; Deepti Varshney; Jenn Vessio; Pavankumar Videm; Greg Von Kuster; Gregory R Watson; Natalie Whitaker-Allen; Uwe Winter; Martin Wolstencroft; Federico Zambelli; Paul Zierep; Rand Zoabi
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, 2024, ISSN 1362-4962
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/NAR/GKAE410

An Ecosystem of Services for FAIR Computational Workflows (si apre in una nuova finestra)

Autori: Sean R. Wilkinson, Johan Gustafsson, Finn Bacall, Khalid Belhajjame, Salvador Capella, Jose Maria Fernandez Gonzalez, Jacob Fosso Tande, Luiz Gadelha, Daniel Garijo, Patricia Grubel, Bjorn Grüning, Farah Zaib Khan, Sehrish Kanwal, Simone Leo, Stuart Owen,
Pubblicato in: Arxiv, Computer Science, Distributed, Parallel, and Cluster Computing, 2025, ISSN 2331-8422
Editore: ArXiv
DOI: 10.48550/ARXIV.2505.15988

Recording provenance of workflow runs with RO-Crate (si apre in una nuova finestra)

Autori: Simone Leo, Michael R. Crusoe, Laura Rodríguez-Navas, Raül Sirvent, Alexander Kanitz, Paul De Geest, Rudolf Wittner, Luca Pireddu, Daniel Garijo, José M. Fernández, Iacopo Colonnelli, Matej Gallo, Tazro Ohta, Hirotaka Suetake, Salvador Capella-Gutierrez, Renske de Wit, Bruno P. Kinoshita, Stian Soiland-Reyes
Pubblicato in: PLOS ONE, Numero 19, 2024, ISSN 1932-6203
Editore: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/JOURNAL.PONE.0309210

Making workflow provenance FAIR across workflow systems with Workflow Run RO-Crate (si apre in una nuova finestra)

Autori: Leo, Simone; Rodríguez-Navas, Laura; Fernández, José M.; De Geest, Paul; Pireddu, Luca; Crusoe, Michael R.; Garijo, Daniel; Colonnelli, Iacopo; Sirvent, Raül; Soiland-Reyes, Stian
Pubblicato in: 2023
Editore: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.8004793

Galaxy France: an example of a national UseGalaxy server (si apre in una nuova finestra)

Autori: Siguret, Clea, Thomas Chaussepied, Romane Libouban, Eva Mercier, Julien Seiler, Bérénice Batut, Gildas Le Corguillé, and Anthony Bretaudeau
Pubblicato in: 2024
Editore: Galaxy Community Conference
DOI: 10.7490/F1000RESEARCH.1119767.1

Computing Simulations for Large Scale Experiments: the Case of Muons

Autori: Leandro Liborio; Patrick Austin; Alejandra Gonzalez Beltran; Joel Davies
Pubblicato in: 2023

Misconceptions about Galaxy debunked by the (French) Galaxy Community

Autori: Romane Libouban, Eva Mercier, Thomas Chaussepied, Bérénice Batut, Anthony Bretaudeau, Gildas Le Corguillé
Pubblicato in: JOBIM 2024 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jun 2024, TOULOUSE, France. pp.1-28., 2024
Editore: HAL

Galaxy and RDM (si apre in una nuova finestra)

Autori: Sebastian Schaaf, Anika Erxleben-Eggenhofer, Bjoern Gruening
Pubblicato in: Vol. 1 (2023): 1st Conference on Research Data Infrastructure (CoRDI) - Connecting Communities, 2023
Editore: 1st Conference on Research Data Infrastructure
DOI: 10.52825/cordi.v1i.421

Breaking myths: The reality of Galaxy’s capabilities and impact

Autori: Gildas Le Corguillé, Anthony Bretaudeau, Björn Grüning, Wendi Bacon, Bérénice Batut
Pubblicato in: JOBIM 2025 - Journées Ouvertes en bioinformatique et de la biostatistique francophone, Jul 2025, Bordeaux, France., 2025
Editore: HAL

Dynamic meta-scheduling in Galaxy with TPV Broker for smarter workload distribution (si apre in una nuova finestra)

Autori: Srikakulam, Sanjay Kumar; Azab, Abdulrahman; De Geest, Paul; Vondrák, Tomáš; Kuntz, Mira; Luna-Valero, Sebastian; Grüning, Björn
Pubblicato in: 2025
Editore: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.16312226

Climate Modeling with Conda and Containers to Improve Computational Resource Usage while Achieving Native Performance and Reproducibility (si apre in una nuova finestra)

Autori: Iaquinta, Jean; Fouilloux, Anne; Ragan-Kelley, Benjamin
Pubblicato in: Crossref, 2025
Editore: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.15600119

Practical webby FDOs With RO-Crate and FAIR Signposting (si apre in una nuova finestra)

Autori: Stian Soiland-Reyes; Peter Sefton; Simone Leo; Leyla Jael Castro; Claus Weiland; Herbert Van de Sompel
Pubblicato in: 2025
Editore: TIB Open Publishing
DOI: 10.52825/OCP.V5I.1273

Climate Modeling with Conda and Containers to Improve Computational Resource Usage while Achieving Native Performance and Reproducibility (si apre in una nuova finestra)

Autori: Jean Iaquinta, Anne Fouilloux, Benjamin Ragan-Kelley
Pubblicato in: 2025
Editore: Copernicus GmbH
DOI: 10.5194/EGUSPHERE-EGU25-2605

Galaxy and Scientific Communities: How to Incorporate New Ones, Uplift Engaged Ones and Maintain Mature Ones (si apre in una nuova finestra)

Autori: L. Liborio; P. Austin; A. Gonzalez-Beltran; E. Chadwick; V. Savchenko; A. Neronov; J. Iaquinta; A. Bretaudeau
Pubblicato in: PASC DAVOS, 2023
Editore: PASC DAVOS
DOI: 10.5281/zenodo.8114821

MuonGalaxy - tools, workflows and more for muons and materials science (si apre in una nuova finestra)

Autori: Austin, Patrick; Davies, Joel; Gonzalez-Beltran, Alejandra; Liborio, Leandro
Pubblicato in: GALAXY PROJECT, 2023
Editore: GALAXY PROJEC
DOI: 10.5281/zenodo.8116071

Making EOSC Research Objects FAIR with RO-Crate: A common metadata overlay for EOSC repositories (si apre in una nuova finestra)

Autori: Justin Clark-Casey; Stian Soiland-Reyes
Pubblicato in: EOSC, 2022
Editore: EOSC
DOI: 10.5281/zenodo.7323480

Implementation of a reproducible pipeline for producing seasonal Arctic sea ice forecasts (si apre in una nuova finestra)

Autori: Vanessa Stöckl, Björn Grüning, Anne Fouilloux, Jean Iaquinta, Alejandro Coca-Castro
Pubblicato in: 2024
Editore: Copernicus GmbH
DOI: 10.5194/EGUSPHERE-EGU24-8343

Building a Distributed Computing Network for Galaxy, Application to Genome Annotation

Autori: Eva Mercier, Romane Libouban, Thomas Chaussepied, Anthony Bretaudeau
Pubblicato in: Application to Genome Annotation. JOBIM 2024 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2024, Toulouse, France. 2024., 2024
Editore: HAL Open Science

Improving Galaxy provenance export using RO-Crate (si apre in una nuova finestra)

Autori: Paul De Geest; Frederik Coppens; Ignacio Eguinoa; Stian Soiland-Reyes; Simone Leo
Pubblicato in: Research Ideas and Outcomes, 2022
Editore: MANCHESTER 1824
DOI: 10.5281/zenodo.7257146

The Galaxy Platform and its Applications to Materials Science (si apre in una nuova finestra)

Autori: Leandro Liborio; Alejandra Gonzalez-Beltran; Patrick Austin; Eli Chadwick
Pubblicato in: STFC, 2024
Editore: GALAXY COMMUNITY HUB
DOI: 10.5281/zenodo.8161429

Using FAIR and Open Science practices to better understand vegetation browning in Troms and Finnmark (Norway) (si apre in una nuova finestra)

Autori: Jean Iaquinta, Anne Fouilloux
Pubblicato in: EGU General Assembly 2023, 2023
Editore: EGU General Assembly 2023
DOI: 10.5194/EGUSPHERE-EGU23-2579

Enhancing RDM in Galaxy by integrating RO-Crate (si apre in una nuova finestra)

Autori: Paul De Geest; Frederik Coppens; Stian Soiland-Reyes; Ignacio Eguinoa; Simone Leo
Pubblicato in: Research Ideas and Outcomes, 2022
Editore: Research Ideas and Outcomes
DOI: 10.3897/rio.8.e95164

Improving Galaxy provenance export using RO-Crate (si apre in una nuova finestra)

Autori: De Geest, Paul; Coppens, Frederik; Eguinoa, Ignacio; Soiland-Reyes, Stian; Leo, Simone
Pubblicato in: 1st International Conference on FAIR Digital Objects (FDO2022) , Leiden, The Netherlands, 2022-10-26/--28, 2022
Editore: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.7257146

Making EOSC Research Objects FAIR with RO-Crate: A common metadata overlay for EOSC repositories (si apre in una nuova finestra)

Autori: Clark-Casey, Justin; Soiland-Reyes, Stian
Pubblicato in: EOSC Symposium 2022 , Prague, CZ, 2022-11-14/--17 (Session FAIR enabling practices, Part A), 2022
Editore: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.7323301

Unlocking the Potential of Containers in Scientific Computing to Achieve Bitwise Reproducibility, Portability and Performance (si apre in una nuova finestra)

Autori: Jean Iaquinta, Anne Fouilloux
Pubblicato in: Communications in Computer and Information Science, Nordic e-Infrastructure Tomorrow, 2024, ISSN 1865-0937
Editore: Springer Nature Switzerland
DOI: 10.1007/978-3-031-86240-3_4

Integration of Nordugrid ARC with Galaxy and EGI IM (si apre in una nuova finestra)

Autori: Maiken Pedersen, Balazs Konya, Sebastian Luna-Valero, Björn Grüning
Pubblicato in: Communications in Computer and Information Science, Nordic e-Infrastructure Tomorrow, 2025
Editore: Springer Nature Switzerland
DOI: 10.1007/978-3-031-86240-3_5

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