leveraging the European compute infrastructures for data-intensive research guided by FAIR principles

Informacje na temat projektu

EuroScienceGateway

Identyfikator umowy o grant: 101057388

DOI

10.3030/101057388

Projekt został zamknięty

Data podpisania przez KE 7 Czerwca 2022

Data rozpoczęcia 1 Września 2022

Data zakończenia 31 Sierpnia 2025

Finansowanie w ramach

• Research infrastructures

Koszt całkowity

€ 3 531 125,00

Wkład UE

€ 3 531 124,00

Koordynowany przez

ALBERT-LUDWIGS-UNIVERSITAET FREIBURG
Germany

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Rezultaty

Documents, reports (3)

EuroScienceGateway data management and contingency management plan

A data management plan (DMP) will be developed for the project, taking ethical and legal compliance measures into account, and incorporate all relevant project components from each work package. The DMP will evolve during the project and will be constantly updated. The consortium will enforce the use of open source licensed tools, packages and libraries, following the OSI recommendations. All scientific publications will be published Open Access and generated artefacts (tools, workflows), as well as services will be registered in EOSC supported registries.

Dissemination and exploitation plan

A dissemination and exploitation plan will be developed in the first months of the project and execute a communication strategy, including:●Develop and update the project website.●Blog regularly on the consortium website as well as through the channels of the consortium partners to reach out to all stakeholders.●Participate in user conferences.●Make use of well established community channels in Twitter and other social media to share relevant news, use cases and other novelties.●Fostering community building by identifying and promoting user success stories, e.g. achievements, papers that have been enabled by EuroScienceGateway.

Community onboarding cookbook published

Publication of Community onboarding cookbook

Publikacje

Other (75)

Connecting Galaxy to a compute cluster

Autorzy: Nate Coraor, Björn Grüning, Helena Rasche
Opublikowane w: 2025
Wydawca: Galaxy Training Materials

FAIR and Scalable Education

Autorzy: Anika Erxleben-Eggenhofer,Bérénice Batut,Teresa Müller
Opublikowane w: 2023
Wydawca: TIB
DOI: 10.52825/CORDI.V1I.422

BioHackEU22 Report: Enhancing Research Data Management in Galaxy and Data Stewardship Wizard by utilising RO-Crates

Autorzy: Ignacio Eguinoa, Marek Suchánek, Vojtěch Knaisl, Jan Slifka, Paul De Geest, David López, Björn Grüning, Simone Leo, Stian Soiland-Reyes
Opublikowane w: BioHackrXiv, 2023
Wydawca: BioHackrXiv
DOI: 10.37044/OSF.IO/24JST

Optimized meta-scheduling in Galaxy using TPV Broker

Autorzy: Azab, Abdulrahman; De Geest, Paul; Srikakulam, Sanjay Kumar; Vondra, Tomáš; Kuntz, Mira; Grüning, Björn
Opublikowane w: 2025
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.14936846

A Docker-based interactive Jupyterlab powered by GPU for artificial intelligence in Galaxy

Autorzy: Anup Kumar
Opublikowane w: 2025
Wydawca: Galaxy Training Materials

Genome annotation with Braker3

Autorzy: Romane LIBOUBAN, Anthony Bretaudeau
Opublikowane w: 2025
Wydawca: Galaxy Training Materials

F1000 Research

Autorzy: Anthony Bretaudeau, Helena Rasche
Opublikowane w: 2023, ISSN 2046-1402
Wydawca: F1000 Research Ltd.
DOI: 10.7490/F1000RESEARCH.1119590.1

EuroScienceGateway D2.2: Publishing workflow enriched FDOs to EOSC

Autorzy: Soiland-Reyes, Stian; Chadwick, Eli; Dadras, Armin; Grüning, Björn; Condurache, Catalin; Luna-Valero, Sebastian; Savchenko, Volodymyr
Opublikowane w: 2025
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.15094824

RO-Crate in Python

Autorzy: Simone Leo, Bruno P. Kinoshita
Opublikowane w: 2023
Wydawca: Galaxy Training Materials

Optimized meta-scheduling in Galaxy using TPV Broker

Autorzy: Azab, Abdulrahman; De Geest, Paul; Srikakulam, Sanjay Kumar; Vondra, Tomáš; Kuntz, Mira; Grüning, Björn
Opublikowane w: 2025
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.14936846

Setting up Celery Workers for Galaxy

Autorzy: Mira Kuntz
Opublikowane w: 2023
Wydawca: Galaxy Training Materials

The Galaxy platform: Applications to catalysis workflows

Autorzy: Liborio L, Devadasan S, Austin P and Nieva de la Hidalga A.
Opublikowane w: 2024, ISSN 2046-1402
Wydawca: F1000Research LTd
DOI: 10.7490/F1000RESEARCH.1119782.1

Setting up a dev Onedata instance

Autorzy: Łukasz Opioła
Opublikowane w: 2025
Wydawca: Galaxy Training Materials

Galaxy Sustainability Report

Autorzy: Jain, Smitesh
Opublikowane w: 2025
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.16030328

Galaxy Interactive Tools

Autorzy: Nate Coraor, Simon Gladman, Helena Rasche, Anthony Bretaudeau, José Manuel Domínguez
Opublikowane w: 2020
Wydawca: Galaxy Training Materials

EuroScienceGateway: WP2 introduction

Autorzy: Soiland-Reyes, Stian; Goble, Carole
Opublikowane w: 2022
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.7152762

Sharing data as machine-actionable objects using RO-Crate, Bioschemas and Signposting

Autorzy: Stian Soiland-Reyes; Simone Leo; Leyla Jael Castro; Peter Sefton; Carole Goble
Opublikowane w: 2023
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.7989657

WorkflowHub Knowledge Graph

Autorzy: Hambley, A., Chadwick, E., Woolland, O., Soiland-Reyes, S., & Savchenko, V.
Opublikowane w: 2024
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.13362051

Computing Simulations for Large Scale Experiments: the Case of Muons

Autorzy: Liborio, Leandro; Austin, Patrick; Beltran, Alejandra Gonzalez; Davies, Joel
Opublikowane w: 2023
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.8161368

Introduction to deep learning

Autorzy: Anup Kumar, Alireza Khanteymoori
Opublikowane w: 2025
Wydawca: Galaxy Training Materials

Community onboarding cookbook published

Autorzy: Nikolay, Vazov
Opublikowane w: 2024
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.15826940

Onedata user-owned storage

Autorzy: Łukasz Opioła, Bartosz Walkowicz
Opublikowane w: 2025
Wydawca: Galaxy Training Materials

Comparison of two annotation tools - Helixer and Braker3

Autorzy: Romane LIBOUBAN
Opublikowane w: 2025
Wydawca: Galaxy Training Materials

Functional annotation of protein sequences

Autorzy: Anthony Bretaudeau
Opublikowane w: 2022
Wydawca: Galaxy Training Materials

Creating lightweight FAIR Digital Objects with RO-Crate and FAIR Signposting

Autorzy: Soiland-Reyes, Stian; Sefton, Peter; Castro, Leyla Jael; Coppens, Frederik; Garijo, Daniel; Leo, Simone; Portier, Marc; Groth, Paul; Goble, Carole
Opublikowane w: 2022
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.7245315

Genome annotation with Helixer

Autorzy: Romane LIBOUBAN, Anthony Bretaudeau
Opublikowane w: 2025
Wydawca: Galaxy Training Materials

FAIR-IMPACT synergies with EOSC4Cancer

Autorzy: Stian Soiland-Reyes; Carole Goble; Raquel Villodres Toledo; Romina Royo; Salvador Capella-Gutierrez
Opublikowane w: 2022
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.6767548

EuroScienceGateway: WP2 introduction

Autorzy: Stian Soiland-Reyes; Carole Goble
Opublikowane w: EOSC, 2022
Wydawca: EOSC
DOI: 10.5281/zenodo.7152762

Exporting to Onedata remote

Autorzy: Łukasz Opioła, Bartosz Walkowicz
Opublikowane w: 2025
Wydawca: Galaxy Training Materials

Publication on the smart job scheduler implementation

Autorzy: Azab, Abdulrahman; Srikakulam, Sanjay Kumar; De Geest, Paul; Vondrák, Tomáš; Grüning, Björn; Kuntz, Mira; Fernandez-del-Castillo, Enol; Luna-Valero, Sebastian
Opublikowane w: 2025
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.15827107

Improving Galaxy provenance export using RO-Crate

Autorzy: De Geest, Paul; Coppens, Frederik; Eguinoa, Ignacio; Soiland-Reyes, Stian; Leo, Simone
Opublikowane w: 2022
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.7257145

Automating Galaxy workflows using the command line

Autorzy: Simon Bray, Wolfgang Maier
Opublikowane w: 2025
Wydawca: Galaxy Training Materials

EuroScienceGateway D2.1: Reproducible FAIR Digital Objects for Workflows

Autorzy: Soiland-Reyes, Stian; Chadwick, Eli; Bacall, Finn; Fernández, José M.; Grüning, Björn; Bayındır, Hakan
Opublikowane w: 2024
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.13225792

Analyse Argo data

Autorzy: Marie Josse
Opublikowane w: 2025
Wydawca: Galaxy Training Materials

Single-cell ATAC-seq standard processing with SnapATAC2

Autorzy: Timon Schlegel
Opublikowane w: 2025
Wydawca: Galaxy Training Materials

Configuring the Onedata connectors (remotes, Object Store, BYOS, BYOD)

Autorzy: Łukasz Opioła, Bartosz Walkowicz
Opublikowane w: 2025
Wydawca: Galaxy Training Materials

Make your tools available on your subdomain

Autorzy: Marie Josse
Opublikowane w: 2024
Wydawca: Galaxy Training Materials

From NDVI data with OpenEO to time series visualisation with Holoviews

Autorzy: Marie Josse
Opublikowane w: 2024
Wydawca: Galaxy Training Materials

Use Apptainer containers for running Galaxy jobs

Autorzy: Torfinn Nome, Marius van den Beek, Matthias Bernt, Helena Rasche, Mira Kuntz
Opublikowane w: 2025
Wydawca: Galaxy Training Materials

Importing (uploading) data from Onedata

Autorzy: Łukasz Opioła, Bartosz Walkowicz
Opublikowane w: 2025
Wydawca: Galaxy Training Materials

Galaxy Installation with Ansible

Autorzy: Helena Rasche, Nate Coraor, Simon Gladman
Opublikowane w: 2019
Wydawca: Galaxy Training Materials

Create a subdomain for your community on UseGalaxy.eu

Autorzy: Marie Josse
Opublikowane w: 2024
Wydawca: Galaxy Training Materials

Bring Your Own Infrastructure

Autorzy: Pedersen, Maiken; Srikakulam, Sanjay Kumar; De Geest, Paul; Fernandez-del-Castillo, Enol; Cristofori, Andrea; Luna-Valero, Sebastian; Tangaro, Marco Antonio; Nicotri, Stefano
Opublikowane w: 2024
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.15729502

Customizing the look of Galaxy

Autorzy: Laila Los
Opublikowane w: 2023
Wydawca: Galaxy Training Materials

Marine Omics identifying biosynthetic gene clusters

Autorzy: Marie Josse
Opublikowane w: 2024
Wydawca: Galaxy Training Materials

Galaxy and Scientific Communities: How to Incorporate New Ones, Uplift Engaged Ones and Maintain Mature Ones

Autorzy: Liborio, L.; P. Austin; A. Gonzalez-Beltran; E. Chadwick; V. Savchenko; A. Neronov; J. Iaquinta; A. Bretaudeau
Opublikowane w: Conference: PASC2023 , Davos, Switzerland, 26-27 June 2023, 2023
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.8114821

Masking repeats with RepeatMasker

Autorzy: Anthony Bretaudeau, Alexandre Cormier, Laura Leroi, Erwan Corre, Stéphanie Robin, Jonathan Kreplak
Opublikowane w: 2021
Wydawca: Galaxy Training Materials

Genome annotation with Helixer

Autorzy: Romane LIBOUBAN, Anthony Bretaudeau
Opublikowane w: 2025
Wydawca: Galaxy Training Materials

Best practices for workflows in GitHub repositories

Autorzy: Simone Leo, Eli Chadwick
Opublikowane w: 2023
Wydawca: Galaxy Training Materials

Interactive Tools (IT) in Galaxy

Autorzy: Kayikcioglu, Tunc; Srikakulam, Sanjay Kumar; Maier, Wolfgang; Grüning, Björn
Opublikowane w: 2023
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.8335099

Running Jobs on Remote Resources with Pulsar

Autorzy: Nate Coraor, Simon Gladman, Marius van den Beek, Helena Rasche, Gianmauro Cuccuru, Mira Kuntz
Opublikowane w: 2025
Wydawca: Galaxy Training Materials

Getting your hands-on earth data

Autorzy: Marie Josse
Opublikowane w: 2024, Strona(/y) GALAXY TRAINING
Wydawca: Galaxy Training Materials

Enabling an operational, open and FAIR EOSC ecosystem

Autorzy: Sebastian Schaaf,Anika Erxleben-Eggenhofer, Björn Grüning, The EuroScienceGateway Project
Opublikowane w: 2023
Wydawca: ELIXIR
DOI: 10.7490/F1000RESEARCH.1119627.1

RO-Crate - Introduction

Autorzy: Stian Soiland-Reyes, Peter Sefton
Opublikowane w: 2023
Wydawca: Galaxy Training Materials

Refining Genome Annotations with Apollo (eukaryotes)

Autorzy: Anthony Bretaudeau
Opublikowane w: 2025
Wydawca: Galaxy Training Materials

The Galaxy Platform and its Applications to Materials Science

Autorzy: Liborio, Leandro; Gonzalez-Beltran, Alejandra; Austin, Patrick; Chadwick, Eli
Opublikowane w: 2023
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.8161429

Interactive Tools (IT) in Galaxy

Autorzy: Tunc Kayikcioglu University of Freiburg,Sanjay Kumar Srikakulam University of Freiburg, Wolfgang Maier University of Freiburg ,Björn Grüning University of Freiburg
Opublikowane w: 2023
Wydawca: TIB
DOI: 10.52825/CORDI.V1I.419

EuroScienceGateway Data Management Plan (DMP; D1.1)

Autorzy: Erxleben, Anika; Schaaf, Sebastian; D'Anna, Flora; Gruening, Bjoern; Coppens, Frederik
Opublikowane w: 2023
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.10054550

EuroscienceGateway Dissemination & Exploitation plan (D&E; D1.2)

Autorzy: Erxleben, Anika; Schaaf, Sebastian; Marchis, Oana; Gruening, Bjoern
Opublikowane w: 2023
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.10055554

Making Earth System Modelling and Observation Workflows Reproducible and Portable Across Federated High-Performance Computer and Cloud Platforms with Conda-based Containers

Autorzy: Iaquinta, Jean; Fouilloux, Anne
Opublikowane w: 2025
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.15600666

Galaxy Database schema

Autorzy: Hans-Rudolf Hotz, Björn Grüning
Opublikowane w: 2016
Wydawca: Galaxy Training Materials

Finding the muon stopping site with pymuon-suite in Galaxy

Autorzy: Leandro Liborio, Eli Chadwick, Patrick Austin
Opublikowane w: 2024
Wydawca: Galaxy Training Materials

Refining Genome Annotations with Apollo (prokaryotes)

Autorzy: Anthony Bretaudeau, Helena Rasche, Nathan Dunn, Mateo Boudet
Opublikowane w: 2021
Wydawca: Galaxy Training Materials

Getting started with Onedata distributed storage

Autorzy: Łukasz Opioła, Bartosz Walkowicz
Opublikowane w: 2025
Wydawca: Galaxy Training Materials

Creating high resolution images of Galaxy Workflows

Autorzy: Laila Los
Opublikowane w: 2024
Wydawca: Galaxy Training Materials

Ocean Data View (ODV)

Autorzy: Marie Josse
Opublikowane w: 2023
Wydawca: Galaxy Training Materials

EuroScienceGateway MS3: Initial EuroScienceGateway workflows registered

Autorzy: Soiland-Reyes, Stian; Grüning, Björn; De Geest, Paul
Opublikowane w: 2024
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.10728922

EuroScienceGateway D2.1: Reproducible FAIR Digital Objects for Workflows

Autorzy: Soiland-Reyes, Stian; Chadwick, Eli; Bacall, Finn; Fernández, José M.; Grüning, Björn; Bayındır, Hakan
Opublikowane w: Soiland-Reyes , S , Chadwick , E , Bacall , F , Fernández , J M , Grüning , B & Bayındır , H 2024 , EuroScienceGateway D2.1: Reproducible FAIR Digital Objects for Workflows . Zenodo . https://doi.org/10.5281/zenodo.13225792, 2024
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.13225792

Genome Annotation

Autorzy: Anika Erxleben, Björn Grüning
Opublikowane w: 2015
Wydawca: Galaxy Training Materials

Ocean's variables study

Autorzy: Marie Josse
Opublikowane w: 2025
Wydawca: Galaxy Training Materials

Sentinel 5P data visualisation

Autorzy: Marie Josse
Opublikowane w: 2024
Wydawca: Galaxy Training Materials

Genome annotation with Funannotate

Autorzy: Anthony Bretaudeau
Opublikowane w: 2023
Wydawca: Galaxy Training Materials

D3.1 Operations documentation on the Open Infrastructure deployment

Autorzy: Nicotri, Stefano; Tangaro, Marco Antonio; Zambelli, Federico; Ruda, Miroslav; Krenek, Ales; Grüning, Björn; Srikakulam, Sanjay Kumar; Bretaudeau, Anthony; Batalden, Sondre; Chavero Díez, María; De Geest, Paul
Opublikowane w: 2024
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.15920451

Obis marine indicators

Autorzy: Marie Josse, Yvan Le Bras
Opublikowane w: 2023
Wydawca: Galaxy Training Materials

The Galaxy Platform: Applications to Catalysis Workflows

Autorzy: P. Austin; A. Gonzalez-Beltran; A. Nieva De La Hidalga; Liborio, L.
Opublikowane w: 2023
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.8114859

Peer reviewed articles (28)

Evaluating FAIR Digital Object and Linked Data as distributed object systems

Autorzy: Stian Soiland-Reyes, Carole Goble, Paul Groth
Opublikowane w: arXiv, 2023
Wydawca: CORNELL UNIVERSITY
DOI: 10.48550/arXiv.2306.07436

Conda, Container and Bots

Autorzy: Zierep, Paul; Srikakulam, Sanjay Kumar; Schaaf, Sebastian; Grüning, Björn
Opublikowane w: Proceedings of the Conference on Research Data Infrastructure, 2023, ISSN 2941-296X
Wydawca: TIB Open Publishing (Technische Informationsbibliothek (TIB)) on behalf of Nationale Forschungsdateninfrastruktur (NFDI) e.V.
DOI: 10.52825/CORDI.V1I.417

Dynamic configuration and data security for bioinformatics cloud services with the Laniakea Dashboard

Autorzy: Marco Antonio Tangaro; Marica Antonacci; Giacinto Donvito; Nadina Foggetti; Pietro Mandreoli; Daniele Colombo; Graziano Pesole; Federico Zambelli
Opublikowane w: NAR Genomics and Bioinformatics, Numer 4, 2024, ISSN 2631-9268
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/NARGAB/LQAE140

RO-Crate: packaging metadata love notes into FAIR Digital Objects

Autorzy: Carole Goble, Stian Soiland-Reyes
Opublikowane w: Helmholtz Metadata Collaboration | Conference 2022, 2022
Wydawca: HMC
DOI: 10.5281/zenodo.7147703

Galaxy Training: A powerful framework for teaching!

Autorzy: Hiltemann, S., Rasche, H., Gladman, S., Hotz, H.-R., Larivière, D., Blankenberg, D., Jagtap, P. D., Wollmann, T., Bretaudeau, A., Goué, N., Griffin, T. J., Royaux, C., Le Bras, Y., Mehta, S., Syme, A., Coppens, F., Droesbeke, B., Soranzo, N., Bacon, W., P
Opublikowane w: PLoS Computational Biology, Numer 1, 2023, ISSN 1544-9173
Wydawca: Public Library of Science
DOI: 10.1371/JOURNAL.PCBI.1010752

WorkflowHub: a registry for computational workflows

Autorzy: Ove Johan Ragnar Gustafsson; Sean R. Wilkinson; Finn Bacall; Stian Soiland-Reyes; Simone Leo; Luca Pireddu; Stuart Owen; Nick Juty; José M. Fernández; Tom Brown; Hervé Ménager; Björn Grüning; Salvador Capella-Gutierrez; Frederik Coppens; Carole Goble
Opublikowane w: Scientific Data, Numer 12, 2025, ISSN 2052-4463
Wydawca: Nature
DOI: 10.1038/S41597-025-04786-3

Integrative meta-omics in Galaxy and beyond

Autorzy: Valerie C. Schiml,Francesco Delogu,Praveen Kumar,Benoit Kunath,Bérénice Batut,Subina Mehta,James E. Johnson,Björn Grüning,Phillip B. Pope,Pratik D. Jagtap,Timothy J. Griffin,Magnus Ø. Arntzen
Opublikowane w: Environmental Microbiome, 2023, ISSN 2524-6372
Wydawca: BMC
DOI: 10.1186/s40793-023-00514-9

The Planemo toolkit for developing, deploying, and executing scientific data analyses in Galaxy and beyond

Autorzy: Simon Bray, John Chilton, Matthias Bernt, Nicola Soranzo, Marius van den Beek, Bérénice Batut, Helena Rasche, Martin Čech, Peter J A Cock, Björn Grüning, Anton Nekrutenko
Opublikowane w: Genome Research, Numer 2, 2023, ISSN 1088-9051
Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/GR.276963.122

Facilitating Reproducibility in Catalysis Research with Managed Workflows and RO‐Crates: A Galaxy Case Study

Autorzy: Abraham Nieva‐de‐la‐Hidalga, Leandro Liborio, Patrick Austin, Subindev Devadasan, Tom Underwood, Alexander Belozerov, Martin Wilding, Nitya Ramanan, C. Richard A. Catlow
Opublikowane w: ChemCatChem, Numer 17, 2025, ISSN 1867-3880
Wydawca: Wiley
DOI: 10.1002/CCTC.202401676

PLoS ONE

Autorzy: Simone Leo; Michael R. Crusoe; Laura Rodríguez-Navas; Raül Sirvent; Alexander Kanitz; Paul De Geest; Rudolf Wittner; Luca Pireddu; Daniel Garijo; José M. Fernández; Iacopo Colonnelli; Matej Gallo; Tazro Ohta; Hirotaka Suetake; Salvador Capella-Gutierrez; Renske de Wit; Bruno P. Kinoshita; Stian Soiland-Reyes
Opublikowane w: PLOS ONE, 2024, ISSN 1932-6203
Wydawca: PLOS ONE
DOI: 10.48550/arxiv.2312.07852

Training Infrastructure as a Service

Autorzy: Helena Rasche,Cameron Hyde,John Davis,Simon Gladman,Nate Coraor,Anthony Bretaudeau,Gianmauro Cuccuru,Wendi Bacon,Beatriz Serrano-Solano,Jennifer Hillman-Jackson,Saskia Hiltemann,Miaomiao Zhou,Björn Grüning,Andrew Stubbs
Opublikowane w: Gigascience, 2023, ISSN 2047-217X
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gigascience/giad048

Establishing the ELIXIR Microbiome Community

Autorzy: Robert D. Finn, Bachir Balech, Josephine Burgin, Physilia Chua, Erwan Corre, Cymon J. Cox, Claudio Donati, Vitor Martins dos Santos, Bruno Fosso, John Hancock, Katharina F. Heil, Naveed Ishaque, Varsha Kale, Benoit J. Kunath, Claudine Médigue, Evangelos Pafilis, Graziano Pesole, Lorna Richardson, Monica Santamaria, Tim Van Den Bossche, Juan Antonio Vizcaíno, Haris Zafeiropoulos, Nils P. Willassen, Eric Pelletier, Bérénice Batut
Opublikowane w: F1000Research, Numer 13, 2024, ISSN 2046-1402
Wydawca: F1000 Research Ltd
DOI: 10.12688/F1000RESEARCH.144515.1

Finding workflows in the Galaxy universe: integrating a global ecosystem using workflow registries

Autorzy: Gustafsson, Ove Johan Ragnar; Soranzo, Nicola; Gruening, Bjoern; van den Beek, Marius; Bacall, Finn; Goble, Carole; Zaib Khan, Farah; Price, Gareth; Ward, Nigel; Christiansen, Jeff
Opublikowane w: GALAXY AUSTRALIA, 2023
Wydawca: GALAXY AUSTRALIA
DOI: 10.5281/zenodo.8157531

Mobilisation and analyses of publicly available SARS-CoV-2 data for pandemic responses

Autorzy: Nadim Rahman, Colman O'Cathail, Ahmad Zyoud, Alexey Sokolov, Bas Oude Munnink, Björn Grüning, Carla Cummins, Clara Amid, David F. Nieuwenhuijse, Dávid Visontai, David Yu Yuan, Dipayan Gupta, Divyae K. Prasad, Gábor Máté Gulyás, Gabriele Rinck, Jasmine McKinnon, Jeena Rajan, Jeff Knaggs, Jeffrey Edward Skiby, József Stéger, Judit Szarvas, Khadim Gueye, Krisztián Papp, Maarten Hoek, Manish Kumar, Marianna A. Ventouratou, Marie-Catherine Bouquieaux, Martin Koliba, Milena Mansurova, Muhammad Haseeb, Nathalie Worp, Peter W. Harrison, Rasko Leinonen, Ross Thorne, Sandeep Selvakumar, Sarah Hunt, Sundar Venkataraman, Suran Jayathilaka, Timothée Cezard, Wolfgang Maier, Zahra Waheed, Zamin Iqbal, Frank Møller Aarestrup, Istvan Csabai, Marion Koopmans, Tony Burdett, Guy Cochrane
Opublikowane w: Microbial Genomics, Numer 10, 2024, ISSN 2057-5858
Wydawca: Microbiology Society
DOI: 10.1099/MGEN.0.001188

An accessible infrastructure for artificial intelligence using a Docker-based JupyterLab in Galaxy

Autorzy: Anup Kumar, Gianmauro Cuccuru, Björn Grüning, Rolf Backofen
Opublikowane w: Gigascience, 2023, ISSN 2047-217X
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gigascience/giad028

Scalable, accessible and reproducible reference genome assembly and evaluation in Galaxy

Autorzy: Delphine Larivière, Linelle Abueg, Nadolina Brajuka, Cristóbal Gallardo-Alba, Bjorn Grüning, Byung June Ko, Alex Ostrovsky, Marc Palmada-Flores, Brandon D. Pickett, Keon Rabbani, Agostinho Antunes, Jennifer R. Balacco, Mark J. P. Chaisson, Haoyu Cheng, Joanna Collins, Melanie Couture, Alexandra Denisova, Olivier Fedrigo, Guido Roberto Gallo, Alice Maria Giani, Grenville MacDonald Gooder, Kathleen Horan, Nivesh Jain, Cassidy Johnson, Heebal Kim, Chul Lee, Tomas Marques-Bonet, Brian O’Toole, Arang Rhie, Simona Secomandi, Marcella Sozzoni, Tatiana Tilley, Marcela Uliano-Silva, Marius van den Beek, Robert W. Williams, Robert M. Waterhouse, Adam M. Phillippy, Erich D. Jarvis, Michael C. Schatz, Anton Nekrutenko, Giulio Formenti
Opublikowane w: Nature Biotechnology, Numer 42, 2024, ISSN 1087-0156
Wydawca: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41587-023-02100-3

Der europäische Galaxy-Server demokratisiert die Analyse biowissenschaftlicher Daten

Autorzy: Erxleben-Eggenhofer, Anika
Opublikowane w: Laborjournal, 2023, ISSN 1612-8354
Wydawca: LJ-Verlag Herfort und Sailer
DOI: 10.3030/101057388

Evaluating FAIR Digital Object and Linked Data as distributed object systems

Autorzy: Stian Soiland-Reyes; Carole Goble; Paul Groth
Opublikowane w: PeerJ Computer Science, 2024, ISSN 2376-5992
Wydawca: PeerJ Inc.
DOI: 10.48550/arxiv.2306.07436

Making workflow provenance FAIR across workflow systems with Workflow Run RO-Crate

Autorzy: Simone Leo; Laura Rodríguez-Navas; José M. Fernández; Paul De Geest; Luca Pireddu; Michael R. Crusoe; Daniel Garijo; Iacopo Colonnelli; Raül Sirvent; Stian Soiland-Reyes
Opublikowane w: F1000RESEARCH, 2023
Wydawca: F1000RESEARCH
DOI: 10.5281/zenodo.8004793

Hydrogen Radical Chemistry at High-Symmetry {2Fe2S} Centers Probed Using a Muonium Surrogate

Autorzy: Joseph A. Wright, Farhana Haque, Leandro Liborio, Stephen P. Cottrell
Opublikowane w: Inorganic Chemistry, Numer 64, 2025, ISSN 0020-1669
Wydawca: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/ACS.INORGCHEM.4C05126

EuroScienceGateway: robust, scalable, and integrated open infrastructure for data-driven research within EOSC

Autorzy: Volodymyr Savchenko
Opublikowane w: SKAO, 2023
Wydawca: SKAO

Applying the FAIR Principles to computational workflows

Autorzy: Sean R. Wilkinson; Meznah Aloqalaa; Khalid Belhajjame; Michael R. Crusoe; Bruno de Paula Kinoshita; Luiz Gadelha; Daniel Garijo; Ove Johan Ragnar Gustafsson; Nick Juty; Sehrish Kanwal; Farah Zaib Khan; Johannes Köster; Karsten Peters-von Gehlen; Line Pouchard; Randy K. Rannow; Stian Soiland-Reyes; Nicola Soranzo; Shoaib Sufi; Ziheng Sun; Baiba Vilne; Merridee A. Wouters; Denis Yuen; Carole Goble
Opublikowane w: Scientific Data, Numer 1, 2025, ISSN 2052-4463
Wydawca: Nature
DOI: 10.1038/S41597-025-04451-9

Inorganic Chemistry

Autorzy: Wright, Joseph A., Farhana Haque, Leandro Liborio, and Stephen P. Cottrell
Opublikowane w: Inorganic Chemistry, Numer 10, 2025, ISSN 0020-1669
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/ACS.INORGCHEM.4C05126

DIMet: an open-source tool for differential analysis of targeted isotope-labeled metabolomics data

Autorzy: Johanna Galvis, Joris Guyon, Benjamin Dartigues, Helge Hecht, Björn Grüning, Florian Specque, Hayssam Soueidan, Slim Karkar, Thomas Daubon, Macha Nikolski
Opublikowane w: Bioinformatics, Numer 40, 2024, ISSN 1367-4811
Wydawca: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/BIOINFORMATICS/BTAE282

Electronic structure calculations for muon spectroscopy^*

Autorzy: Stephen J Blundell, Miki Bonacci, Pietro Bonfà, Roberto De Renzi, Benjamin M Huddart, Tom Lancaster, Leandro M Liborio, Ifeanyi J Onuorah, Giovanni Pizzi, Francis L Pratt, John M Wilkinson
Opublikowane w: Electronic Structure, Numer 7, 2025, ISSN 2516-1075
Wydawca: IOP Publishing
DOI: 10.1088/2516-1075/ADCB7C

The Galaxy platform for accessible, reproducible, and collaborative data analyses: 2024 update

Autorzy: Linelle Ann L Abueg; Enis Afgan; Olivier Allart; Ahmed H Awan; Wendi A Bacon; Dannon Baker; Madeline Bassetti; Bérénice Batut; Matthias Bernt; Daniel Blankenberg; Aureliano Bombarely; Anthony Bretaudeau; Catherine J Bromhead; Melissa L Burke; Patrick K Capon; Martin Čech; María Chavero-Díez; John M Chilton; Tyler J Collins; Frederik Coppens; Nate Coraor; Gianmauro Cuccuru; Fabio Cumbo; John Davis; Paul F De Geest; Willem de Koning; Martin Demko; Assunta DeSanto; José Manuel Domínguez Begines; Maria A Doyle; Bert Droesbeke; Anika Erxleben-Eggenhofer; Melanie C Föll; Giulio Formenti; Anne Fouilloux; Rendani Gangazhe; Tanguy Genthon; Jeremy Goecks; Alejandra N Gonzalez Beltran; Nuwan A Goonasekera; Nadia Goué; Timothy J Griffin; Björn A Grüning; Aysam Guerler; Sveinung Gundersen; Ove Johan Ragnar Gustafsson; Christina Hall; Thomas W Harrop; Helge Hecht; Alireza Heidari; Tillman Heisner; Florian Heyl; Saskia Hiltemann; Hans-Rudolf Hotz; Cameron J Hyde; Pratik D Jagtap; Julia Jakiela; James E Johnson; Jayadev Joshi; Marie Jossé; Khaled Jum’ah; Matúš Kalaš; Katarzyna Kamieniecka; Tunc Kayikcioglu; Markus Konkol; Leonid Kostrykin; Natalie Kucher; Anup Kumar; Mira Kuntz; Delphine Lariviere; Ross Lazarus; Yvan Le Bras; Gildas Le Corguillé; Justin Lee; Simone Leo; Leandro Liborio; Romane Libouban; David López Tabernero; Lucille Lopez-Delisle; Laila S Los; Alexandru Mahmoud; Igor Makunin; Pierre Marin; Subina Mehta; Winnie Mok; Pablo A Moreno; François Morier-Genoud; Stephen Mosher; Teresa Müller; Engy Nasr; Anton Nekrutenko; Tiffanie M Nelson; Asime J Oba; Alexander Ostrovsky; Polina V Polunina; Krzysztof Poterlowicz; Elliott J Price; Gareth R Price; Helena Rasche; Bryan Raubenolt; Coline Royaux; Luke Sargent; Michelle T Savage; Volodymyr Savchenko; Denys Savchenko; Michael C Schatz; Pauline Seguineau; Beatriz Serrano-Solano; Nicola Soranzo; Sanjay Kumar Srikakulam; Keith Suderman; Anna E Syme; Marco Antonio Tangaro; Jonathan A Tedds; Mehmet Tekman; Wai Cheng (Mike) Thang; Anil S Thanki; Michael Uhl; Marius van den Beek; Deepti Varshney; Jenn Vessio; Pavankumar Videm; Greg Von Kuster; Gregory R Watson; Natalie Whitaker-Allen; Uwe Winter; Martin Wolstencroft; Federico Zambelli; Paul Zierep; Rand Zoabi
Opublikowane w: Nucleic Acids Research, 2024, ISSN 1362-4962
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/NAR/GKAE410

An Ecosystem of Services for FAIR Computational Workflows

Autorzy: Sean R. Wilkinson, Johan Gustafsson, Finn Bacall, Khalid Belhajjame, Salvador Capella, Jose Maria Fernandez Gonzalez, Jacob Fosso Tande, Luiz Gadelha, Daniel Garijo, Patricia Grubel, Bjorn Grüning, Farah Zaib Khan, Sehrish Kanwal, Simone Leo, Stuart Owen,
Opublikowane w: Arxiv, Computer Science, Distributed, Parallel, and Cluster Computing, 2025, ISSN 2331-8422
Wydawca: ArXiv
DOI: 10.48550/ARXIV.2505.15988

Recording provenance of workflow runs with RO-Crate

Autorzy: Simone Leo, Michael R. Crusoe, Laura Rodríguez-Navas, Raül Sirvent, Alexander Kanitz, Paul De Geest, Rudolf Wittner, Luca Pireddu, Daniel Garijo, José M. Fernández, Iacopo Colonnelli, Matej Gallo, Tazro Ohta, Hirotaka Suetake, Salvador Capella-Gutierrez, Renske de Wit, Bruno P. Kinoshita, Stian Soiland-Reyes
Opublikowane w: PLOS ONE, Numer 19, 2024, ISSN 1932-6203
Wydawca: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/JOURNAL.PONE.0309210

Conference proceedings (21)

Making workflow provenance FAIR across workflow systems with Workflow Run RO-Crate

Autorzy: Leo, Simone; Rodríguez-Navas, Laura; Fernández, José M.; De Geest, Paul; Pireddu, Luca; Crusoe, Michael R.; Garijo, Daniel; Colonnelli, Iacopo; Sirvent, Raül; Soiland-Reyes, Stian
Opublikowane w: 2023
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.8004793

Galaxy France: an example of a national UseGalaxy server

Autorzy: Siguret, Clea, Thomas Chaussepied, Romane Libouban, Eva Mercier, Julien Seiler, Bérénice Batut, Gildas Le Corguillé, and Anthony Bretaudeau
Opublikowane w: 2024
Wydawca: Galaxy Community Conference
DOI: 10.7490/F1000RESEARCH.1119767.1

Computing Simulations for Large Scale Experiments: the Case of Muons

Autorzy: Leandro Liborio; Patrick Austin; Alejandra Gonzalez Beltran; Joel Davies
Opublikowane w: 2023

Misconceptions about Galaxy debunked by the (French) Galaxy Community

Autorzy: Romane Libouban, Eva Mercier, Thomas Chaussepied, Bérénice Batut, Anthony Bretaudeau, Gildas Le Corguillé
Opublikowane w: JOBIM 2024 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jun 2024, TOULOUSE, France. pp.1-28., 2024
Wydawca: HAL

Galaxy and RDM

Autorzy: Sebastian Schaaf, Anika Erxleben-Eggenhofer, Bjoern Gruening
Opublikowane w: Vol. 1 (2023): 1st Conference on Research Data Infrastructure (CoRDI) - Connecting Communities, 2023
Wydawca: 1st Conference on Research Data Infrastructure
DOI: 10.52825/cordi.v1i.421

Breaking myths: The reality of Galaxy’s capabilities and impact

Autorzy: Gildas Le Corguillé, Anthony Bretaudeau, Björn Grüning, Wendi Bacon, Bérénice Batut
Opublikowane w: JOBIM 2025 - Journées Ouvertes en bioinformatique et de la biostatistique francophone, Jul 2025, Bordeaux, France., 2025
Wydawca: HAL

Dynamic meta-scheduling in Galaxy with TPV Broker for smarter workload distribution

Autorzy: Srikakulam, Sanjay Kumar; Azab, Abdulrahman; De Geest, Paul; Vondrák, Tomáš; Kuntz, Mira; Luna-Valero, Sebastian; Grüning, Björn
Opublikowane w: 2025
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.16312226

Climate Modeling with Conda and Containers to Improve Computational Resource Usage while Achieving Native Performance and Reproducibility

Autorzy: Iaquinta, Jean; Fouilloux, Anne; Ragan-Kelley, Benjamin
Opublikowane w: Crossref, 2025
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.15600119

Practical webby FDOs With RO-Crate and FAIR Signposting

Autorzy: Stian Soiland-Reyes; Peter Sefton; Simone Leo; Leyla Jael Castro; Claus Weiland; Herbert Van de Sompel
Opublikowane w: 2025
Wydawca: TIB Open Publishing
DOI: 10.52825/OCP.V5I.1273

Climate Modeling with Conda and Containers to Improve Computational Resource Usage while Achieving Native Performance and Reproducibility

Autorzy: Jean Iaquinta, Anne Fouilloux, Benjamin Ragan-Kelley
Opublikowane w: 2025
Wydawca: Copernicus GmbH
DOI: 10.5194/EGUSPHERE-EGU25-2605

Galaxy and Scientific Communities: How to Incorporate New Ones, Uplift Engaged Ones and Maintain Mature Ones

Autorzy: L. Liborio; P. Austin; A. Gonzalez-Beltran; E. Chadwick; V. Savchenko; A. Neronov; J. Iaquinta; A. Bretaudeau
Opublikowane w: PASC DAVOS, 2023
Wydawca: PASC DAVOS
DOI: 10.5281/zenodo.8114821

MuonGalaxy - tools, workflows and more for muons and materials science

Autorzy: Austin, Patrick; Davies, Joel; Gonzalez-Beltran, Alejandra; Liborio, Leandro
Opublikowane w: GALAXY PROJECT, 2023
Wydawca: GALAXY PROJEC
DOI: 10.5281/zenodo.8116071

Making EOSC Research Objects FAIR with RO-Crate: A common metadata overlay for EOSC repositories

Autorzy: Justin Clark-Casey; Stian Soiland-Reyes
Opublikowane w: EOSC, 2022
Wydawca: EOSC
DOI: 10.5281/zenodo.7323480

Implementation of a reproducible pipeline for producing seasonal Arctic sea ice forecasts

Autorzy: Vanessa Stöckl, Björn Grüning, Anne Fouilloux, Jean Iaquinta, Alejandro Coca-Castro
Opublikowane w: 2024
Wydawca: Copernicus GmbH
DOI: 10.5194/EGUSPHERE-EGU24-8343

Building a Distributed Computing Network for Galaxy, Application to Genome Annotation

Autorzy: Eva Mercier, Romane Libouban, Thomas Chaussepied, Anthony Bretaudeau
Opublikowane w: Application to Genome Annotation. JOBIM 2024 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2024, Toulouse, France. 2024., 2024
Wydawca: HAL Open Science

Improving Galaxy provenance export using RO-Crate

Autorzy: Paul De Geest; Frederik Coppens; Ignacio Eguinoa; Stian Soiland-Reyes; Simone Leo
Opublikowane w: Research Ideas and Outcomes, 2022
Wydawca: MANCHESTER 1824
DOI: 10.5281/zenodo.7257146

The Galaxy Platform and its Applications to Materials Science

Autorzy: Leandro Liborio; Alejandra Gonzalez-Beltran; Patrick Austin; Eli Chadwick
Opublikowane w: STFC, 2024
Wydawca: GALAXY COMMUNITY HUB
DOI: 10.5281/zenodo.8161429

Using FAIR and Open Science practices to better understand vegetation browning in Troms and Finnmark (Norway)

Autorzy: Jean Iaquinta, Anne Fouilloux
Opublikowane w: EGU General Assembly 2023, 2023
Wydawca: EGU General Assembly 2023
DOI: 10.5194/EGUSPHERE-EGU23-2579

Enhancing RDM in Galaxy by integrating RO-Crate

Autorzy: Paul De Geest; Frederik Coppens; Stian Soiland-Reyes; Ignacio Eguinoa; Simone Leo
Opublikowane w: Research Ideas and Outcomes, 2022
Wydawca: Research Ideas and Outcomes
DOI: 10.3897/rio.8.e95164

Improving Galaxy provenance export using RO-Crate

Autorzy: De Geest, Paul; Coppens, Frederik; Eguinoa, Ignacio; Soiland-Reyes, Stian; Leo, Simone
Opublikowane w: 1st International Conference on FAIR Digital Objects (FDO2022) , Leiden, The Netherlands, 2022-10-26/--28, 2022
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.7257146

Making EOSC Research Objects FAIR with RO-Crate: A common metadata overlay for EOSC repositories

Autorzy: Clark-Casey, Justin; Soiland-Reyes, Stian
Opublikowane w: EOSC Symposium 2022 , Prague, CZ, 2022-11-14/--17 (Session FAIR enabling practices, Part A), 2022
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.7323301

Book chapters (2)

Unlocking the Potential of Containers in Scientific Computing to Achieve Bitwise Reproducibility, Portability and Performance

Autorzy: Jean Iaquinta, Anne Fouilloux
Opublikowane w: Communications in Computer and Information Science, Nordic e-Infrastructure Tomorrow, 2024, ISSN 1865-0937
Wydawca: Springer Nature Switzerland
DOI: 10.1007/978-3-031-86240-3_4

Integration of Nordugrid ARC with Galaxy and EGI IM

Autorzy: Maiken Pedersen, Balazs Konya, Sebastian Luna-Valero, Björn Grüning
Opublikowane w: Communications in Computer and Information Science, Nordic e-Infrastructure Tomorrow, 2025
Wydawca: Springer Nature Switzerland
DOI: 10.1007/978-3-031-86240-3_5