A European Health Data Toolbox for Enhancing Cardiology Data Interoperability, Reusability and Privacy

Leistungen

Veröffentlichungen

Cardiac magnetic resonance markers of pre-clinical hypertrophic and dilated cardiomyopathy in genetic variant carriers

Autoren: Philip M. Croon, Marion van Vugt, Cornelis P. Allaart, Bram Ruijsink, Perry M. Elliott, Folkert W. Asselbergs, Rohan Khera, Connie R. Bezzina, Michiel Winter, A. Floriaan Schmidt
Veröffentlicht in: BMC Medicine, Ausgabe 23, 2025, ISSN 1741-7015
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1186/S12916-025-04226-4

A scalable and transparent data pipeline for AI-enabled health data ecosystems

Autoren: Tuncay Namli, Ali Anıl Sınacı, Suat Gönül, Cristina Ruiz Herguido, Patricia Garcia-Canadilla, Adriana Modrego Muñoz, Arnau Valls Esteve, Gökçe Banu Laleci Ertürkmen
Veröffentlicht in: Frontiers in Medicine, Ausgabe 11, 2024, ISSN 2296-858X
Herausgeber: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/FMED.2024.1393123

Five critical quality criteria for artificial intelligence-based prediction models

Autoren: Florien S van Royen, Folkert W Asselbergs, Fernando Alfonso, Panos Vardas, and Maarten van Smeden
Veröffentlicht in: European Heart Journal, Ausgabe 44, 2023, ISSN 0195-668X
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/eurheartj/ehad727

Digital twins: reimagining the future of cardiovascular risk prediction and personalised care

Autoren: Katarzyna Dziopa, Karim Lekadir, Pim van der Harst, Folkert W. Asselbergs
Veröffentlicht in: Hellenic Journal of Cardiology, Ausgabe 81, 2024, ISSN 1109-9666
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.HJC.2024.06.001

The CODE-EHR global framework: lifting the veil on health record data

Autoren: Folkert W Asselbergs; Dipak Kotecha
Veröffentlicht in: European Heart Journal, Ausgabe 44, 2023, ISSN 0195-668X
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/eurheartj/ehad424

A textual dataset of de-identified health records in Spanish and Catalan for medical entity recognition and anonymization

Autoren: Salvador Lima-López, Eulàlia Farré-Maduell, Luis Gasco, Jan Rodríguez-Miret, Santiago Frid, Xavier Pastor, Xavier Borrat, Martin Krallinger
Veröffentlicht in: Scientific Data, Ausgabe 12, 2025, ISSN 2052-4463
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41597-025-05320-1

BMC Medicine

Autoren: Philip M Croon; Marion van Vugt; Cornelis P Allaart; Bram Ruijsink; Perry M Elliott; Folkert W Asselbergs; Rohan Khera; Connie R Bezzina; Michiel Winter; Amand Floriaan Schmidt
Veröffentlicht in: BMC Medicine, 2025, ISSN 1741-7015
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1101/2024.11.15.24317368

A review of evaluation approaches for explainable AI with applications in cardiology

Autoren: Ahmed M. Salih, Ilaria Boscolo Galazzo, Polyxeni Gkontra, Elisa Rauseo, Aaron Mark Lee, Karim Lekadir, Petia Radeva, Steffen E. Petersen, Gloria Menegaz
Veröffentlicht in: Artificial Intelligence Review, Ausgabe 57, 2024, ISSN 1573-7462
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1007/S10462-024-10852-W

Diagnosis extraction from unstructured Dutch echocardiogram reports using span- and document-level characteristic classification

Autoren: Bauke Arends, Melle Vessies, Dirk van Osch, Arco Teske, Pim van der Harst, René van Es, Bram van Es
Veröffentlicht in: BMC Medical Informatics and Decision Making, Ausgabe 25, 2025, ISSN 1472-6947
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1186/S12911-025-02897-W

Artificial intelligence: revolutionizing cardiology with large language models

Autoren: Machteld J Boonstra, Davy Weissenbacher, Jason H Moore, Graciela Gonzalez-Hernandez, Folkert W Asselbergs
Veröffentlicht in: European Heart Journal, Ausgabe 45, 2024, ISSN 0195-668X
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/eurheartj/ehad838

Characterization of Non-Ischemic Dilated Cardiomyopathy in a Native Tanzanian Cohort: MOYO Study

Autoren: Lulu Said Fundikira, Pilly Chillo, Mohamed Z. Alimohamed, Henry Mayala, Engerasiya Kifai, Geofrey M. Aloyce, Appolinary Kamuhabwa, Gideon Kwesigabo, Linda W. van Laake, Folkert W. Asselbergs
Veröffentlicht in: Global Heart, Ausgabe 19, 2024, ISSN 2211-8160
Herausgeber: Elsevier Science & Technology
DOI: 10.5334/gh.1298

Cardiovascular care with digital twin technology in the era of generative artificial intelligence

Autoren: Phyllis M Thangaraj, Sean H Benson, Evangelos K Oikonomou, Folkert W Asselbergs, Rohan Khera
Veröffentlicht in: European Heart Journal, Ausgabe 45, 2024, ISSN 0195-668X
Herausgeber: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/EURHEARTJ/EHAE619

Exploring the Potential of Neural Machine Translation for Cross-Language Clinical NLP Resource Generation through Annotation Projection

Autoren: Jan Rodriguez Miret; Eulalia Farre Maduell; Salvador Lima Lopez; Laura Vigil Gimenez; Vicent Briva-Iglesias; Martin Krallinger
Veröffentlicht in: Machine Translation for Conquering Language Barriers, 2024, ISSN 1573-0573
Herausgeber: Springer Science and Business Media B.V.
DOI: 10.20944/PREPRINTS202408.0616.V1

Preserving Privacy in Large Language Models: A Survey on Current Threats and Solutions

Autoren: Michele Miranda, Elena Sofia Ruzzetti, Andrea Santilli, Fabio Massimo Zanzotto, Sébastien Bratières, Emanuele Rodolà
Veröffentlicht in: Transactions on Machine Learning Research, 2025, ISSN 2835-8856
Herausgeber: Transactions on Machine Learning Research
DOI: 10.48550/arXiv.2408.05212

FUTURE-AI: international consensus guideline for trustworthy and deployable artificial intelligence in healthcare

Autoren: Lekadir, Karim; Feragen, Aasa; Fofanah, Abdul Joseph; Frangi, Alejandro F; Buyx, Alena; Emelie, Anais; Lara, Andrea; Porras, Antonio R; Chan, An-Wen; Navarro, Arcadi; Glocker, Ben; Botwe, Benard O; Khanal, Bishesh; Beger, Brigit; Wu, Carol C; Cintas, Celia; Langlotz, Curtis P; Rueckert, Daniel; Mzurikwao, Deogratias; Fotiadis, Dimitrios I; Zhussupov, Doszhan; Ferrante, Enzo; Meijering, Erik; Weicken, Eva; González, Fabio A; Asselbergs, Folkert W; Prior, Fred; Krestin, Gabriel P; Collins, Gary; Tegenaw, Geletaw S; Kaissis, Georgios; Misuraca, Gianluca; Tsakou, Gianna; Dwivedi, Girish; Kondylakis, Haridimos; Jayakody, Harsha; Woodruf, Henry C; Mayer, Horst Joachim; Aerts, Hugo JWL; Walsh, Ian; Chouvarda, Ioanna; Buvat, Irène; Tributsch, Isabell; Rekik, Islem; Duncan, James; Kalpathy-Cramer, Jayashree; Zahir, Jihad; Park, Jinah; Mongan, John; Gichoya, Judy W; Schnabel, Julia A; Kushibar, Kaisar; Riklund, Katrine; Mori, Kensaku; Marias, Kostas; Amugongo, Lameck M; Fromont, Lauren A; Maier-Hein, Lena; Alberich, Leonor Cerdá; Rittner, Leticia; Phiri, Lighton; Marrakchi-Kacem, Linda; Donoso-Bach, Lluís; Martí-Bonmatí, Luis; Cardoso, M Jorge; Bobowicz, Maciej; Shabani, Mahsa; Tsiknakis, Manolis; Zuluaga, Maria A; Bielikova, Maria; Fritzsche, Marie-Christine; Camacho, Marina; Linguraru, Marius George; Wenzel, Markus; De Bruijne, Marleen; Tolsgaard, Martin G; Ghassemi, Marzyeh; Ashrafuzzaman, Md; Goisauf, Melanie; Yaqub, Mohammad; Abadía, Mónica Cano; Mahmoud, Mukhtar M E; Elattar, Mustafa; Rieke, Nicola; Papanikolaou, Nikolaos; Lazrak, Noussair; Díaz, Oliver; Salvado, Olivier; Pujol, Oriol; Sall, Ousmane; Guevara, Pamela; Gordebeke, Peter; Lambin, Philippe; Brown, Pieta; Abolmaesumi, Purang; Dou, Qi; Lu, Qinghua; Osuala, Richard; Nakasi, Rose; Zhou, S Kevin; Napel, Sandy; Colantonio, Sara; Albarqouni, Shadi; Joshi, Smriti; Carter, Stacy; Klein, Stefan; Petersen, Steffen E; Aussó, Susanna; Awate, Suyash; Raviv, Tammy Riklin; Cook, Tessa; Mutsvangwa, Tinashe E M; Rogers, Wendy A; Niessen, Wiro J; Puig-Bosch, Xènia; Zeng, Yi; Mohammed, Yunusa G; Aquino, Yves Saint James; Salahuddin, Zohaib; Starmans, Martijn P A
Veröffentlicht in: BMJ, 2025, ISSN 1756-1833
Herausgeber: BMJ Publishing Group
DOI: 10.1136/BMJ-2024-081554

Explainable machine learning using echocardiography to improve risk prediction in patients with chronic coronary syndrome

Autoren: Mitchel A Molenaar, Berto J Bouma, Folkert W Asselbergs, Niels J Verouden, Jasper L Selder, Steven A J Chamuleau, Mark J Schuuring
Veröffentlicht in: European Heart Journal, Ausgabe 5, 2024, ISSN 0195-668X
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/ehjdh/ztae001

BMC Medical Informatics and Decision Making

Autoren: Arends, Bauke; Vessies, Melle; van Osch, Dirk; Teske, Arco; van der Harst, Pim; van Es, René; van Es, Bram
Veröffentlicht in: BMC Medical Informatics and Decision Making, 2025, ISSN 1472-6947
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.48550/ARXIV.2408.06930

Druggable proteins influencing cardiac structure and function: Implications for heart failure therapies and cancer cardiotoxicity

Autoren: Schmidt, Amand F; Bourfiss, Mimount; Alasiri, Abdulrahman; Puyol-Anton, Esther; Chopade, Sandesh; van Vugt, Marion; van der Laan, Sander W; Gross, Christian; Clarkson, Chris; Henry, Albert; Lumbers, Tom R; van der Harst, Pim; Franceschini, Nora; etc.
Veröffentlicht in: Sience Advances, Ausgabe 17, 2023, ISSN 2375-2548
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/sciadv.add4984

MEDDOPLACE Shared Task overview: recognition, normalization and classification of locations and patient movement in clinical texts

Autoren: Lima-López, Salvador; Farré-Maduell, Eulàlia; Brivá-Iglesias, Vicent; Gascó, Luis; Krallinger, Martin
Veröffentlicht in: Procesamiento del Lenguaje Natural, Ausgabe 71, 2023, ISSN 1135-5948
Herausgeber: Sociedad Espanola para el Procesamiento del Lenguaje Natural
DOI: 10.26342/2023-71-23

Explainable Artificial Intelligence and Cardiac Imaging: Toward More Interpretable Models

Autoren: Salih, Ahmed; Boscolo Galazzo, Ilaria; Gkontra, Polyxeni; Lee, Aaron Mark; Lekadir, Karim; Raisi-Estabragh, Zahra; Petersen, Steffen E.
Veröffentlicht in: Circulation: Cardiovascular Imaging, Ausgabe 4, 2023, ISSN 1941-9651
Herausgeber: Lippincott Williams and Wilkins Ltd.
DOI: 10.1161/circimaging.122.014519

An assessment of the European Patient Summary for clinical research: a case study in cardiology

Autoren: Gokce Banu Laleci Erturkmen, Ali Anil Sinaci, Tuncay Namli, Machteld J. Boonstra, Karim Lekadir, Polyxeni Gkontra, Catherine Chronaki, Rhonda Facile, Rebecca Baker, Rebecca Kush
Veröffentlicht in: Frontiers in Medicine, Ausgabe 11, 2024, ISSN 2296-858X
Herausgeber: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/FMED.2024.1481551

Prioritising genetic findings for drug target identification and validation

Autoren: Nikita Hukerikara, Aroon D. Hingorani, Folkert W. Asselbergs, Chris Finan, Amand F. Schmidt
Veröffentlicht in: Atherosclerosis, Ausgabe 390, 2024, ISSN 0021-9150
Herausgeber: Elsevier Ireland Ltd
DOI: 10.1016/j.atherosclerosis.2024.117462

Overview of MedProcNER Task on Medical Procedure Detection and Entity Linking at BioASQ 2023

Autoren: Lima-López S, Farré-Maduell E, Gascó L, Nentidis A, Krithara A, Katsimpras G, Paliouras G, Krallinger M.
Veröffentlicht in: CEUR Workshop Proceedings, Ausgabe 1, 2023, ISSN 1613-0073
Herausgeber: CEUR-WS

Overview of SympTEMIST at BioCreative VIII: corpus, guidelines and evaluation of systems for the detection and normalization of symptoms, signs and findings from text.

Autoren: Lima-López, Salvador; Farré-Maduell, Eulàlia; Gasco-Sánchez, Luis; Rodríguez-Miret, Jan; Krallinger, Martin
Veröffentlicht in: 2023
Herausgeber: Proceedings of the BioCreative VIII Challenge and Workshop: Curation and Evaluation in the era of Generative Models.
DOI: 10.5281/ZENODO.8223653

OmniSketch: Efficient Multi-Dimensional High-Velocity Stream Analytics with Arbitrary Predicates

Autoren: Wieger R. Punter, Odysseas Papapetrou, Minos Garofalakis
Veröffentlicht in: Proceedings of the VLDB Endowment, Ausgabe 17, 2023
Herausgeber: arXiv
DOI: 10.14778/3632093.3632098

Overview of BioASQ 2025: The Thirteenth BioASQ Challenge on Large-Scale Biomedical Semantic Indexing and Question Answering

Autoren: Anastasios Nentidis, Georgios Katsimpras, Anastasia Krithara, Martin Krallinger, Miguel Rodríguez-Ortega, Eduard Rodriguez-López, Natalia Loukachevitch, Andrey Sakhovskiy, Elena Tutubalina, Dimitris Dimitriadis, Grigorios Tsoumakas, George Giannakoulas, Alexandra Bekiaridou, Athanasios Samaras, Giorgio Maria Di Nunzio, Nicola Ferro, Stefano Marchesin, Marco Martinelli, Gianmaria Silvello, Georgios Paliouras
Veröffentlicht in: Lecture Notes in Computer Science, Experimental IR Meets Multilinguality, Multimodality, and Interaction, 2025
Herausgeber: Springer Nature Switzerland
DOI: 10.1007/978-3-032-04354-2_12

Overview of MultiCardioNER Task at BioASQ 2024 on Medical Specialty and Language Adaptation of Clinical NER Systems for Spanish, English and Italian

Autoren: Lima-López S, Farré-Maduell E, Rodríguez-Miret J, Rodríguez-Ortega M, Lilli L, Lenkowicz J, Ceroni G, Kossoff J, Shah A, Nentidis A, Krithara A, Katsimpras G, Paliouras G, Krallinger M.
Veröffentlicht in: Working Notes of the Conference and Labs of the Evaluation Forum. CLEF 2024. Lecture Notes in Computer Science, 2024
Herausgeber: CEUR Workshop Proceedings

Overview of MedProcNER Task on Medical Procedure Detection and Entity Linking at BioASQ 2023

Autoren: Salvador Lima-López, Eulàlia Farré-Maduell, Luis Gascó, Anastasios Nentidis, Anastasia Krithara, Georgios Katsimpras, Georgios Paliouras and Martin Krallinger
Veröffentlicht in: InCLEF (Working Notes), 2023
Herausgeber: InCLEF (Working Notes)

Lecture Notes in Computer Science: BioASQ at CLEF2023: The Eleventh Edition of the Large-Scale Biomedical Semantic Indexing and Question Answering Challenge

Autoren: Nentidis, Anastasios; Krithara, Anastasia; Paliouras, Georgios; Farre Maduell, Eulalia; Lima Lopez, Salvador; Krallinger, Martin
Veröffentlicht in: Advances in Information Retrieval. ECIR 2023. Lecture Notes in Computer Science, Ausgabe 13982, 2023, ISSN 0302-9743
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/978-3-031-28241-6_66

Generation of Radiology Findings in Chest X-Ray by Leveraging Collaborative Knowledge

Autoren: Manuela Daniela Danu, George Marica, Sanjeev Kumar Karn, Bogdan Georgescu, Awais Mansoor, Florin Ghesu, Lucian Mihai Itu, Constantin Suciu, Sasa Grbic, Oladimeji Farri, Dorin Comaniciu
Veröffentlicht in: Procedia Computer Science, 2023, ISSN 1877-0509
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.procs.2023.08.094

Multilingual Clinical NER for Diseases and Medications Recognition in Cardiology Texts using BERT Embeddings

Autoren: Danu M. D., Marica G., Suciu C., Itu L. M., Farri O.
Veröffentlicht in: Working Notes of the Conference and Labs of the Evaluation Forum. CLEF 2024., 2024
Herausgeber: CEUR Workshop Proceedings

Overview of MultiClinSum task at BioASQ 2025: evaluation of clinical case summarization strategies for multiple languages: data, evaluation, resources and results

Autoren: Miguel Rodríguez-Ortega, Eduard Rodríguez-López, Salvador Lima-López, Carlos Escolano, Audrey Mash, Maite Melero, Lorenzo Pratesi, Laura Vigil-Gimenez, Leticia Fernandez, Eulàlia Farré-Maduell and Martin Krallinger
Veröffentlicht in: CLEF BioASQ workshop 2025, 2025
Herausgeber: CLEF 2025 Working Notes

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