Artificial Intelligence for Image Data Analysis in the Life Sciences

Projektinformationen

AI4LIFE

ID Finanzhilfevereinbarung: 101057970

DOI

10.3030/101057970

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 31 Mai 2022

Startdatum 1 September 2022

Enddatum 31 August 2025

Finanziert unter

• Research infrastructures

Gesamtkosten

€ 4 141 167,53

EU-Beitrag

€ 4 141 166,00

Koordiniert durch

EURO-BIOIMAGING ERIC
Finland

CORDIS bietet Links zu öffentlichen Ergebnissen und Veröffentlichungen von HORIZONT-Projekten.

Links zu Ergebnissen und Veröffentlichungen von RP7-Projekten sowie Links zu einigen Typen spezifischer Ergebnisse wie Datensätzen und Software werden dynamisch von OpenAIRE abgerufen.

Leistungen

Documents, reports (6)

Report on establishment of project management procedures and executive group

All project management procedures are established and the Executive Board is assembled

Annotation standards and software, libraries and reference examples

A public release through GitHub or a similar source code hosting site of the format description together with software to use and convert the formats and links to reference examples hosted in the BIA

Risk Management Plan

A plan on how to monitor and manage risks exists and is made accessible

First stable BioImage Zoo Model format + software tools, libraries and reference examples.

Public release of the format specification for the BMZ model format together with example code and links to reference examples in the BMZ

Data Management Plan

The data management plan will be worked out and made accessible.

Strategy for dissemination of information within the consortium

Dissemination strategy within the consortium is established and agreed upon

Other (3)

Cloud infrastructure (accessible from the AI4LIFE website)

The cloud infrastructure is set up as described in Task 22

Notebooks and algorithms repository (accessible from the AI4LIFE website)

Notebooks to trainexecute models and supporting functionality eg for data handling will be available via a searchable repository on the AI4LIFE website Users can browse and launch them enabling them to apply any available method to their own data

Terms of service

Release of terms of service for users and contributors

Websites, patent fillings, videos etc. (1)

Plan for dissemination and exploitation including communication activities

The mandatory DEC

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (6)

Building a FAIR image data ecosystem for microscopy communities

Autoren: Kemmer, Isabel; Keppler, Antje; Serrano-Solano, Beatriz; Rybina, Arina; Özdemir, Bugra; Bischof, Johanna; El Ghadraoui, Ayoub; Eriksson, John E.; Mathur, Aastha
Veröffentlicht in: Histochem Cell Biol, 2023, ISSN 0948-6143
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00418-023-02203-7

AI4Life Deliverable D5.3 - First stable BioImage Zoo Model format, software tools, libraries and reference examples

Autoren: Ouyang, Wei; Hartley, Matthew
Veröffentlicht in: zenodo.org, 2023
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.8296448

AI4Life Deliverable D5.1 - Annotation Standards

Autoren: Hartley, Matthew; Zulueta-Coarasa, Teresa
Veröffentlicht in: zenodo.org, 2023
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.8296393

AI4Life Deliverable D2.1 - Cloud infrastructure (accessible from the AI4Life website)

Autoren: Ouyang, Wei
Veröffentlicht in: Zenodo, 2023
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.8380089

Moving beyond the desktop: prospects for practical bioimage analysis via the web

Autoren: Wei Ouyang; Kevin W. Eliceiri; Beth A. Cimini
Veröffentlicht in: Frontiers in Bioinformatics, 2023, ISSN 2673-7647
Herausgeber: Frontiers
DOI: 10.3389/fbinf.2023.1233748

JDLL: A library to run Deep Learning models on Java bioimage informatics platforms

Autoren: Carlos Garcia Lopez de Haro, Stephane Dallongeville, Thomas Musset, Estibaliz Gomez de Mariscal, Daniel Sage, Wei Ouyang, Arrate Munoz-Barrutia, Jean-Yves Tinevez, Jean-Christophe Olivo-Marin
Veröffentlicht in: arxiv.org, 2023
Herausgeber: Arxiv
DOI: 10.48550/arXiv.2306.04796

Other (20)

AI4Life Deliverable D5.1 - Annotation standards and software, libraries and reference examples

Autoren: Hartley, Matthew; Zulueta Coarasa, Teresa
Veröffentlicht in: 2023
DOI: 10.5281/zenodo.8296393

AI4Life & BioImage Archive FAIR AI Workshop - Summary of recommendations

Autoren: Workshop participants
Veröffentlicht in: zenodo.org, 2023
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.7681686

AI4Life Deliverable D7.1 - Plan for dissemination and exploitation including communication activities

Autoren: Serrano-Solano, Beatriz
Veröffentlicht in: No journal title, 2023
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.7785759

AI4Life - Policy Brief

Autoren: Mathur, Aastha; Kreshuk, Anna; Jug, Florian; Serrano-Solano, Beatriz; Dörr, Dorothea
Veröffentlicht in: 2023
Herausgeber: ZENODO
DOI: 10.5281/ZENODO.10212907

AI4Life Deliverable D1.3 - Risk Management Plan

Autoren: Robinson-Lehtinen, Rachel
Veröffentlicht in: 2023
DOI: 10.5281/zenodo.7786437

AI4Life Deliverable D4.1 - Notebooks and algorithms repository (accessible from the AI4Life website)

Autoren: Henriques, Ricardo; Gómez de Mariscal, Estibaliz; Hidalgo, Iván
Veröffentlicht in: 2023
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.7987775

BioImage Model Zoo: A Community-Driven Resource for Accessible Deep Learning in BioImage Analysis

Autoren: Wei Ouyang, Fynn Beuttenmueller, Estibaliz Gómez-de-Mariscal, Constantin Pape, Tom Burke, Carlos Garcia-López-de-Haro, Craig Russell, Lucía Moya-Sans, Cristina de-la-Torre-Gutiérrez, Deborah Schmidt, Dominik Kutra, Maksim Novikov, Martin Weigert, Uwe Schm
Veröffentlicht in: bioRxiv.org, 2022
Herausgeber: bioRxiv
DOI: 10.1101/2022.06.07.495102V1

Outcomes of the Hackathon on Web and Cloud Infrastructure for AI-Powered BioImage Analysis

Autoren: Caterina Fuster-Barceló,
Veröffentlicht in: Focal Plane, 2023
Herausgeber: FocalPlane

NanoPyx: super-fast bioimage analysis powered by adaptive machine learning

Autoren: Bruno M. Saraiva, Inês M. Cunha, António D. Brito, Gautier Follain, Raquel Portela, Robert Haase, Pedro M. Pereira, Guillaume Jacquemet, Ricardo Henriques
Veröffentlicht in: bioRxiv.org, 2023
Herausgeber: bioRxiv
DOI: 10.1101/2023.08.13.553080V1

Roadmap on Deep Learning for Microscopy

Autoren: Giovanni Volpe, Carolina Wählby, Lei Tian, et al.
Veröffentlicht in: arxiv.org, 2023
Herausgeber: Arxiv
DOI: 10.48550/ARXIV.2303.03793

AI4Life Deliverable D7.1 - Plan for dissemination and exploitation including communication activities

Autoren: Serrano-Solano, Beatriz
Veröffentlicht in: 2023
DOI: 10.5281/zenodo.7785759

AI4Life Deliverable D1.4 - Data Management Plan

Autoren: Kreshuk, Anna; Hartley, Matthew
Veröffentlicht in: No journal title, 2023
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.7785654

AI4Life Deliverable D3.1 - Terms of Service

Autoren: Fuster Barcelo, Caterina; Muñoz-Barrutia, Arrate
Veröffentlicht in: 2023
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.7785511

AI4Life Deliverable D4.1 - Notebooks and algorithms repository (accessible from the AI4Life website)

Autoren: Henriques, Ricardo; Gómez de Mariscal, Estibaliz; Hidalgo, Iván
Veröffentlicht in: 2023
DOI: 10.5281/zenodo.7987775

BioImage Model Zoo: A Community-Driven Resource for Accessible Deep Learning in BioImage Analysis

Autoren: Wei Ouyang; Fynn Beuttenmueller; Estibaliz Gómez-de-Mariscal; Constantin Pape; Tom Burke; Carlos Garcia-López-de-Haro; Craig Russell; Lucía Moya-Sans; Cristina de-la-Torre-Gutiérrez; Deborah Schmidt; Dominik Kutra; Maksim Novikov; Martin Weigert; Uwe Schmidt; Peter Bankhead; Guillaume Jacquemet; Daniel Sage; Ricardo Henriques; Arrate Muñoz-Barrutia; Emma Lundberg; Florian Jug; Anna Kreshuk
Veröffentlicht in: bioRxiv -, 2022
DOI: 10.1101/2022.06.07.495102

AI4Life Deliverable D1.3 - Risk Management Plan

Autoren: Robinson-Lehtinen, Rachel
Veröffentlicht in: AI4LIFE, Ausgabe 1.3, 2023
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.7786437

Community-developed checklists for publishing images and image analysis

Autoren: Schmied, Christopher; Nelson, Michael; Avilov, Sergiy; Bakker, Gert-Jan; Bertocchi, Cristina; Bischof, Johanna; Boehm, Ulrike; Brocher, Jan; Carvalho, Mariana; Chiritescu, Catalin; Christopher, Jana; Cimini, Beth; Conde-Sousa, Eduardo; Ebner, Michael; Ecker, Rupert; Eliceiri, Kevin; Fernandez-Rodriguez, Julia; Gaudreault, Nathalie; Gelman, Laurent; Grunwald, David; Gu, Tingting; Halidi, Nadia; Hammer, Mathias; Hartley, Matthew; Held, Marie; Jug, Florian; Kapoor, Varun; Koksoy, Ayse Aslihan; Lacoste, Judith; Dévédec, Sylvia Le; Guyader, Sylvie Le; Liu, Penghuan; Martins, Gabriel; Mathur, Aastha; Miura, Kota; Llopis, Paula Montero; Nitschke, Roland; North, Alison; Parslow, Adam; Payne-Dwyer, Alex; Plantard, Laure; Rizwan, Ali; Schroth-Diez, Britta; Schütz, Lucas; Scott, Ryan T.; Seitz, Arne; Selchow, Olaf; Sharma, Ved; Spitaler, Martin; Srinivasan, Sathya; De Castillia, Caterina Strambio; Taatjes, Douglas; Tischer, Christian; Jambor, Helena Klara
Veröffentlicht in: 2023
Herausgeber: Arxiv
DOI: 10.48550/ARXIV.2302.07005

Harnessing Artificial Intelligence To Reduce Phototoxicity in Live Imaging

Autoren: Estibaliz Gómez-de-Mariscal, Mario Del Rosario, Joanna W Pylvänäinen, Guillaume Jacquemet, Ricardo Henriques
Veröffentlicht in: arxiv.org, 2024
Herausgeber: Arxiv
DOI: 10.1242/jcs.261545

AI4Life Deliverable D1.1 - Report on the establishment of the project management procedures and the executive group

Autoren: Robinson-Lehtinen, Rachel
Veröffentlicht in: AI4LIFE, Ausgabe 1.1, 2023
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.7786366

AI4Life Deliverable D1.2 - Strategy for dissemination of information within the consortium

Autoren: Robinson-Lehtinen, Rachel
Veröffentlicht in: AI4Life, Ausgabe D1.2, 2023
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.7785849