Leistungen
All project management procedures are established and the Executive Board is assembled
Annotation standards and software, libraries and reference examplesA public release through GitHub or a similar source code hosting site of the format description together with software to use and convert the formats and links to reference examples hosted in the BIA
Risk Management PlanA plan on how to monitor and manage risks exists and is made accessible
First stable BioImage Zoo Model format + software tools, libraries and reference examples.Public release of the format specification for the BMZ model format together with example code and links to reference examples in the BMZ
Data Management PlanThe data management plan will be worked out and made accessible.
Strategy for dissemination of information within the consortiumDissemination strategy within the consortium is established and agreed upon
The cloud infrastructure is set up as described in Task 22
Notebooks and algorithms repository (accessible from the AI4LIFE website)Notebooks to trainexecute models and supporting functionality eg for data handling will be available via a searchable repository on the AI4LIFE website Users can browse and launch them enabling them to apply any available method to their own data
Terms of serviceRelease of terms of service for users and contributors
Veröffentlichungen
Autoren:
Kemmer, Isabel; Keppler, Antje; Serrano-Solano, Beatriz; Rybina, Arina; Özdemir, Bugra; Bischof, Johanna; El Ghadraoui, Ayoub; Eriksson, John E.; Mathur, Aastha
Veröffentlicht in:
2023
Herausgeber:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.7788899
Autoren:
Workshop participants
Veröffentlicht in:
zenodo.org, 2023
Herausgeber:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.7681686
Autoren:
Serrano-Solano, Beatriz
Veröffentlicht in:
2023
Herausgeber:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.7785759
Autoren:
Henriques, Ricardo; Gómez de Mariscal, Estibaliz; Hidalgo, Iván
Veröffentlicht in:
2023
Herausgeber:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.7987775
Autoren:
Kreshuk, Anna; Hartley, Matthew
Veröffentlicht in:
2023
Herausgeber:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.7785654
Autoren:
Fuster Barcelo, Caterina; Muñoz-Barrutia, Arrate
Veröffentlicht in:
2023
Herausgeber:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.7785511
Autoren:
Robinson-Lehtinen, Rachel
Veröffentlicht in:
2023
Herausgeber:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.7786437
Autoren:
Robinson-Lehtinen, Rachel
Veröffentlicht in:
2023
Herausgeber:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.7786366
Autoren:
Robinson-Lehtinen, Rachel
Veröffentlicht in:
2023
Herausgeber:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.7785849
Autoren:
Ouyang, Wei; Hartley, Matthew
Veröffentlicht in:
zenodo.org, 2023
Herausgeber:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.8296448
Autoren:
Wei Ouyang, Fynn Beuttenmueller, Estibaliz Gómez-de-Mariscal, Constantin Pape, Tom Burke, Carlos Garcia-López-de-Haro, Craig Russell, Lucía Moya-Sans, Cristina de-la-Torre-Gutiérrez, Deborah Schmidt, Dominik Kutra, Maksim Novikov, Martin Weigert, Uwe Schm
Veröffentlicht in:
bioRxiv.org, 2022
Herausgeber:
bioRxiv
DOI:
10.1101/2022.06.07.495102v1
Autoren:
Caterina Fuster-Barceló,
Veröffentlicht in:
Focal Plane, 2023
Herausgeber:
FocalPlane
Autoren:
Bruno M. Saraiva, Inês M. Cunha, António D. Brito, Gautier Follain, Raquel Portela, Robert Haase, Pedro M. Pereira, Guillaume Jacquemet, Ricardo Henriques
Veröffentlicht in:
bioRxiv.org, 2023
Herausgeber:
bioRxiv
DOI:
10.1101/2023.08.13.553080
Autoren:
Giovanni Volpe, Carolina Wählby, Lei Tian, et al.
Veröffentlicht in:
arxiv.org, 2023
Herausgeber:
Arxiv
DOI:
10.48550/arXiv.2303.03793
Autoren:
Hartley, Matthew; Zulueta-Coarasa, Teresa
Veröffentlicht in:
zenodo.org, 2023
Herausgeber:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.8296393
Autoren:
Ouyang, Wei
Veröffentlicht in:
Zenodo, 2023
Herausgeber:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.8380089
Autoren:
Schmied, Christopher; Nelson, Michael; Avilov, Sergiy; Bakker, Gert-Jan; Bertocchi, Cristina; Bischof, Johanna; Boehm, Ulrike; Brocher, Jan; Carvalho, Mariana; Chiritescu, Catalin; Christopher, Jana; Cimini, Beth; Conde-Sousa, Eduardo; Ebner, Michael; Ecker, Rupert; Eliceiri, Kevin; Fernandez-Rodriguez, Julia; Gaudreault, Nathalie; Gelman, Laurent; Grunwald, David; Gu, Tingting; Halidi, Nadia; Hammer, Mathias; Hartley, Matthew; Held, Marie; Jug, Florian; Kapoor, Varun; Koksoy, Ayse Aslihan; Lacoste, Judith; Dévédec, Sylvia Le; Guyader, Sylvie Le; Liu, Penghuan; Martins, Gabriel; Mathur, Aastha; Miura, Kota; Llopis, Paula Montero; Nitschke, Roland; North, Alison; Parslow, Adam; Payne-Dwyer, Alex; Plantard, Laure; Rizwan, Ali; Schroth-Diez, Britta; Schütz, Lucas; Scott, Ryan T.; Seitz, Arne; Selchow, Olaf; Sharma, Ved; Spitaler, Martin; Srinivasan, Sathya; De Castillia, Caterina Strambio; Taatjes, Douglas; Tischer, Christian; Jambor, Helena Klara
Veröffentlicht in:
CORNELL UNIVERSITY, 2023
Herausgeber:
Arxiv
DOI:
10.48550/arXiv.2302.07005
Autoren:
Wei Ouyang; Kevin W. Eliceiri; Beth A. Cimini
Veröffentlicht in:
Frontiers in Bioinformatics, 2023, ISSN 2673-7647
Herausgeber:
Frontiers
DOI:
10.3389/fbinf.2023.1233748
Autoren:
Estibaliz Gómez-de-Mariscal, Mario Del Rosario, Joanna W Pylvänäinen, Guillaume Jacquemet, Ricardo Henriques
Veröffentlicht in:
arxiv.org, 2023
Herausgeber:
Arxiv
DOI:
10.48550/arXiv.2308.04387
Autoren:
Carlos Garcia Lopez de Haro, Stephane Dallongeville, Thomas Musset, Estibaliz Gomez de Mariscal, Daniel Sage, Wei Ouyang, Arrate Munoz-Barrutia, Jean-Yves Tinevez, Jean-Christophe Olivo-Marin
Veröffentlicht in:
arxiv.org, 2023
Herausgeber:
Arxiv
DOI:
10.48550/arXiv.2306.04796
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