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CORDIS - Forschungsergebnisse der EU
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Artificial Intelligence for Image Data Analysis in the Life Sciences

CORDIS bietet Links zu öffentlichen Ergebnissen und Veröffentlichungen von HORIZONT-Projekten.

Links zu Ergebnissen und Veröffentlichungen von RP7-Projekten sowie Links zu einigen Typen spezifischer Ergebnisse wie Datensätzen und Software werden dynamisch von OpenAIRE abgerufen.

Leistungen

Report on establishment of project management procedures and executive group (öffnet in neuem Fenster)

All project management procedures are established and the Executive Board is assembled

Annotation standards and software, libraries and reference examples (öffnet in neuem Fenster)

A public release through GitHub or a similar source code hosting site of the format description together with software to use and convert the formats and links to reference examples hosted in the BIA

Risk Management Plan (öffnet in neuem Fenster)

A plan on how to monitor and manage risks exists and is made accessible

First stable BioImage Zoo Model format + software tools, libraries and reference examples. (öffnet in neuem Fenster)

Public release of the format specification for the BMZ model format together with example code and links to reference examples in the BMZ

Data Management Plan (öffnet in neuem Fenster)

The data management plan will be worked out and made accessible.

Strategy for dissemination of information within the consortium (öffnet in neuem Fenster)

Dissemination strategy within the consortium is established and agreed upon

Cloud infrastructure (accessible from the AI4LIFE website) (öffnet in neuem Fenster)

The cloud infrastructure is set up as described in Task 22

Notebooks and algorithms repository (accessible from the AI4LIFE website) (öffnet in neuem Fenster)

Notebooks to trainexecute models and supporting functionality eg for data handling will be available via a searchable repository on the AI4LIFE website Users can browse and launch them enabling them to apply any available method to their own data

Terms of service (öffnet in neuem Fenster)

Release of terms of service for users and contributors

Veröffentlichungen

Building a FAIR image data ecosystem for microscopy communities (öffnet in neuem Fenster)

Autoren: Kemmer, Isabel; Keppler, Antje; Serrano-Solano, Beatriz; Rybina, Arina; Özdemir, Bugra; Bischof, Johanna; El Ghadraoui, Ayoub; Eriksson, John E.; Mathur, Aastha
Veröffentlicht in: Histochem Cell Biol, 2023, ISSN 0948-6143
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00418-023-02203-7

AI4Life Deliverable D5.3 - First stable BioImage Zoo Model format, software tools, libraries and reference examples (öffnet in neuem Fenster)

Autoren: Ouyang, Wei; Hartley, Matthew
Veröffentlicht in: zenodo.org, 2023
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.8296448

AI4Life Deliverable D5.1 - Annotation Standards (öffnet in neuem Fenster)

Autoren: Hartley, Matthew; Zulueta-Coarasa, Teresa
Veröffentlicht in: zenodo.org, 2023
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.8296393

AI4Life Deliverable D2.1 - Cloud infrastructure (accessible from the AI4Life website) (öffnet in neuem Fenster)

Autoren: Ouyang, Wei
Veröffentlicht in: Zenodo, 2023
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.8380089

Moving beyond the desktop: prospects for practical bioimage analysis via the web (öffnet in neuem Fenster)

Autoren: Wei Ouyang; Kevin W. Eliceiri; Beth A. Cimini
Veröffentlicht in: Frontiers in Bioinformatics, 2023, ISSN 2673-7647
Herausgeber: Frontiers
DOI: 10.3389/fbinf.2023.1233748

JDLL: A library to run Deep Learning models on Java bioimage informatics platforms (öffnet in neuem Fenster)

Autoren: Carlos Garcia Lopez de Haro, Stephane Dallongeville, Thomas Musset, Estibaliz Gomez de Mariscal, Daniel Sage, Wei Ouyang, Arrate Munoz-Barrutia, Jean-Yves Tinevez, Jean-Christophe Olivo-Marin
Veröffentlicht in: arxiv.org, 2023
Herausgeber: Arxiv
DOI: 10.48550/arXiv.2306.04796

AI4Life Deliverable D5.1 - Annotation standards and software, libraries and reference examples (öffnet in neuem Fenster)

Autoren: Hartley, Matthew; Zulueta Coarasa, Teresa
Veröffentlicht in: 2023
DOI: 10.5281/zenodo.8296393

AI4Life & BioImage Archive FAIR AI Workshop - Summary of recommendations (öffnet in neuem Fenster)

Autoren: Workshop participants
Veröffentlicht in: zenodo.org, 2023
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.7681686

AI4Life Deliverable D7.1 - Plan for dissemination and exploitation including communication activities (öffnet in neuem Fenster)

Autoren: Serrano-Solano, Beatriz
Veröffentlicht in: No journal title, 2023
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.7785759

AI4Life - Policy Brief (öffnet in neuem Fenster)

Autoren: Mathur, Aastha; Kreshuk, Anna; Jug, Florian; Serrano-Solano, Beatriz; Dörr, Dorothea
Veröffentlicht in: 2023
Herausgeber: ZENODO
DOI: 10.5281/ZENODO.10212907

AI4Life Deliverable D1.3 - Risk Management Plan (öffnet in neuem Fenster)

Autoren: Robinson-Lehtinen, Rachel
Veröffentlicht in: 2023
DOI: 10.5281/zenodo.7786437

AI4Life Deliverable D4.1 - Notebooks and algorithms repository (accessible from the AI4Life website) (öffnet in neuem Fenster)

Autoren: Henriques, Ricardo; Gómez de Mariscal, Estibaliz; Hidalgo, Iván
Veröffentlicht in: 2023
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.7987775

BioImage Model Zoo: A Community-Driven Resource for Accessible Deep Learning in BioImage Analysis (öffnet in neuem Fenster)

Autoren: Wei Ouyang, Fynn Beuttenmueller, Estibaliz Gómez-de-Mariscal, Constantin Pape, Tom Burke, Carlos Garcia-López-de-Haro, Craig Russell, Lucía Moya-Sans, Cristina de-la-Torre-Gutiérrez, Deborah Schmidt, Dominik Kutra, Maksim Novikov, Martin Weigert, Uwe Schm
Veröffentlicht in: bioRxiv.org, 2022
Herausgeber: bioRxiv
DOI: 10.1101/2022.06.07.495102V1

Outcomes of the Hackathon on Web and Cloud Infrastructure for AI-Powered BioImage Analysis

Autoren: Caterina Fuster-Barceló,
Veröffentlicht in: Focal Plane, 2023
Herausgeber: FocalPlane

NanoPyx: super-fast bioimage analysis powered by adaptive machine learning (öffnet in neuem Fenster)

Autoren: Bruno M. Saraiva, Inês M. Cunha, António D. Brito, Gautier Follain, Raquel Portela, Robert Haase, Pedro M. Pereira, Guillaume Jacquemet, Ricardo Henriques
Veröffentlicht in: bioRxiv.org, 2023
Herausgeber: bioRxiv
DOI: 10.1101/2023.08.13.553080V1

Roadmap on Deep Learning for Microscopy (öffnet in neuem Fenster)

Autoren: Giovanni Volpe, Carolina Wählby, Lei Tian, et al.
Veröffentlicht in: arxiv.org, 2023
Herausgeber: Arxiv
DOI: 10.48550/ARXIV.2303.03793

AI4Life Deliverable D7.1 - Plan for dissemination and exploitation including communication activities (öffnet in neuem Fenster)

Autoren: Serrano-Solano, Beatriz
Veröffentlicht in: 2023
DOI: 10.5281/zenodo.7785759

AI4Life Deliverable D1.4 - Data Management Plan (öffnet in neuem Fenster)

Autoren: Kreshuk, Anna; Hartley, Matthew
Veröffentlicht in: No journal title, 2023
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.7785654

AI4Life Deliverable D3.1 - Terms of Service (öffnet in neuem Fenster)

Autoren: Fuster Barcelo, Caterina; Muñoz-Barrutia, Arrate
Veröffentlicht in: 2023
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.7785511

AI4Life Deliverable D4.1 - Notebooks and algorithms repository (accessible from the AI4Life website) (öffnet in neuem Fenster)

Autoren: Henriques, Ricardo; Gómez de Mariscal, Estibaliz; Hidalgo, Iván
Veröffentlicht in: 2023
DOI: 10.5281/zenodo.7987775

BioImage Model Zoo: A Community-Driven Resource for Accessible Deep Learning in BioImage Analysis (öffnet in neuem Fenster)

Autoren: Wei Ouyang; Fynn Beuttenmueller; Estibaliz Gómez-de-Mariscal; Constantin Pape; Tom Burke; Carlos Garcia-López-de-Haro; Craig Russell; Lucía Moya-Sans; Cristina de-la-Torre-Gutiérrez; Deborah Schmidt; Dominik Kutra; Maksim Novikov; Martin Weigert; Uwe Schmidt; Peter Bankhead; Guillaume Jacquemet; Daniel Sage; Ricardo Henriques; Arrate Muñoz-Barrutia; Emma Lundberg; Florian Jug; Anna Kreshuk
Veröffentlicht in: bioRxiv -, 2022
DOI: 10.1101/2022.06.07.495102

AI4Life Deliverable D1.3 - Risk Management Plan (öffnet in neuem Fenster)

Autoren: Robinson-Lehtinen, Rachel
Veröffentlicht in: AI4LIFE, Ausgabe 1.3, 2023
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.7786437

Community-developed checklists for publishing images and image analysis (öffnet in neuem Fenster)

Autoren: Schmied, Christopher; Nelson, Michael; Avilov, Sergiy; Bakker, Gert-Jan; Bertocchi, Cristina; Bischof, Johanna; Boehm, Ulrike; Brocher, Jan; Carvalho, Mariana; Chiritescu, Catalin; Christopher, Jana; Cimini, Beth; Conde-Sousa, Eduardo; Ebner, Michael; Ecker, Rupert; Eliceiri, Kevin; Fernandez-Rodriguez, Julia; Gaudreault, Nathalie; Gelman, Laurent; Grunwald, David; Gu, Tingting; Halidi, Nadia; Hammer, Mathias; Hartley, Matthew; Held, Marie; Jug, Florian; Kapoor, Varun; Koksoy, Ayse Aslihan; Lacoste, Judith; Dévédec, Sylvia Le; Guyader, Sylvie Le; Liu, Penghuan; Martins, Gabriel; Mathur, Aastha; Miura, Kota; Llopis, Paula Montero; Nitschke, Roland; North, Alison; Parslow, Adam; Payne-Dwyer, Alex; Plantard, Laure; Rizwan, Ali; Schroth-Diez, Britta; Schütz, Lucas; Scott, Ryan T.; Seitz, Arne; Selchow, Olaf; Sharma, Ved; Spitaler, Martin; Srinivasan, Sathya; De Castillia, Caterina Strambio; Taatjes, Douglas; Tischer, Christian; Jambor, Helena Klara
Veröffentlicht in: 2023
Herausgeber: Arxiv
DOI: 10.48550/ARXIV.2302.07005

Harnessing Artificial Intelligence To Reduce Phototoxicity in Live Imaging (öffnet in neuem Fenster)

Autoren: Estibaliz Gómez-de-Mariscal, Mario Del Rosario, Joanna W Pylvänäinen, Guillaume Jacquemet, Ricardo Henriques
Veröffentlicht in: arxiv.org, 2024
Herausgeber: Arxiv
DOI: 10.1242/jcs.261545

AI4Life Deliverable D1.1 - Report on the establishment of the project management procedures and the executive group (öffnet in neuem Fenster)

Autoren: Robinson-Lehtinen, Rachel
Veröffentlicht in: AI4LIFE, Ausgabe 1.1, 2023
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.7786366

AI4Life Deliverable D1.2 - Strategy for dissemination of information within the consortium (öffnet in neuem Fenster)

Autoren: Robinson-Lehtinen, Rachel
Veröffentlicht in: AI4Life, Ausgabe D1.2, 2023
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.7785849

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