Skip to main content
Przejdź do strony domowej Komisji Europejskiej (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
polski polski
CORDIS - Wyniki badań wspieranych przez UE
CORDIS

Artificial Intelligence for Image Data Analysis in the Life Sciences

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Rezultaty

Plan for dissemination and exploitation including communication activities (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

The mandatory DEC.

Model evaluation platform (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

The web-based service allows model developers whose models are registered in the BioImage Model Zoo to apply them to BioImage Archive reference data, together with model scoring and associated leaderboards.

Report on establishment of project management procedures and executive group (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

All project management procedures are established and the Executive Board is assembled

Risk Management Plan (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

A plan on how to monitor and manage risks exists and is made accessible.

Documentation on BioEngine application development (accessible from the AI4LIFE website) (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

The documentation on the BioEngine application development is targeted toward contributors/developers who want to create new services that are then available for all users of AI4LIFE.

Annotation standards and software, libraries and reference examples (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

A public release through GitHub or a similar source code hosting site of the format description together with software to use and convert the formats and links to reference examples hosted in the BIA

Report on AI4LIFE workshops, hackathons and communication activities, with other LS RIs (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

A full account on all workshops, workshop participations, teaching events, hackathons, outreach events, etc. conducted during the project.

First stable BioImage Zoo Model format + software tools, libraries and reference examples. (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Public release of the format specification for the BMZ model format together with example code and links to reference examples in the BMZ

Assessment report of the end-user experience (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Report describing: 1) the established communication channels with the users and the developers and giving figures in their usage; 2) the end-user feedback and rating of each DL model in the BioImage Model Zoo. The information can be used to improve the website (WP2); 3) the new BioImage Model Zoo members and the links built to connect consumer software with other open-source software that contributes to the AI flow in BioImage Analysis.

Documentation and training material report (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Report summarizing the documentation and training material developed to guide: 1) developers on uploading and documenting the shared DL models and tools; 2) end-users through the selection and adoption of new models or new image processing applications.

Release resource and data sharing standards (accessible from the AI4LIFE website) (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Our formats to store, access, share and use data and AI models have value beyond AI4LIFE. We will make them fully open, available for others to use.This will help other projects and SMEs to built other useful resources and guarantee compatibility between initiatives that would otherwise be separated by incompatible formats.

Report on FAIR guidelines followed in the consortium. (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

A full account of all guidelines the consortium has worked out and implemented during AI4LIFE.

Report on all Public Challenge activities (annually updated and published on the AI4LIFE website, also available as PDF) (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

The report will contain all analysis problems selected to be cast in a public challenge, a full description of the open and secret data used to perform the challenge, and a ranking of all participating/submitted methods including links to the models that are now available in the BMZ.

Data Management Plan (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

The data management plan will be worked out and made accessible.

BIA infrastructure and deposition pipeline for versioned reference annotations. (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

A well documented web-based deposition system allowing users to submit reference annotations for BIA datasets, search for those annotations and retrieve them through both the website and an API.

Terms of service for the BMZ website and infrastructure (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Terms of service for the BioImage Model Zoo will be worked out and made publicly available.

Report on all Open Call activities (annually updated and published on the AI4LIFE website, also available as PDF) (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

The report will contain all applicants, protocol of selection committee meetings, selected projects, the specifications worked out with all selected partners, a summary of all collaborative activities, and an overview of al achieved results and created/deployed models/methods.

Policy Brief (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Policy brief highlighting key findings, recommendations, and policy implications of the AI4Life project.

Strategy for dissemination of information within the consortium (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Dissemination strategy within the consortium is established and agreed upon

Release of human-in-the-loop interfaces (accessible from the AI4LIFE website). (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Human-in-the-loop interfaces enable users to interact with data and/or results interactively and (when applicable) iteratively in order to improve results/ labels/ annotations.

Cloud infrastructure (accessible from the AI4LIFE website) (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

The cloud infrastructure is set up as described in Task 22

Notebooks and algorithms repository (accessible from the AI4LIFE website) (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Notebooks to trainexecute models and supporting functionality eg for data handling will be available via a searchable repository on the AI4LIFE website Users can browse and launch them enabling them to apply any available method to their own data

User-friendly versions of zero-code tools (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Release of novel versions of the zero-code community partners tools (i.e., deepImageJ, ZeroCostDL4Mic) supporting user-friendly connection with the BioImage Model Zool toassure its deployment by end-users. The software will be accessed through the BoImage.IO web page.

Deployment of the container system of (accessible from the AI4LIFE website) (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

The container system will allow contributors and developers to conveniently deploy their contributed methods and models.

Deployment kit for user institutions to replicate the cloud infrastructure (accessible from the AI4LIFE website) (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

The deployment kit will enable users and/or institutions to install the AI4LIFE cloud infrastructure of D2.1 on their own HPC hardware (“on premise”). This is particularly helpful if users work on sensitive data that can’t leave their own servers.

Terms of service (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Release of terms of service for users and contributors

Publikacje

AI4Life Deliverable D1.3 - Risk Management Plan (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Robinson-Lehtinen, Rachel; Dörr, Dorothea
Opublikowane w: 2023
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.7786436

AI4Life Deliverable D2.2 - Deployment kit for user institutions to replicate the cloud infrastructure (accessible from the AI4Life website) (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Ouyang, Wei; Russell, Craig
Opublikowane w: 2024
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.11085173

AI4Life Deliverable D7.3 - Report on FAIR guidelines followed in the consortium (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Jug, Florian; Serrano-Solano, Beatriz
Opublikowane w: 2024
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.13618545

AI4Life Deliverable D5.4 - Model evaluation platform (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Hartley, Matthew; Zulueta Coarasa, Teresa
Opublikowane w: 2025
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.14938271

AI4Life Deliverable D3.2 - User-friendly versions of zero-code tools (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Fuster-Barcelo, Caterina
Opublikowane w: 2024
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.14169720

DeepContrast: Deep Tissue Contrast Enhancement using Synthetic Data Degradations and OOD Model Predictions (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Martins, Nuno Pimpão; Kalaidzidis, Yannis; Zerial, Marino; Jug, Florian
Opublikowane w: 2023 IEEE/CVF International Conference on Computer Vision Workshops (ICCVW), 2023
Wydawca: 2023 IEEE/CVF International Conference on Computer Vision Workshops (ICCVW)
DOI: 10.48550/ARXIV.2308.08365

AI4Life Deliverable D3.4 - Assessment report of the end-user experience (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Fuster-Barceló, Caterina; Muñoz-Barrutia, Arrate
Opublikowane w: 2025
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.17247923

AI4Life Deliverable D5.1 - Annotation standards and software, libraries and reference examples (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Hartley, Matthew; Zulueta Coarasa, Teresa
Opublikowane w: 2023
DOI: 10.5281/zenodo.8296393

AI4Life & BioImage Archive FAIR AI Workshop - Summary of recommendations (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Workshop participants
Opublikowane w: zenodo.org, 2023
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.7681686

AI4Life Deliverable D4.2 - Deployment of a container system (accessible from the AI4Life website) (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Henriques, Ricardo
Opublikowane w: 2024
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.10948859

AI4Life Deliverable D6.1 - Report on all Open Call activities (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Seifi, Mehdi; Jug, Florian; Galinova, Vera; Serrano-Solano, Beatriz; Deschamps, Joran
Opublikowane w: 2025
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.17247985

Outcomes of the Hackathon on Web and Cloud Infrastructure for AI-Powered BioImage Analysis

Autorzy: Caterina Fuster-Barceló,
Opublikowane w: Focal Plane, 2023
Wydawca: FocalPlane

AI4Life Deliverable D2.3 - Terms of service for the BMZ website and infrastructure (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Ouyang, Wei; Hård, Joanna
Opublikowane w: 2024
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.14169805

NanoPyx: super-fast bioimage analysis powered by adaptive machine learning (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Bruno M. Saraiva, Inês M. Cunha, António D. Brito, Gautier Follain, Raquel Portela, Robert Haase, Pedro M. Pereira, Guillaume Jacquemet, Ricardo Henriques
Opublikowane w: bioRxiv.org, 2023
Wydawca: bioRxiv
DOI: 10.1101/2023.08.13.553080V1

AI4Life - Policy Brief I (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Mathur, Aastha; Kreshuk, Anna; Jug, Florian; Serrano-Solano, Beatriz; Dörr, Dorothea
Opublikowane w: 2023
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.10212906

Roadmap on Deep Learning for Microscopy (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Giovanni Volpe, Carolina Wählby, Lei Tian, et al.
Opublikowane w: arxiv.org, 2023
Wydawca: Arxiv
DOI: 10.48550/ARXIV.2303.03793

SAMJ: Fast image annotation on ImageJ/Fiji via Segment Anything Model (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Carlos Garcia-Lopez-de-Haro, Caterina Fuster-Barcelo, Curtis T. Rueden, Jonathan Heras, Vladimir Ulman, Daniel Franco-Barranco, Adrian Ines, Kevin W. Eliceiri, Jean-Christophe Olivo-Marin, Jean-Yves Tinevez, Daniel Sage, Arrate Muñoz-Barrutia
Opublikowane w: 2025
Wydawca: arXiv
DOI: 10.48550/ARXIV.2506.02783

AI4Life Deliverable D7.2 - Report on AI4Life workshops, hackathons and communication activities with other LS RIs (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Serrano-Solano, Beatriz
Opublikowane w: 2025
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.14938360

AI4Life Deliverable D7.1 - Plan for dissemination and exploitation including communication activities (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Serrano-Solano, Beatriz
Opublikowane w: 2023
DOI: 10.5281/zenodo.7785759

AI4Life Deliverable D3.3 - Documentation and Training Material Report (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Fuster-Barceló, Caterina
Opublikowane w: 2025
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.14938584

AI4Life Deliverable D4.4 - Release resource and data sharing standards (accessible from the AI4Life website) (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Beuttenmüller, Fynn; Kreshuk, Anna; Ferreira, Mariana; Gómez de Mariscal, Estibaliz
Opublikowane w: 2025
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.17247946

AI4Life Deliverable D1.4 - Data Management Plan (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Kreshuk, Anna; Hartley, Matthew
Opublikowane w: No journal title, 2023
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.7785654

AI4Life Deliverable D3.1 - Terms of Service (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Fuster Barcelo, Caterina; Muñoz-Barrutia, Arrate
Opublikowane w: 2023
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.7785511

AI4Life Deliverable D4.1 - Notebooks and algorithms repository (accessible from the AI4Life website) (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Henriques, Ricardo; Gómez de Mariscal, Estibaliz; Hidalgo, Iván
Opublikowane w: 2023
DOI: 10.5281/zenodo.7987775

BioImage Model Zoo: A Community-Driven Resource for Accessible Deep Learning in BioImage Analysis (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Wei Ouyang; Fynn Beuttenmueller; Estibaliz Gómez-de-Mariscal; Constantin Pape; Tom Burke; Carlos Garcia-López-de-Haro; Craig Russell; Lucía Moya-Sans; Cristina de-la-Torre-Gutiérrez; Deborah Schmidt; Dominik Kutra; Maksim Novikov; Martin Weigert; Uwe Schmidt; Peter Bankhead; Guillaume Jacquemet; Daniel Sage; Ricardo Henriques; Arrate Muñoz-Barrutia; Emma Lundberg; Florian Jug; Anna Kreshuk
Opublikowane w: bioRxiv -, 2022
DOI: 10.1101/2022.06.07.495102

AI4Life Deliverable D4.3 - Release of human-in-the-loop interfaces (accessible from the AI4Life website) (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Mechtel, Nils; Ouyang, Wei
Opublikowane w: 2024
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.14169758

AI4Life Deliverable D6.2 - Report on all Public Challenge activities (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Galinova, Vera; Jug, Florian
Opublikowane w: 2024
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.17248028

AI4Life Deliverable D5.2 - BioImage Archive infrastructure and deposition pipeline for versioned reference annotations (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Hartley, Matthew
Opublikowane w: 2024
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.10948400

AI4Life - Policy Brief II (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Dörr, Dorothea; Mathur, Aastha; Serrano-Solano, Beatriz; Jug, Florian; Kreshuk, Anna
Opublikowane w: 2025
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.17251575

AI4Life Deliverable D2.4 - Documentation on BioEngine application development (accessible from the AI4Life website) (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Ouyang, Wei
Opublikowane w: 2024
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.14169672

AI4Life Deliverable D1.1 - Report on the establishment of the project management procedures and the executive group (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Robinson-Lehtinen, Rachel
Opublikowane w: AI4LIFE, Numer 1.1, 2023
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.7786366

AI4Life Deliverable D2.1 - Cloud infrastructure (accessible from the AI4Life website) (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Ouyang, Wei
Opublikowane w: Zenodo, 2023
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.8380089

AI4Life Deliverable D1.2 - Strategy for dissemination of information within the consortium (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Robinson-Lehtinen, Rachel
Opublikowane w: AI4Life, Numer D1.2, 2023
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.7785849

Harnessing artificial intelligence to reduce phototoxicity in live imaging (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Estibaliz Gómez-de-Mariscal, Mario Del Rosario, Joanna W. Pylvänäinen, Guillaume Jacquemet, Ricardo Henriques
Opublikowane w: Journal of Cell Science, Numer 137, 2024, ISSN 0021-9533
Wydawca: The Company of Biologists
DOI: 10.1242/JCS.261545

CLEM-Reg: an automated point cloud-based registration algorithm for volume correlative light and electron microscopy (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Daniel Krentzel, Matouš Elphick, Marie-Charlotte Domart, Christopher J. Peddie, Romain F. Laine, Cameron Shand, Ricardo Henriques, Lucy M. Collinson, Martin L. Jones
Opublikowane w: Nature Methods, Numer 22, 2025, ISSN 1548-7091
Wydawca: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41592-025-02794-0

MIFA: Metadata, Incentives, Formats and Accessibility guidelines to improve the reuse of AI datasets for bioimage analysis (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Teresa Zulueta-Coarasa, Florian Jug, Aastha Mathur, Josh Moore, Arrate Muñoz-Barrutia, Liviu Anita, Kolawole Babalola, Peter Bankhead, Perrine Gilloteaux, Nodar Gogoberidze, Martin L. Jones, Gerard J. Kleywegt, Paul Korir, Anna Kreshuk, Aybüke Küpcü Yoldaş, Luca Marconato, Kedar Narayan, Nils Norlin, Bugra Oezdemir, Jessica L. Riesterer, Craig Russell, Norman Rzepka, Ugis Sarkans, Beatriz Serrano-Solano, Christian Tischer, Virginie Uhlmann, Vladimír Ulman, Matthew Hartley
Opublikowane w: Nature Methods, 2025, ISSN 1548-7091
Wydawca: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.48550/ARXIV.2311.10443

Nature Methods (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Damian Dalle Nogare; Matthew Hartley; Joran Deschamps; Jan Ellenberg; Florian Jug
Opublikowane w: Nature Methods, 2023, ISSN 1548-7091
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/S41592-023-01929-5

FeatureForest: the power of foundation models, the usability of random forests (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Mehdi Seifi; Damian Dalle Nogare; Juan Manuel Battagliotti; Vera Galinova; Ananya Kedige Rao; Pierre-Henri Jouneau; Anwai Archit; Fynn Beuttenmueller; Dorothea Dörr; Mariana G. Ferreira; Caterina Fuster-Barceló; Vera Galinova; Carlos García-López-de-Haro; Estibaliz Gómez-de-Mariscal; Matthew Hartley; Ricardo Henriques; Iván Hidalgo-Cenalmor; Florian Jug; Anna Kreshuk; Emma Lundberg; Nils Mechtel; Arrate Muñoz-Barrutia; Wei Ouyang; Constantin Pape; Craig T. Russell; Mehdi Seifi; Beatriz Serrano-Solano; Tomaz Vieira; Teresa Zulueta-Coarasa; Constantin Pape; Johan Decelle; Florian Jug; Joran Deschamps
Opublikowane w: npj Imaging, 2025, ISSN 2948-197X
Wydawca: Nature Publishing Group US
DOI: 10.1038/S44303-025-00089-9

Nature Communications (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Christoph Spahn; Stuart Middlemiss; Estibaliz Gómez-de-Mariscal; Ricardo Henriques; Helge B. Bode; Séamus Holden; Mike Heilemann
Opublikowane w: Nature Communications, 2025, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/S41467-025-58723-4

AI4Life Deliverable D5.3 - First stable BioImage Zoo Model format, software tools, libraries and reference examples (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Ouyang, Wei; Hartley, Matthew
Opublikowane w: zenodo.org, 2023
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.8296448

Gut Analysis Toolbox – automating quantitative analysis of enteric neurons (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Luke Sorensen, Adam Humenick, Sabrina S. B. Poon, Myat Noe Han, Narges S. Mahdavian, Matthew C. Rowe, Ryan Hamnett, Estibaliz Gómez-de-Mariscal, Peter H. Neckel, Ayame Saito, Keith Mutunduwe, Christie Glennan, Robert Haase, Rachel M. McQuade, Jaime P. P. Foong, Simon J. H. Brookes, Julia A. Kaltschmidt, Arrate Muñoz-Barrutia, Sebastian K. King, Nicholas A. Veldhuis, Simona E. Carbone, Daniel P. Poole, Pradeep Rajasekhar
Opublikowane w: Journal of Cell Science, Numer 137, 2024, ISSN 0021-9533
Wydawca: The Company of Biologists
DOI: 10.1242/JCS.261950

Nature Methods (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Iván Hidalgo-Cenalmor; Joanna W. Pylvänäinen; Mariana G. Ferreira; Craig T. Russell; Alon Saguy; Ignacio Arganda-Carreras; Yoav Shechtman; Arrate Muñoz-Barrutia; Beatriz Serrano-Solano; Caterina Fuster Barcelo; Constantin Pape; Emma Lundberg; Florian Jug; Joran Deschamps; Mariana G. Ferreira; Matthew Hartley; Mehdi Seifi; Teresa Zulueta-Coarasa; Vera Galinova; Wei Ouyang; Guillaume Jacquemet; Ricardo Henriques; Estibaliz Gómez-de-Mariscal
Opublikowane w: Nature Methods, 2024, ISSN 1548-7091
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2023.11.19.567606

Live-cell imaging in the deep learning era (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Joanna W. Pylvänäinen, Estibaliz Gómez-de-Mariscal, Ricardo Henriques, Guillaume Jacquemet
Opublikowane w: Current Opinion in Cell Biology, Numer 85, 2025, ISSN 0955-0674
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.CEB.2023.102271

Nature Methods (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Christopher Schmied; Michael S. Nelson; Sergiy Avilov; Gert-Jan Bakker; Cristina Bertocchi; Johanna Bischof; Ulrike Boehm; Jan Brocher; Mariana T. Carvalho; Catalin Chiritescu; Jana Christopher; Beth
Opublikowane w: Nature Methods, 2023, ISSN 1548-7091
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.48550/ARXIV.2302.07005

Nature Methods (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Bruno M. Saraiva; Inês Cunha; António D. Brito; Gautier Follain; Raquel Portela; Robert Haase; Pedro M. Pereira; Guillaume Jacquemet; Ricardo Henriques
Opublikowane w: Nature Methods, 2025, ISSN 1548-7091
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/S41592-024-02562-6

BiaPy: accessible deep learning on bioimages (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Daniel Franco-Barranco; Jesús A. Andrés-San Román; Ivan Hidalgo-Cenalmor; Lenka Backová; Aitor González-Marfil; Clément Caporal; Anatole Chessel; Pedro Gómez-Gálvez; Luis M. Escudero; Donglai Wei; Arrate Muñoz-Barrutia; Ignacio Arganda-Carreras
Opublikowane w: Nature Methods, 2024, ISSN 1548-7105
Wydawca: Nature Publishing Group US
DOI: 10.1101/2024.02.03.576026

Expansion and fluctuations-enhanced microscopy for nanoscale molecular profiling of cells and tissues (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Dominik Kylies; Hannah S. Heil; Arturo G. Vesga; Mario Del Rosario; Maria Schwerk; Malte Kuehl; Milagros N. Wong; Victor G. Puelles; Ricardo Henriques
Opublikowane w: Nature Protocols, 2025, ISSN 1750-2799
Wydawca: Nature Protocols
DOI: 10.1038/S41596-025-01178-0

The crucial role of bioimage analysts in scientific research and publication (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Beth A. Cimini, Peter Bankhead, Rocco D'Antuono, Elnaz Fazeli, Julia Fernandez-Rodriguez, Caterina Fuster-Barceló, Robert Haase, Helena Klara Jambor, Martin L. Jones, Florian Jug, Anna H. Klemm, Anna Kreshuk, Stefania Marcotti, Gabriel G. Martins, Sara McArdle, Kota Miura, Arrate Muñoz-Barrutia, Laura C. Murphy, Michael S. Nelson, Simon F. Nørrelykke, Perrine Paul-Gilloteaux, Thomas Pengo, Joanna W. Pylvänäinen, Lior Pytowski, Arianna Ravera, Annika Reinke, Yousr Rekik, Caterina Strambio-De-Castillia, Daniel Thédié, Virginie Uhlmann, Oliver Umney, Laura Wiggins, Kevin W. Eliceiri
Opublikowane w: Journal of Cell Science, Numer 137, 2024, ISSN 0021-9533
Wydawca: The Company of Biologists
DOI: 10.1242/JCS.262322

Hijacking and integration of algal plastids and mitochondria in a polar planktonic host (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Ananya Kedige Rao, Daniel Yee, Fabien Chevalier, Charlotte LeKieffre, Marie Pavie, Marine Olivetta, Omaya Dudin, Benoit Gallet, Elisabeth Hehenberger, Mehdi Seifi, Florian Jug, Joran Deschamps, Ting-Di Wu, Rebecca Gast, Pierre-Henri Jouneau, Johan Decelle
Opublikowane w: Current Biology, Numer 35, 2025, ISSN 0960-9822
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.CUB.2025.03.076

Nature Communications (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Afonso Mendes; Bruno M. Saraiva; Guillaume Jacquemet; João I. Mamede; Christophe Leterrier; Ricardo Henriques
Opublikowane w: Nature Communications, 2024, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.21203/RS.3.RS-5182329/V1

The rise of data‐driven microscopy powered by machine learning (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Leonor Morgado, Estibaliz Gómez‐de‐Mariscal, Hannah S. Heil, Ricardo Henriques
Opublikowane w: Journal of Microscopy, Numer 295, 2024, ISSN 0022-2720
Wydawca: Wiley
DOI: 10.1111/JMI.13282

Bridging the Gap: Integrating Cutting-edge Techniques into Biological Imaging with deepImageJ (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Caterina Fuster-Barceló; Carlos García López de Haro; Estibaliz Gómez-de-Mariscal; Wei Ouyang; Jean-Christophe Olivo-Marin; Daniel Sage; Arrate Muñoz-Barrutia
Opublikowane w: Biological Imaging, 2024, ISSN 2633-903X
Wydawca: Cambridge University Press
DOI: 10.1017/S2633903X24000114

This Microtubule Does Not Exist: Super‐Resolution Microscopy Image Generation by a Diffusion Model (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Alon Saguy, Tav Nahimov, Maia Lehrman, Estibaliz Gómez‐de‐Mariscal, Iván Hidalgo‐Cenalmor, Onit Alalouf, Ashwin Balakrishnan, Mike Heilemann, Ricardo Henriques, Yoav Shechtman
Opublikowane w: Small Methods, Numer 9, 2025, ISSN 2366-9608
Wydawca: Wiley
DOI: 10.1101/2023.07.06.548004

Building a FAIR image data ecosystem for microscopy communities (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Kemmer, Isabel; Keppler, Antje; Serrano-Solano, Beatriz; Rybina, Arina; Özdemir, Bugra; Bischof, Johanna; El Ghadraoui, Ayoub; Eriksson, John E.; Mathur, Aastha
Opublikowane w: Histochemistry and Cell Biology, 2023, ISSN 1432-119X
Wydawca: Histochemistry and Cell Biology
DOI: 10.5281/ZENODO.7788899

Nature Methods (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: García López de Haro, Carlos; Dallongeville, Stéphane; Musset, Thomas; Gómez-De-Mariscal, Estibaliz; Sage, Daniel; Ouyang, Wei; Muñoz-Barrutia, Arrate; Tinevez, Jean-Yves; Olivo-Marin, Jean-Christophe
Opublikowane w: Nature Methods, 2024, ISSN 1548-7091
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.48550/ARXIV.2306.04796

bia-binder: a web-native cloud compute service for the bioimage analysis community (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Craig T Russell, Jean-Marie Burel , Awais Athar , Simon Li , Ugis Sarkans , Jason Swedlow , Alvis Brazma , Matthew Hartley , Virginie Uhlmann
Opublikowane w: Bioinformatics, 2025, ISSN 1367-4811
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/BIOINFORMATICS/BTAF412

Moving beyond the desktop: prospects for practical bioimage analysis via the web (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Wei Ouyang; Kevin W. Eliceiri; Beth A. Cimini
Opublikowane w: Frontiers in Bioinformatics, 2023, ISSN 2673-7647
Wydawca: Frontiers
DOI: 10.3389/fbinf.2023.1233748

CellTracksColab is a platform that enables compilation, analysis, and exploration of cell tracking data (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Gómez-De-Mariscal, Estibaliz; Grobe, Hanna; Pylvänäinen, Joanna; Xénard, Laura; Henriques, Ricardo; Tinevez, Jean-Yves; Jacquemet, Guillaume
Opublikowane w: PLOS Biology, 2024, ISSN 1545-7885
Wydawca: PLOS
DOI: 10.1371/JOURNAL.PBIO.3002740

BioImage.IO Chatbot: a community-driven AI assistant for integrative computational bioimaging (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Lei, Wanlu; Fuster-Barceló, Caterina; Reder, Gabriel; Muñoz-Barrutia, Arrate; Ouyang, Wei
Opublikowane w: Nature Methods, 2024, ISSN 1548-7105
Wydawca: Nature Publishing Group US
DOI: 10.5281/ZENODO.10967840

µSplit: efficient image decomposition for microscopy data (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Ashesh, Alexander Krull, Moises Di Sante, Francesco Silvio Pasqualini, Florian Jug
Opublikowane w: 2023
Wydawca: ICCV'23
DOI: 10.48550/ARXIV.2211.12872

denoiSplit: A Method for Joint Microscopy Image Splitting and Unsupervised Denoising (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Ashesh Ashesh, Florian Jug
Opublikowane w: 2024
Wydawca: ECCV'24
DOI: 10.48550/ARXIV.2403.11854

Wyszukiwanie danych OpenAIRE...

Podczas wyszukiwania danych OpenAIRE wystąpił błąd

Brak wyników

Moja broszura 0 0