Description du projet
Diagnostic rapide des maladies bactériennes dans le domaine de l’aquaculture
Les épidémies de maladies bactériennes représentent un défi de tous les instants pour la pisciculture et entraînent des pertes économiques considérables. Dans la nature, les micro-organismes forment des communautés diversifiées. Une combinaison d’espèces peut dès lors provoquer des infections. Cependant, le rôle joué par la coespèce dans la progression de la maladie est mal compris et représente un défi de taille en termes de diagnostic. Le projet chelOMICS, financé par les Actions Marie Skłodowska-Curie (MSCA), propose une initiative multidisciplinaire ambitieuse afin de comprendre les interactions hôte-pathogène chez les poissons d’aquaculture en ce qui concerne la vibriose, la photobactériose et la furonculose, trois grandes maladies bactériennes. Le projet appliquera des outils multi-omiques modernes et aura recours à la métabolomique et à la métagénomique. chelOMICS s’intéressera tout particulièrement au métabolome des sidérophores, qui représentent des facteurs de virulence clés pendant l’infection, et à leur utilisation en tant que biomarqueurs pour le diagnostic précoce des maladies.
Objectif
Outbreaks of bacterial diseases pose a persistent challenge to fish farming around the world causing significant economic loss. To improve efficiency, safety, and sustainability of aquaculture new health monitoring and rapid disease diagnostics approaches are required. Here, we propose an ambitious multidisciplinary project that implements modern multi-omics tools, in particular metabolomics and metagenomics, to provide a holistic understanding of host-pathogen interactions in farmed fish in the context of three major bacterial diseases; vibriosis, photobacteriosis, and furunculosis. This project will focus specifically on the metabolome of siderophores, iron chelating microbial metabolites that are key virulence factors during infection, and their use as biomarkers for early disease diagnostics. In nature, microorganisms exist in diverse communities and therefore infections can be caused by a combination of species yet the involvement of co-species in disease progression is poorly understood and represents a great diagnostic challenge. I have gained extensive skills in metabolomics through my PhD in Australia and postdoctoral experience in Germany. This project will enable me to go one step further; I will use different bioinformatic tools as well as imaging analytical chemistry (MALDI-IMS) approaches to integrate metabolomics and microbiome data and answer important ecological questions in aquaculture. I am highly motivated to take on this new challenge and acquire new scientific and transferable skills, which will strengthen my profile as an independent researcher and increase my opportunities for a permanent position after the fellowship.
Champ scientifique
Programme(s)
- HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA) Main Programme
Régime de financement
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European FellowshipsCoordinateur
15001 La Coruna
Espagne