Long-TREC: The Long-Reads Transcriptomics European Consortium. The next generation transcriptome biology revealed by single molecule sequencing technologies

Projektinformationen

LongTREC

ID Finanzhilfevereinbarung: 101072892

DOI

10.3030/101072892

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 14 Juli 2022

Startdatum 1 Oktober 2022

Enddatum 30 September 2026

Finanziert unter

• Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA)

Gesamtkosten

Keine Daten

EU-Beitrag

€ 2 621 931,00

Koordiniert durch

AGENCIA ESTATAL CONSEJO SUPERIOR DE INVESTIGACIONES CIENTIFICAS
Spain

CORDIS bietet Links zu öffentlichen Ergebnissen und Veröffentlichungen von HORIZONT-Projekten.

Links zu Ergebnissen und Veröffentlichungen von RP7-Projekten sowie Links zu einigen Typen spezifischer Ergebnisse wie Datensätzen und Software werden dynamisch von OpenAIRE abgerufen.

Leistungen

Documents, reports (9)

Interim report including links to a protocol repository

Updated report on the state of library preparation, sequencing and mapping algorithm developments, including links to a protocol repository (i.e. protocols.io) and GitHub for code of novel mapping algorithms

Interim report on the state of algorithm developments in WP4 applied to use cases

Updated progress report on the state of algorithm developments in WP4, including a list of links to GitHub repositories containing code

Initial report on the state of algorithm developments in WP5
Interim report on the state of algorithm developed in WP5 and pipelines comparison

Updated progress report on the state of algorithm developments in WP5 and comparison of pipelines

Initial progress report on the state of algorithm developments in WP3

Progress report on the state of algorithm developments in WP3

Progress report on the state of library preparation, sequencing and mapping algorithm

Progress report on the state of library preparation, sequencing, and mapping algorithm developments.

Interim report on the state of algorithm developed in WP3, including benchmarks

Updated progress report on the state of algorithm developments in WP3, including a list of links to a GitHub repository containing code

Progress report on the state of algorithm developments in WP4
LongTREC website and social network profiles

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (16)

Quality assessment of long read data in multisample lrRNA-seq experiments using SQANTI-reads

Autoren: Netanya Keil, Carolina Monzó, Lauren McIntyre, Ana Conesa
Veröffentlicht in: Genome Research, Ausgabe 35, 2026, ISSN 1088-9051
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/GR.280021.124

Handling biological replicates in long-read RNA sequencing data by joining or not joining

Autoren: Fabian Jetzinger, Alejandro Paniagua, Stanley Cormack, Jorge Mestre-Tomás, José Manuel Morante-Redolat, Isabel Fariñas, Luis Ferrández-Peral, Stefan Götz, Carolina Monzó, Ana Conesa
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 17, 2026, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41467-026-77367-6

TUSCO: benchmarking transcriptome reconstruction with endogenous single-isoform controls

Autoren: Tianyuan Liu, Alejandro Paniagua, Fabian Jetzinger, Luis Ferrández-Peral, Adam Frankish, Ana Conesa
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 17, 2026, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41467-026-72089-1

Cell culture differentiation and proliferation conditions influence the<i>in vitro</i>regeneration of the human airway epithelium

Autoren: Elisa Redman; Morgane Fierville; Amélie Cavard; Magali Plaisant; Marie-Jeanne Arguel; Sandra Ruiz Garcia; Eamon M McAndrew; Cédric Girard-Riboulleau; Kevin Lebrigand; Virginie Magnone; Gilles Ponzio; Delphine Gras; Pascal Chanez; Sophie Abelanet; Pascal Barbry; Brice Marcet; Laure-Emmanuelle Zaragosi
Veröffentlicht in: American Journal of Respiratory Cell and Molecular Biology, 2024
Herausgeber: OXFORD ACADEMIC
DOI: 10.1165/RCMB.2023-0356MA

Transcriptomics in the era of long-read sequencing

Autoren: Carolina Monzó; Tianyuan Liu; Ana Conesa
Veröffentlicht in: Nature Reviews Genetics, 2025, ISSN 1471-0064
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1038/S41576-025-00828-Z

IsoTools 2.0: Software for Comprehensive Analysis of Long-read Transcriptome Sequencing Data

Autoren: Yalan Bi, Tom Lukas Lankenau, Matthias Lienhard, Ralf Herwig
Veröffentlicht in: Journal of Molecular Biology, 2025, ISSN 0022-2836
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.jmb.2025.169049

Icarust, a real-time simulator for Oxford Nanopore adaptive sampling

Autoren: Rory Munro, Satrio Wibowo, Alexander Payne, Matthew Loose
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe 40, 2024, ISSN 1367-4811
Herausgeber: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/bioinformatics/btae141

Long-read transcriptome sequencing of CLL and MDS patients uncovers molecular effects of<i>SF3B1</i>mutations

Autoren: Alicja Pacholewska, Matthias Lienhard, Mirko Brüggemann, Heike Hänel, Lorina Bilalli, Anja Königs, Felix Heß, Kerstin Becker, Karl Köhrer, Jesko Kaiser, Holger Gohlke, Norbert Gattermann, Michael Hallek, Carmen D. Herling, Julian König, Christina Grimm, Ralf Herwig, Kathi Zarnack, Michal R. Schweiger
Veröffentlicht in: Genome Research, Ausgabe 34, 2024, ISSN 1088-9051
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/GR.279327.124

The promise of long-read RNA-seq: reducing bias in analyses of allele imbalance

Autoren: Nadja Nolte, Marko Petek, Pablo Angulo Lara, Logan Mulroney, Francesco Nicassio, Fabio Marroni, Lauren McIntyre
Veröffentlicht in: NAR Genomics and Bioinformatics, Ausgabe 8, 2026, ISSN 2631-9268
Herausgeber: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/NARGAB/LQAG071

Evidence-based unification of potato gene models with the UniTato collaborative genome browser

Autoren: Maja Zagorščak, Jan Zrimec, Carissa Bleker, Nadja Nolte, Mojca Juteršek, Živa Ramšak, Kristina Gruden, Marko Petek
Veröffentlicht in: Frontiers in Plant Science, Ausgabe 15, 2024, ISSN 1664-462X
Herausgeber: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/FPLS.2024.1352253

Long-read metagenomic and metatranscriptomic datasets from marine plankton

Autoren: Carmen Lafuente Sanz, Corinne Da Silva, Corinne Cruaud, Stefan Engelen, Karine Labadie, Jean-Marc Aury, France Denoeud
Veröffentlicht in: Scientific Data, 2026, ISSN 2052-4463
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41597-026-08292-Y

Multiparent recombinant inbred lines crossed to a tester provide novel insights into sources of <i>cis</i> and <i>trans</i> regulation of gene expression

Autoren: Fabio Marroni, Alison M Morse, Adalena V Nanni, Nadja Nolte, Patricka Williams-Simon, Luis G León-Novelo, Rita M Graze, Paul Schmidt, Elizabeth King, Lauren M McIntyre
Veröffentlicht in: GENETICS, Ausgabe 232, 2026, ISSN 1943-2631
Herausgeber: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/GENETICS/IYAF257

Toward the use of nanopore RNA sequencing technologies in the clinic: challenges and opportunities

Autoren: Xanthi-Lida Katopodi, Oguzhan Begik, Eva Maria Novoa
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 53, 2025, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/NAR/GKAF128

LongPolyASE: an end-to-end framework for allele-specific gene and isoform analysis in polyploids using long-read RNA-seq

Autoren: Nadja Nolte, Kristina Gruden, Marko Petek
Veröffentlicht in: Plant Methods, 2026, ISSN 1746-4811
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1186/S13007-026-01569-8

Quality assessment of long read data in multisample lrRNA-seq experiments using SQANTI-reads

Autoren: Netanya Keil, Carolina Monzó, Lauren McIntyre, Ana Conesa
Veröffentlicht in: Genome Research, Ausgabe 35, 2025, ISSN 1088-9051
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/GR.280021.124

Profiling the epigenome using long-read sequencing

Autoren: Tianyuan Liu, Ana Conesa
Veröffentlicht in: Nature Genetics, Ausgabe 57, 2025, ISSN 1061-4036
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41588-024-02038-5

Book chapters (1)

Machine Learning-Enhanced Resource Optimization for Bioinformatics Workflows in the Cloud

Autoren: Robert Nica, Fabian Jetzinger, Stefan Götz, Germán Moltó
Veröffentlicht in: Lecture Notes in Computer Science, Euro-Par 2026: Parallel Processing, 2026
Herausgeber: Springer Nature Switzerland
DOI: 10.1007/978-3-032-35251-4_23