Training Alliance for Computational Systems chemistry

Projektinformationen

TACsy

ID Finanzhilfevereinbarung: 101072930

DOI

10.3030/101072930

EK-Unterschriftsdatum 6 Juli 2022

Startdatum 1 März 2023

Enddatum 28 Februar 2027

Finanziert unter

• Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA)

Gesamtkosten

Keine Daten

EU-Beitrag

€ 3 872 336,40

Koordiniert durch

SYDDANSK UNIVERSITET
Denmark

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Leistungen

Websites, patent fillings, videos etc. (1)

Project website

Project website including purpose/mission, contact information, recruitment information, and other data relevant for the public.

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (9)

On Finding All Connected Maximum-Sized Common Subgraphs in Multiple Labeled Graphs

Autoren: Johannes B.S. Petersen, Akbar Davoodi, Thomas Gärtner, Marc Hellmuth, Daniel Merkle
Veröffentlicht in: ARXIV, 2025
Herausgeber: ARXIV
DOI: 10.48550/ARXIV.2503.22368

SynCat: A light weight graph neural network model to classify chemical reactions

Autoren: Phuoc-Chung Van Nguyen, Van-Thinh To, Ngoc-Vi Nguyen Tran, Tieu-Long Phan, Tuyen Ngoc Truong, Thomas Gärtner, Daniel Merkle, Peter F. Stadler
Veröffentlicht in: 2025
Herausgeber: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.26434/CHEMRXIV-2025-5F868

A Sensitivity Analysis Methodology for Rule-Based Stochastic Chemical Systems

Autoren: Erika M. Herrera Machado, Jakob L. Andersen, Rolf Fagerberg, Daniel Merkle
Veröffentlicht in: Journal of Chemical Information and Modeling, 2026
Herausgeber: ACS Publications
DOI: 10.1021/ACS.JCIM.5C02375

Finding Thermodynamically Favorable Pathways in Chemical Reaction Networks Using Flows in Hypergraphs and Mixed-Integer Linear Programming

Autoren: Adittya Pal, Rolf Fagerberg, Jakob Lykke Andersen, Christoph Flamm, Peter Dittrich, Daniel Merkle
Veröffentlicht in: Journal of Chemical Information and Modeling, Ausgabe 65, 2025, ISSN 1549-9596
Herausgeber: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/ACS.JCIM.5C00265

<tt>SynTemp</tt>: Efficient Extraction of Graph-Based Reaction Rules from Large-Scale Reaction Databases

Autoren: Tieu-Long Phan, Klaus Weinbauer, Marcos E. González Laffitte, Yingjie Pan, Daniel Merkle, Jakob L. Andersen, Rolf Fagerberg, Christoph Flamm, Peter F. Stadler
Veröffentlicht in: Journal of Chemical Information and Modeling, Ausgabe 65, 2025, ISSN 1549-9596
Herausgeber: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/ACS.JCIM.4C01795

Computational approaches in chemical space exploration for carbon fixation pathways

Autoren: Anne-Susann Abel, Nino Lauber, Jakob Lykke Andersen, Rolf Fagerberg, Daniel Merkle, Christoph Flamm
Veröffentlicht in: npj Systems Biology and Applications, Ausgabe 12, 2026, ISSN 2056-7189
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41540-025-00641-8

Partial Imaginary Transition State (ITS) Graphs: A Formal Framework for Research and Analysis of Atom-to-Atom Maps of Unbalanced Chemical Reactions and Their Completions

Autoren: Marcos E. González Laffitte, Klaus Weinbauer, Tieu-Long Phan, Nora Beier, Nico Domschke, Christoph Flamm, Thomas Gatter, Daniel Merkle, Peter F. Stadler
Veröffentlicht in: Symmetry, Ausgabe 16, 2025, ISSN 2073-8994
Herausgeber: MDPI AG
DOI: 10.3390/SYM16091217

<tt>SynKit</tt> : A Graph-Based Python Framework for Rule-Based Reaction Modeling and Analysis

Autoren: Tieu-Long Phan, Marcos E. González Laffitte, Klaus Weinbauer, Daniel Merkle, Jakob Lykke Andersen, Rolf Fagerberg, Thomas Gatter, Peter F. Stadler
Veröffentlicht in: Journal of Chemical Information and Modeling, Ausgabe 65, 2025, ISSN 1549-9596
Herausgeber: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/ACS.JCIM.5C02123

Reaction rebalancing: a novel approach to curating reaction databases

Autoren: Tieu-Long Phan, Klaus Weinbauer, Thomas Gärtner, Daniel Merkle, Jakob L. Andersen, Rolf Fagerberg, Peter F. Stadler
Veröffentlicht in: Journal of Cheminformatics, Ausgabe 16, 2024, ISSN 1758-2946
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1186/s13321-024-00875-4

Conference proceedings (1)

Extension of Partial Atom-To-Atom Maps: Uniqueness and Algorithms

Autoren: Marcos E. González Laffitte, Tieu-Long Phan, and Peter F. Stadler
Veröffentlicht in: 25th International Conference on Algorithms for Bioinformatics (WABI 2025), 2025
Herausgeber: DAGSTUHL PUBLISHING
DOI: 10.4230/LIPICS.WABI.2025.12