Opis projektu
Narzędzie do analizy programów dla nie-programistów zapewniające powtarzalność analiz
Wnioski naukowe zazwyczaj opierają się na szczegółowych i złożonych analizach obszernych danych eksperymentalnych. W miarę jak zbiory danych stają się coraz większe, a programy do ich analizy coraz bardziej skomplikowane, powtarzalność analiz — niezbędny wymóg sukcesu naukowego, uznania i finansowania — staje się trudniejsza do przetestowania. Finansowany przez ERBN projekt R4R planuje sprostać temu ważnemu wyzwaniu za pomocą narzędzia „R4R” dla osób niebędących programistami, które usprawni zapewnienie odtwarzalności potoków analizy danych. Zespół projektu, koncentrując się na oprogramowaniu do analizy danych napisanym w języku R, planuje wykorzystać techniki dynamicznej analizy programu do śledzenia zależności, danych wejściowych i innych źródeł niedeterminizmu, które wpływają na odtwarzalność.
Cel
Unevaluated science is not worth funding. Gone are the days where a scientific breakthrough could be based on scribbles made on a few loose sheets of paper reviewed by a single attentive reader. Most disciplines rely on experimental data that is collected, analyzed, and presented using powerful computational tools. The scientific adventure hinges on our ability to openly and widely share and reproduce such results.
The goal of this PoC is to market a tool, R4R, for non-programmer scientists to make their archival work easily reproducible and offer it to them through a non-expensive licence. Affordable reproducibility is key to independent evaluation of previously published results.
We will focus on reproducibility of data analysis pipelines written in R with RMarkdown or Jupyter. Creating a reproducible environment is hard, labor-intensive and error-prone, and requires expertise that data analysts lack. We propose to use dynamic program analysis techniques to track dependencies, data inputs, and other sources of non-determinism needed for reproducibility. R4R will synthesize metadata to generate self-contained, portable, fully reproducible environments, based on Docker images.
Dziedzina nauki
Słowa kluczowe
Program(-y)
- HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC) Main Programme
System finansowania
HORIZON-ERC-POC - HORIZON ERC Proof of Concept GrantsInstytucja przyjmująca
160 00 Praha
Czechy