ERA Chair Holder to establish the electron cryo-microscopy analysis of cellular and artificial nanomachines

Información del proyecto

hot4cryo

Identificador del acuerdo de subvención: 101086665

DOI

10.3030/101086665

Fecha de la firma de la CE 14 Octubre 2022

Fecha de inicio 1 Marzo 2023

Fecha de finalización 29 Febrero 2028

Financiado con arreglo a

• Widening participation and spreading excellence

Coste total

€ 2 499 921,25

Aportación de la UE

€ 2 499 921,00

Coordinado por

ETHNIKO IDRYMA EREVNON
Greece

CORDIS proporciona enlaces a los documentos públicos y las publicaciones de los proyectos de los programas marco HORIZONTE.

Los enlaces a los documentos y las publicaciones de los proyectos del Séptimo Programa Marco, así como los enlaces a algunos tipos de resultados específicos, como conjuntos de datos y «software», se obtienen dinámicamente de OpenAIRE .

Resultado final

Websites, patent fillings, videos etc. (1)

DEC Strategy and Plan

DEC Strategy and Plan: This deliverable will also be communicated at month 42.

Documents, reports (2)

Computational protocols for cryo-EM image analysis of ERA Chair specimen

Computational protocols for cryo-EM image analysis of ERA Chair specimen.

Data Management Plan (DMP)

Data Management Plan (DMP).

Publicaciones

Peer reviewed articles (19)

Enabling cryo-EM density interpretation from yeast native cell extracts by proteomics data and AlphaFold structures

Autores: Tüting C, Schmidt L, Skalidis I, Sinz A, Kastritis PL.
Publicado en: Proteomics, Edición Apr 4:e2200096, 2023, ISSN 1615-9861
Editor: Wiley
DOI: 10.1002/pmic.202200096

Self-supervised learning for generalizable particle picking in cryo-EM micrographs

Autores: Andreas Zamanos, Panagiotis Koromilas, Giorgos Bouritsas, Panagiotis L. Kastritis, Yannis Panagakis
Publicado en: Cell Reports Methods, Edición 5, 2025, ISSN 2667-2375
Editor: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.CRMETH.2025.101089

The human touch: Utilizing AlphaFold 3 to analyze structures of endogenous metabolons

Autores: Toni K. Träger, Christian Tüting, Panagiotis L. Kastritis
Publicado en: Structure, Edición 32, 2024, ISSN 0969-2126
Editor: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.STR.2024.08.018

Protein-Rich Rafts in Hybrid Polymer/Lipid Giant Unilamellar Vesicles

Autores: Nika Otrin*, Lado Otrin, Claudia Bednarz, Toni K. Träger, Farzad Hamdi, Panagiotis L. Kastritis, Ivan Ivanov, and Kai Sundmacher
Publicado en: Biomacromolecules, Edición Feb 12;25(2):778-791, 2024, ISSN 1525-7797
Editor: ACS Publications
DOI: 10.1021/acs.biomac.3c00972

Solid-state NMR reveals mixed side-chain organization across pores in amphiphilic covalent organic frameworks

Autores: Simona Bassoli, Alexey Krushelnitsky, Farzad Hamdi, Jonas Lührs, Panagiotis L. Kastritis, Daniel Sebastiani, Kay Saalwächter, Frederik Haase
Publicado en: Journal of Materials Chemistry A, Edición 14, 2025, ISSN 2050-7488
Editor: Royal Society of Chemistry (RSC)
DOI: 10.1039/D5TA06558E

Strategies for mitigating radiation damage and improving data completeness in 3D electron diffraction of protein crystals

Autores: Alaa Shaikhqasem, Farzad Hamdi, Lisa Machner, Christoph Parthier, Constanze Breithaupt, Fotis L. Kyrilis, Stephan M. Feller, Panagiotis L. Kastritis, Milton T. Stubbs
Publicado en: Acta Crystallographica Section D Structural Biology, Edición 82, 2026, ISSN 2059-7983
Editor: International Union of Crystallography (IUCr)
DOI: 10.1107/S2059798325011258

Cryo-EM structure of a plant photosystem II supercomplex with light-harvesting protein Lhcb8 and α-tocopherol

Autores: Opatíková M, Semchonok DA, Kopečný D, Ilík P, Pospíšil P, Ilíková I, Roudnický P, Zeljković SĆ, Tarkowski P, Kyrilis FL, Hamdi F, Kastritis PL, Kouřil R.
Publicado en: Nature Plants, Edición Aug;9(8):1359-1369, 2023, ISSN 2055-0278
Editor: Nature Press
DOI: 10.1038/s41477-023-01483-0

Cryo-EM of a heterogeneous biochemical fraction elucidates multiple protein complexes from a multicellular thermophilic eukaryote

Autores: Semchonok DA, Kyrilis FL, Hamdi F, Kastritis PL.
Publicado en: J Struct Biol: X, Edición Aug 9;8:100094, 2023, ISSN 2590-1524
Editor: Elsevier
DOI: 10.1016/j.yjsbx.2023.100094

Disorder-to-order active site capping regulates the rate-limiting step of the inositol pathway

Autores: Toni K. Träger, Fotis L. Kyrilis, Farzad Hamdi, Christian Tüting, Marie Alfes, Tommy Hofmann, Carla Schmidt, Panagiotis L. Kastritis
Publicado en: Proceedings of the National Academy of Sciences, Edición 121, 2024, ISSN 0027-8424
Editor: Proceedings of the National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/PNAS.2400912121

Form follows function – structural interplay between DCL1 and pri-miRNAs

Autores: Cecile R. Scholl, Lars Grosch, Jana Baradei, Panagiotis L. Kastritis, Clara T. Schoeder, Sascha Laubinger
Publicado en: Trends in Plant Science, Edición 30, 2025, ISSN 1360-1385
Editor: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.TPLANTS.2025.07.016

Cryo-EM structure of photosystem II supercomplex from a green microalga with extreme phototolerance

Autores: Rameez Arshad, Ioannis Skalidis, David Kopečný, Sylva Brabencová, Monika Opatíková, Petr Ilík, Pavel Pospíšil, Farzad Hamdi, Sanja Ćavar Zeljković, Martina Kopečná, Pavel Roudnický, Dušan Lazár, Eduard Elias, Roberta Croce, Panagiotis L. Kastritis, Roman Kouřil
Publicado en: Nature Communications, Edición 17, 2026, ISSN 2041-1723
Editor: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41467-025-65861-2

Conserved hydrophilic checkpoints tune FocA-mediated formate:H+ symport

Autores: Christian Tüting, Kevin Janson, Michelle Kammel, Christian Ihling, Jana Lorenz, Fotis L. Kyrilis, Farzad Hamdi, Christopher Erdmann, Andrea Sinz, R. Gary Sawers, Panagiotis L. Kastritis
Publicado en: Nature Communications, Edición 16, 2025, ISSN 2041-1723
Editor: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41467-025-65159-3

Delineating organizational principles of the endogenous L-A virus by cryo-EM and computational analysis of native cell extracts

Autores: Lisa Schmidt, Christian Tüting, Fotis L. Kyrilis, Farzad Hamdi, Dmitry A. Semchonok, Gerd Hause, Annette Meister, Christian Ihling, Milton T. Stubbs, Andrea Sinz & Panagiotis L. Kastritis
Publicado en: Communications Biology, Edición May 10;7(1):557, 2024, ISSN 2399-3642
Editor: Springer Nature
DOI: 10.1038/s42003-024-06204-7

The Fluorescence Yield of Red pH Sensitive Proteins is Mainly Determined by Stability and Internal Water Contact of the Chromophore

Autores: Franz-Josef Schmitt, Amna Shah Mehmood, Hoang Trong Phan, Christian Tüting, Fabian Rieder, Alina-Sophie Henneberger, Farzin Ghane Golmohamadi, Panagiotis L. Kastritis, Jan Laufer
Publicado en: European Conferences on Biomedical Optics 2025, 2025, ISSN 2059-7983
Editor: Optica Publishing Group
DOI: 10.1107/S2059798325011258

Structural biology in cellulo: Minding the gap between conceptualization and realization

Autores: Fotis L Kyrilis, Jason K K Low, Joel P Mackay, Panagiotis L Kastritis
Publicado en: Current Opinion Structural Biology, Edición May 23:87:102843, 2024, ISSN 1879-033X
Editor: Elsevier
DOI: 10.1016/j.sbi.2024.102843

Rational Design of New Biocompatible Near-Infrared Conjugated Polymer Nanoparticles for Biomedical Applications

Autores: Aristea Pavlou, Athanasios Katsouras, Maria Markou, Alkmini Nega, Sofia Bellou, Panagiota Koralli, Andriana Schiza, Nikolaos Chalmpes, Vasilis G. Gregoriou, Antonia Dimitrakopoulou-Strauss, Theodore Fotsis, Apostolos Avgeropoulos, Michael G. Siskos, Carol Murphy, Christos L. Chochos
Publicado en: Macromolecules, Edición 59, 2026, ISSN 0024-9297
Editor: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/ACS.MACROMOL.5C01788

Structural analysis of an endogenous 4-megadalton succinyl-CoA-generating metabolon

Autores: Skalidis I, Kyrilis FL, Tüting C, Hamdi F, Träger TK, Belapure J, Hause G, Fratini M, O'Reilly FJ, Heilmann I, Rappsilber J, Kastritis PL.
Publicado en: Commun Biol, Edición May 22;6(1):552., 2023, ISSN 2399-3642
Editor: Nature Press
DOI: 10.1038/s42003-023-04885-0

Cracking the code of cellular protein-protein interactions: Alphafold and whole-cell crosslinking to the rescue

Autores: Träger T, Kastritis PL
Publicado en: Mol Syst Biol, Edición Apr 12;19(4):e11587, 2023, ISSN 1744-4292
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202311587

Evidence of Heteroepitaxy and Solid Solutions in Lattice Matched Ternary Covalent Organic Framework Systems

Autores: Alena Winter, Juliane Lange, Farzad Hamdi, Panagiotis L. Kastritis, Frederik Haase
Publicado en: Journal of the American Chemical Society, Edición 147, 2025, ISSN 0002-7863
Editor: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/JACS.5C02502