ERA Chair Holder to establish the electron cryo-microscopy analysis of cellular and artificial nanomachines

Informations projet

hot4cryo

N° de convention de subvention: 101086665

DOI

10.3030/101086665

Date de signature de la CE 14 Octobre 2022

Date de début 1 Mars 2023

Date de fin 29 Février 2028

Financé au titre de

• Widening participation and spreading excellence

Coût total

€ 2 499 921,25

Contribution de l’UE

€ 2 499 921,00

Coordonné par

ETHNIKO IDRYMA EREVNON
Greece

CORDIS fournit des liens vers les livrables publics et les publications des projets HORIZON.

Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Livrables

Websites, patent fillings, videos etc. (1)

DEC Strategy and Plan

DEC Strategy and Plan: This deliverable will also be communicated at month 42.

Documents, reports (2)

Computational protocols for cryo-EM image analysis of ERA Chair specimen

Computational protocols for cryo-EM image analysis of ERA Chair specimen.

Data Management Plan (DMP)

Data Management Plan (DMP).

Publications

Peer reviewed articles (19)

Enabling cryo-EM density interpretation from yeast native cell extracts by proteomics data and AlphaFold structures

Auteurs: Tüting C, Schmidt L, Skalidis I, Sinz A, Kastritis PL.
Publié dans: Proteomics, Numéro Apr 4:e2200096, 2023, ISSN 1615-9861
Éditeur: Wiley
DOI: 10.1002/pmic.202200096

Self-supervised learning for generalizable particle picking in cryo-EM micrographs

Auteurs: Andreas Zamanos, Panagiotis Koromilas, Giorgos Bouritsas, Panagiotis L. Kastritis, Yannis Panagakis
Publié dans: Cell Reports Methods, Numéro 5, 2025, ISSN 2667-2375
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.CRMETH.2025.101089

The human touch: Utilizing AlphaFold 3 to analyze structures of endogenous metabolons

Auteurs: Toni K. Träger, Christian Tüting, Panagiotis L. Kastritis
Publié dans: Structure, Numéro 32, 2024, ISSN 0969-2126
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.STR.2024.08.018

Protein-Rich Rafts in Hybrid Polymer/Lipid Giant Unilamellar Vesicles

Auteurs: Nika Otrin*, Lado Otrin, Claudia Bednarz, Toni K. Träger, Farzad Hamdi, Panagiotis L. Kastritis, Ivan Ivanov, and Kai Sundmacher
Publié dans: Biomacromolecules, Numéro Feb 12;25(2):778-791, 2024, ISSN 1525-7797
Éditeur: ACS Publications
DOI: 10.1021/acs.biomac.3c00972

Solid-state NMR reveals mixed side-chain organization across pores in amphiphilic covalent organic frameworks

Auteurs: Simona Bassoli, Alexey Krushelnitsky, Farzad Hamdi, Jonas Lührs, Panagiotis L. Kastritis, Daniel Sebastiani, Kay Saalwächter, Frederik Haase
Publié dans: Journal of Materials Chemistry A, Numéro 14, 2025, ISSN 2050-7488
Éditeur: Royal Society of Chemistry (RSC)
DOI: 10.1039/D5TA06558E

Strategies for mitigating radiation damage and improving data completeness in 3D electron diffraction of protein crystals

Auteurs: Alaa Shaikhqasem, Farzad Hamdi, Lisa Machner, Christoph Parthier, Constanze Breithaupt, Fotis L. Kyrilis, Stephan M. Feller, Panagiotis L. Kastritis, Milton T. Stubbs
Publié dans: Acta Crystallographica Section D Structural Biology, Numéro 82, 2026, ISSN 2059-7983
Éditeur: International Union of Crystallography (IUCr)
DOI: 10.1107/S2059798325011258

Cryo-EM structure of a plant photosystem II supercomplex with light-harvesting protein Lhcb8 and α-tocopherol

Auteurs: Opatíková M, Semchonok DA, Kopečný D, Ilík P, Pospíšil P, Ilíková I, Roudnický P, Zeljković SĆ, Tarkowski P, Kyrilis FL, Hamdi F, Kastritis PL, Kouřil R.
Publié dans: Nature Plants, Numéro Aug;9(8):1359-1369, 2023, ISSN 2055-0278
Éditeur: Nature Press
DOI: 10.1038/s41477-023-01483-0

Cryo-EM of a heterogeneous biochemical fraction elucidates multiple protein complexes from a multicellular thermophilic eukaryote

Auteurs: Semchonok DA, Kyrilis FL, Hamdi F, Kastritis PL.
Publié dans: J Struct Biol: X, Numéro Aug 9;8:100094, 2023, ISSN 2590-1524
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.yjsbx.2023.100094

Disorder-to-order active site capping regulates the rate-limiting step of the inositol pathway

Auteurs: Toni K. Träger, Fotis L. Kyrilis, Farzad Hamdi, Christian Tüting, Marie Alfes, Tommy Hofmann, Carla Schmidt, Panagiotis L. Kastritis
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 121, 2024, ISSN 0027-8424
Éditeur: Proceedings of the National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/PNAS.2400912121

Form follows function – structural interplay between DCL1 and pri-miRNAs

Auteurs: Cecile R. Scholl, Lars Grosch, Jana Baradei, Panagiotis L. Kastritis, Clara T. Schoeder, Sascha Laubinger
Publié dans: Trends in Plant Science, Numéro 30, 2025, ISSN 1360-1385
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.TPLANTS.2025.07.016

Cryo-EM structure of photosystem II supercomplex from a green microalga with extreme phototolerance

Auteurs: Rameez Arshad, Ioannis Skalidis, David Kopečný, Sylva Brabencová, Monika Opatíková, Petr Ilík, Pavel Pospíšil, Farzad Hamdi, Sanja Ćavar Zeljković, Martina Kopečná, Pavel Roudnický, Dušan Lazár, Eduard Elias, Roberta Croce, Panagiotis L. Kastritis, Roman Kouřil
Publié dans: Nature Communications, Numéro 17, 2026, ISSN 2041-1723
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41467-025-65861-2

Conserved hydrophilic checkpoints tune FocA-mediated formate:H+ symport

Auteurs: Christian Tüting, Kevin Janson, Michelle Kammel, Christian Ihling, Jana Lorenz, Fotis L. Kyrilis, Farzad Hamdi, Christopher Erdmann, Andrea Sinz, R. Gary Sawers, Panagiotis L. Kastritis
Publié dans: Nature Communications, Numéro 16, 2025, ISSN 2041-1723
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41467-025-65159-3

Delineating organizational principles of the endogenous L-A virus by cryo-EM and computational analysis of native cell extracts

Auteurs: Lisa Schmidt, Christian Tüting, Fotis L. Kyrilis, Farzad Hamdi, Dmitry A. Semchonok, Gerd Hause, Annette Meister, Christian Ihling, Milton T. Stubbs, Andrea Sinz & Panagiotis L. Kastritis
Publié dans: Communications Biology, Numéro May 10;7(1):557, 2024, ISSN 2399-3642
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1038/s42003-024-06204-7

The Fluorescence Yield of Red pH Sensitive Proteins is Mainly Determined by Stability and Internal Water Contact of the Chromophore

Auteurs: Franz-Josef Schmitt, Amna Shah Mehmood, Hoang Trong Phan, Christian Tüting, Fabian Rieder, Alina-Sophie Henneberger, Farzin Ghane Golmohamadi, Panagiotis L. Kastritis, Jan Laufer
Publié dans: European Conferences on Biomedical Optics 2025, 2025, ISSN 2059-7983
Éditeur: Optica Publishing Group
DOI: 10.1107/S2059798325011258

Structural biology in cellulo: Minding the gap between conceptualization and realization

Auteurs: Fotis L Kyrilis, Jason K K Low, Joel P Mackay, Panagiotis L Kastritis
Publié dans: Current Opinion Structural Biology, Numéro May 23:87:102843, 2024, ISSN 1879-033X
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.sbi.2024.102843

Rational Design of New Biocompatible Near-Infrared Conjugated Polymer Nanoparticles for Biomedical Applications

Auteurs: Aristea Pavlou, Athanasios Katsouras, Maria Markou, Alkmini Nega, Sofia Bellou, Panagiota Koralli, Andriana Schiza, Nikolaos Chalmpes, Vasilis G. Gregoriou, Antonia Dimitrakopoulou-Strauss, Theodore Fotsis, Apostolos Avgeropoulos, Michael G. Siskos, Carol Murphy, Christos L. Chochos
Publié dans: Macromolecules, Numéro 59, 2026, ISSN 0024-9297
Éditeur: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/ACS.MACROMOL.5C01788

Structural analysis of an endogenous 4-megadalton succinyl-CoA-generating metabolon

Auteurs: Skalidis I, Kyrilis FL, Tüting C, Hamdi F, Träger TK, Belapure J, Hause G, Fratini M, O'Reilly FJ, Heilmann I, Rappsilber J, Kastritis PL.
Publié dans: Commun Biol, Numéro May 22;6(1):552., 2023, ISSN 2399-3642
Éditeur: Nature Press
DOI: 10.1038/s42003-023-04885-0

Cracking the code of cellular protein-protein interactions: Alphafold and whole-cell crosslinking to the rescue

Auteurs: Träger T, Kastritis PL
Publié dans: Mol Syst Biol, Numéro Apr 12;19(4):e11587, 2023, ISSN 1744-4292
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202311587

Evidence of Heteroepitaxy and Solid Solutions in Lattice Matched Ternary Covalent Organic Framework Systems

Auteurs: Alena Winter, Juliane Lange, Farzad Hamdi, Panagiotis L. Kastritis, Frederik Haase
Publié dans: Journal of the American Chemical Society, Numéro 147, 2025, ISSN 0002-7863
Éditeur: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/JACS.5C02502