ERA Chair Holder to establish the electron cryo-microscopy analysis of cellular and artificial nanomachines

Projektinformationen

hot4cryo

ID Finanzhilfevereinbarung: 101086665

DOI

10.3030/101086665

EK-Unterschriftsdatum 14 Oktober 2022

Startdatum 1 März 2023

Enddatum 29 Februar 2028

Finanziert unter

• Widening participation and spreading excellence

Gesamtkosten

€ 2 499 921,25

EU-Beitrag

€ 2 499 921,00

Koordiniert durch

ETHNIKO IDRYMA EREVNON
Greece

CORDIS bietet Links zu öffentlichen Ergebnissen und Veröffentlichungen von HORIZONT-Projekten.

Links zu Ergebnissen und Veröffentlichungen von RP7-Projekten sowie Links zu einigen Typen spezifischer Ergebnisse wie Datensätzen und Software werden dynamisch von OpenAIRE abgerufen.

Leistungen

Websites, patent fillings, videos etc. (1)

DEC Strategy and Plan

DEC Strategy and Plan: This deliverable will also be communicated at month 42.

Documents, reports (2)

Computational protocols for cryo-EM image analysis of ERA Chair specimen

Computational protocols for cryo-EM image analysis of ERA Chair specimen.

Data Management Plan (DMP)

Data Management Plan (DMP).

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (19)

Enabling cryo-EM density interpretation from yeast native cell extracts by proteomics data and AlphaFold structures

Autoren: Tüting C, Schmidt L, Skalidis I, Sinz A, Kastritis PL.
Veröffentlicht in: Proteomics, Ausgabe Apr 4:e2200096, 2023, ISSN 1615-9861
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1002/pmic.202200096

Self-supervised learning for generalizable particle picking in cryo-EM micrographs

Autoren: Andreas Zamanos, Panagiotis Koromilas, Giorgos Bouritsas, Panagiotis L. Kastritis, Yannis Panagakis
Veröffentlicht in: Cell Reports Methods, Ausgabe 5, 2025, ISSN 2667-2375
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.CRMETH.2025.101089

The human touch: Utilizing AlphaFold 3 to analyze structures of endogenous metabolons

Autoren: Toni K. Träger, Christian Tüting, Panagiotis L. Kastritis
Veröffentlicht in: Structure, Ausgabe 32, 2024, ISSN 0969-2126
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.STR.2024.08.018

Protein-Rich Rafts in Hybrid Polymer/Lipid Giant Unilamellar Vesicles

Autoren: Nika Otrin*, Lado Otrin, Claudia Bednarz, Toni K. Träger, Farzad Hamdi, Panagiotis L. Kastritis, Ivan Ivanov, and Kai Sundmacher
Veröffentlicht in: Biomacromolecules, Ausgabe Feb 12;25(2):778-791, 2024, ISSN 1525-7797
Herausgeber: ACS Publications
DOI: 10.1021/acs.biomac.3c00972

Solid-state NMR reveals mixed side-chain organization across pores in amphiphilic covalent organic frameworks

Autoren: Simona Bassoli, Alexey Krushelnitsky, Farzad Hamdi, Jonas Lührs, Panagiotis L. Kastritis, Daniel Sebastiani, Kay Saalwächter, Frederik Haase
Veröffentlicht in: Journal of Materials Chemistry A, Ausgabe 14, 2025, ISSN 2050-7488
Herausgeber: Royal Society of Chemistry (RSC)
DOI: 10.1039/D5TA06558E

Strategies for mitigating radiation damage and improving data completeness in 3D electron diffraction of protein crystals

Autoren: Alaa Shaikhqasem, Farzad Hamdi, Lisa Machner, Christoph Parthier, Constanze Breithaupt, Fotis L. Kyrilis, Stephan M. Feller, Panagiotis L. Kastritis, Milton T. Stubbs
Veröffentlicht in: Acta Crystallographica Section D Structural Biology, Ausgabe 82, 2026, ISSN 2059-7983
Herausgeber: International Union of Crystallography (IUCr)
DOI: 10.1107/S2059798325011258

Cryo-EM structure of a plant photosystem II supercomplex with light-harvesting protein Lhcb8 and α-tocopherol

Autoren: Opatíková M, Semchonok DA, Kopečný D, Ilík P, Pospíšil P, Ilíková I, Roudnický P, Zeljković SĆ, Tarkowski P, Kyrilis FL, Hamdi F, Kastritis PL, Kouřil R.
Veröffentlicht in: Nature Plants, Ausgabe Aug;9(8):1359-1369, 2023, ISSN 2055-0278
Herausgeber: Nature Press
DOI: 10.1038/s41477-023-01483-0

Cryo-EM of a heterogeneous biochemical fraction elucidates multiple protein complexes from a multicellular thermophilic eukaryote

Autoren: Semchonok DA, Kyrilis FL, Hamdi F, Kastritis PL.
Veröffentlicht in: J Struct Biol: X, Ausgabe Aug 9;8:100094, 2023, ISSN 2590-1524
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.yjsbx.2023.100094

Disorder-to-order active site capping regulates the rate-limiting step of the inositol pathway

Autoren: Toni K. Träger, Fotis L. Kyrilis, Farzad Hamdi, Christian Tüting, Marie Alfes, Tommy Hofmann, Carla Schmidt, Panagiotis L. Kastritis
Veröffentlicht in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Ausgabe 121, 2024, ISSN 0027-8424
Herausgeber: Proceedings of the National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/PNAS.2400912121

Form follows function – structural interplay between DCL1 and pri-miRNAs

Autoren: Cecile R. Scholl, Lars Grosch, Jana Baradei, Panagiotis L. Kastritis, Clara T. Schoeder, Sascha Laubinger
Veröffentlicht in: Trends in Plant Science, Ausgabe 30, 2025, ISSN 1360-1385
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.TPLANTS.2025.07.016

Cryo-EM structure of photosystem II supercomplex from a green microalga with extreme phototolerance

Autoren: Rameez Arshad, Ioannis Skalidis, David Kopečný, Sylva Brabencová, Monika Opatíková, Petr Ilík, Pavel Pospíšil, Farzad Hamdi, Sanja Ćavar Zeljković, Martina Kopečná, Pavel Roudnický, Dušan Lazár, Eduard Elias, Roberta Croce, Panagiotis L. Kastritis, Roman Kouřil
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 17, 2026, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41467-025-65861-2

Conserved hydrophilic checkpoints tune FocA-mediated formate:H+ symport

Autoren: Christian Tüting, Kevin Janson, Michelle Kammel, Christian Ihling, Jana Lorenz, Fotis L. Kyrilis, Farzad Hamdi, Christopher Erdmann, Andrea Sinz, R. Gary Sawers, Panagiotis L. Kastritis
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 16, 2025, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41467-025-65159-3

Delineating organizational principles of the endogenous L-A virus by cryo-EM and computational analysis of native cell extracts

Autoren: Lisa Schmidt, Christian Tüting, Fotis L. Kyrilis, Farzad Hamdi, Dmitry A. Semchonok, Gerd Hause, Annette Meister, Christian Ihling, Milton T. Stubbs, Andrea Sinz & Panagiotis L. Kastritis
Veröffentlicht in: Communications Biology, Ausgabe May 10;7(1):557, 2024, ISSN 2399-3642
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1038/s42003-024-06204-7

The Fluorescence Yield of Red pH Sensitive Proteins is Mainly Determined by Stability and Internal Water Contact of the Chromophore

Autoren: Franz-Josef Schmitt, Amna Shah Mehmood, Hoang Trong Phan, Christian Tüting, Fabian Rieder, Alina-Sophie Henneberger, Farzin Ghane Golmohamadi, Panagiotis L. Kastritis, Jan Laufer
Veröffentlicht in: European Conferences on Biomedical Optics 2025, 2025, ISSN 2059-7983
Herausgeber: Optica Publishing Group
DOI: 10.1107/S2059798325011258

Structural biology in cellulo: Minding the gap between conceptualization and realization

Autoren: Fotis L Kyrilis, Jason K K Low, Joel P Mackay, Panagiotis L Kastritis
Veröffentlicht in: Current Opinion Structural Biology, Ausgabe May 23:87:102843, 2024, ISSN 1879-033X
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.sbi.2024.102843

Rational Design of New Biocompatible Near-Infrared Conjugated Polymer Nanoparticles for Biomedical Applications

Autoren: Aristea Pavlou, Athanasios Katsouras, Maria Markou, Alkmini Nega, Sofia Bellou, Panagiota Koralli, Andriana Schiza, Nikolaos Chalmpes, Vasilis G. Gregoriou, Antonia Dimitrakopoulou-Strauss, Theodore Fotsis, Apostolos Avgeropoulos, Michael G. Siskos, Carol Murphy, Christos L. Chochos
Veröffentlicht in: Macromolecules, Ausgabe 59, 2026, ISSN 0024-9297
Herausgeber: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/ACS.MACROMOL.5C01788

Structural analysis of an endogenous 4-megadalton succinyl-CoA-generating metabolon

Autoren: Skalidis I, Kyrilis FL, Tüting C, Hamdi F, Träger TK, Belapure J, Hause G, Fratini M, O'Reilly FJ, Heilmann I, Rappsilber J, Kastritis PL.
Veröffentlicht in: Commun Biol, Ausgabe May 22;6(1):552., 2023, ISSN 2399-3642
Herausgeber: Nature Press
DOI: 10.1038/s42003-023-04885-0

Cracking the code of cellular protein-protein interactions: Alphafold and whole-cell crosslinking to the rescue

Autoren: Träger T, Kastritis PL
Veröffentlicht in: Mol Syst Biol, Ausgabe Apr 12;19(4):e11587, 2023, ISSN 1744-4292
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202311587

Evidence of Heteroepitaxy and Solid Solutions in Lattice Matched Ternary Covalent Organic Framework Systems

Autoren: Alena Winter, Juliane Lange, Farzad Hamdi, Panagiotis L. Kastritis, Frederik Haase
Veröffentlicht in: Journal of the American Chemical Society, Ausgabe 147, 2025, ISSN 0002-7863
Herausgeber: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/JACS.5C02502