ERA Chair Holder to establish the electron cryo-microscopy analysis of cellular and artificial nanomachines

Informacje na temat projektu

hot4cryo

Identyfikator umowy o grant: 101086665

DOI

10.3030/101086665

Data podpisania przez KE 14 Października 2022

Data rozpoczęcia 1 Marca 2023

Data zakończenia 29 Lutego 2028

Finansowanie w ramach

• Widening participation and spreading excellence

Koszt całkowity

€ 2 499 921,25

Wkład UE

€ 2 499 921,00

Koordynowany przez

ETHNIKO IDRYMA EREVNON
Greece

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Rezultaty

Websites, patent fillings, videos etc. (1)

DEC Strategy and Plan

DEC Strategy and Plan: This deliverable will also be communicated at month 42.

Documents, reports (2)

Computational protocols for cryo-EM image analysis of ERA Chair specimen

Computational protocols for cryo-EM image analysis of ERA Chair specimen.

Data Management Plan (DMP)

Data Management Plan (DMP).

Publikacje

Peer reviewed articles (19)

Enabling cryo-EM density interpretation from yeast native cell extracts by proteomics data and AlphaFold structures

Autorzy: Tüting C, Schmidt L, Skalidis I, Sinz A, Kastritis PL.
Opublikowane w: Proteomics, Numer Apr 4:e2200096, 2023, ISSN 1615-9861
Wydawca: Wiley
DOI: 10.1002/pmic.202200096

Self-supervised learning for generalizable particle picking in cryo-EM micrographs

Autorzy: Andreas Zamanos, Panagiotis Koromilas, Giorgos Bouritsas, Panagiotis L. Kastritis, Yannis Panagakis
Opublikowane w: Cell Reports Methods, Numer 5, 2025, ISSN 2667-2375
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.CRMETH.2025.101089

The human touch: Utilizing AlphaFold 3 to analyze structures of endogenous metabolons

Autorzy: Toni K. Träger, Christian Tüting, Panagiotis L. Kastritis
Opublikowane w: Structure, Numer 32, 2024, ISSN 0969-2126
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.STR.2024.08.018

Protein-Rich Rafts in Hybrid Polymer/Lipid Giant Unilamellar Vesicles

Autorzy: Nika Otrin*, Lado Otrin, Claudia Bednarz, Toni K. Träger, Farzad Hamdi, Panagiotis L. Kastritis, Ivan Ivanov, and Kai Sundmacher
Opublikowane w: Biomacromolecules, Numer Feb 12;25(2):778-791, 2024, ISSN 1525-7797
Wydawca: ACS Publications
DOI: 10.1021/acs.biomac.3c00972

Solid-state NMR reveals mixed side-chain organization across pores in amphiphilic covalent organic frameworks

Autorzy: Simona Bassoli, Alexey Krushelnitsky, Farzad Hamdi, Jonas Lührs, Panagiotis L. Kastritis, Daniel Sebastiani, Kay Saalwächter, Frederik Haase
Opublikowane w: Journal of Materials Chemistry A, Numer 14, 2025, ISSN 2050-7488
Wydawca: Royal Society of Chemistry (RSC)
DOI: 10.1039/D5TA06558E

Strategies for mitigating radiation damage and improving data completeness in 3D electron diffraction of protein crystals

Autorzy: Alaa Shaikhqasem, Farzad Hamdi, Lisa Machner, Christoph Parthier, Constanze Breithaupt, Fotis L. Kyrilis, Stephan M. Feller, Panagiotis L. Kastritis, Milton T. Stubbs
Opublikowane w: Acta Crystallographica Section D Structural Biology, Numer 82, 2026, ISSN 2059-7983
Wydawca: International Union of Crystallography (IUCr)
DOI: 10.1107/S2059798325011258

Cryo-EM structure of a plant photosystem II supercomplex with light-harvesting protein Lhcb8 and α-tocopherol

Autorzy: Opatíková M, Semchonok DA, Kopečný D, Ilík P, Pospíšil P, Ilíková I, Roudnický P, Zeljković SĆ, Tarkowski P, Kyrilis FL, Hamdi F, Kastritis PL, Kouřil R.
Opublikowane w: Nature Plants, Numer Aug;9(8):1359-1369, 2023, ISSN 2055-0278
Wydawca: Nature Press
DOI: 10.1038/s41477-023-01483-0

Cryo-EM of a heterogeneous biochemical fraction elucidates multiple protein complexes from a multicellular thermophilic eukaryote

Autorzy: Semchonok DA, Kyrilis FL, Hamdi F, Kastritis PL.
Opublikowane w: J Struct Biol: X, Numer Aug 9;8:100094, 2023, ISSN 2590-1524
Wydawca: Elsevier
DOI: 10.1016/j.yjsbx.2023.100094

Disorder-to-order active site capping regulates the rate-limiting step of the inositol pathway

Autorzy: Toni K. Träger, Fotis L. Kyrilis, Farzad Hamdi, Christian Tüting, Marie Alfes, Tommy Hofmann, Carla Schmidt, Panagiotis L. Kastritis
Opublikowane w: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numer 121, 2024, ISSN 0027-8424
Wydawca: Proceedings of the National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/PNAS.2400912121

Form follows function – structural interplay between DCL1 and pri-miRNAs

Autorzy: Cecile R. Scholl, Lars Grosch, Jana Baradei, Panagiotis L. Kastritis, Clara T. Schoeder, Sascha Laubinger
Opublikowane w: Trends in Plant Science, Numer 30, 2025, ISSN 1360-1385
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.TPLANTS.2025.07.016

Cryo-EM structure of photosystem II supercomplex from a green microalga with extreme phototolerance

Autorzy: Rameez Arshad, Ioannis Skalidis, David Kopečný, Sylva Brabencová, Monika Opatíková, Petr Ilík, Pavel Pospíšil, Farzad Hamdi, Sanja Ćavar Zeljković, Martina Kopečná, Pavel Roudnický, Dušan Lazár, Eduard Elias, Roberta Croce, Panagiotis L. Kastritis, Roman Kouřil
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 17, 2026, ISSN 2041-1723
Wydawca: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41467-025-65861-2

Conserved hydrophilic checkpoints tune FocA-mediated formate:H+ symport

Autorzy: Christian Tüting, Kevin Janson, Michelle Kammel, Christian Ihling, Jana Lorenz, Fotis L. Kyrilis, Farzad Hamdi, Christopher Erdmann, Andrea Sinz, R. Gary Sawers, Panagiotis L. Kastritis
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 16, 2025, ISSN 2041-1723
Wydawca: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41467-025-65159-3

Delineating organizational principles of the endogenous L-A virus by cryo-EM and computational analysis of native cell extracts

Autorzy: Lisa Schmidt, Christian Tüting, Fotis L. Kyrilis, Farzad Hamdi, Dmitry A. Semchonok, Gerd Hause, Annette Meister, Christian Ihling, Milton T. Stubbs, Andrea Sinz & Panagiotis L. Kastritis
Opublikowane w: Communications Biology, Numer May 10;7(1):557, 2024, ISSN 2399-3642
Wydawca: Springer Nature
DOI: 10.1038/s42003-024-06204-7

The Fluorescence Yield of Red pH Sensitive Proteins is Mainly Determined by Stability and Internal Water Contact of the Chromophore

Autorzy: Franz-Josef Schmitt, Amna Shah Mehmood, Hoang Trong Phan, Christian Tüting, Fabian Rieder, Alina-Sophie Henneberger, Farzin Ghane Golmohamadi, Panagiotis L. Kastritis, Jan Laufer
Opublikowane w: European Conferences on Biomedical Optics 2025, 2025, ISSN 2059-7983
Wydawca: Optica Publishing Group
DOI: 10.1107/S2059798325011258

Structural biology in cellulo: Minding the gap between conceptualization and realization

Autorzy: Fotis L Kyrilis, Jason K K Low, Joel P Mackay, Panagiotis L Kastritis
Opublikowane w: Current Opinion Structural Biology, Numer May 23:87:102843, 2024, ISSN 1879-033X
Wydawca: Elsevier
DOI: 10.1016/j.sbi.2024.102843

Rational Design of New Biocompatible Near-Infrared Conjugated Polymer Nanoparticles for Biomedical Applications

Autorzy: Aristea Pavlou, Athanasios Katsouras, Maria Markou, Alkmini Nega, Sofia Bellou, Panagiota Koralli, Andriana Schiza, Nikolaos Chalmpes, Vasilis G. Gregoriou, Antonia Dimitrakopoulou-Strauss, Theodore Fotsis, Apostolos Avgeropoulos, Michael G. Siskos, Carol Murphy, Christos L. Chochos
Opublikowane w: Macromolecules, Numer 59, 2026, ISSN 0024-9297
Wydawca: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/ACS.MACROMOL.5C01788

Structural analysis of an endogenous 4-megadalton succinyl-CoA-generating metabolon

Autorzy: Skalidis I, Kyrilis FL, Tüting C, Hamdi F, Träger TK, Belapure J, Hause G, Fratini M, O'Reilly FJ, Heilmann I, Rappsilber J, Kastritis PL.
Opublikowane w: Commun Biol, Numer May 22;6(1):552., 2023, ISSN 2399-3642
Wydawca: Nature Press
DOI: 10.1038/s42003-023-04885-0

Cracking the code of cellular protein-protein interactions: Alphafold and whole-cell crosslinking to the rescue

Autorzy: Träger T, Kastritis PL
Opublikowane w: Mol Syst Biol, Numer Apr 12;19(4):e11587, 2023, ISSN 1744-4292
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202311587

Evidence of Heteroepitaxy and Solid Solutions in Lattice Matched Ternary Covalent Organic Framework Systems

Autorzy: Alena Winter, Juliane Lange, Farzad Hamdi, Panagiotis L. Kastritis, Frederik Haase
Opublikowane w: Journal of the American Chemical Society, Numer 147, 2025, ISSN 0002-7863
Wydawca: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/JACS.5C02502