Strengthening Computational Biodiversity Research in Greece

Información del proyecto

Comp-Biodiv-GR

Identificador del acuerdo de subvención: 101087081

DOI

10.3030/101087081

Fecha de la firma de la CE 8 Noviembre 2022

Fecha de inicio 1 Enero 2023

Fecha de finalización 31 Diciembre 2027

Financiado con arreglo a

• Widening participation and spreading excellence

Coste total

€ 2 400 000,00

Aportación de la UE

€ 2 400 000,00

Coordinado por

IDRYMA TECHNOLOGIAS KAI EREVNAS
Greece

CORDIS proporciona enlaces a los documentos públicos y las publicaciones de los proyectos de los programas marco HORIZONTE.

Los enlaces a los documentos y las publicaciones de los proyectos del Séptimo Programa Marco, así como los enlaces a algunos tipos de resultados específicos, como conjuntos de datos y «software», se obtienen dinámicamente de OpenAIRE .

Resultado final

Websites, patent fillings, videos etc. (1)

Separate Project/BCG website

Set up of initial separate web page for BCG and the project completed.

Publicaciones

Peer reviewed articles (10)

Cryptic diversity and phylogeographic patterns of Mediodactylus species in the Eastern Mediterranean region

Autores: Panayiota Kotsakiozi, Aglaia Antoniou, Nikolaos Psonis, Κostas Sagonas, Emmanouela Karameta, Çetin Ilgaz, Yusuf Kumlutaş, Aziz Avcı, Daniel Jablonski, Diego Darriba, Alexandros Stamatakis, Petros Lymberakis, Nikos Poulakakis
Publicado en: Molecular Phylogenetics and Evolution, Edición 197:108091, 2024, ISSN 1095-9513
Editor: Elsevier science
DOI: 10.1016/j.ympev.2024.108091

Complexity of avian evolution revealed by family-level genomes

Autores: Josefin Stiller, Shaohong Feng, Al-Aabid Chowdhury, Iker Rivas-González, David A. Duchêne, Qi Fang, Yuan Deng, Alexey Kozlov, Alexandros Stamatakis, Santiago Claramunt, Jacqueline M. T. Nguyen, Simon Y. W. Ho, Brant C. Faircloth, Julia Haag, Peter Houde,
Publicado en: Nature, 2024, ISSN 1476-4687
Editor: Springer nature
DOI: 10.1038/s41586-024-07323-1

The Free Lunch is not over yet – Systematic Exploration of Numerical Thresholds in Phylogenetic Inference

Autores: Julia Haag; Lukas Hübner; Alexey M. Kozlov; Alexandros Stamatakis
Publicado en: Bioinformatics Advances, 2022, ISSN 2635-0041
Editor: Oxford Academics
DOI: 10.1101/2022.07.13.499893

Adaptive RAxML-NG: Accelerating Phylogenetic Inference under Maximum Likelihood using Dataset Difficulty

Autores: Anastasis Togkousidis, Oleksiy M Kozlov, Julia Haag, Dimitri Höhler, Alexandros Stamatakis
Publicado en: Molecular Biology and Evolution, Edición Volume 40, Edición 10, 2023, ISSN 1537-1719
Editor: Oxford Academic
DOI: 10.1093/molbev/msad227

Parameter Estimation and Species Tree Rooting Using ALE and GeneRax

Autores: Tom A Williams; Adrián A Davín; Benoit Morel; Lénárd L Szánthó; Anja Spang; Alexandros Stamatakis; Philip Hugenholtz; Gergely J Szöllősi
Publicado en: Genome Biology and Evolution, 2023, ISSN 1759-6653
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.5445/ir/1000161500

Simulations of Sequence Evolution: How (Un)realistic They Are and Why

Autores: Johanna Trost, Julia Haag, Dimitri Höhler, Laurent Jacob, Alexandros Stamatakis, Bastien Boussau Author Notes
Publicado en: Molecular Biology and Evolution,, Edición Volume 41, Edición 1, 2024, ISSN 1537-1719
Editor: Oxford Academic
DOI: 10.1093/molbev/msad277

Identification of the 18 World War II executed citizens of Adele, Rethymnon, Crete using an ancient DNA approach and low coverage genomes

Autores: Psonis, Nikolaos and Vassou, Despoina and Nafplioti, Argyro and Tabakaki, Eugenia and Pavlidis, Pavlos and Stamatakis, Alexandros and Poulakakis, Nikos,
Publicado en: Forensic Science International: Genetics, 2023, ISSN 1556-5068
Editor: Elsevier
DOI: 10.2139/SSRN.4647981

Phylourny: efficiently calculating elimination tournament win probabilities via phylogenetic methods

Autores: Ben Bettisworth, Alexander I. Jordan & Alexandros Stamatakis
Publicado en: Statistics and Computing, 2023, ISSN 0960-3174
Editor: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s11222-023-10246-y

AleRax: a tool for gene and species tree co-estimation and reconciliation under a probabilistic model of gene duplication, transfer, and loss

Autores: Benoit Morel, Tom A Williams, Alexandros Stamatakis, Gergely J Szöllősi
Publicado en: Bioinformatics, Edición Volume 40, Edición 4, 2024, ISSN 1367-4811
Editor: Oxford Academic
DOI: 10.1093/bioinformatics/btae162

The power and limitations of species tree-aware phylogenetics

Autores: Tom A. Williams, Adrian A. Davin, Benoit Morel, Lenard L. Szantho, Anja Spang, Alexandros Stamatakis, Philip Hugenholtz, Gergely J. Szollosi
Publicado en: Evolutionary Biology, 2023, ISSN 2692-8205
Editor: biorXiv
DOI: 10.1101/2023.03.17.533068

Conference proceedings (3)

Parallel Inference of Phylogenetic Stands with Gentrius

Autores: Anastasis Togkousidis; Olga Chernomor; Alexandros Stamatakis
Publicado en: 2023 IEEE International Parallel and Distributed Processing Symposium Workshops (IPDPSW), 2023, ISBN 979-8-3503-1199-0
Editor: IEEEXplore
DOI: 10.1109/IPDPSW59300.2023.00035

Are Sounds Sound for Phylogenetic Reconstruction?

Autores: Luise Häuser, Gerhard Jäger, Taraka Rama, Johann-Mattis List, Alexandros Stamatakis
Publicado en: -, 2024, ISSN 2331-8422
Editor: Arxiv

EcoFreq: Compute with Cheaper, Cleaner Energy via Carbon-aware Power Scaling

Autores: Alexey Kozlov, Alexandros Stamatakis
Publicado en: ISC High Performance 2024 Research Paper Proceedings, Edición pp. 1-12, 2024, ISBN 978-3-9826336-0-2
Editor: Prometeus GmbH
DOI: 10.23919/ISC.2024.10528928.

Other (2)

Pandora: A Tool to Estimate Dimensionality Reduction Stability of Genotype Data

Autores: Julia Haag, Alexander I. Jordan, Alexandros Stamatakis
Publicado en: biorXiv preprint, 2024, ISSN 2692-8205
Editor: bioRxiv

Predicting Phylogenetic Bootstrap Values via Machine Learning

Autores: Julius Wiegert, Julia Haag, Dimitri Hoehler, Alexandros Stamatakis
Publicado en: bioRxiv preprint, 2024, ISSN 2692-8205
Editor: bioRxiv