Strengthening Computational Biodiversity Research in Greece

Informazioni relative al progetto

Comp-Biodiv-GR

ID dell’accordo di sovvenzione: 101087081

DOI

10.3030/101087081

Data della firma CE 8 Novembre 2022

Data di avvio 1 Gennaio 2023

Data di completamento 31 Dicembre 2027

Finanziato da

• Widening participation and spreading excellence

Costo totale

€ 2 400 000,00

Contributo UE

€ 2 400 000,00

Coordinato da

IDRYMA TECHNOLOGIAS KAI EREVNAS
Greece

CORDIS fornisce collegamenti ai risultati finali pubblici e alle pubblicazioni dei progetti ORIZZONTE.

I link ai risultati e alle pubblicazioni dei progetti del 7° PQ, così come i link ad alcuni tipi di risultati specifici come dataset e software, sono recuperati dinamicamente da .OpenAIRE .

Risultati finali

Websites, patent fillings, videos etc. (1)

Separate Project/BCG website

Set up of initial separate web page for BCG and the project completed.

Pubblicazioni

Peer reviewed articles (10)

Cryptic diversity and phylogeographic patterns of Mediodactylus species in the Eastern Mediterranean region

Autori: Panayiota Kotsakiozi, Aglaia Antoniou, Nikolaos Psonis, Κostas Sagonas, Emmanouela Karameta, Çetin Ilgaz, Yusuf Kumlutaş, Aziz Avcı, Daniel Jablonski, Diego Darriba, Alexandros Stamatakis, Petros Lymberakis, Nikos Poulakakis
Pubblicato in: Molecular Phylogenetics and Evolution, Numero 197:108091, 2024, ISSN 1095-9513
Editore: Elsevier science
DOI: 10.1016/j.ympev.2024.108091

Complexity of avian evolution revealed by family-level genomes

Autori: Josefin Stiller, Shaohong Feng, Al-Aabid Chowdhury, Iker Rivas-González, David A. Duchêne, Qi Fang, Yuan Deng, Alexey Kozlov, Alexandros Stamatakis, Santiago Claramunt, Jacqueline M. T. Nguyen, Simon Y. W. Ho, Brant C. Faircloth, Julia Haag, Peter Houde,
Pubblicato in: Nature, 2024, ISSN 1476-4687
Editore: Springer nature
DOI: 10.1038/s41586-024-07323-1

The Free Lunch is not over yet – Systematic Exploration of Numerical Thresholds in Phylogenetic Inference

Autori: Julia Haag; Lukas Hübner; Alexey M. Kozlov; Alexandros Stamatakis
Pubblicato in: Bioinformatics Advances, 2022, ISSN 2635-0041
Editore: Oxford Academics
DOI: 10.1101/2022.07.13.499893

Adaptive RAxML-NG: Accelerating Phylogenetic Inference under Maximum Likelihood using Dataset Difficulty

Autori: Anastasis Togkousidis, Oleksiy M Kozlov, Julia Haag, Dimitri Höhler, Alexandros Stamatakis
Pubblicato in: Molecular Biology and Evolution, Numero Volume 40, Numero 10, 2023, ISSN 1537-1719
Editore: Oxford Academic
DOI: 10.1093/molbev/msad227

Parameter Estimation and Species Tree Rooting Using ALE and GeneRax

Autori: Tom A Williams; Adrián A Davín; Benoit Morel; Lénárd L Szánthó; Anja Spang; Alexandros Stamatakis; Philip Hugenholtz; Gergely J Szöllősi
Pubblicato in: Genome Biology and Evolution, 2023, ISSN 1759-6653
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.5445/ir/1000161500

Simulations of Sequence Evolution: How (Un)realistic They Are and Why

Autori: Johanna Trost, Julia Haag, Dimitri Höhler, Laurent Jacob, Alexandros Stamatakis, Bastien Boussau Author Notes
Pubblicato in: Molecular Biology and Evolution,, Numero Volume 41, Numero 1, 2024, ISSN 1537-1719
Editore: Oxford Academic
DOI: 10.1093/molbev/msad277

Identification of the 18 World War II executed citizens of Adele, Rethymnon, Crete using an ancient DNA approach and low coverage genomes

Autori: Psonis, Nikolaos and Vassou, Despoina and Nafplioti, Argyro and Tabakaki, Eugenia and Pavlidis, Pavlos and Stamatakis, Alexandros and Poulakakis, Nikos,
Pubblicato in: Forensic Science International: Genetics, 2023, ISSN 1556-5068
Editore: Elsevier
DOI: 10.2139/SSRN.4647981

Phylourny: efficiently calculating elimination tournament win probabilities via phylogenetic methods

Autori: Ben Bettisworth, Alexander I. Jordan & Alexandros Stamatakis
Pubblicato in: Statistics and Computing, 2023, ISSN 0960-3174
Editore: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s11222-023-10246-y

AleRax: a tool for gene and species tree co-estimation and reconciliation under a probabilistic model of gene duplication, transfer, and loss

Autori: Benoit Morel, Tom A Williams, Alexandros Stamatakis, Gergely J Szöllősi
Pubblicato in: Bioinformatics, Numero Volume 40, Numero 4, 2024, ISSN 1367-4811
Editore: Oxford Academic
DOI: 10.1093/bioinformatics/btae162

The power and limitations of species tree-aware phylogenetics

Autori: Tom A. Williams, Adrian A. Davin, Benoit Morel, Lenard L. Szantho, Anja Spang, Alexandros Stamatakis, Philip Hugenholtz, Gergely J. Szollosi
Pubblicato in: Evolutionary Biology, 2023, ISSN 2692-8205
Editore: biorXiv
DOI: 10.1101/2023.03.17.533068

Conference proceedings (3)

Parallel Inference of Phylogenetic Stands with Gentrius

Autori: Anastasis Togkousidis; Olga Chernomor; Alexandros Stamatakis
Pubblicato in: 2023 IEEE International Parallel and Distributed Processing Symposium Workshops (IPDPSW), 2023, ISBN 979-8-3503-1199-0
Editore: IEEEXplore
DOI: 10.1109/IPDPSW59300.2023.00035

Are Sounds Sound for Phylogenetic Reconstruction?

Autori: Luise Häuser, Gerhard Jäger, Taraka Rama, Johann-Mattis List, Alexandros Stamatakis
Pubblicato in: -, 2024, ISSN 2331-8422
Editore: Arxiv

EcoFreq: Compute with Cheaper, Cleaner Energy via Carbon-aware Power Scaling

Autori: Alexey Kozlov, Alexandros Stamatakis
Pubblicato in: ISC High Performance 2024 Research Paper Proceedings, Numero pp. 1-12, 2024, ISBN 978-3-9826336-0-2
Editore: Prometeus GmbH
DOI: 10.23919/ISC.2024.10528928.

Other (2)

Pandora: A Tool to Estimate Dimensionality Reduction Stability of Genotype Data

Autori: Julia Haag, Alexander I. Jordan, Alexandros Stamatakis
Pubblicato in: biorXiv preprint, 2024, ISSN 2692-8205
Editore: bioRxiv

Predicting Phylogenetic Bootstrap Values via Machine Learning

Autori: Julius Wiegert, Julia Haag, Dimitri Hoehler, Alexandros Stamatakis
Pubblicato in: bioRxiv preprint, 2024, ISSN 2692-8205
Editore: bioRxiv