Strengthening Computational Biodiversity Research in Greece

Informations projet

Comp-Biodiv-GR

N° de convention de subvention: 101087081

DOI

10.3030/101087081

Date de signature de la CE 8 Novembre 2022

Date de début 1 Janvier 2023

Date de fin 31 Decembre 2027

Financé au titre de

• Widening participation and spreading excellence

Coût total

€ 2 400 000,00

Contribution de l’UE

€ 2 400 000,00

Coordonné par

IDRYMA TECHNOLOGIAS KAI EREVNAS
Greece

CORDIS fournit des liens vers les livrables publics et les publications des projets HORIZON.

Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Livrables

Websites, patent fillings, videos etc. (1)

Separate Project/BCG website

Set up of initial separate web page for BCG and the project completed.

Publications

Peer reviewed articles (23)

Cryptic diversity and phylogeographic patterns of Mediodactylus species in the Eastern Mediterranean region

Auteurs: Panayiota Kotsakiozi, Aglaia Antoniou, Nikolaos Psonis, Κostas Sagonas, Emmanouela Karameta, Çetin Ilgaz, Yusuf Kumlutaş, Aziz Avcı, Daniel Jablonski, Diego Darriba, Alexandros Stamatakis, Petros Lymberakis, Nikos Poulakakis
Publié dans: Molecular Phylogenetics and Evolution, Numéro 197:108091, 2024, ISSN 1095-9513
Éditeur: Elsevier science
DOI: 10.1016/j.ympev.2024.108091

Accelerating Maximum Likelihood Phylogenetic Inference via Early Stopping to Evade (Over-)optimization

Auteurs: Anastasis Togkousidis; Alexandros Stamatakis; Olivier Gascuel
Publié dans: Systematic Biology, 2025, ISSN 2692-8205
Éditeur: Oxford Academic
DOI: 10.1093/SYSBIO/SYAF043

raxtax: a k-mer-based non-Bayesian taxonomic classifier

Auteurs: Noah A Wahl , Georgios Koutsovoulos , Ben Bettisworth , Alexandros Stamatakis
Publié dans: Bioinformatics,, Numéro 41, 12, 2025, ISSN 1367-4811
Éditeur: Oxford academic
DOI: 10.1093/BIOINFORMATICS/BTAF620

Complexity of avian evolution revealed by family-level genomes

Auteurs: Josefin Stiller, Shaohong Feng, Al-Aabid Chowdhury, Iker Rivas-González, David A. Duchêne, Qi Fang, Yuan Deng, Alexey Kozlov, Alexandros Stamatakis, Santiago Claramunt, Jacqueline M. T. Nguyen, Simon Y. W. Ho, Brant C. Faircloth, Julia Haag, Peter Houde,
Publié dans: Nature, 2024, ISSN 1476-4687
Éditeur: Springer nature
DOI: 10.1038/s41586-024-07323-1

Unravelling the thread of Podarcis omics; insights into the genome and transcriptome of the Cretan wall lizard

Auteurs: Manos Stratakis, Panagiotis Ioannidis, Iliana Bista, Dominic Absolon, Will Eagles, Shane McCarthy, Amy Denton, Petros Lymberakis, Nikos Poulakakis
Publié dans: Genes & Genomics, Numéro 48, 2026, ISSN 1976-9571
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1007/S13258-025-01676-1

Phylogenetic reconciliation: making the most of genomes to understand microbial ecology and evolution

Auteurs: Williams, Tom A.; Davin, Adrian A.; Szánthó, Lénárd L.; Stamatakis, Alexandros; Wahl, Noah A.; Woodcroft, Ben J.; Soo, Rochelle M.; Eme, Laura; Sheridan, Paul O.; Gubry-Rangin, Cecile; Spang, Anja; Hugenholtz, Philip; Szöllősi, Gergely J.
Publié dans: The ISME Journal, 2024, ISSN 1751-7370
Éditeur: Oxford Academic
DOI: 10.5445/IR/1000173538

Memoization on Shared Subtrees Accelerates Computations on Genealogical Forests

Auteurs: Lukas Hübner; Alexandros Stamatakis
Publié dans: ISSN: 1868-8969, 2024, ISSN 1868-8969
Éditeur: Dagstuhl Publishing
DOI: 10.5445/IR/1000174546/PRE

Identification of the 18 World War II executed citizens of Adele, Rethymnon, Crete using an ancient DNA approach and low coverage genomes

Auteurs: Nikolaos Psonis, Despoina Vassou, Argyro Nafplioti, Eugenia Tabakaki, Pavlos Pavlidis, Alexandros Stamatakis, Nikos Poulakakis
Publié dans: Forensic Science International: Genetics, Numéro 71, 2024, ISSN 1872-4973
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.FSIGEN.2024.103060

Performance assessment of phylogenetic inference tools using PhyloSmew

Auteurs: Dimitri Höhler, Julia Haag, Alexey M Kozlov, Benoit Morel, Alexandros Stamatakis
Publié dans: Bioinformatics Advances, Numéro 5, 2025, ISSN 2635-0041
Éditeur: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/BIOADV/VBAF300

The Free Lunch is not over yet – Systematic Exploration of Numerical Thresholds in Phylogenetic Inference

Auteurs: Julia Haag; Lukas Hübner; Alexey M. Kozlov; Alexandros Stamatakis
Publié dans: Bioinformatics Advances, 2022, ISSN 2635-0041
Éditeur: Oxford Academics
DOI: 10.1101/2022.07.13.499893

Adaptive RAxML-NG: Accelerating Phylogenetic Inference under Maximum Likelihood using Dataset Difficulty

Auteurs: Anastasis Togkousidis, Oleksiy M Kozlov, Julia Haag, Dimitri Höhler, Alexandros Stamatakis
Publié dans: Molecular Biology and Evolution, Numéro Volume 40, Numéro 10, 2023, ISSN 1537-1719
Éditeur: Oxford Academic
DOI: 10.1093/molbev/msad227

Comparative Genomics Uncovers the Evolutionary Dynamics of Detoxification and Insecticide Target Genes Across 11 Phlebotomine Sand Flies

Auteurs: Jason Charamis, Sofia Balaska, Panagiotis Ioannidis, Vít Dvořák, Konstantinos Mavridis, Mary Ann McDowell, Pavlos Pavlidis, René Feyereisen, Petr Volf, John Vontas
Publié dans: Genome Biology and Evolution, Numéro 16, 2024, ISSN 1759-6653
Éditeur: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/GBE/EVAE186

Parameter Estimation and Species Tree Rooting Using ALE and GeneRax

Auteurs: Tom A Williams; Adrián A Davín; Benoit Morel; Lénárd L Szánthó; Anja Spang; Alexandros Stamatakis; Philip Hugenholtz; Gergely J Szöllősi
Publié dans: Genome Biology and Evolution, 2023, ISSN 1759-6653
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.5445/ir/1000161500

Simulations of Sequence Evolution: How (Un)realistic They Are and Why

Auteurs: Johanna Trost, Julia Haag, Dimitri Höhler, Laurent Jacob, Alexandros Stamatakis, Bastien Boussau Author Notes
Publié dans: Molecular Biology and Evolution,, Numéro Volume 41, Numéro 1, 2024, ISSN 1537-1719
Éditeur: Oxford Academic
DOI: 10.1093/molbev/msad277

Read Length Dominates Phylogenetic Placement Accuracy of Ancient DNA Reads

Auteurs: Ben Bettisworth; Nikolaos Psonis; Nikos Poulakakis; Pavlos Pavlidis; Alexandros Stamatakis
Publié dans: Molecular Biology and Evolution, 2025, ISSN 1537-1719
Éditeur: Oxford Academic
DOI: 10.1093/MOLBEV/MSAF006

Forensic Science International: Genetics

Auteurs: Psonis, Nikolaos and Vassou, Despoina and Nafplioti, Argyro and Tabakaki, Eugenia and Pavlidis, Pavlos and Stamatakis, Alexandros and Poulakakis, Nikos,
Publié dans: Forensic Science International: Genetics, 2024, ISSN 1872-4973
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.FSIGEN.2024.10306

A systematic exploration of current limitations of cognate-based phylogenetic inference

Auteurs: Häuser, Luise; Jäger, Gerhard; Stamatakis, Alexandros
Publié dans: Open Research Europe, 2025, ISSN 2732-5121
Éditeur: Open Research Europe
DOI: 10.12688/OPENRESEUROPE.20351.3

Necessary reforms in the Greek academic system

Auteurs: Alexandros Stamatakis; Alexandros Stamatakis; Alexandros Stamatakis; Panagiotis Tsakalides; Panagiotis Tsakalides; Melina Tamiolaki; Melina Tamiolaki; Melina Tamiolaki
Publié dans: Frontiers in Political Science, 2024, ISSN 2673-3145
Éditeur: frontiers
DOI: 10.5445/IR/1000177163

Phylourny: efficiently calculating elimination tournament win probabilities via phylogenetic methods

Auteurs: Ben Bettisworth, Alexander I. Jordan & Alexandros Stamatakis
Publié dans: Statistics and Computing, 2023, ISSN 0960-3174
Éditeur: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s11222-023-10246-y

AleRax: a tool for gene and species tree co-estimation and reconciliation under a probabilistic model of gene duplication, transfer, and loss

Auteurs: Benoit Morel, Tom A Williams, Alexandros Stamatakis, Gergely J Szöllősi
Publié dans: Bioinformatics, Numéro Volume 40, Numéro 4, 2024, ISSN 1367-4811
Éditeur: Oxford Academic
DOI: 10.1093/bioinformatics/btae162

Advances and challenges in understanding evolution through genome comparison: meeting report of the European Molecular Biology Organization (EMBO) lecture course “Evolutionary and Comparative Genomics”

Auteurs: Athina Gavriilidou, Alexandros Stamatakis, Anne Kupczok, Iliana Bista, Chris D Jiggins, Rosa Fernández, Eirini Skourtanioti, Grigoris Amoutzias, Daniela Delneri, Nikos Kyrpides, Christoforos Nikolaou, Alexandros A Pittis, Tereza Manousaki, Nikolaos Vakirlis
Publié dans: Bioinformatics Advances, Numéro 5, 2025, ISSN 2635-0041
Éditeur: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/BIOADV/VBAF223

The power and limitations of species tree-aware phylogenetics

Auteurs: Tom A. Williams, Adrian A. Davin, Benoit Morel, Lenard L. Szantho, Anja Spang, Alexandros Stamatakis, Philip Hugenholtz, Gergely J. Szollosi
Publié dans: Evolutionary Biology, 2023, ISSN 2692-8205
Éditeur: biorXiv
DOI: 10.1101/2023.03.17.533068

Pandora: A Tool to Estimate Dimensionality Reduction Stability of Genotype Data

Auteurs: Julia Haag; Alexander I. Jordan; Alexandros Stamatakis
Publié dans: Bioinformatics Advances, 2025, ISSN 2635-0041
Éditeur: Oxford Academic
DOI: 10.1093/BIOADV/VBAF040

Conference proceedings (3)

Parallel Inference of Phylogenetic Stands with Gentrius

Auteurs: Anastasis Togkousidis; Olga Chernomor; Alexandros Stamatakis
Publié dans: 2023 IEEE International Parallel and Distributed Processing Symposium Workshops (IPDPSW), 2023, ISBN 979-8-3503-1199-0
Éditeur: IEEEXplore
DOI: 10.1109/IPDPSW59300.2023.00035

Are Sounds Sound for Phylogenetic Reconstruction?

Auteurs: Luise Häuser, Gerhard Jäger, Taraka Rama, Johann-Mattis List, Alexandros Stamatakis
Publié dans: -, 2024, ISSN 2331-8422
Éditeur: Arxiv

EcoFreq: Compute with Cheaper, Cleaner Energy via Carbon-aware Power Scaling

Auteurs: Alexey Kozlov, Alexandros Stamatakis
Publié dans: ISC High Performance 2024 Research Paper Proceedings, Numéro pp. 1-12, 2024, ISBN 978-3-9826336-0-2
Éditeur: Prometeus GmbH
DOI: 10.23919/ISC.2024.10528928.

Other (3)

bigrig: A range simulator for the DEC[+J] model

Auteurs: Ben Bettisworth, Alexis Stamatakis
Publié dans: biorvix preprint, 2025, ISSN 2692-8205
Éditeur: biorvix
DOI: 10.1101/2025.11.24.690345

Pandora: A Tool to Estimate Dimensionality Reduction Stability of Genotype Data

Auteurs: Julia Haag, Alexander I. Jordan, Alexandros Stamatakis
Publié dans: biorXiv preprint, 2024, ISSN 2692-8205
Éditeur: bioRxiv

Predicting Phylogenetic Bootstrap Values via Machine Learning

Auteurs: Julius Wiegert, Julia Haag, Dimitri Hoehler, Alexandros Stamatakis
Publié dans: bioRxiv preprint, 2024, ISSN 2692-8205
Éditeur: bioRxiv