Strengthening Computational Biodiversity Research in Greece

Projektinformationen

Comp-Biodiv-GR

ID Finanzhilfevereinbarung: 101087081

DOI

10.3030/101087081

EK-Unterschriftsdatum 8 November 2022

Startdatum 1 Januar 2023

Enddatum 31 Dezember 2027

Finanziert unter

• Widening participation and spreading excellence

Gesamtkosten

€ 2 400 000,00

EU-Beitrag

€ 2 400 000,00

Koordiniert durch

IDRYMA TECHNOLOGIAS KAI EREVNAS
Greece

CORDIS bietet Links zu öffentlichen Ergebnissen und Veröffentlichungen von HORIZONT-Projekten.

Links zu Ergebnissen und Veröffentlichungen von RP7-Projekten sowie Links zu einigen Typen spezifischer Ergebnisse wie Datensätzen und Software werden dynamisch von OpenAIRE abgerufen.

Leistungen

Websites, patent fillings, videos etc. (1)

Separate Project/BCG website

Set up of initial separate web page for BCG and the project completed.

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (10)

Cryptic diversity and phylogeographic patterns of Mediodactylus species in the Eastern Mediterranean region

Autoren: Panayiota Kotsakiozi, Aglaia Antoniou, Nikolaos Psonis, Κostas Sagonas, Emmanouela Karameta, Çetin Ilgaz, Yusuf Kumlutaş, Aziz Avcı, Daniel Jablonski, Diego Darriba, Alexandros Stamatakis, Petros Lymberakis, Nikos Poulakakis
Veröffentlicht in: Molecular Phylogenetics and Evolution, Ausgabe 197:108091, 2024, ISSN 1095-9513
Herausgeber: Elsevier science
DOI: 10.1016/j.ympev.2024.108091

Complexity of avian evolution revealed by family-level genomes

Autoren: Josefin Stiller, Shaohong Feng, Al-Aabid Chowdhury, Iker Rivas-González, David A. Duchêne, Qi Fang, Yuan Deng, Alexey Kozlov, Alexandros Stamatakis, Santiago Claramunt, Jacqueline M. T. Nguyen, Simon Y. W. Ho, Brant C. Faircloth, Julia Haag, Peter Houde,
Veröffentlicht in: Nature, 2024, ISSN 1476-4687
Herausgeber: Springer nature
DOI: 10.1038/s41586-024-07323-1

The Free Lunch is not over yet – Systematic Exploration of Numerical Thresholds in Phylogenetic Inference

Autoren: Julia Haag; Lukas Hübner; Alexey M. Kozlov; Alexandros Stamatakis
Veröffentlicht in: Bioinformatics Advances, 2022, ISSN 2635-0041
Herausgeber: Oxford Academics
DOI: 10.1101/2022.07.13.499893

Adaptive RAxML-NG: Accelerating Phylogenetic Inference under Maximum Likelihood using Dataset Difficulty

Autoren: Anastasis Togkousidis, Oleksiy M Kozlov, Julia Haag, Dimitri Höhler, Alexandros Stamatakis
Veröffentlicht in: Molecular Biology and Evolution, Ausgabe Volume 40, Ausgabe 10, 2023, ISSN 1537-1719
Herausgeber: Oxford Academic
DOI: 10.1093/molbev/msad227

Parameter Estimation and Species Tree Rooting Using ALE and GeneRax

Autoren: Tom A Williams; Adrián A Davín; Benoit Morel; Lénárd L Szánthó; Anja Spang; Alexandros Stamatakis; Philip Hugenholtz; Gergely J Szöllősi
Veröffentlicht in: Genome Biology and Evolution, 2023, ISSN 1759-6653
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.5445/ir/1000161500

Simulations of Sequence Evolution: How (Un)realistic They Are and Why

Autoren: Johanna Trost, Julia Haag, Dimitri Höhler, Laurent Jacob, Alexandros Stamatakis, Bastien Boussau Author Notes
Veröffentlicht in: Molecular Biology and Evolution,, Ausgabe Volume 41, Ausgabe 1, 2024, ISSN 1537-1719
Herausgeber: Oxford Academic
DOI: 10.1093/molbev/msad277

Identification of the 18 World War II executed citizens of Adele, Rethymnon, Crete using an ancient DNA approach and low coverage genomes

Autoren: Psonis, Nikolaos and Vassou, Despoina and Nafplioti, Argyro and Tabakaki, Eugenia and Pavlidis, Pavlos and Stamatakis, Alexandros and Poulakakis, Nikos,
Veröffentlicht in: Forensic Science International: Genetics, 2023, ISSN 1556-5068
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.2139/SSRN.4647981

Phylourny: efficiently calculating elimination tournament win probabilities via phylogenetic methods

Autoren: Ben Bettisworth, Alexander I. Jordan & Alexandros Stamatakis
Veröffentlicht in: Statistics and Computing, 2023, ISSN 0960-3174
Herausgeber: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s11222-023-10246-y

AleRax: a tool for gene and species tree co-estimation and reconciliation under a probabilistic model of gene duplication, transfer, and loss

Autoren: Benoit Morel, Tom A Williams, Alexandros Stamatakis, Gergely J Szöllősi
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe Volume 40, Ausgabe 4, 2024, ISSN 1367-4811
Herausgeber: Oxford Academic
DOI: 10.1093/bioinformatics/btae162

The power and limitations of species tree-aware phylogenetics

Autoren: Tom A. Williams, Adrian A. Davin, Benoit Morel, Lenard L. Szantho, Anja Spang, Alexandros Stamatakis, Philip Hugenholtz, Gergely J. Szollosi
Veröffentlicht in: Evolutionary Biology, 2023, ISSN 2692-8205
Herausgeber: biorXiv
DOI: 10.1101/2023.03.17.533068

Conference proceedings (3)

Parallel Inference of Phylogenetic Stands with Gentrius

Autoren: Anastasis Togkousidis; Olga Chernomor; Alexandros Stamatakis
Veröffentlicht in: 2023 IEEE International Parallel and Distributed Processing Symposium Workshops (IPDPSW), 2023, ISBN 979-8-3503-1199-0
Herausgeber: IEEEXplore
DOI: 10.1109/IPDPSW59300.2023.00035

Are Sounds Sound for Phylogenetic Reconstruction?

Autoren: Luise Häuser, Gerhard Jäger, Taraka Rama, Johann-Mattis List, Alexandros Stamatakis
Veröffentlicht in: -, 2024, ISSN 2331-8422
Herausgeber: Arxiv

EcoFreq: Compute with Cheaper, Cleaner Energy via Carbon-aware Power Scaling

Autoren: Alexey Kozlov, Alexandros Stamatakis
Veröffentlicht in: ISC High Performance 2024 Research Paper Proceedings, Ausgabe pp. 1-12, 2024, ISBN 978-3-9826336-0-2
Herausgeber: Prometeus GmbH
DOI: 10.23919/ISC.2024.10528928.

Other (2)

Pandora: A Tool to Estimate Dimensionality Reduction Stability of Genotype Data

Autoren: Julia Haag, Alexander I. Jordan, Alexandros Stamatakis
Veröffentlicht in: biorXiv preprint, 2024, ISSN 2692-8205
Herausgeber: bioRxiv

Predicting Phylogenetic Bootstrap Values via Machine Learning

Autoren: Julius Wiegert, Julia Haag, Dimitri Hoehler, Alexandros Stamatakis
Veröffentlicht in: bioRxiv preprint, 2024, ISSN 2692-8205
Herausgeber: bioRxiv