Strengthening Computational Biodiversity Research in Greece

Projektinformationen

Comp-Biodiv-GR

ID Finanzhilfevereinbarung: 101087081

DOI

10.3030/101087081

EK-Unterschriftsdatum 8 November 2022

Startdatum 1 Januar 2023

Enddatum 31 Dezember 2027

Finanziert unter

• Widening participation and spreading excellence

Gesamtkosten

€ 2 400 000,00

EU-Beitrag

€ 2 400 000,00

Koordiniert durch

IDRYMA TECHNOLOGIAS KAI EREVNAS
Greece

CORDIS bietet Links zu öffentlichen Ergebnissen und Veröffentlichungen von HORIZONT-Projekten.

Links zu Ergebnissen und Veröffentlichungen von RP7-Projekten sowie Links zu einigen Typen spezifischer Ergebnisse wie Datensätzen und Software werden dynamisch von OpenAIRE abgerufen.

Leistungen

Websites, patent fillings, videos etc. (1)

Separate Project/BCG website

Set up of initial separate web page for BCG and the project completed.

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (23)

Cryptic diversity and phylogeographic patterns of Mediodactylus species in the Eastern Mediterranean region

Autoren: Panayiota Kotsakiozi, Aglaia Antoniou, Nikolaos Psonis, Κostas Sagonas, Emmanouela Karameta, Çetin Ilgaz, Yusuf Kumlutaş, Aziz Avcı, Daniel Jablonski, Diego Darriba, Alexandros Stamatakis, Petros Lymberakis, Nikos Poulakakis
Veröffentlicht in: Molecular Phylogenetics and Evolution, Ausgabe 197:108091, 2024, ISSN 1095-9513
Herausgeber: Elsevier science
DOI: 10.1016/j.ympev.2024.108091

Accelerating Maximum Likelihood Phylogenetic Inference via Early Stopping to Evade (Over-)optimization

Autoren: Anastasis Togkousidis; Alexandros Stamatakis; Olivier Gascuel
Veröffentlicht in: Systematic Biology, 2025, ISSN 2692-8205
Herausgeber: Oxford Academic
DOI: 10.1093/SYSBIO/SYAF043

raxtax: a k-mer-based non-Bayesian taxonomic classifier

Autoren: Noah A Wahl , Georgios Koutsovoulos , Ben Bettisworth , Alexandros Stamatakis
Veröffentlicht in: Bioinformatics,, Ausgabe 41, 12, 2025, ISSN 1367-4811
Herausgeber: Oxford academic
DOI: 10.1093/BIOINFORMATICS/BTAF620

Complexity of avian evolution revealed by family-level genomes

Autoren: Josefin Stiller, Shaohong Feng, Al-Aabid Chowdhury, Iker Rivas-González, David A. Duchêne, Qi Fang, Yuan Deng, Alexey Kozlov, Alexandros Stamatakis, Santiago Claramunt, Jacqueline M. T. Nguyen, Simon Y. W. Ho, Brant C. Faircloth, Julia Haag, Peter Houde,
Veröffentlicht in: Nature, 2024, ISSN 1476-4687
Herausgeber: Springer nature
DOI: 10.1038/s41586-024-07323-1

Unravelling the thread of Podarcis omics; insights into the genome and transcriptome of the Cretan wall lizard

Autoren: Manos Stratakis, Panagiotis Ioannidis, Iliana Bista, Dominic Absolon, Will Eagles, Shane McCarthy, Amy Denton, Petros Lymberakis, Nikos Poulakakis
Veröffentlicht in: Genes & Genomics, Ausgabe 48, 2026, ISSN 1976-9571
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1007/S13258-025-01676-1

Phylogenetic reconciliation: making the most of genomes to understand microbial ecology and evolution

Autoren: Williams, Tom A.; Davin, Adrian A.; Szánthó, Lénárd L.; Stamatakis, Alexandros; Wahl, Noah A.; Woodcroft, Ben J.; Soo, Rochelle M.; Eme, Laura; Sheridan, Paul O.; Gubry-Rangin, Cecile; Spang, Anja; Hugenholtz, Philip; Szöllősi, Gergely J.
Veröffentlicht in: The ISME Journal, 2024, ISSN 1751-7370
Herausgeber: Oxford Academic
DOI: 10.5445/IR/1000173538

Memoization on Shared Subtrees Accelerates Computations on Genealogical Forests

Autoren: Lukas Hübner; Alexandros Stamatakis
Veröffentlicht in: ISSN: 1868-8969, 2024, ISSN 1868-8969
Herausgeber: Dagstuhl Publishing
DOI: 10.5445/IR/1000174546/PRE

Identification of the 18 World War II executed citizens of Adele, Rethymnon, Crete using an ancient DNA approach and low coverage genomes

Autoren: Nikolaos Psonis, Despoina Vassou, Argyro Nafplioti, Eugenia Tabakaki, Pavlos Pavlidis, Alexandros Stamatakis, Nikos Poulakakis
Veröffentlicht in: Forensic Science International: Genetics, Ausgabe 71, 2024, ISSN 1872-4973
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.FSIGEN.2024.103060

Performance assessment of phylogenetic inference tools using PhyloSmew

Autoren: Dimitri Höhler, Julia Haag, Alexey M Kozlov, Benoit Morel, Alexandros Stamatakis
Veröffentlicht in: Bioinformatics Advances, Ausgabe 5, 2025, ISSN 2635-0041
Herausgeber: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/BIOADV/VBAF300

The Free Lunch is not over yet – Systematic Exploration of Numerical Thresholds in Phylogenetic Inference

Autoren: Julia Haag; Lukas Hübner; Alexey M. Kozlov; Alexandros Stamatakis
Veröffentlicht in: Bioinformatics Advances, 2022, ISSN 2635-0041
Herausgeber: Oxford Academics
DOI: 10.1101/2022.07.13.499893

Adaptive RAxML-NG: Accelerating Phylogenetic Inference under Maximum Likelihood using Dataset Difficulty

Autoren: Anastasis Togkousidis, Oleksiy M Kozlov, Julia Haag, Dimitri Höhler, Alexandros Stamatakis
Veröffentlicht in: Molecular Biology and Evolution, Ausgabe Volume 40, Ausgabe 10, 2023, ISSN 1537-1719
Herausgeber: Oxford Academic
DOI: 10.1093/molbev/msad227

Comparative Genomics Uncovers the Evolutionary Dynamics of Detoxification and Insecticide Target Genes Across 11 Phlebotomine Sand Flies

Autoren: Jason Charamis, Sofia Balaska, Panagiotis Ioannidis, Vít Dvořák, Konstantinos Mavridis, Mary Ann McDowell, Pavlos Pavlidis, René Feyereisen, Petr Volf, John Vontas
Veröffentlicht in: Genome Biology and Evolution, Ausgabe 16, 2024, ISSN 1759-6653
Herausgeber: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/GBE/EVAE186

Parameter Estimation and Species Tree Rooting Using ALE and GeneRax

Autoren: Tom A Williams; Adrián A Davín; Benoit Morel; Lénárd L Szánthó; Anja Spang; Alexandros Stamatakis; Philip Hugenholtz; Gergely J Szöllősi
Veröffentlicht in: Genome Biology and Evolution, 2023, ISSN 1759-6653
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.5445/ir/1000161500

Simulations of Sequence Evolution: How (Un)realistic They Are and Why

Autoren: Johanna Trost, Julia Haag, Dimitri Höhler, Laurent Jacob, Alexandros Stamatakis, Bastien Boussau Author Notes
Veröffentlicht in: Molecular Biology and Evolution,, Ausgabe Volume 41, Ausgabe 1, 2024, ISSN 1537-1719
Herausgeber: Oxford Academic
DOI: 10.1093/molbev/msad277

Read Length Dominates Phylogenetic Placement Accuracy of Ancient DNA Reads

Autoren: Ben Bettisworth; Nikolaos Psonis; Nikos Poulakakis; Pavlos Pavlidis; Alexandros Stamatakis
Veröffentlicht in: Molecular Biology and Evolution, 2025, ISSN 1537-1719
Herausgeber: Oxford Academic
DOI: 10.1093/MOLBEV/MSAF006

Forensic Science International: Genetics

Autoren: Psonis, Nikolaos and Vassou, Despoina and Nafplioti, Argyro and Tabakaki, Eugenia and Pavlidis, Pavlos and Stamatakis, Alexandros and Poulakakis, Nikos,
Veröffentlicht in: Forensic Science International: Genetics, 2024, ISSN 1872-4973
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.FSIGEN.2024.10306

A systematic exploration of current limitations of cognate-based phylogenetic inference

Autoren: Häuser, Luise; Jäger, Gerhard; Stamatakis, Alexandros
Veröffentlicht in: Open Research Europe, 2025, ISSN 2732-5121
Herausgeber: Open Research Europe
DOI: 10.12688/OPENRESEUROPE.20351.3

Necessary reforms in the Greek academic system

Autoren: Alexandros Stamatakis; Alexandros Stamatakis; Alexandros Stamatakis; Panagiotis Tsakalides; Panagiotis Tsakalides; Melina Tamiolaki; Melina Tamiolaki; Melina Tamiolaki
Veröffentlicht in: Frontiers in Political Science, 2024, ISSN 2673-3145
Herausgeber: frontiers
DOI: 10.5445/IR/1000177163

Phylourny: efficiently calculating elimination tournament win probabilities via phylogenetic methods

Autoren: Ben Bettisworth, Alexander I. Jordan & Alexandros Stamatakis
Veröffentlicht in: Statistics and Computing, 2023, ISSN 0960-3174
Herausgeber: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s11222-023-10246-y

AleRax: a tool for gene and species tree co-estimation and reconciliation under a probabilistic model of gene duplication, transfer, and loss

Autoren: Benoit Morel, Tom A Williams, Alexandros Stamatakis, Gergely J Szöllősi
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe Volume 40, Ausgabe 4, 2024, ISSN 1367-4811
Herausgeber: Oxford Academic
DOI: 10.1093/bioinformatics/btae162

Advances and challenges in understanding evolution through genome comparison: meeting report of the European Molecular Biology Organization (EMBO) lecture course “Evolutionary and Comparative Genomics”

Autoren: Athina Gavriilidou, Alexandros Stamatakis, Anne Kupczok, Iliana Bista, Chris D Jiggins, Rosa Fernández, Eirini Skourtanioti, Grigoris Amoutzias, Daniela Delneri, Nikos Kyrpides, Christoforos Nikolaou, Alexandros A Pittis, Tereza Manousaki, Nikolaos Vakirlis
Veröffentlicht in: Bioinformatics Advances, Ausgabe 5, 2025, ISSN 2635-0041
Herausgeber: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/BIOADV/VBAF223

The power and limitations of species tree-aware phylogenetics

Autoren: Tom A. Williams, Adrian A. Davin, Benoit Morel, Lenard L. Szantho, Anja Spang, Alexandros Stamatakis, Philip Hugenholtz, Gergely J. Szollosi
Veröffentlicht in: Evolutionary Biology, 2023, ISSN 2692-8205
Herausgeber: biorXiv
DOI: 10.1101/2023.03.17.533068

Pandora: A Tool to Estimate Dimensionality Reduction Stability of Genotype Data

Autoren: Julia Haag; Alexander I. Jordan; Alexandros Stamatakis
Veröffentlicht in: Bioinformatics Advances, 2025, ISSN 2635-0041
Herausgeber: Oxford Academic
DOI: 10.1093/BIOADV/VBAF040

Conference proceedings (3)

Parallel Inference of Phylogenetic Stands with Gentrius

Autoren: Anastasis Togkousidis; Olga Chernomor; Alexandros Stamatakis
Veröffentlicht in: 2023 IEEE International Parallel and Distributed Processing Symposium Workshops (IPDPSW), 2023, ISBN 979-8-3503-1199-0
Herausgeber: IEEEXplore
DOI: 10.1109/IPDPSW59300.2023.00035

Are Sounds Sound for Phylogenetic Reconstruction?

Autoren: Luise Häuser, Gerhard Jäger, Taraka Rama, Johann-Mattis List, Alexandros Stamatakis
Veröffentlicht in: -, 2024, ISSN 2331-8422
Herausgeber: Arxiv

EcoFreq: Compute with Cheaper, Cleaner Energy via Carbon-aware Power Scaling

Autoren: Alexey Kozlov, Alexandros Stamatakis
Veröffentlicht in: ISC High Performance 2024 Research Paper Proceedings, Ausgabe pp. 1-12, 2024, ISBN 978-3-9826336-0-2
Herausgeber: Prometeus GmbH
DOI: 10.23919/ISC.2024.10528928.

Other (3)

bigrig: A range simulator for the DEC[+J] model

Autoren: Ben Bettisworth, Alexis Stamatakis
Veröffentlicht in: biorvix preprint, 2025, ISSN 2692-8205
Herausgeber: biorvix
DOI: 10.1101/2025.11.24.690345

Pandora: A Tool to Estimate Dimensionality Reduction Stability of Genotype Data

Autoren: Julia Haag, Alexander I. Jordan, Alexandros Stamatakis
Veröffentlicht in: biorXiv preprint, 2024, ISSN 2692-8205
Herausgeber: bioRxiv

Predicting Phylogenetic Bootstrap Values via Machine Learning

Autoren: Julius Wiegert, Julia Haag, Dimitri Hoehler, Alexandros Stamatakis
Veröffentlicht in: bioRxiv preprint, 2024, ISSN 2692-8205
Herausgeber: bioRxiv