Strengthening Computational Biodiversity Research in Greece

Informacje na temat projektu

Comp-Biodiv-GR

Identyfikator umowy o grant: 101087081

DOI

10.3030/101087081

Data podpisania przez KE 8 Listopada 2022

Data rozpoczęcia 1 Stycznia 2023

Data zakończenia 31 Grudnia 2027

Finansowanie w ramach

• Widening participation and spreading excellence

Koszt całkowity

€ 2 400 000,00

Wkład UE

€ 2 400 000,00

Koordynowany przez

IDRYMA TECHNOLOGIAS KAI EREVNAS
Greece

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Rezultaty

Websites, patent fillings, videos etc. (1)

Separate Project/BCG website

Set up of initial separate web page for BCG and the project completed.

Publikacje

Peer reviewed articles (10)

Cryptic diversity and phylogeographic patterns of Mediodactylus species in the Eastern Mediterranean region

Autorzy: Panayiota Kotsakiozi, Aglaia Antoniou, Nikolaos Psonis, Κostas Sagonas, Emmanouela Karameta, Çetin Ilgaz, Yusuf Kumlutaş, Aziz Avcı, Daniel Jablonski, Diego Darriba, Alexandros Stamatakis, Petros Lymberakis, Nikos Poulakakis
Opublikowane w: Molecular Phylogenetics and Evolution, Numer 197:108091, 2024, ISSN 1095-9513
Wydawca: Elsevier science
DOI: 10.1016/j.ympev.2024.108091

Complexity of avian evolution revealed by family-level genomes

Autorzy: Josefin Stiller, Shaohong Feng, Al-Aabid Chowdhury, Iker Rivas-González, David A. Duchêne, Qi Fang, Yuan Deng, Alexey Kozlov, Alexandros Stamatakis, Santiago Claramunt, Jacqueline M. T. Nguyen, Simon Y. W. Ho, Brant C. Faircloth, Julia Haag, Peter Houde,
Opublikowane w: Nature, 2024, ISSN 1476-4687
Wydawca: Springer nature
DOI: 10.1038/s41586-024-07323-1

The Free Lunch is not over yet – Systematic Exploration of Numerical Thresholds in Phylogenetic Inference

Autorzy: Julia Haag; Lukas Hübner; Alexey M. Kozlov; Alexandros Stamatakis
Opublikowane w: Bioinformatics Advances, 2022, ISSN 2635-0041
Wydawca: Oxford Academics
DOI: 10.1101/2022.07.13.499893

Adaptive RAxML-NG: Accelerating Phylogenetic Inference under Maximum Likelihood using Dataset Difficulty

Autorzy: Anastasis Togkousidis, Oleksiy M Kozlov, Julia Haag, Dimitri Höhler, Alexandros Stamatakis
Opublikowane w: Molecular Biology and Evolution, Numer Volume 40, Numer 10, 2023, ISSN 1537-1719
Wydawca: Oxford Academic
DOI: 10.1093/molbev/msad227

Parameter Estimation and Species Tree Rooting Using ALE and GeneRax

Autorzy: Tom A Williams; Adrián A Davín; Benoit Morel; Lénárd L Szánthó; Anja Spang; Alexandros Stamatakis; Philip Hugenholtz; Gergely J Szöllősi
Opublikowane w: Genome Biology and Evolution, 2023, ISSN 1759-6653
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.5445/ir/1000161500

Simulations of Sequence Evolution: How (Un)realistic They Are and Why

Autorzy: Johanna Trost, Julia Haag, Dimitri Höhler, Laurent Jacob, Alexandros Stamatakis, Bastien Boussau Author Notes
Opublikowane w: Molecular Biology and Evolution,, Numer Volume 41, Numer 1, 2024, ISSN 1537-1719
Wydawca: Oxford Academic
DOI: 10.1093/molbev/msad277

Identification of the 18 World War II executed citizens of Adele, Rethymnon, Crete using an ancient DNA approach and low coverage genomes

Autorzy: Psonis, Nikolaos and Vassou, Despoina and Nafplioti, Argyro and Tabakaki, Eugenia and Pavlidis, Pavlos and Stamatakis, Alexandros and Poulakakis, Nikos,
Opublikowane w: Forensic Science International: Genetics, 2023, ISSN 1556-5068
Wydawca: Elsevier
DOI: 10.2139/SSRN.4647981

Phylourny: efficiently calculating elimination tournament win probabilities via phylogenetic methods

Autorzy: Ben Bettisworth, Alexander I. Jordan & Alexandros Stamatakis
Opublikowane w: Statistics and Computing, 2023, ISSN 0960-3174
Wydawca: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s11222-023-10246-y

AleRax: a tool for gene and species tree co-estimation and reconciliation under a probabilistic model of gene duplication, transfer, and loss

Autorzy: Benoit Morel, Tom A Williams, Alexandros Stamatakis, Gergely J Szöllősi
Opublikowane w: Bioinformatics, Numer Volume 40, Numer 4, 2024, ISSN 1367-4811
Wydawca: Oxford Academic
DOI: 10.1093/bioinformatics/btae162

The power and limitations of species tree-aware phylogenetics

Autorzy: Tom A. Williams, Adrian A. Davin, Benoit Morel, Lenard L. Szantho, Anja Spang, Alexandros Stamatakis, Philip Hugenholtz, Gergely J. Szollosi
Opublikowane w: Evolutionary Biology, 2023, ISSN 2692-8205
Wydawca: biorXiv
DOI: 10.1101/2023.03.17.533068

Conference proceedings (3)

Parallel Inference of Phylogenetic Stands with Gentrius

Autorzy: Anastasis Togkousidis; Olga Chernomor; Alexandros Stamatakis
Opublikowane w: 2023 IEEE International Parallel and Distributed Processing Symposium Workshops (IPDPSW), 2023, ISBN 979-8-3503-1199-0
Wydawca: IEEEXplore
DOI: 10.1109/IPDPSW59300.2023.00035

Are Sounds Sound for Phylogenetic Reconstruction?

Autorzy: Luise Häuser, Gerhard Jäger, Taraka Rama, Johann-Mattis List, Alexandros Stamatakis
Opublikowane w: -, 2024, ISSN 2331-8422
Wydawca: Arxiv

EcoFreq: Compute with Cheaper, Cleaner Energy via Carbon-aware Power Scaling

Autorzy: Alexey Kozlov, Alexandros Stamatakis
Opublikowane w: ISC High Performance 2024 Research Paper Proceedings, Numer pp. 1-12, 2024, ISBN 978-3-9826336-0-2
Wydawca: Prometeus GmbH
DOI: 10.23919/ISC.2024.10528928.

Other (2)

Pandora: A Tool to Estimate Dimensionality Reduction Stability of Genotype Data

Autorzy: Julia Haag, Alexander I. Jordan, Alexandros Stamatakis
Opublikowane w: biorXiv preprint, 2024, ISSN 2692-8205
Wydawca: bioRxiv

Predicting Phylogenetic Bootstrap Values via Machine Learning

Autorzy: Julius Wiegert, Julia Haag, Dimitri Hoehler, Alexandros Stamatakis
Opublikowane w: bioRxiv preprint, 2024, ISSN 2692-8205
Wydawca: bioRxiv